ในเดือนกรกฎาคม 2013 เมื่ออายุ 17 ปี อัลกันตาราเซ็นสัญญากับเซนต์หลุยส์ คาร์ดินัลส์ในฐานะผู้เล่นอิสระจากต่างประเทศ^{[ 3 ]}เขาเปิดตัวในระดับอาชีพในปี 2014 กับทีมDominican Summer League Cardinalsและใช้เวลาทั้งฤดูกาลอยู่ที่นั่น โดยมีสถิติ 1–9 ด้วยค่าเฉลี่ย ERA 3.97 ใน 12 เกม (ลงเล่นเป็นตัวจริง 11 เกม) เขาใช้เวลาในปี 2015 กับทีมGulf Coast Cardinalsซึ่งเขาทำสถิติ 4–4 และค่าเฉลี่ย ERA 3.22 ใน 12 เกมที่ลงเล่นเป็นตัวจริง และเริ่มต้นปี 2016 กับทีมPeoria Chiefs [ ^{4 ] ใน}ระหว่างการลงเล่นเป็นตัวจริงในเดือนพฤษภาคม เขาทำสถิติสูงสุดของ Chiefs ด้วยการทำสไตรค์เอาท์ 14 ครั้ง^{[ 5 ] [ 6 ]}เขาได้รับการเลื่อนชั้นไปเล่นให้กับPalm Beach Cardinalsในเดือนกรกฎาคม 2016 เขาจบฤดูกาล 2016 ด้วยสถิติรวม 5–11 ด้วยค่าเฉลี่ย ERA 3.96 ใน 23 เกมที่ลงเล่นเป็นตัวจริงระหว่างทั้งสองสโมสร

อัลกันตาราเริ่มต้นปี 2017 กับสปริงฟิลด์ คาร์ดินัลส์หลังจากขว้างได้ 7–5 และมี ERA 4.31 ขณะที่อยู่อันดับ 4 ในลีกในเรื่องการเดินเบส และเป็นผู้นำในลีกด้วยการขว้างพลาด 20 ครั้ง ในจำนวนอินนิ่งสูงสุดในอาชีพ 125.1 อินนิ่ง^{[ 7 ]}คาร์ดินัลส์จึงเลื่อนตำแหน่งเขาขึ้นสู่เมเจอร์ลีกในวันที่ 1 กันยายน 2017 ^{[ 8 ]}หลังจากจบฤดูกาล คาร์ดินัลส์ได้ส่งอัลกันตาราไปเล่นให้กับเซอร์ไพรส์ ซากัวรอสในอริโซนา ฟอลล์ ลีก (AFL) ^{[ 9 ]}ซึ่งเขาได้รับเลือกให้เข้าร่วมเกมฟอลล์ สตาร์ส เขาขว้างทั้งหมด 15 อินนิ่งใน AFL จบฤดูกาลด้วยการลงเล่นเป็นตัวจริง 5 เกม มีสถิติ 1–2 และมี ERA 4.20

เมื่อวันที่ 14 ธันวาคม 2017 ทีมคาร์ดินัลส์ได้แลกเปลี่ยนอัลกันตารา พร้อมกับแม็กเนอริส เซียร์ราแซค แกลเลนและแดเนียล คาสตาโนกับทีมไมอามี มาร์ลินส์ เพื่อแลก กับมาร์เซล โอซูนา [ ^{10 ] MLB.com}จัดอันดับอัลกันตาราเป็นผู้เล่นดาวรุ่งอันดับ 3 ของไมอามีในฤดูกาล 2018 ^{[ 11 ]}เขาเริ่มต้นฤดูกาล 2018 กับทีมนิวออร์ลีนส์ เบบี้ เค้ก ส์ และถูกเรียกตัวกลับมาที่ไมอามีในวันที่ 28 มิถุนายน^{[ 12 ]}เขาเปิดตัวกับมาร์ลินส์ในวันที่ 29 มิถุนายน ในฐานะผู้ขว้างตัวจริงโดยขว้าง 5 อินนิง เสีย 1 รัน จาก 3 ฮิต และ 5 วอล์ค ขณะที่ตีเอาท์ 2 ครั้ง และได้รับชัยชนะในเกมที่ไมอามีเอาชนะนิวยอร์ก เม็ตส์ 8–2 ^{[ 13 ]} เขาถูกส่งไปอยู่ใน รายชื่อผู้เล่นบาดเจ็บ 10 วันเนื่องจากติดเชื้อที่รักแร้ขวา^{[ 14 ]} เมื่อวันที่ 19 พฤษภาคม 2019 อัลกันตาราขว้างปิดเกมครั้งแรกในอาชีพของเขา โดยขว้าง 89 ลูกและ เสีย 2 ฮิตให้กับทีมเม็ตส์ นิวยอร์ก^{[ 15 ]}

อัลกันตาราเป็นผู้เล่นไมอามี มาร์ลินส์เพียงคนเดียวที่ได้รับเลือกให้เข้าร่วมเกมออลสตาร์เมเจอร์ลีกเบสบอลปี 2019 ^{[ 16 ]}เขาขว้างในอินนิ่งที่แปดและทำให้ฝ่ายตรงข้ามหมดโอกาส^{[ 17 ]}เขาจบฤดูกาลด้วยสถิติ 6–14 และ ERA 3.88 จาก197 อินนิ่ง+ลงเล่น 1 ใน3อินนิง จากการลงสนาม 32 ครั้ง นำเป็นอันดับหนึ่งในเนชั่นแนลลีกทั้งในด้านจำนวนแพ้และจำนวนเกมที่ไม่เสียแต้ม

ในฤดูกาล 2020 ที่ถูกตัดให้สั้นลง อัลกันตาราทำผลงานได้ 3–2 ด้วยค่าเฉลี่ย ERA 3.00 ใน 42 อินนิง

อัลกันตาราเป็นเจ้าของสถิติของทีมมาร์ลินส์ในด้านจำนวนอินนิ่งที่ขว้างมากที่สุดโดยผู้เล่นหน้าใหม่ และจำนวนอินนิ่งที่ขว้างมากที่สุดและจำนวนการตีออกโดยผู้เล่นที่เกิดในสาธารณรัฐโดมินิกัน^{[ 18 ]}เมื่อวันที่ 28 พฤศจิกายน 2021 มาร์ลินส์ได้เซ็นสัญญาขยายเวลาให้กับอัลกันตาราด้วยมูลค่า 56 ล้านดอลลาร์ ทำลายสถิติสัญญาที่ใหญ่ที่สุดสำหรับนักขว้างที่อยู่ภายใต้การควบคุมของทีมที่มีระยะเวลาการรับใช้น้อยกว่าสี่ปีซึ่งตั้งโดยคาร์ลอส มาร์ติเนซ^{[ 19 ]}

ในปี 2022 เขาทำผลงานได้ 14–9 ด้วยค่าเฉลี่ย ERA 2.28 ในการลงสนาม 32 ครั้ง ครอบคลุม 228.2 อินนิง ด้วยค่าbWAR 8.0 อัลกันตาราเป็นผู้นำของเนชั่นแนลลีกและเป็นผู้นำของบรรดาผู้ขว้างลูกทั้งหมดในทั้งสองลีก^{[ 20 ] [ 21 ]}เขาได้รับรางวัลไซยังอวอร์ดของเนชั่นแนลลีกประจำ ปี 2022 อย่างเป็นเอกฉันท์ เหนือกว่า แม็กซ์ ฟรีดผู้ขว้างลูกที่ได้อันดับสอง^{[ 22 ]}

อัลกันตาราทำผลงานแย่ลงจากปี 2023 ที่เขาคว้ารางวัลไซ ยัง โดยลงเล่นเป็นตัวจริง 28 นัด ทำสถิติชนะ 7 แพ้ 12 และมีค่าเฉลี่ย ERA 4.14 พร้อมกับทำสไตรค์เอาท์ได้ 151 ครั้งจาก184 เกม+ขว้างไป 2/3 อินนิ่ง [ 23 ^{]เมื่อวัน}ที่ 4 กันยายน 2023 เขาถูกขึ้นบัญชีผู้บาดเจ็บเนื่องจากกล้ามเนื้อปลายแขนขวาตึง ^{[ 24 ]} ต่อมา MRI พบ ว่าเอ็นยึดข้อศอกด้านใน ของอัลกันตารา ฉีกขาด ทำให้ฤดูกาลของเขาตกอยู่ในความเสี่ยง ^{[ 25 ]}เขาเริ่มการฟื้นฟูร่างกายกับทีม Jacksonville Jumbo Shrimp ใน ระดับ Triple-A แต่ถูกพักการแข่งขันตลอดฤดูกาลที่เหลือในวันที่ 23 กันยายนหลังจากมีอาการตึงที่ปลายแขน ^{[ 26 ]}เมื่อวันที่ 6 ตุลาคม อัลกันตาราเข้ารับการผ่าตัดทอมมี่ จอห์นเพื่อซ่อมแซม UCLในข้อศอกขวา ทำให้เขาพลาดการแข่งขันในฤดูกาล 2024 ^{[ 27 ]}

หลังจากหายจากอาการบาดเจ็บและกลับมาลงสนามในปี 2025 อัลกันตาราประสบกับฤดูกาลที่ขึ้นๆ ลงๆ ในครึ่งแรกของฤดูกาล อัลกันตาราเล่นได้แย่มาก โดยมีสถิติแพ้ชนะเพียง 2-7 ในช่วงปลายเดือนพฤษภาคม หลังจากลงสนาม 3 นัดติดต่อกัน ในเดือนกรกฎาคมและ เสียแต้ม มากกว่า 5 แต้ม อัลกันตารามีค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม (ERA) สูงถึง 7.14 ซึ่งเป็นค่าเฉลี่ยสูงสุดของนักขว้างตัวจริงใน MLB ในช่วงเวลานั้นของฤดูกาล อย่างไรก็ตาม หลังจากนั้น อัลกันตาราก็เริ่มเล่นได้ดีขึ้น และทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยมหลายครั้ง รวมถึงการลงสนาม 7 อินนิ่งติดต่อกัน 3 นัด ตั้งแต่วันที่ 20 สิงหาคมกับเซนต์หลุยส์ คาร์ดินัลส์ถึงวันที่ 31 สิงหาคมกับนิวยอร์ก เม็ตส์โดยเก็บชัยชนะได้ 2 นัดในช่วงนั้น สถิติชนะ-แพ้ 3-1 ในเดือนกันยายนช่วยให้อัลกันตารามีสถิติสุดท้ายที่ 11-12 และมีค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม (ERA) อยู่ที่ 5.36 หลังจากลงเล่นเป็นตัวจริงครั้งสุดท้ายของฤดูกาล อัลกันตาราได้ไตร่ตรองถึงฤดูกาลและบทบาทผู้นำของเขาภายในคลับเฮาส์ของมาร์ลินส์ด้วยอารมณ์ที่ท่วมท้น โดยอธิบายหลังเกมว่าเขา "แค่พยายามเก็บเกี่ยวทุกช่วงเวลาพิเศษที่ฉันมีกับเพื่อนร่วมทีม" ^{[ 28 ]}อัลกันตาราเป็นเป้าหมายของการเจรจาซื้อขายตลอดฤดูกาล แต่สุดท้ายก็ยังคงอยู่กับทีมต่อไปในฤดูกาล 2026

ในปี 2026 อัลกันตาราได้รับเลือกให้เป็นตัวจริงในวันเปิดฤดูกาลเป็นครั้งที่ 6 ซึ่งเป็นสถิติสูงสุดของแฟรนไชส์สำหรับมาร์ลินส์ โดยเขาขว้างได้ 7 อินนิ่งแบบไม่เสียแต้มพร้อมกับทำสไตรค์เอาท์ได้ 5 ครั้งในการแข่งขันกับโคโลราโด ร็อกกีส์ทำให้ได้รับชัยชนะ ต่อมาเขาทำผลงานได้อย่างยอดเยี่ยมด้วยการขว้างแบบไม่เสียแต้มตลอดทั้งเกมในการแข่งขันกับชิคาโก ไวท์ ซอกซ์เมื่อวันที่ 1 เมษายน โดยทำสไตรค์เอาท์ได้ 7 ครั้ง และเสียเพียง 3 ฮิตเท่านั้น ในเกมที่ชนะขาดลอย 10-0 ^{[ 29 ]}

แม้จะมีผลงานที่ยากลำบากในการแข่งขันกับดีทรอยต์ ไทเกอร์สในช่วงกลางเดือนเมษายน และการแพ้ติดต่อกัน 2 นัดให้กับแอตแลนตา เบรฟส์และโตรอนโต บลูเจย์ส ในช่วงปลายเดือนพฤษภาคม (ซึ่งทั้ง 3 นัดจบลงด้วยความพ่ายแพ้) อัลกันตาราเริ่มตั้งหลักได้ในเดือนมิถุนายน โดยชนะ 5 นัดติดต่อกันในช่วงต้นเดือน ทำให้สถิติของ เขาดีขึ้นเป็น 8–4 ในปีนี้ และมีค่าเฉลี่ยการเสียแต้ม 4.01 ^{[ 21 ]} 6+การขว้าง 2/3 อินนิ่ง และทำสไตรค์เอาท์ 4 ครั้งในการแข่งขันกับเท็กซัส เรนเจอร์สเมื่อวันที่ 23 มิถุนายน ถือเป็นเหตุการณ์สำคัญทางประวัติศาสตร์ เนื่องจากสไตรค์เอาท์ไคล์ ฮิกาชิโอกะ ในอินนิ่งที่ 7 ของเขา ได้สร้างสถิติใหม่ของสโมสรมาร์ลินส์สำหรับจำนวนสไตรค์เอาท์ที่ 1,002 ครั้ง แซงหน้า สถิติเดิมของ ริกกี้ โนลาสโกที่ 1,001 ครั้ง นอกจากนี้ ชัยชนะครั้งที่ 30 ในอาชีพของเขาที่โลนเดโปต์พาร์คยังสร้างสถิติใหม่ของมาร์ลินส์สำหรับจำนวนชัยชนะมากที่สุดในสนามแห่งนี้อีกด้วย ^{[ 30 ]}