สโมสรแห่งนี้ก่อตั้งขึ้นในปี 1922 โดยใช้ชื่อเดิมว่า Unione Sportiva Scafatese ในช่วงแรกเล่นอยู่ในลีกดิวิชั่น 2 และ 3 และเคยเอาชนะ Avellino ไปอย่างขาดลอย 15-0 ในการแข่งขันปี 1941 ต่อมาได้เลื่อนชั้นขึ้นสู่เซเรีย ซี เป็นครั้งแรก และเล่นอยู่สองฤดูกาลก่อนที่จะต้องหยุดชะงักลงเนื่องจากสงครามโลกครั้งที่สอง

หลังจากการแข่งขันชิงแชมป์กลับมาดำเนินต่อ สกาฟาเตเซ่ได้เข้าร่วมการแข่งขันเซเรีย ซี ฤดูกาล 1945–46 และจบอันดับที่สาม เนื่องจากการถอนตัวของสองทีมก่อนหน้า (เบเนเวนโตและกลาดิเอเตอร์) ทำให้พวกเขาได้เลื่อนชั้นไปเซเรีย บี ในฤดูกาล 1946–47 ทีมสีเหลืองปิดฉากการแข่งขันในอันดับที่สี่ในฤดูกาลแรกของลีก โดยได้คะแนนเท่ากับเลชเช่ ขณะที่เทอร์นาน่าและเปสคาร่าได้เลื่อนชั้นไปเซเรีย อา อย่างไรก็ตาม ในการแข่งขันชิงแชมป์ฤดูกาล 1947–48 พวกเขาจบอันดับที่สิบสอง และตกชั้นไปเซเรีย ซี เนื่องจากการปฏิรูปที่เกิดขึ้นใหม่

สกาฟาเตเซ่ประกาศเลิกเล่นฟุตบอลในช่วงเริ่มต้นฤดูกาลเซเรีย ซี 1948–49 เนื่องจากปัญหาทางการเงิน หลังจากทำคะแนนได้เพียงแต้มเดียวใน 11 วัน

หลังจากเลิกเล่นฟุตบอลอาชีพแล้ว สกาฟาเตเซ่ได้เข้าร่วมการแข่งขันชิงแชมป์ดิวิชั่นหนึ่งเป็นเวลา 3 ฤดูกาล (ซึ่งเป็นลีกระดับที่ห้าในขณะนั้น ต่อจากเซเรียอา บี ซี และลีกเลื่อนชั้น) อย่างไรก็ตาม เมื่อมีการจัดตั้งลีกระดับที่สี่ขึ้น พวกเขาได้เข้าร่วมการแข่งขันลีกเลื่อนชั้นในฤดูกาล 1952–1953 เป็นเวลา 2 ฤดูกาล หลังจากนั้นทีมตกชั้นกลับไปดิวิชั่นหนึ่ง และอยู่ที่นั่นจนถึงฤดูกาล 1956–1957 เมื่อพวกเขาได้รับการเลื่อนชั้นสู่การแข่งขันชิงแชมป์สมัครเล่นระดับชาติ ในฤดูกาล 1957–1958 สกาฟาเตเซ่ชนะกลุ่มของตนเองเหนือตูร์ริส แต่แพ้ในรอบต่อไป สถานการณ์พลิกผันในปีถัดมา เมื่อทีม "นกคานารี" ได้อันดับสองในกลุ่ม D รองจากอังกรี ซึ่งเป็นทีมในเครือเดียวกัน ในฤดูกาล 1959–1960 สกาฟาเตเซ่เข้าสู่รอบชิงชนะเลิศระดับชาติ และหลังจากเอาชนะลิเบอร์ตัส โปเตนซา มอร์โรเน และคาลังเจียนัส พวกเขาก็ได้เล่นรอบชิงชนะเลิศที่เมืองริมินีเพื่อชิงตำแหน่งแชมป์กับปอนเซียนาจากเมืองตรีเอสเต อย่างไรก็ตาม หลังจากเสมอกัน 1-1 กรรมการตัดสินด้วยการโยนเหรียญ และสกาฟาเตเซ่เป็นฝ่ายชนะ

ในช่วงทศวรรษ 1960 ทีมได้แข่งขันในเซเรีย ดี ติดต่อกันถึงเก้าปี โดยทำอันดับสูงสุดที่สี่ในฤดูกาล '62–'63 แต่ในที่สุดก็ตกชั้นเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล '68–'69 ในช่วงต้นทศวรรษ 1970 สกาฟาเตเซ่ตกชั้นไปอยู่ดิวิชั่นหนึ่ง แต่ก็กลับขึ้นสู่ลีกสูงสุดได้อีกครั้งหลังจากหนึ่งปี ทีมเกือบจะได้กลับไปสู่ลีกสูงสุดหลายครั้ง โดยจบฤดูกาล 1972–'73 และ '74–'75 ในอันดับที่สอง แต่ในที่สุดก็กลับไปเล่นในเซเรีย ดี ในฤดูกาล '75–'76 ในฤดูกาล '76–'77 และ '77–'78 ทีม "นกคานารี" ได้เล่นในเซเรีย ดี และเอาชนะสกาฟาเตเซ่ได้ในตอนท้ายของฤดูกาลหลัง

หลังจากตกชั้น ทีมก็พยายามดิ้นรนเพื่อฟื้นตัว วิกฤตผลการแข่งขันในฤดูกาล 1983–1984 ทำให้สกาฟาเตเซ่ตกชั้นไปอยู่ในดิวิชั่นหนึ่ง และกลับมาอยู่ในลีกเลื่อนชั้นได้อีกครั้งหลังจากรวมกับดอนบอสโก โอปลอนติในปี 1986 ทีมสีเหลือง-น้ำเงินได้อันดับสองในฤดูกาล 1987–1988 รองจากเอโบลิตานา และอีกครั้งในฤดูกาล 1988–1989 ได้อันดับสองรองจากโนเซรินา แต่คราวนี้พวกเขายังรอดพ้นจากการตกชั้นได้ในรายการอินเตอร์รีจิโอนัล ตั้งแต่ฤดูกาล 1989–1990 เป็นต้นมา ทีมคานารีส์ได้เล่นในลีกระดับสี่ติดต่อกันแปดฤดูกาล โดยรอดพ้นจากการตกชั้นในวันสุดท้ายมากกว่าหนึ่งครั้ง จนกระทั่งตกชั้นในฤดูกาล 1996–1997 ในฤดูกาล 1997–1998 และ 1998–1999 สกาฟาเตเซ่ได้เล่นในรายการเอคเซลเลนซาของภูมิภาค แต่ก็ไม่ประสบความสำเร็จเท่าที่ควร

อย่างไรก็ตาม การแข่งขันชิงแชมป์ฤดูกาล 1999–2000 กลับเป็นฤดูกาลที่น่าตื่นเต้น โดยสกาฟาเตเซ่คว้าชัยชนะ 20 นัด เสมอ 9 นัด และแพ้เพียงครั้งเดียวให้กับทีมสีเทาแดงของอังกรี ทำให้สกาฟาเตเซ่คว้าแชมป์และกลับสู่เซเรีย ดีได้สำเร็จหลังจากห่างหายไป 3 ปี แต่ในฤดูกาล 2000–01 ทีม "คานารินี" ก็ตกชั้นหลังจากพ่ายแพ้ให้กับโอลเบีย 2–1 ในวันรองสุดท้ายของการแข่งขัน ในฤดูกาล 2003–04 ทีมสีเหลือง-น้ำเงินสามารถกลับสู่เซเรีย ดีได้อีกครั้งโดยเอาชนะกราญญาโน 2–1 ในวันสุดท้ายของการแข่งขันที่สนามโรเมโอ เมนติ ในเมืองกัสเตลลัมมาเร ดิ สตาเบีย และในฤดูกาล 2004–05 ทีม "จิอัลโลบลู" ก็รอดพ้นจากการตกชั้นในเซเรีย ดีได้สำเร็จหลังจากชนะในรอบเพลย์เอาท์

หลังจากจบอันดับสี่ในฤดูกาล 2005–06 ในปีถัดมา พวกเขาสามารถกลับขึ้นสู่เซเรีย ซี ได้สำเร็จ หลังจากดวลกับซิบิลลา คูมา จากบาโคลีอย่างดุเดือด ซึ่งตามหลังพวกเขาอยู่ห้าแต้มเมื่อจบฤดูกาล รูปแบบการเล่นทั่วไปของทีมสกาฟาเตเซที่คว้าแชมป์เซเรีย ดี ในฤดูกาล 2006–07 ภายใต้การคุมทีมของเอจิดิโอ ปิรอซซี คือ: ซอร์ริโซ, บายลอน, ซานตามาเรีย, คอร์ดูอา, เด ฟรังโก, จิโนบิลี, มาร์ซาโน, มาราโก, โคซา, ซาร์ลี, สปิเนลลี และในที่สุดเมื่อวันที่ 6 พฤษภาคม 2007 สกาฟาเตเซก็ได้เลื่อนชั้นสู่เซเรีย 2 โดยเอาชนะปิโซเนียโน ทีมจากลาซิโอ 6–3 ที่สนามโคมูนาเล ดิ สกาฟาติ ต่อหน้าผู้ชมประมาณเจ็ดพันคน

ในฤดูกาล 2007–08 ในเซเรีย ซี2 สกาฟาเตเซ่ หลังจากรอดพ้นจากการตกชั้นโดยตรงในวันสุดท้ายด้วยการชนะเรอัล มาร์เซียนนิสในบ้าน ก็ได้ไปเจอกับวัล ดิ ซานโกรในรอบเพลย์เอาท์ ทำให้รอดพ้นจากการตกชั้นได้สำเร็จหลังจากลงเล่นสองนัด (1–0 ในบ้าน และ 2-2 ในอาบรุซโซ) ในฤดูกาล 2008–09 ทีมก็สามารถบรรลุเป้าหมายของฤดูกาลได้สำเร็จด้วยการหลีกเลี่ยงการเพลย์เอาท์ก่อนกำหนดสองวัน ทำให้รอดพ้นจากการตกชั้นได้โดยตรงในฤดูกาลที่ทีม "นกคานารี" ทำผลงานได้ดี เช่นเดียวกับการรอดพ้นจากการตกชั้นอย่างเงียบๆ ในฤดูกาล 2009–10 เช่นกัน

ในช่วงฤดูร้อนปี 2010 เนื่องจากปัญหาเศรษฐกิจอย่างหนัก บริษัทไม่ได้ลงทะเบียนแข่งขันในลีก Lega Pro Seconda Division แต่ก็ไม่ยอมแพ้และเริ่มต้นใหม่จากลีกระดับสาม ซึ่งสามารถคว้าแชมป์ได้สามสมัยติดต่อกัน จากนั้นจึงควบรวมกิจการกับสโมสร Montecorvino Rovella และได้เข้าร่วมการแข่งขัน Eccellenza ในฤดูกาล 2013–2014 ในฤดูกาล 2014–15 Scafatese เข้าถึงรอบชิงชนะเลิศของ Regional Italian Cup แต่พ่ายแพ้ให้กับ Virtus Volla 2–0 ขณะที่ปีถัดมาพวกเขาตกชั้นหลังจากแพ้ในการเพลย์เอาท์ให้กับ Valdiano ทีมจึงเริ่มต้นใหม่จากลีกเลื่อนชั้น ซึ่งในฤดูกาล 2017–2018 พวกเขาสามารถกลับสู่ Eccellenza ได้หลังจากสองปี และ Scafatese ก็รักษาสถานะในลีกนี้ไว้ได้ในปีถัดมาหลังจากชนะการเพลย์เอาท์ หลังจากรอดพ้นจากการตกชั้น ทีมยังคงแข่งขันในรายการ Eccellenza ต่อไปในฤดูกาล 2019–2020 และ 2020–2021 โดยพ่ายแพ้ในรอบแรกของรอบเพลย์ออฟในฤดูกาลหลัง จากนั้น Scafatese ก็เข้าสู่รอบเพลย์ออฟอีกสามฤดูกาลติดต่อกัน แต่ถูกคัดออกโดย Savoia ในฤดูกาล 2021–2022 จากนั้นโดย Agropoli ในฤดูกาล 2022–2023 และสุดท้ายโดย Amalfi Coast ในฤดูกาล 2023–24