ในปี ค.ศ. 1570 พันธมิตรสำคัญได้เกิดขึ้นระหว่างลุงของเธอ อุเอสึกิ เคนชิน แห่งจังหวัดเอจิโกะ และโฮโจ อุจิมาสะ แห่งจังหวัดซากามิ ซึ่งนำโดยซาบุโร่ บุตรชายคนที่เจ็ดของอุจิมาสะ ซาบุโร่ได้รับการรับเลี้ยงเป็นบุตรบุญธรรมโดยเคนชินและใช้ชื่อว่า อุเอสึกิ คาเกโทระ ต่อมาเซเอนินได้แต่งงานกับคาเกโทระ และในปีถัดมา เธอได้ให้กำเนิดบุตรชายคนโตของพวกเขา อุเอสึกิ โดมันมารุ^{[ 2 ]}

ปี ค.ศ. 1578 นำมาซึ่งช่วงเวลาที่ท้าทายสำหรับเซเอนินและครอบครัวของเธอ เนื่องจากการจากไปของเคนชิน เหตุการณ์นี้จุดชนวนให้เกิดการแย่งชิงอำนาจสืบทอดตำแหน่งภายในตระกูลอุเอสึกิ โดยคาเกโทระต้องเผชิญหน้ากับอุเอสึกิ คาเงคัตสึ น้องชายของเซเอนินเอง ในสิ่งที่รู้จักกันในนามความขัดแย้งโอตาเตะ

ในช่วงเวลาที่วุ่นวายนี้ เซเอนินได้หลบหนีออกจากปราสาทคาสึกายามะซึ่งอยู่ภายใต้การควบคุมของอุเอสึกิ คาเงโทระ และไปลี้ภัยที่โอตาเตะ ที่พักซึ่งตั้งอยู่ด้านล่างปราสาทคาสึกายามะ ที่พักแห่งนี้สร้างขึ้นครั้งแรกสำหรับคันโตคันเร (รองโชกุนแห่งคันโต) และเคนชินก็เคยใช้สำหรับกิจการทางการเมืองด้วย

เป็นเรื่องน่าเศร้าที่บ้านพักถูกยึดครองในที่สุดเนื่องจากการโจมตีของกองกำลังที่ภักดีต่อคาเงคัตสึ คาเงโทระตั้งใจจะจบชีวิตตัวเองจึงหนีออกจากบ้านพักไปได้ อย่างไรก็ตาม เซนิน แม้จะได้รับการเตือนจากคาเงคัตสึให้ยอมจำนน แต่เธอก็เลือกที่จะฆ่าตัวตายภายในบ้านพัก^{[ 3 ]}

บันทึกทางประวัติศาสตร์ระบุว่าวันที่เสียชีวิตของเธอคือวันที่ 24 มีนาคม มีความเป็นไปได้สูงว่าเธอเสียชีวิตพร้อมกับคาเกโทระที่ปราสาทซาเมงาโอ ซึ่งตั้งอยู่ใกล้กับคาสึกายามะและอยู่ภายใต้การควบคุมของตระกูลอุเอสึกิ ตามเส้นทางเดียวที่นำไปสู่ภูมิภาคคันโต^{[ 4 ]}

ปัจจุบัน ณ วัดเมเก็ตสึในเมืองคามาคุระ มีแผ่นจารึกศพทางพุทธศาสนาที่จารึกชื่อของเซเอนินไว้ ซึ่งเป็นเครื่องยืนยันถึงการมีอยู่ของเธอและยุคสมัยอันวุ่นวายที่เธอมีชีวิตอยู่