คลังข้อมูลการอ่านลำดับ

เนื้อหา
คำอธิบาย	ลำดับ FASTQ ข้อมูล BAM
สิ่งมีชีวิต	ทั้งหมด
ติดต่อ
ศูนย์วิจัย	ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติสถาบันชีวสารสนเทศแห่งยุโรปธนาคารข้อมูลดีเอ็นเอของญี่ปุ่น
เข้าถึง
เว็บไซต์	www .ncbi .nlm .nih .gov /sra / www .ebi .ac .uk /ena / ติดตาม.ddbj .nig .ac .jp /dra /index _e .html

คลังข้อมูลลำดับการอ่าน ( SRAซึ่งก่อนหน้านี้รู้จักกันในชื่อคลังข้อมูลลำดับการอ่านสั้น ) เป็นฐานข้อมูลชีวสารสนเทศ ที่ให้บริการคลังข้อมูลสาธารณะสำหรับ ข้อมูล ลำดับดีเอ็นเอโดยเฉพาะ "ลำดับการอ่านสั้น" ที่สร้างขึ้นโดยการจัดลำดับแบบความเร็วสูงซึ่งโดยทั่วไปมีความยาว น้อยกว่า 1,000 คู่เบส^{[ 1 ]}คลังข้อมูลนี้เป็นส่วนหนึ่งของความร่วมมือฐานข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ระหว่างประเทศ (INSDC) และดำเนินการร่วมกันระหว่าง NCBI, สถาบันชีวสารสนเทศแห่งยุโรป (EBI) และธนาคารข้อมูลดีเอ็นเอแห่งญี่ปุ่น (DDBJ)

ศูนย์ข้อมูลเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ (NCBI) ได้จัดตั้งคลังข้อมูลนี้ขึ้นในปี 2550 เพื่อเป็นแหล่งเก็บข้อมูลที่ได้จาก การศึกษา RNA-SeqและChIP-Seqรวมถึงการศึกษาขนาดใหญ่ เช่นโครงการ Human Microbiome Projectและโครงการ 1000 Genomes Project [ ^{1 ] [ 2 ] เดิมที}เรียกว่า Short Read Archive แต่ได้เปลี่ยนชื่อเพื่อรองรับเทคโนโลยีการจัดลำดับในอนาคตที่จะสามารถสร้างลำดับการอ่านที่ยาวขึ้นได้^{[ 3 ]}

ปริมาณข้อมูลที่ฝากไว้ใน Sequence Read Archive เพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว ณ เดือนกันยายน พ.ศ. 2553 ร้อยละ 65 ของ SRA เป็น ลำดับ จีโนมของมนุษย์และอีกร้อยละ 16 เกี่ยวข้องกับลำดับเมตาจีโนม ของมนุษย์ ^{[ 6 ]}ข้อมูลส่วนใหญ่ถูกฝากผ่านโครงการ 1000 Genomes Project ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2554 ข้อมูลที่อยู่ใน SRA มีปริมาณเกิน 100 เทราเบสของ DNA ^{[ 2 ]}

รูปแบบข้อมูลที่ต้องการสำหรับไฟล์ที่ส่งไปยัง SRA คือรูปแบบ BAMซึ่งสามารถจัดเก็บทั้งการอ่านที่จัดเรียงและไม่จัดเรียงได้^{[ 6 ]}ภายใน SRA อาศัย NCBI SRA Toolkit ซึ่งใช้ในฐานข้อมูลสมาชิก INSDC ทั้งสามแห่ง เพื่อให้การบีบอัดข้อมูล ที่ยืดหยุ่น การเข้าถึง APIและ การ ^แปลงเป็นรูปแบบอื่น เช่นFASTQ [ ^{5 ]}

NCBI ประกาศแผนการปิด NCBI SRA ในเดือนกุมภาพันธ์ 2554 เนื่องจากการลดงบประมาณ^{[ 2 ] [ 7 ]}อย่างไรก็ตาม EBI และ DDBJ ประกาศว่าจะยังคงสนับสนุน SRA ต่อไป^{[ 8 ]}ในเดือนตุลาคม 2554 NCBI ประกาศว่าจะให้การสนับสนุนทางการเงินแก่ SRA ต่อไป^{[ 2 ]}

การฝากข้อมูลใน SRA เป็นข้อบังคับของหน่วยงานให้ทุนส่วนใหญ่และวารสารแบบเปิดเผยข้อมูล วารสาร ของ Nature Publishing Groupกำหนดให้ต้องเปิดเผยข้อมูลการจัดลำดับ DNA และ RNA ผ่านทาง SRA ^{[ 9 ]}

• รายชื่อฐานข้อมูลทางชีววิทยา

• European Nucleotide Archiveหน้าสำหรับการค้นหาใน SRA
• หน้าหลักของ SRAที่ NCBI
• การยื่นเอกสาร ERAที่ EBI
• หน้าหลักของ DRAที่ DDBJ