ตัวอย่างรูปภาพ

เมื่อได้รับจีโนม P (+a +b -c) และ Q (+a +b -c) ^{[ 1 ]}ควรจัดเรียง Q ใหม่ให้เป็นไปตามทิศทางของขอบ (สีแดง) ของ P จุดยอดควรเปลี่ยนชื่อจาก a, b, c เป็น a ^h a ^t , b ^h b ^t , c ^h c ^tและขอบของ P และ Q ควรเชื่อมต่อกับจุดยอดเดิม (ขอบของ P = สีดำ ขอบของ Q = สีเขียว) ลบขอบที่มีทิศทาง (สีแดง) จำนวนรอบใน G(P, Q) คือ 1 ในขณะที่ค่าสูงสุดที่เป็นไปได้คือ 3

Alekseyev และ Pevzner ใช้กราฟลำดับเพื่อสร้างอัลกอริทึมของตนเองเพื่อศึกษาประวัติการจัดเรียงจีโนมใหม่ของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมหลายชนิด รวมถึงวิธีการเอาชนะปัญหาเกี่ยวกับการสร้างจีโนมบรรพบุรุษในปัจจุบัน^{[ 1 ]}

กราฟลำดับสามารถใช้เพื่อแสดงการจัดเรียงลำดับหลายลำดับโดยการเพิ่มขอบชนิดใหม่ที่แสดงถึงความเหมือนกันระหว่างส่วนต่างๆ^{[ 3 ]}สำหรับชุดจีโนม เราสามารถสร้างกราฟจุดแตกหักแบบไม่มีวงจรโดยมีเธรดสำหรับแต่ละจีโนม สำหรับสองส่วนและโดยที่, , , และแทนจุดสิ้นสุดของสองส่วนนั้น สามารถสร้างขอบความเหมือนกันจากไปยังและไปยังหรือจากไปยังและไปยังซึ่งแสดงถึงทิศทางที่เป็นไปได้สองทิศทางของความเหมือนกัน ข้อดีของการแสดงการจัดเรียงลำดับหลายลำดับด้วยวิธีนี้คือสามารถรวมการผกผันและการจัดเรียงโครงสร้างอื่นๆ ที่ไม่สามารถทำได้ในการแสดงแบบเมทริกซ์${\displaystyle (a,b)}$${\displaystyle (c,d)}$${\displaystyle a}$${\displaystyle b}$${\displaystyle c}$${\displaystyle d}$${\displaystyle a}$${\displaystyle c}$${\displaystyle b}$${\displaystyle d}$${\displaystyle a}$${\displaystyle d}$${\displaystyle b}$${\displaystyle c}$

หากมีเส้นทางที่เป็นไปได้หลายเส้นทางเมื่อเดินทางผ่านเธรดในกราฟลำดับ ลำดับหลายลำดับสามารถแสดงได้ด้วยเธรดเดียวกัน ซึ่งหมายความว่าสามารถสร้างกราฟลำดับที่แสดงถึงประชากรของบุคคลที่มีจีโนมแตกต่างกันเล็กน้อย โดยแต่ละจีโนมจะสอดคล้องกับเส้นทางหนึ่งผ่านกราฟ กราฟเหล่านี้ได้รับการเสนอให้ใช้แทน จีโน มมนุษย์อ้างอิง^{[ 4 ]}