ก่อนที่จะมีการจัดตั้งบริการเรือข้ามฟากเซี่ยงไฮ้ เรือข้ามฟากส่วนตัว แบบ เรือสำปันเป็นวิธีการหลักในการข้ามแม่น้ำหวงผู่ เรือสำปันส่วนใหญ่สามารถบรรทุกผู้โดยสารได้เพียงประมาณ 30-50 คน และการเดินทางเที่ยวเดียวข้ามแม่น้ำจะใช้เวลาประมาณ 30 นาที เมื่อเมืองเติบโตขึ้น ความต้องการการสัญจรข้ามแม่น้ำก็เพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว นอกจากนี้ จำนวนเรือขนาดใหญ่ที่เพิ่มขึ้นและกระแสน้ำที่แรงในแม่น้ำยังก่อให้เกิดอันตรายเพิ่มเติมสำหรับเรือข้ามฟากแบบเรือสำปันแบบดั้งเดิม อุบัติเหตุที่เกี่ยวข้องกับเรือข้ามฟากแบบเรือสำปันจึงเพิ่มขึ้นตามไปด้วย

ในปี พ.ศ. 2452 สำนักงานฟื้นฟูเขื่อนผู่ตงซึ่งเป็นหน่วยงานบริหารส่วนท้องถิ่นกึ่งราชการที่มีอำนาจปกครองตนเอง ได้ขุดลอกลำน้ำสาขาหลายแห่งของแม่น้ำหวงผู่ เพื่ออำนวยความสะดวกในการเดินทางข้ามแม่น้ำของคนงาน ทางการผู่ตงจึงเช่าเรือกลไฟเพื่อรับส่งคนงานระหว่างท่าเรือถงเหริน (ใกล้กับเดอะบันด์บนถนนปักกิ่งตะวันออก ) และตงโกวในผู่ตง^{[ 2 ]}เนื่องจากจำนวนคนงานที่ใช้บริการเรือกลไฟมีน้อยกว่าความจุของเรือ ทางการจึงอนุญาตให้ผู้โดยสารอื่น ๆ ขึ้นเรือไปด้วย โดยคิดค่าธรรมเนียมเล็กน้อยเพื่อชดเชยค่าใช้จ่ายในการดำเนินงาน เนื่องจากเรือกลไฟมีความปลอดภัยและเร็วกว่าวิธีการข้ามแม่น้ำอื่น ๆ เช่น เรือข้ามฟากแบบเรือสำปัน การใช้เรือกลไฟจึงกลายเป็นวิธีการข้ามแม่น้ำที่ได้รับความนิยมมากขึ้น ในขณะเดียวกัน ทางการก็ตระหนักว่ารายได้จากเรือกลไฟสามารถครอบคลุมค่าเช่าได้ ดังนั้นทางการจึงตัดสินใจทำให้บริการเรือกลไฟนี้เป็นบริการถาวร

เมื่อวันที่ 15 มกราคม พ.ศ. 2454 เทศบาลเมืองผู่ตงได้เปิดให้บริการเรือข้ามฟากระหว่างท่าเรือถงเหรินและถงโกว ในปี พ.ศ. 2460 ได้มีการเปิดให้บริการเรือข้ามฟากอีกเส้นทางหนึ่งเชื่อมระหว่างท่าเรือถงเหรินและซีตู สองปีต่อมา เทศบาลได้เปิดให้บริการเรือข้ามฟากระหว่างท่าเรือถงเหรินและซีโกว (ชิงหนิงซี) ในเวลาเดียวกันนั้น บริษัทเรือข้ามฟากเอกชนก็เริ่มเปิดให้บริการเรือข้ามฟากเชิงพาณิชย์ด้วยเช่นกัน

ในปี พ.ศ. 2460 กรรมสิทธิ์ในการให้บริการเรือข้ามฟากผู่ตงถูกโอนไปยังเทศบาลนครเซี่ยงไฮ้ ที่จัดตั้งขึ้น ใหม่ ในปี พ.ศ. 2478 บริการเรือข้ามฟากดำเนินการ 6 เส้นทางข้ามแม่น้ำหวงผู่ โดยมีท่าเทียบเรือลอยน้ำเหล็ก 9 แห่ง ท่าเทียบเรือไม้ 6 แห่ง เรือข้ามฟาก 12 ลำ และที่นั่ง 5,026 ที่นั่ง จำนวนผู้โดยสารต่อปีสูงถึง 12.98 ล้านคน ก่อนสงครามจีน-ญี่ปุ่นครั้งที่สองในปี พ.ศ. 2480 เรือข้ามฟากเซี่ยงไฮ้ ซึ่งส่วนใหญ่ประกอบด้วยเรือข้ามฟากที่ดำเนินการโดยรัฐบาลและเรือข้ามฟากเอกชน กลายเป็นวิธีการหลักในการข้ามแม่น้ำหวงผู่^{[ 3 ]}

เนื่องจาก สงครามจีน-ญี่ปุ่นครั้งที่สองบริการเรือข้ามฟากเซี่ยงไฮ้จึงลดลงเหลือเพียง 3 สายภายในปี 1945 กองเรือข้ามฟากเซี่ยงไฮ้เหลือเพียงเรือข้ามฟากขนาดใหญ่ 2 ลำ ซึ่งทั้งสองลำให้เช่าไปแล้ว และเรือข้ามฟากมาตรฐานอีก 3 ลำที่ไม่สามารถใช้งานได้เนื่องจากเครื่องยนต์เสีย ในเดือนมีนาคม 1947 บริษัทเรือข้ามฟากเซี่ยงไฮ้ได้ก่อตั้งขึ้นโดยเป็นการร่วมทุนระหว่างรัฐบาลและบริษัทเรือข้ามฟากเอกชนต่างๆ และได้มีการฟื้นฟูเส้นทางเรือข้ามฟากเดิมขึ้น ภายในปี 1949 บริษัทเรือข้ามฟากเซี่ยงไฮ้ได้ดำเนินการเรือข้ามฟาก 4 สายข้ามแม่น้ำ โดยมีเส้นทางเรือข้ามฟากระยะไกล 1 เส้นทาง และเส้นทางเรือข้ามฟากสำหรับรถยนต์ 1 เส้นทาง พร้อมด้วยเรือข้ามฟาก 19 ลำ ท่าเทียบเรือลอยน้ำเหล็ก 13 แห่ง และท่าเทียบเรือไม้ 2 แห่ง^{[ 4 ]}

ไม่นานหลังจากที่พรรคคอมมิวนิสต์เข้ายึดครองเซี่ยงไฮ้ ฝ่ายบริหารทางทหารของเซี่ยงไฮ้ได้ยึดบริษัทเรือข้ามฟากเซี่ยงไฮ้เมื่อวันที่ 28 ธันวาคม พ.ศ. 2492 ในปี พ.ศ. 2499 รัฐบาลคอมมิวนิสต์ได้ทำการแปรรูปอุตสาหกรรมเรือข้ามฟากของเซี่ยงไฮ้ให้เป็นของรัฐ โดยยกเลิกเรือข้ามฟากแบบส่วนตัวดั้งเดิม และซื้อเรือข้ามฟากใหม่เพื่อเปิดเส้นทางใหม่^{[ 5 ]}

ก่อนทศวรรษ 1970 บริการเรือข้ามฟากเป็นวิธีเดียวในการข้ามแม่น้ำหวงผู่ ในทศวรรษ 1980 เรือข้ามฟากเซี่ยงไฮ้กลายเป็นหนึ่งในบริการเรือข้ามฟากที่พลุกพล่านที่สุดในโลก ในปี 1993 บริษัทเรือข้ามฟากเซี่ยงไฮ้ให้บริการ 21 เส้นทาง โดยมีผู้โดยสาร 1 ล้านคนต่อวัน และผู้โดยสาร 3,700 ล้านคนต่อปี^{[ 6 ]}ในทศวรรษ 1990 รัฐบาลเซี่ยงไฮ้ได้สร้างอุโมงค์และสะพานหลายแห่งข้ามแม่น้ำหวงผู่ เช่นสะพานหนานปู่สะพานหยางปู่และอุโมงค์ถนนฟู่ซิงตะวันออกส่งผลให้เส้นทางเรือข้ามฟากบางเส้นทางถูกยกเลิกเนื่องจากจำนวนผู้โดยสารลดลงอย่างมาก ในปี 2011 บริษัทเรือข้ามฟากเซี่ยงไฮ้ให้บริการ 18 เส้นทางและเรือข้ามฟาก 55 ลำ โดยมีผู้โดยสาร 250,000 คนต่อวัน

เมื่อวันที่ 29 มกราคม 2561 เรือเฟอร์รี่เซี่ยงไฮ้ 1 และเซี่ยงไฮ้ 2 ลำใหม่ได้เข้าประจำการในกองเรือเฟอร์รี่เซี่ยงไฮ้ และเริ่มให้บริการตั้งแต่วันที่ 1 กุมภาพันธ์ เรือเฟอร์รี่มาตรฐานทั้งหมดจะถูกปลดระวางในวันเดียวกัน^{[ 7 ]}

อุบัติเหตุที่ร้ายแรงที่สุดของเรือข้ามฟากเซี่ยงไฮ้เกิดขึ้นเมื่อวันที่ 12 ธันวาคม 1987 ในวันนั้น หมอกหนาจัดทำให้ต้องระงับบริการเรือข้ามฟากที่ ท่าเรือ ลู่เจียจู๋ผู้โดยสารเริ่มมารวมตัวกัน บริการเรือข้ามฟากกลับมาให้บริการอีกครั้งเวลา 9 โมงเช้า เมื่อเรือข้ามฟากลำที่สองมาถึงเวลา 9:10 น. ผู้โดยสารที่กระวนกระวายใจต่างพากันเบียดเสียดไปยังเรือข้ามฟาก มีผู้โดยสารประมาณ 30,000-40,000 คน (หลายคนมีจักรยาน) ต่อแถวรอเรือข้ามฟาก ผู้โดยสารเริ่มกระวนกระวายใจจากการรอคอยและเริ่มเบียดเสียดไปยังเรือข้ามฟากลำที่สองหลังจากลำแรกออกไปแล้ว ผู้คนและจักรยานเริ่มตกลงไปในแม่น้ำจากการเบียดเสียด และสถานการณ์ก็กลายเป็นความวุ่นวายอย่างรวดเร็ว สถานีถูกปิดในอีก 5 นาทีต่อมาเพื่อสลายฝูงชนและเริ่มปฏิบัติการช่วยเหลือ

เหตุการณ์ดังกล่าวคร่าชีวิตผู้คนไป 17 ราย บาดเจ็บสาหัส 2 ราย และบาดเจ็บเล็กน้อยอีกกว่า 70 ราย นับเป็นเหตุการณ์เหยียบกันตายที่ร้ายแรงที่สุดในเซี่ยงไฮ้ก่อนเหตุการณ์เหยียบกันตายในปี 2014 รายงานผู้เสียชีวิตอีกฉบับระบุว่ามีผู้เสียชีวิต 66 ราย บาดเจ็บสาหัส 2 ราย และบาดเจ็บเล็กน้อยอีกกว่า 20 ราย