มีรายงานว่าทางการซาอุดีอาระเบียจับกุมอัล-นิมร์เป็นครั้งแรกในปี 2546 เนื่องจากนำการละหมาดในที่สาธารณะในหมู่บ้านอัล-อวามิยะฮ์^{[ 32 ]}เขาถูกควบคุมตัวเป็นเวลาหลายวันในปี 2547 ^{[ 15 ]}ในปี 2549 เขาถูกจับกุมโดยกลุ่มมาบาฮิธและถูกทำร้ายร่างกายระหว่างถูกควบคุมตัว ชาวบ้านอัล-อวามิยะฮ์ได้รณรงค์สนับสนุนเขา และเขาได้รับการปล่อยตัวหลังจากนั้นไม่กี่วัน^{[ 15 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552 เกิดเหตุการณ์ขึ้นในเมดินาเกี่ยวกับความแตกต่างในธรรมเนียมปฏิบัติของชีอะห์และซุนนีที่สุสานของมูฮัม หมัด เหตุการณ์นี้รวมถึงการถ่ายทำผู้หญิงชีอะห์โดยตำรวจศาสนาการประท้วงของชาวชีอะห์ในเมดินา และการจับกุมในเวลาต่อมา เด็ก 6 คนถูกจับกุมระหว่างวันที่ 4 ถึง 8 มีนาคม เนื่องจากเข้าร่วมการประท้วงเมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ในซาฟวา^{[ 5 ]}

อัล-นิมร์วิพากษ์วิจารณ์การกระทำของเจ้าหน้าที่ในเมดินาในเดือนกุมภาพันธ์ และโดยเฉพาะอย่างยิ่งได้กล่าวถึงรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยว่าเลือกปฏิบัติต่อชาวชีอะห์ในซาอุดีอาระเบีย^{[ 3 ] [ 5 ]}ในการเทศน์ เขาขู่ว่าจะแยกตัว^{[ 6 ] [ 10 ]} โดยกล่าวว่า "ศักดิ์ศรีของเราถูกจำนำไปแล้ว และหากไม่ ได้รับการฟื้นฟู เราจะเรียกร้องการแยกตัว ศักดิ์ศรีของเรามีค่ามากกว่าความเป็นเอกภาพของแผ่นดินนี้" ^{[ 2 ]}

มีการออกหมายจับเขาเพื่อตอบโต้ การประท้วงเริ่มต้นขึ้นในอัล-อวามิยะฮ์เมื่อวันที่ 19 มีนาคม ซึ่งมีผู้ถูกจับกุม 4 คน รวมถึงอาลี อาห์หมัด อัล-ฟาราจ หลานชายวัย 16 ปีของอัล-นิมร์ ซึ่งถูกควบคุมตัวเมื่อวันที่ 22 มีนาคม^{[ 5 ]}ตำรวจเริ่มติดตามอัล-นิมร์เพื่อจับกุมเขาและพยายามจับลูกๆ ของเขาเป็นตัวประกัน^{[ 3 ]}ภายในวันที่ 1 เมษายน มีผู้ถูกจับกุมทั้งหมด 35 คน และกองกำลังรักษาความปลอดภัยได้ตั้งด่านตรวจบนถนนที่มุ่งหน้าไปยังอัล-อวามิยะฮ์ อย่างไรก็ตาม อัล-นิมร์ไม่ได้ถูกจับกุมในช่วงเวลานี้^{[ 2 ]}

เครือข่ายข้อมูลสิทธิมนุษยชนอาหรับระบุว่าทางการกำลัง "ดำเนินคดีกับนิมร์ บากีร์ อัล-นิมร์ นักปฏิรูปชีอะห์ เนื่องจากการวิพากษ์วิจารณ์นโยบายการเลือกปฏิบัติทางศาสนาต่อชาวชีอะห์ในซาอุดีอาระเบีย และการเรียกร้องให้มีการปฏิรูปและความเสมอภาค" ^{[ 3 ]}

ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2554 ระหว่างการประท้วงในซาอุดีอาระเบียปี พ.ศ. 2554-2555อัล-นิมร์กล่าวว่าเยาวชนที่ประท้วงตอบโต้การจับกุมผู้สูงอายุ สองคน จากอัล-อวามิยะฮ์ถูกยั่วยุโดยตำรวจที่ยิงกระสุนจริงใส่พวกเขา ในวันที่ 4 ตุลาคม^{[ 4 ]}เขาเรียกร้องให้ทุกคนสงบสติอารมณ์ โดยกล่าวว่า “ทางการ [ซาอุดีอาระเบีย] พึ่งพาแต่กระสุน...และการฆ่าและการจำคุก เราต้องพึ่งพาเสียงคำรามของคำพูด คำพูดแห่งความยุติธรรม” ^{[ 11 ]}เขาอธิบายเพิ่มเติมว่า “เราไม่ยอมรับ [การใช้อาวุธปืน] นี่ไม่ใช่แนวทางปฏิบัติของเรา เราจะพ่ายแพ้ มันไม่เป็นผลดีต่อเรา นี่คือแนวทางของเรา [การใช้คำพูด] เรายินดีต้อนรับผู้ที่ปฏิบัติตามทัศนคติเช่นนี้ อย่างไรก็ตาม เราไม่สามารถบังคับใช้วิธีการของเรากับผู้ที่ต้องการดำเนินแนวทางที่แตกต่างออกไป [และ] ไม่ยึดมั่นในแนวทางของเรา อาวุธแห่งคำพูดนั้นแข็งแกร่งกว่าพลังของกระสุน” ^{[ 4 ]}

ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2555 อัล-นิมร์วิจารณ์รายชื่อผู้ประท้วงที่ถูกกล่าวหาจำนวน 23 คนที่กระทรวงมหาดไทยเผยแพร่เดอะการ์เดียนบรรยายว่าเขา "เป็นผู้นำในการลุกฮือ" ^{[ 7 ]}

เมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2555 อัล-นิมร์ถูกตำรวจยิงที่ขาและถูกจับกุม ตามคำกล่าวของนาย มันซูร์ อัล-ตุรกี โฆษก กระทรวงมหาดไทยตำรวจพยายามจับกุมอัล-นิมร์และเพื่อนร่วมงานที่อยู่ในรถ ทางการซาอุดีอาระเบียอ้างว่าอัล-นิมร์และเพื่อนร่วมงานยิงกระสุนจริงใส่ตำรวจ ทำให้ตำรวจยิงตอบโต้ พวกเขาอ้างว่าอัล-นิมร์และเพื่อนร่วมงานพยายามหลบหนีและชนเข้ากับรถตำรวจ^{[ 12 ]}ตามคำกล่าวของโมฮัมเหม็ด อัล-นิมร์ น้องชายของอัล-นิมร์ อัล-นิมร์ถูกจับกุม "ขณะขับรถจากฟาร์มกลับบ้านที่อัล-กอติฟ" ^{[ 13 ]}

สำนักข่าวซาอุดีอาระเบียระบุว่า อัล-นิมร์ถูกตั้งข้อหา "ยุยงให้เกิดความไม่สงบ" ^{[ 15 ]}โมฮัมเหม็ด อัล-นิมร์กล่าวว่าพี่ชายของเขา "ถูกกระทรวงมหาดไทยต้องการตัวมาสองสามเดือนแล้วเนื่องจากความคิดเห็นทางการเมืองของเขา" ^{[ 13 ]}

ผู้คนหลายพันคนออกมาประท้วงตอบโต้^{[ 13 ]}ชายสองคนคือ อัคบาร์ อัล-ชาคูรี และโมฮาเหม็ด อัล-เฟลเฟล ถูกสังหารระหว่างการประท้วง^{[ 15 ]}ภาพของอัล-นิมร์ "ถูกคลุมด้วยผ้าห่มสีขาวที่ดูเหมือนเปื้อนเลือด" ถูกเผยแพร่ทางออนไลน์โดยนักเคลื่อนไหวจากจังหวัดตะวันออก^{[ 15 ]}เมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม นักเคลื่อนไหวฮัมซา อัล-ฮัสซัน กล่าวว่า อัล-นิมร์ได้รับการเยี่ยมเยียนสั้นๆ จากครอบครัวของเขา ซึ่งเจ้าหน้าที่อ้างว่าจุดประสงค์ของการเยี่ยมเยียนคือเพื่อขอให้ครอบครัวของอัล-นิมร์ "ช่วยระงับความโกรธของผู้ประท้วง" ตามคำกล่าวของอัล-ฮัสซัน^{[ 16 ]} "อัล-นิมร์ถูกทรมาน มีรอยฟกช้ำบนใบหน้า และฟันหัก"

เมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม ครอบครัวของอัล-นิมร์รายงานว่าเขาเริ่มอดอาหารประท้วงพวกเขาไปเยี่ยมเขาอีกครั้งในวันที่ 22 กรกฎาคม และระบุว่าเขาถูกทรมานอย่างรุนแรง โดยมีร่องรอยการทรมานปรากฏบนศีรษะ พวกเขายังกล่าวอีกว่าเขายังคงอดอาหารประท้วงและร่างกายอ่อนแอลง

มูนา จาบีร์ อัล-ชาริยาวี ภรรยาของอัล-นิมร์ เสียชีวิตในโรงพยาบาลในนครนิวยอร์ก ขณะที่เขาถูกคุมขัง มีผู้คน 2,000 คนเข้าร่วมงานศพของเธอใน ซาฟวาในเย็นวันที่ 30/31 สิงหาคม โดยเรียกร้องให้ปล่อยตัวอัล-นิมร์โดยไม่มีเงื่อนไข ปล่อยตัวผู้ต้องขังชาวชีอะห์และซุนนีทั้งหมด และตะโกนว่า "โค่นล้มฮาหมัด " และ "บาห์เรนเป็นอิสระ เป็นอิสระโล่คาบสมุทรออกไป" ^{[ 14 ]}

เมื่อวันที่ 21 สิงหาคมศูนย์สิทธิมนุษยชนอาชาร์กแสดงความกังวลว่าอัล-นิมร์อดอาหารประท้วงเป็นวันที่ 45 แล้วในขณะที่อยู่ในเรือนจำ และระบุว่าเขายังไม่ถูกตั้งข้อหา ศูนย์อาชาร์กเรียกร้องการสนับสนุนจากนานาชาติเพื่อให้ครอบครัว ทนายความ และนักเคลื่อนไหวด้านสิทธิมนุษยชนสามารถเข้าถึงอัล-นิมร์ได้^{[ 17 ]}

แอมเนสตี้ อินเตอร์เนชั่นแนลระบุว่า นอกเหนือจากข้อหาการยิงใส่เจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2555 แล้ว ข้อหาอื่นๆ เช่น "ไม่เชื่อฟังผู้ปกครอง" "ยุยงให้เกิดความขัดแย้งทางศาสนา" และ "สนับสนุน นำ และเข้าร่วมการชุมนุมประท้วง" นั้น อ้างอิงจากหลักฐานเอกสารจากคำเทศนาและการสัมภาษณ์ของอัล-นิมร์ แอมเนสตี้มองว่าสิ่งเหล่านี้แสดงถึงสิทธิในการแสดงความคิดเห็นอย่างเสรีและยืนยันว่าอัล-นิมร์ไม่ได้ยุยงให้เกิดความรุนแรงในคำเทศนาและการสัมภาษณ์เหล่านั้น นอกจากนี้ แอมเนสตี้ยังระบุว่าพยานที่คำให้การถูกนำมาใช้ในการพิจารณาคดีไม่ได้ให้การในศาล และทนายความของอัล-นิมร์ไม่ได้รับโอกาสที่ยุติธรรมในการปกป้องเขา^{[ 19 ]}

สมาคมสิทธิมนุษยชนซาอุดีอาระเบียแห่งยุโรป (ESSHR) รายงานรายละเอียดการขึ้นศาล 5 ครั้งของอัล-นิมร์หลังจากการจับกุมเขาเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2555 ตามรายงานของ ESSHR มีการตั้งข้อหา 33 ข้อหาในการขึ้นศาลครั้งแรกเมื่อวันที่ 25 มีนาคม 2556 ในการขึ้นศาลเมื่อวันที่ 28 เมษายน 2556 ฝ่ายจำเลยไม่สามารถตอบโต้ข้อกล่าวหาได้เนื่องจากไม่มีรายละเอียดของรายการข้อกล่าวหา เมื่อวันที่ 23 ธันวาคม 2556 ทนายความของอัล-นิมร์ระบุว่าอัล-นิมร์ไม่สามารถตอบโต้ข้อกล่าวหาได้เนื่องจากไม่มีปากกาและกระดาษ ทนายความของอัล-นิมร์ได้รับแจ้งเพียงหนึ่งวันก่อนการขึ้นศาลครั้งที่สี่ในวันที่ 15 เมษายน 2557 ESSHR รายงานว่าทั้งทนายความของอัล-นิมร์และครอบครัวของเขาไม่ได้รับแจ้งก่อนการพิจารณาคดีครั้งที่ห้าในวันที่ 22 เมษายน 2557 ^{[ 33 ]}

เมื่อวันที่ 15 ตุลาคม 2557 อัล-นิมร์ถูก ศาลอาญาพิเศษพิพากษาประหารชีวิตในข้อหา "พยายามแทรกแซงกิจการต่างประเทศใน [ซาอุดีอาระเบีย] ไม่เชื่อฟังผู้ปกครอง และใช้อาวุธต่อต้านกองกำลังรักษาความปลอดภัย" ^{[ 18 ]}ซาอิด บูเมดูฮา จากแอมเนสตี้ อินเตอร์เนชั่นแนลกล่าวว่าคำพิพากษาประหารชีวิตเป็น "ส่วนหนึ่งของการรณรงค์ของทางการในซาอุดีอาระเบียเพื่อปราบปรามผู้เห็นต่างทั้งหมด รวมถึงผู้ที่ปกป้องสิทธิของชุมชนมุสลิมชีอะห์ในราชอาณาจักร" ^{[ 19 ]}

โมฮัมหมัด อัล-นิมร์ น้องชายของนิมร์ อัล-นิมร์ได้ทวีตข้อมูลเกี่ยวกับโทษประหารชีวิต^{[ 18 ]}และถูกจับกุมในวันเดียวกัน^{[ 19 ]}

หัวหน้ากองทัพอิหร่านเตือนซาอุดีอาระเบียว่าจะต้อง "ชดใช้ราคาแพง" หากดำเนินการประหารชีวิต^{[ 34 ]}

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2558 ศาลอุทธรณ์ของซาอุดีอาระเบียยืนยันคำพิพากษาประหารชีวิตต่ออัล-นิมร์^{[ 35 ]}

เมื่อวันที่ 25 ตุลาคม 2558 ศาลศาสนาสูงสุดของซาอุดีอาระเบียปฏิเสธคำอุทธรณ์ของอัล-นิมร์ต่อโทษประหารชีวิตของเขา ระหว่างการให้สัมภาษณ์กับรอยเตอร์พี่ชายของอัล-นิมร์อ้างว่าการตัดสินใจดังกล่าวเป็นผลมาจากการพิจารณาคดีที่เกิดขึ้นโดยไม่มีทนายความและครอบครัวของอัล-นิมร์เข้าร่วมหรือได้รับแจ้ง เขาหวังว่ากษัตริย์ซัลมานจะพระราชทานอภัยโทษ^{[ 36 ] [ 37 ] [ 38 ]}

ในเดือนพฤศจิกายนปี 2015 อาสาสมัครสองคนและองค์กร 15 แห่งจากศาสนาและชุมชนต่างๆ ที่สนับสนุนมนุษยธรรมและความยุติธรรม ได้ร่วมกันเรียกร้องให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศสหรัฐฯยุติการประหารชีวิตโดยการติดต่อกับกษัตริย์แห่งซาอุดีอาระเบีย

ผู้ลงนามในคำร้องประกอบด้วย: ^{[ 44 ]}

• องค์กรชาวอเมริกันเพื่อประชาธิปไตยและสิทธิมนุษยชนในบาห์เรน (ADHRB)
• แอมเนสตี้ อินเตอร์เนชั่นแนล
• สถาบันสิทธิและประชาธิปไตยแห่งบาห์เรน
• ศูนย์วิจัยเพื่อการสอบถาม (CFI)
• ศูนย์ยุโรปเพื่อประชาธิปไตยและสิทธิมนุษยชน (ECDHR)
• องค์การสิทธิมนุษยชนแห่งยุโรป-ซาอุดีอาระเบีย (ESOHR)
• มูลนิธิสิทธิมนุษยชนฟรีดอมเฮาส์
• ฮิวแมนไรท์วอทช์
• มูลนิธิฮินดูอเมริกัน (HAF)
• สถาบันระหว่างประเทศเพื่อเสรีภาพทางศาสนา (IIRF)
• องค์กรตรวจสอบสิทธิมนุษยชนในซาอุดีอาระเบีย (MHRSA)
• สภาการกิจการสาธารณะมุสลิม
• ศูนย์อเมริกัน PEN
• โครงการเพื่อประชาธิปไตยในตะวันออกกลาง (POMED)
• Shia Rights Watch (SRW)
• ดร. โทบี แมทธีเซน นักวิจัยอาวุโสสาขาความสัมพันธ์ระหว่างประเทศของตะวันออกกลาง มหาวิทยาลัยออกซ์ฟอร์ด
• วิลเลียม ซี. วอลช์ ทนายความ