Siriusคือ ระบบ สร้างแบบจำลองและวิเคราะห์โมเลกุลที่พัฒนาขึ้นที่ศูนย์ซูเปอร์คอมพิวเตอร์ซานดิเอโก Sirius ได้รับการออกแบบมาเพื่อรองรับความต้องการขั้นสูงของผู้ใช้ที่เหนือกว่าการแสดงผลโมเลกุล ขนาดเล็ก และโปรตีน แบบธรรมดา Sirius รองรับ กราฟิก 3 มิติแบบโต้ตอบคุณภาพสูงการสร้างโครงสร้าง การแสดงลำดับเบื้องต้นของโปรตีนหรือดีเอ็นเอ การ เข้าถึงแหล่งข้อมูลระยะไกล และการแสดงภาพ วิถี การเคลื่อนที่ของโมเลกุลสามารถใช้สำหรับการแสดงภาพและการวิเคราะห์ทางวิทยาศาสตร์และการสอนวิชา เคมีและชีววิทยา ได้

ซอฟต์แวร์นี้ไม่ได้รับการสนับสนุนอีกต่อไปแล้วตั้งแต่ปี 2011

Sirius รองรับแอปพลิเคชันหลากหลายประเภทด้วยชุดคุณสมบัติต่างๆ ซึ่งรวมถึง:

• การสร้างและแก้ไขโครงสร้างทางเคมีโดยใช้คลังชิ้นส่วน
• โครงสร้างโปรตีนและการจัดเรียงลำดับ
• ตัวแปลคำสั่งบรรทัดและการสนับสนุนการเขียนสคริปต์เข้ากันได้อย่างสมบูรณ์กับสคริปต์RasMol ที่มีอยู่แล้ว
• รองรับการแสดงภาพวิถีการเคลื่อนที่ของโมเลกุล อย่างเต็มรูปแบบ
• ค้นหาโดยตรงด้วย BLAST ใน ฐานข้อมูลProtein Data BankและUniprot
• ความสามารถในการเคลื่อนย้ายส่วนต่างๆ ของข้อมูลที่โหลดไว้ ในขณะที่ตรึงส่วนที่เหลือไว้
• การคำนวณเชิงโต้ตอบของพันธะไฮโดรเจนการชนกันทางสเตอริก และแผนภาพรามาจันดราน
• รองรับรูปแบบโครงสร้างและลำดับหลักทั้งหมด
• ชุดโปรแกรมPOV-Rayสำหรับสร้างภาพเสมือนจริง
• การเลือกและการระบายสีแบบบูรณาการในส่วนประกอบการแสดงผลแต่ละส่วน

Sirius สร้างขึ้นจากรหัสกราฟิกโมเลกุลและโครงสร้างข้อมูลที่พัฒนาขึ้นเป็นส่วนหนึ่งของ Molecular Biology Toolkit ^{[ 1 ]}

Sirius มีตัวแปลคำสั่งแบบบรรทัดคำสั่งที่สามารถใช้เพื่อจัดการลักษณะและการวางแนวของโครงสร้างได้อย่างรวดเร็ว ชุดคำสั่งได้รับการออกแบบตามแบบRasMolดังนั้นจึงเข้ากันได้อย่างสมบูรณ์กับสคริปต์ที่มีอยู่แล้ว คำสั่งเพิ่มเติมที่เพิ่มเข้ามาใน Sirius ช่วยรองรับการจัดการโครงสร้างหลายๆ โครงสร้างที่โหลดพร้อมกัน และช่วยให้การเลือกมีความยืดหยุ่นมากขึ้น

สคริปต์ RasMol ที่มีอยู่สามารถนำเข้าและเรียกใช้ภายใน Sirius เพื่อสร้างภาพจำลองคุณภาพสูงของฉากโมเลกุลที่เข้ารหัส เนื่องจาก RasMol ใช้ระบบพิกัดที่แตกต่างจาก Sirius จึงมีการแปลงภายในเมื่อนำเข้าสคริปต์ RasMol เพื่อให้การเปลี่ยนแปลงการวางแนวใด ๆ แสดงผลได้อย่างถูกต้อง อย่างไรก็ตาม คำสั่งที่ป้อนด้วยตนเองจะถูกดำเนินการตามระบบพิกัดของ Sirius ^{[ 2 ]}

Sirius รองรับชุดอะตอม-สารตกค้างและรูปแบบสีที่กำหนดไว้ล่วงหน้าหลายแบบ อนุญาตให้แก้ไขสคริปต์โดยใช้ส่วนติดต่อแผงคำสั่ง และสามารถใช้ตัวดำเนินการตรรกะและวงเล็บเพื่อสร้างคำสั่งการเลือกที่ซับซ้อนได้

Sirius มีส่วนประกอบสำหรับการแสดงภาพพลศาสตร์โมเลกุลแบบครบวงจร สามารถอ่านไฟล์เอาต์พุตจากการจำลองAMBERและCHARMM ได้ รวมถึงไฟล์บีบอัดและไฟล์เอาต์พุต AMBER สามารถคำนวณการเปลี่ยนแปลง RMSDตามเส้นทางการเคลื่อนที่โดยใช้ชุดย่อยของอะตอมที่ผู้ใช้กำหนด และแสดงผลในกราฟที่อัปเดตแบบโต้ตอบได้ เพื่อลดความต้องการหน่วยความจำ สามารถโหลดการจำลองแบบหลายไฟล์ขนาดใหญ่ในโหมดบัฟเฟอร์ได้ หากการจำลองเกี่ยวข้องกับการเปลี่ยนแปลงการพับของโปรตีน Sirius สามารถตั้งค่าให้ติดตามและคำนวณ คุณลักษณะ โครงสร้างทุติยภูมิ ที่แสดง แบบเรียลไทม์ ซึ่งเป็นวิธีที่สะดวกในการสังเกตการเปลี่ยนแปลงของโครงสร้าง สามารถส่งออกเส้นทางการเคลื่อนที่ทั้งหมดหรือเฟรมที่เลือกเป็น วิดีโอ QuickTimeหรือชุดภาพสแนปช็อตของ ฉาก POV-Rayซึ่งสามารถแปลงเป็นภาพยนตร์คุณภาพสูงได้ในภายหลัง

Sirius แจกจ่ายฟรีจากเว็บไซต์โครงการให้กับบุคคลที่เกี่ยวข้องกับองค์กรทางวิชาการและองค์กรไม่แสวงหาผลกำไร^{[ 3 ]}มีตัวติดตั้งแอปพลิเคชันเดสก์ท็อปแบบเนทีฟสำหรับWindows , LinuxและmacOS

• การเปรียบเทียบซอฟต์แวร์สำหรับการสร้างแบบจำลองกลศาสตร์โมเลกุล
• รายชื่อระบบกราฟิกโมเลกุล
• โปรแกรมแก้ไขโมเลกุล
• การสร้างแบบจำลองโมเลกุล
• กราฟิกโมเลกุล
• พลศาสตร์โมเลกุล

• เว็บไซต์อย่างเป็นทางการของ Internet Archive
• ชุดเครื่องมือชีววิทยาโมเลกุล
• ศูนย์ซูเปอร์คอมพิวเตอร์ซานดิเอโก
• มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย ซานดิเอโก