ปัจจัยความจำเพาะคือลำดับกรดอะมิโนที่ทำหน้าที่ในการจดจำเป้าหมายในRNA polymerase [ ^{1 ] ตัวอย่าง}เช่นซับยูนิตซิกมาของRNA polymerase holoenzyme ของ Escherichia coliซึ่งควบคุมซับยูนิต σ ที่จับกับโมเลกุลที่มีน้ำหนัก 70 kDaภายใต้เงื่อนไขบางประการ ซับยูนิต 70 kDa บางส่วนจะถูกแทนที่ด้วยปัจจัยอื่นๆ ที่มีความจำเพาะมากกว่า ตัวอย่างเช่น เมื่อแบคทีเรียได้รับความเครียดจากความร้อน ซับยูนิต 70 kDa บางส่วนจะถูกแทนที่ด้วยซับยูนิต 32 kDa เมื่อจับกับ σ32 แล้ว RNA polymerase จะถูกนำไปยังชุดโปรโมเตอร์เฉพาะที่มีลำดับคอนเซนซัสที่แตกต่างกัน