สโมสรแห่งนี้ก่อตั้งขึ้นในปี 1989 โดย Cesar Morales ในฐานะสโมสรฟุตบอลเยาวชนชื่อSporting '89ในปี 1997 ได้เลื่อนชั้นสู่ANAPROFโดยเอาชนะChorrillo FCในการแข่งขันเพลย์ออฟเพื่อเลื่อนชั้น และได้ลงเล่นในลีกสูงสุดเป็นครั้งแรกเมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม 1997 โดยพบกับChiriquí FC (ชนะ 2-1) ^{[ 1 ]}

ในช่วงฤดูร้อนปี 2002 สโมสรได้ย้ายไปที่เมืองอันตอน จังหวัดโคเคล และเปลี่ยนชื่อเป็นสปอร์ติ้ง โคเคลภายใต้การบริหารของรูเบน นาวาร์โร โดยอ้างถึงการขาดการพัฒนาเยาวชนในเขตซานมิเกลลิโต^{[ 2 ]}

ห้าปีต่อมา (ปี 2007) พวกเขาย้ายกลับไปที่ซานมิเกลลิโตและเปลี่ยนชื่ออีกครั้ง โดยใช้ชื่อซานมิเกลลิโต ซึ่งยังคงเป็นชื่อสโมสรจนถึงปัจจุบัน ตั้งแต่ฤดูกาล 2011–2012 ซานมิเกลลิโตกลายเป็นทีมที่ลุ้นแชมป์ พวกเขาครองแชมป์ในฤดูกาลปกติของทั้ง Apertura 2011 และ Clausura 2012 (แม้ว่าจะตกรอบรองชนะเลิศทั้งสองครั้งก็ตาม) จากนั้นใน Clausura 2013 พวกเขาคว้าแชมป์แรกได้สำเร็จโดยเอาชนะซานฟรานซิสโก 4-1 ในรอบชิงชนะเลิศ พวกเขายังเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศของ Apertura 2015 อีกด้วย นับตั้งแต่นั้นมา ผลงานก็เริ่มตกต่ำลง แต่สโมสรก็ยังรอดพ้นจากการตกชั้น

• Liga Panameña de Fútbolและรุ่นก่อนๆ
  • แชมป์ (1):คลอซูรา 2013

• พรีเมร่า เอและรุ่นก่อนหน้า
  • แชมเปี้ยนส์ (1)  : 1996–97