เซลล์ของสิ่งมีชีวิตยูคาริโอตถูกแบ่งย่อยอย่างละเอียดออกเป็นช่องต่างๆ ที่มีเยื่อหุ้มและมีหน้าที่แตกต่างกัน ส่วนประกอบหลักๆ ของเซลล์ยูคาริโอต ได้แก่ช่องว่างนอกเซลล์ เยื่อ หุ้มเซลล์ไซโตพลาซึมนิวเคลียส ไม โต คอนเดรีย กอลจิ แอ พพาราตัส เอนโดพลาสมิกเรติคูลัม ( ER) เพอร์ออก ซิโซม แวคิวโอล โครงสร้างโครง ร่างเซลล์ นิ วคลี โอพลาซึม นิวคลีโอลัสเมทริกซ์นิวเคลียร์และไรโบโซม

แบคทีเรียยังมีตำแหน่งย่อยภายในเซลล์ที่สามารถแยกออกจากกันได้เมื่อเซลล์ถูกแยกส่วน ตำแหน่งที่พบได้บ่อยที่สุด ได้แก่ไซโตพ ลา ซึมเยื่อหุ้มไซโตพลาซึม (เรียกอีกอย่างว่าเยื่อหุ้มชั้นในใน แบคทีเรีย แกรมลบ ) ผนังเซลล์ (ซึ่งมักจะหนากว่าใน แบคทีเรีย แกรมบวก ) และ สภาพแวดล้อม ภายนอกเซลล์ ไซโตพลาซึม เยื่อหุ้มไซโตพลาซึม และผนังเซลล์เป็นตำแหน่งย่อยภายในเซลล์ ในขณะที่สภาพแวดล้อมภายนอกเซลล์ไม่ใช่ตำแหน่งย่อยภายในเซลล์อย่างชัดเจน แบคทีเรียแกรมลบส่วนใหญ่ยังมีเยื่อหุ้มชั้นนอกและช่องว่างเพริพลาส มิก ต่างจากยูคาริโอต แบคทีเรียส่วนใหญ่ไม่มีออร์แกเนลล์ที่มีเยื่อหุ้ม อย่างไรก็ตามมีข้อยกเว้นบางประการ (เช่นแมกเนโตโซม ) ^{[ 1 ]}

ตำแหน่งของโปรตีนภายในเซลล์ที่กำหนดโดยการทดลอง สามารถพบได้ในUniProtKB , Compartmentsและในแหล่งข้อมูลเฉพาะทางอื่นๆ เช่น ฐานข้อมูล secretome ของแบคทีเรียกรดแลคติก

นอกจากนี้ยังมีฐานข้อมูลตำแหน่งภายในเซลล์หลายแห่งที่มีการทำนายด้วยคอมพิวเตอร์เช่นฐานข้อมูลความรู้เกี่ยวกับสารคัดหลั่งและโปรตีนภายในเซลล์ของเชื้อรา - เวอร์ชัน 2 ที่เก็บถาวรเมื่อวันที่ 10 เมษายน 2016 ที่Wayback Machine (FunSecKB2), ฐานข้อมูลความรู้เกี่ยวกับสารคัดหลั่งและโปรตีนภายในเซลล์ของพืช ที่ เก็บถาวร เมื่อวันที่ 6 เมษายน 2016 ที่Wayback Machine (PlantSecKB), MetazSecKB ที่เก็บถาวรเมื่อวันที่ 6 เมษายน 2016 ที่Wayback Machineสำหรับตำแหน่งโปรตีนภายในเซลล์ของมนุษย์และสัตว์ และProtSecKBสำหรับตำแหน่งโปรตีนภายในเซลล์ของโปรติสต์ทั้งหมด

Proteome Analystเป็นเว็บเซิร์ฟเวอร์และชุดเครื่องมือออนไลน์ที่ใช้งานได้ฟรีสำหรับการทำนายตำแหน่งของโปรตีนในระดับเซลล์^{[ 2 ]}

• การกำหนดเป้าหมายโปรตีน
• การทำนายตำแหน่งของโปรตีนภายในเซลล์