การสูญเสียทางกายภาพเกิดขึ้นเมื่อมันเทศได้รับความเสียหายจากแรงทางกลระหว่างการเก็บเกี่ยว การจัดการ และการขนส่งหัวมัน^{[ 3 ] [ 8 ]}รวมถึงการบาดเจ็บจากการตัด การฟกช้ำ และการลอกเปลือก ผิวที่บอบบางและเทคนิคการเก็บเกี่ยวและการจัดการที่ไม่ดีเป็นสาเหตุหลักของปัญหาเหล่านี้^{[ 3 ]}ความเสียหายต่อหัวมันเทศจากวิธีการทางกายภาพสามารถลดลงได้โดยการจัดการหัวมันเทศอย่างระมัดระวังและเก็บไว้ในกล่องหรือลังที่แข็งแรงแทนที่จะใช้ถุงผ้า^{[ 3 ]}

กระบวนการทางสรีรวิทยาภายในพืชสามารถมีส่วนทำให้เกิดการเน่าเสียได้มากการคายน้ำ ตามธรรมชาติ ทำให้สูญเสียน้ำและส่งผลให้เนื้อสัมผัส ไม่น่ารับประทาน ^{[ 3 ]}การหายใจยังคงดำเนินต่อไปหลังการเก็บเกี่ยว และการสะสมของCO รอบๆ พืชผลอาจทำให้เกิดการเน่าเสียก่อนกำหนด ในระหว่างการเก็บรักษาระยะยาว หัวจะงอก ซึ่งมีประโยชน์หากจะนำไปปลูก แต่ไม่มีประโยชน์หากจะรับประทาน เพราะการงอกจะใช้สารอาหารในหัว การงอกสามารถยับยั้งได้โดยการฉีดพ่นมาเลอิกไฮดราไซด์ ก่อนการเก็บเกี่ยว การบำบัดหัวด้วยเมทิลเอสเทอร์ของแนฟทาลีนอะซิติกแอซิด (MENA) ในอะซิโตนบนกระดาษที่กระจายอยู่ระหว่างหัว และสารละลายไทโอยูเรีย 0.5–4.0% ^{[ 3 ]}

มันเทศมีความอ่อนไหวต่อ เชื้อราแบคทีเรียและไวรัสหลายชนิด^{[ 3} ]การติดเชื้ออาจส่งผลให้เกิดสารพิษ เชื้อโรค รสขม รอยด่างบนผิว และเนื้อเยื่อเน่าเปื่อย^{[ 3 ] แหล่งที่มา} ของการติดเชื้อที่พบ บ่อย สองแหล่งคือเชื้อราRhizopus oryzae (โรคเน่าอ่อน) และBotryodiplodia (โรคเน่าดำชวา) ซึ่งเป็นสาเหตุของการติดเชื้อในมันเทศถึง 78% ในบังกลาเทศศัตรูพืชที่น่าเป็นห่วงที่สุดสำหรับเกษตรกรคือด้วงมันเทศ ( Cylas spp.) ซึ่งสามารถเข้าไปในหัวมันเทศก่อนการเก็บเกี่ยว แพร่พันธุ์ในระหว่างการเก็บรักษา และทำให้ผลผลิตลดลงได้ถึง 50% ^{[ 3 ] [ 9 ]}สามารถใช้เทคนิคอย่างง่ายเพื่อลดภัยคุกคามจากด้วงมันเทศได้ การเก็บรักษามันเทศไว้ที่อุณหภูมิต่ำกว่า20 °C (68 °F)สามารถฆ่าด้วงได้ถึง 89.5% ในพืชที่ติดเชื้อ^{[ 3 ]}การแช่หัวมันฝรั่งในน้ำร้อนยังแสดงให้เห็นว่าเป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพในการควบคุมการระบาด^{[ 3 ]}ความเสียหายต่อหัวมันฝรั่งด้วยวิธีการทางกายภาพและทางสรีรวิทยาอาจเพิ่มโอกาสในการติดเชื้อโรคและการระบาดของศัตรูพืช^{[ 3 ]}  

ระยะเวลาที่สามารถเก็บรักษามันเทศได้นั้นขึ้นอยู่กับอุณหภูมิและความชื้นสัมพัทธ์เป็นอย่างมาก การเก็บรักษาที่อุณหภูมิต่ำกว่า10 °C (50 °F)จะทำให้เกิดความเสียหายจากความเย็นในมันเทศ^{[ 3 ]}ซึ่งมีลักษณะเฉพาะคือการเปลี่ยนสีของภายในหัวมันเทศ ซึ่งอาจมีตั้งแต่สีน้ำตาลไปจนถึงสีดำแทนที่จะเป็นสีส้มตามปกติ^{[ 3 ]}นอกจากนี้ยังเกิดการก่อตัวของบริเวณแข็งที่ยังคงอยู่แม้หลังจากปรุงสุกแล้ว^{[ 3 ]}สัญญาณอื่นๆ ของความเสียหายจากความเย็น ได้แก่ การเกิดรสชาติที่ไม่พึงประสงค์ การแตกตัวของโครงสร้างเซลล์ภายใน และการเน่าเสียที่เพิ่มขึ้นเนื่องจากการสร้างเปลือกที่ลดลง ซึ่งเอื้อต่อการติดเชื้อรา^{[ 3 ]}ในทางกลับกัน อุณหภูมิที่สูงกว่า16 °C (61 °F)จะเพิ่มอัตราการหายใจและการงอกในหัวมันเทศ และเพิ่มกิจกรรมของจุลินทรีย์^{[ 3 ]}ความชื้นสัมพัทธ์ต่ำกว่า 80% จะทำให้สูญเสียน้ำมากเกินไป ในขณะที่ความชื้นสัมพัทธ์สูงกว่า 90% จะทำให้เกิดการควบแน่นและเร่งการเน่าเสีย^{[ 3 ]}    

ในการทำเกษตรแบบยังชีพ มันเทศมักจะถูกทิ้งไว้ในดินและรับประทานหรือขายทันทีหลังการเก็บเกี่ยว ซึ่งเรียกว่าการเก็บเกี่ยวแบบเป็นช่วงๆ หรือแบบต่อเนื่อง^{[ 11 ]}มันเทศบอบบางและเสียหายได้ง่าย^{[ 3 ] [ 4 ] [ 8 ]}การเก็บรักษาในดินใช้เพื่อปกป้องหัวมันเทศและลดงานที่จำเป็นในการจัดตั้งสถานที่เก็บรักษา ในพื้นที่ที่มีปริมาณน้ำฝนที่สม่ำเสมอ เกษตรกรสามารถรักษาระดับการผลิตมันเทศสดได้เกือบตลอดทั้งปีโดยการเพาะปลูกและเก็บเกี่ยวอย่างต่อเนื่อง^{[ 3 ]}อย่างไรก็ตาม ในพื้นที่แห้งแล้ง เช่น ทางตอนเหนือของยูกันดาวิธีนี้ทำได้ยาก^{[ 8 ]}นี่ไม่ใช่ทางเลือกในระยะยาว และพืชจะเสื่อมสภาพหลังจากช่วงเวลาสั้นๆ^{[ 3 ]}วิธีนี้มีข้อเสียมากมาย เนื่องจากใช้พื้นที่เพาะปลูกซึ่งอาจใช้ปลูกพืชชนิดอื่นได้^{[ 3 ] [ 8 ]}

การเก็บมันฝรั่งไว้ในหลุมใต้ดินเป็นวิธีที่ง่ายและประหยัด การเก็บในหลุมแตกต่างจากการเก็บในดินตรงที่หัวมันฝรั่งจะถูกรวบรวมและเก็บไว้ด้วยกัน และมีการพิจารณาถึงการควบคุมสภาพแวดล้อมในการเก็บรักษา

การก่อสร้างหลุมอาจแตกต่างกันไปตามวัสดุที่มีอยู่ แต่โดยทั่วไปแล้วจะใช้วัสดุต่างๆ เช่น หญ้า ดิน ไม้ ปูนขาว ขี้เลื่อย และเถ้า^{[ 3 ] [ 4 ] [ 12 ]}โดยทั่วไปจะใช้หญ้าปูพื้นและด้านข้างของหลุมเพื่อป้องกันหัวมันจากการเปลี่ยนแปลงอุณหภูมิและดูดซับความชื้น^{[ 12 ]}ก่อนนำหญ้าไปใส่ในหลุม ควรเผาหญ้าเพื่อทำลายศัตรูพืชที่อาจซ่อนอยู่ภายใน^{[ 3 ]}ดินใช้สำหรับปิดหลังคาหลุมและเป็นวัสดุอุด^{[ 3 ]}ไม้และวัสดุจากพืชสามารถใช้เสริมความแข็งแรงของผนังและสร้างหลังคาคลุมหลุมได้^{[ 3 ]}ซึ่งเป็นประโยชน์เพราะหลังคาสามารถช่วยปกป้องหัวมันจากฝนและให้ร่มเงาเพื่อระบายความร้อน^{[ 3 ]}ปูนขาวอาจมีประสิทธิภาพในการดูดซับและกำจัดออกจากสภาพแวดล้อมการจัดเก็บ^{[ 3 ]}ขี้เลื่อยใช้สำหรับรองหัวมันและช่วยควบคุมการควบแน่นบนหัวมัน^{[ 12 ]}ขี้เถ้าไม้สามารถใช้กับมันฝรั่งก่อนการเก็บรักษาและแสดงให้เห็นถึงประสิทธิภาพในการป้องกันการโจมตีจากแมลงและเชื้อราได้บ้าง^{[ 3 ] [ 12 ]}

เพื่อป้องกันการเน่าเปื่อย ควรขุดหลุมให้ลาดเอียงเพื่อช่วยในการระบายน้ำ หลุมควรอยู่ลึกประมาณ0.5 เมตร (1.6 ฟุต)ใต้ผิวดิน^{[ 3 ]}นอกจากนี้ ควรตั้งอยู่สูงกว่าระดับน้ำใต้ดินอย่างน้อย0.35 เมตร (1.1 ฟุต)ในช่วงฤดูแล้ง และต้องอยู่เหนือระดับน้ำใต้ดินตลอดช่วงฤดูฝน  

อาจมีปัญหาเรื่องการระบายอากาศในการจัดเก็บด้วยวิธีนี้^{[ 3 ]}โดยทั่วไปหลุมจะถูกปิดผนึกเพื่อรักษาระดับความชื้นสัมพัทธ์ที่ดี ซึ่งมีข้อเสียคือCO จะสะสมและทำให้เกิดการเน่าเสีย^{[ 3 ]}เพื่อลดปัญหานี้ควรเว้นพื้นที่ว่างด้านบน ไว้ในหลุมพอสมควรเพื่อส่งเสริมการไหลเวียนของอากาศ ^{[ 3 ]}

หลุมสามารถนำกลับมาใช้ใหม่ได้ แต่ควรทำความสะอาดก่อน และพลิกดินและฆ่าเชื้อด้วยไฟหรือกำมะถันเพื่อกำจัดจุลินทรีย์ออกจากบริเวณนั้น^{[ 3 ]}

ถึงแม้ว่าเทคนิคนี้จะยังคงทำให้สูญเสียค่อนข้างมาก แต่ก็แสดงให้เห็นในบางกรณีว่าสามารถเก็บหัวไว้ได้นาน 2–4 เดือน^{[ 3 ] [ 12 ]}

ในการเก็บรักษาแบบกอง ซึ่งเป็นอีกวิธีที่เรียบง่ายและต้นทุนต่ำ หัวมันเทศจะถูกเก็บไว้ในกองที่มีหลังคาคลุม^{[ 3 ]}หัวมันเทศที่อยู่ในสภาพดีที่สุดจะถูกคัดเลือก นำมาวางซ้อนกันเป็นกองบนชั้นหญ้า และคลุมด้วยชั้นหญ้าและดิน^{[ 3 ]}เช่นเดียวกับการเก็บรักษาแบบหลุม สามารถใช้ขี้เถ้า ปูนขาว และขี้เลื่อยเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพได้ กองอาจทำที่ระดับพื้นดินหรือในร่องตื้นหรือลึก^{[ 3 ]}ควรพิจารณาการระบายน้ำ และอาจทำร่องในพื้นดินเพื่อระบายน้ำออก^{[ 3 ]}กองอาจมีหลังคาคลุมหรือเก็บไว้ในอาคารเพื่อเพิ่มการป้องกัน^{[ 3 ]}เพื่อลดการสูญเสียเนื่องจากการหายใจ สามารถเพิ่มช่องระบายอากาศได้^{[ 3 ]}เทคนิคนี้ให้ผลลัพธ์ค่อนข้างแย่และระยะเวลาการเก็บรักษาโดยประมาณ 2-3 เดือน^{[ 3 ]}

มันเทศสามารถเก็บเกี่ยวและเก็บไว้ในอาคารได้ สามารถเก็บไว้ในบริเวณที่อยู่อาศัยของบ้านหรือในยุ้งฉางที่สร้างขึ้นเพื่อเก็บผลผลิตโดยเฉพาะ^{[ 3 ]}ในบ้านเรือน โดยทั่วไปจะเก็บหัวมันเทศไว้ในตะกร้าสานจากฟาง ถุงผ้า หรือกล่องไม้^{[ 3 ]}ตะกร้าและกล่องจะช่วยปกป้องหัวมันเทศจากความเสียหายทางกลได้ดีกว่า^{[ 3 ]}ถ้าเป็นไปได้ ควรเก็บหัวมันเทศไว้เหนือพื้นดินเพื่อป้องกันหนูและศัตรูพืชอื่นๆ^{[ 3 ]}นี่เป็นเทคนิคที่มีประสิทธิภาพในการรักษาการระบายอากาศที่เหมาะสม แต่ทั้งนี้ขึ้นอยู่กับประเภทของอาคาร การรักษาอุณหภูมิและความชื้นสัมพัทธ์ในการจัดเก็บที่เหมาะสมอาจทำได้ยาก

โรงเก็บมันเทศและอาคารอื่นๆ ที่ใช้เก็บมันเทศมักจะเป็นกระท่อมทรงกลมที่มีผนังทำจากฟาง โคลน ดินเหนียว และไม้ และมีหลังคาฟางทรงกรวย^{[ 3 ] [ 7 ]}โดยทั่วไปจะยกสูงขึ้นจากพื้นดินด้วยระบบขาตั้งเพื่อรักษาพืชผลให้แห้งและป้องกันหนูและศัตรูพืชอื่นๆ^{[ 3 ] [ 7 ]}