อ่าน 3 นาที
ทาร์เก็ตสแกน
ใน ชีวสารสนเทศศาสตร์ TargetScan เป็น เว็บเซิร์ฟเวอร์ที่ทำนายเป้าหมายทางชีวภาพของ ไมโครอาร์เอ็นเอ (miRNA) โดยการค้นหาตำแหน่งที่ตรงกับบริเวณซีดของ miRNA แต่ละตัว [ 1 ]...
ทาร์เก็ตสแกน
| เนื้อหา | |
|---|---|
| คำอธิบาย | |
| ติดต่อ | |
| ห้องปฏิบัติการ | ห้องปฏิบัติการ เดวิด บาร์เทล |
| เข้าถึง | |
| เว็บไซต์ | http://www.targetscan.org |
ในชีวสารสนเทศศาสตร์ TargetScan เป็นเว็บเซิร์ฟเวอร์ที่ทำนายเป้าหมายทางชีวภาพของไมโครอาร์เอ็นเอ (miRNA) โดยการค้นหาตำแหน่งที่ตรงกับบริเวณซีดของ miRNA แต่ละตัว[ 1 ]สำหรับหลายสปีชีส์ ยังมีการระบุตำแหน่งประเภทอื่น ๆ ที่เรียกว่าตำแหน่งชดเชย 3' [ 1 ]การทำนายเป้าหมาย miRNA เหล่านี้ได้รับการอัปเดตและปรับปรุงอย่างสม่ำเสมอโดยห้องปฏิบัติการของDavid Bartelร่วมกับกลุ่มชีวสารสนเทศศาสตร์และการคำนวณวิจัย ของสถาบัน Whitehead
TargetScan ประกอบด้วย TargetScanHuman [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] TargetScanMouse [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] TargetScanFish [ 6 ] [ 7 ] TargetScanFly [ 8 ] [ 9 ]และ TargetScanWorm [ 10 ]ซึ่งให้การทำนายสำหรับสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนม ปลาซีบรา แมลง และหนอนตัวกลม โดยเน้นที่ยีนของมนุษย์ หนูปลาซีบราแมลงหวี่และ หนอน Caenorhabditis elegansตามลำดับ
เมื่อเปรียบเทียบกับเครื่องมือทำนายเป้าหมายอื่นๆ TargetScan ให้การจัดอันดับเป้าหมายที่คาดการณ์ไว้ที่แม่นยำสำหรับ miRNA แต่ละตัว[ 6 ] การจัดอันดับเหล่านี้ขึ้นอยู่กับความน่าจะเป็นของการกำหนดเป้าหมายที่ได้รับการอนุรักษ์ทางวิวัฒนาการ ( คะแนน P CT [ 4 ] ) หรือประสิทธิภาพการยับยั้งที่คาดการณ์ไว้ (คะแนน context++) [ 6 ]
คุณลักษณะเด่นอีกประการหนึ่งของ TargetScan คือการใช้คำอธิบายประกอบ mRNA เพิ่มเติม โดยเฉพาะอย่างยิ่ง TargetScanWorm และ TargetScanFish อิงตาม แบบจำลอง mRNA ของ C. elegansและปลาซีบราฟิชซึ่งบริเวณที่ไม่ได้รับการแปล 3' (3' UTRs) ถูกกำหนดโดยใช้ ไซต์ โพลีอะดีนิเลชันที่กำหนดขึ้นจากการทดลองโดยใช้วิธีการที่มีความแม่นยำสูง[ 7 ] [ 10 ]
ลิงก์ภายนอก
- ทาร์เก็ตสแกน
- ฐานข้อมูล miR
- บาร์เทล แล็บ
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ทาร์เก็ตสแกน
ใน ชีวสารสนเทศศาสตร์ TargetScan เป็น เว็บเซิร์ฟเวอร์ที่ทำนายเป้าหมายทางชีวภาพของ ไมโครอาร์เอ็นเอ (miRNA) โดยการค้นหาตำแหน่งที่ตรงกับบริเวณซีดของ miRNA แต่ละตัว [ 1 ]...
ลิงก์ภายนอก
ทาร์เก็ตสแกน ฐานข้อมูล miR บาร์เทล แล็บ ดึงข้อมูลมาจาก " https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=TargetScan&oldid=1314970153 "