ในขณะที่ดำรงตำแหน่งผู้ช่วยศาสตราจารย์ด้านชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุลที่มหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ดและเป็นสมาชิกของ คณะทำงาน ห้องปฏิบัติการโคลด์สปริงฮาร์เบอร์ (CSHL) มาเนียติสได้ร่วมมือกับ ดร. โฟติส คาฟาโตสและ ดร.อาร์กิริส เอฟสตราติอาดิส เพื่อพัฒนากระบวนการสังเคราะห์และโคลนสำเนา DNA สองสายแบบเต็มความยาวของอาร์เอ็นเอส่งสาร (เรียกว่า “สำเนา” หรือcDNA ) ^{[ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ]}วิธีนี้เป็นขั้นตอนสำคัญในการแยกยีนของมนุษย์ และในการผลิตโปรตีน “รีคอมบิแนนท์” ในเซลล์สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมในวัฒนธรรม ซึ่งเป็นกระบวนการหลักในอุตสาหกรรมเทคโนโลยีชีวภาพ^{[ 11 ] [ 12 ]}

มาเนียติสเข้าร่วมภาควิชาชีววิทยาที่สถาบันเทคโนโลยีแคลิฟอร์เนียในเมืองพาซาดีนา รัฐแคลิฟอร์เนียซึ่งห้องปฏิบัติการของเขาได้พัฒนาวิธีการแยกและศึกษาแต่ละยีนของมนุษย์^{[ 13 ]}ห้องปฏิบัติการนี้ได้สร้างคลังดีเอ็นเอจีโนมมนุษย์ชุดแรกที่มียีนทั้งหมดในจีโนมมนุษย์^{[ 14 ]}

โดยใช้ไลบรารีดีเอ็นเอจีโนมห้องปฏิบัติการของ Maniatis ได้แยกและระบุลักษณะของ “คลัสเตอร์” ยีนบี-โกลบินของมนุษย์ทั้งหมด ซึ่งเป็นยีนของมนุษย์กลุ่มแรกที่ถูกโคลนและกำหนดลำดับดีเอ็นเอ^{[ 15 ]}ห้องปฏิบัติการของเขามีส่วนช่วยให้เกิดความเข้าใจพื้นฐานเกี่ยวกับกลไกการถอดรหัสอาร์เอ็นเอ การตัดต่ออาร์เอ็นเอ และการควบคุมการแสดงออกของยีน^{[ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]}

มาเนียติสกลับมาที่ฮาร์วาร์ดในปี 1980 ซึ่งเขาสอนและทำการวิจัยต่อไป ในปี 2010 เขาย้ายไปที่มหาวิทยาลัยโคลัมเบีย [ ^{14 ] [ 19 ] ขณะ}อยู่ที่นั่น เขาได้ร่วมก่อตั้งศูนย์จีโนมแห่งนิวยอร์กในปี 2010 เขากลายเป็นผู้อำนวยการด้านวิทยาศาสตร์และซีอีโอของศูนย์ในปี 2016 ^{[ 1 ]}

Maniatis มีบทบาทสำคัญในการเขียน “คู่มือการโคลนนิ่งโมเลกุล” ^{[ 20 ]}ในปี พ.ศ. 2522 ห้องปฏิบัติการของ Maniatis ได้พัฒนาและใช้งานวิธีการโคลนนิ่งยีน Maniatis และ Ed Fritsch ได้สอนหลักสูตรภาคฤดูร้อนเกี่ยวกับการโคลนนิ่งยีนที่ ห้อง ปฏิบัติการCold Spring Harbor ^{[ 18 ]}โดยอิงจากวิธีการวิจัยที่พัฒนาขึ้นในห้องปฏิบัติการของ Maniatis และเนื้อหาที่นำเสนอในหลักสูตร พวกเขาได้ร่วมมือกับ Joseph Sambrook ซึ่งในขณะนั้นดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการด้านวิทยาศาสตร์ของ CSHL เพื่อเขียนตำราเรียน

Maniatis และMark Ptashneก่อตั้งGenetics Institute , Inc. ในปี 1980 ^{[ 21 ]}บริษัทผลิตยา “โปรตีนชีวภาพ” ที่ได้รับการอนุมัติจาก FDA หลายรายการ รวมถึง ปัจจัยการแข็งตัวของเลือด สำหรับการรักษาโรค ฮีโมฟีเลียและอิริโทรโปเอตินสำหรับการรักษาโรคโลหิตจาง [ ^{22 ] [ 23 ] [ 24 ] บริษัท} ถูกซื้อกิจการโดยWyeth Pharmaceuticals

ในปี พ.ศ. 2537 Maniatis, Alfred Goldbergและคนอื่นๆ จากHarvard Medical Schoolได้ก่อตั้ง ProScript ขึ้น^{[ 25 ]}บริษัทได้คิดค้นยาVelcade (Bortezomid) ซึ่งเป็นสารยับยั้งโปรตีเอโซม ^{[ 26 ]}ที่ได้รับการอนุมัติจาก FDA สำหรับการรักษาโรคMultiple Myeloma ProScript ถูกซื้อกิจการโดย Millennium/Takeda Pharma

ในปี พ.ศ. 2547 Maniatis ร่วมก่อตั้งAcceleron Pharmaซึ่งเป็นบริษัท TGF-b ที่ผลิตยา "ligand trap" รวมถึงREBLOZYL ^®สำหรับการรักษาโรค Myodysplastic Syndrome (MDS) และโรคธาลัสซีเมียบี^{[ 27 ] [ 25 ]}

Kallyope ก่อตั้งโดย Maniatis, Charles Zuker และ Richard Axel ในปี 2549 โดยมุ่งเน้นการพัฒนายาเพื่อรักษาความผิดปกติทางเมตาบอลิซึมและการอักเสบของลำไส้^{[ 28 ]}

Maniatis, David GoeddelและWilliam J. Rutterได้รับรางวัล Jacob and Louise Gabbay Award in Biotechnology and Medicine ของ มหาวิทยาลัย Brandeis ในปี 1999 ^{[ 29 ]}