Born in Copenhagen, Rytter started his career at Lyngby Boldklub. He made his senior debut for the club in 1992, 18 years old, and immediately secured himself a place in the Lyngby first team squad. Rytter was one of several promising young Lyngby players, including later Danish internationals Dennis Rommedahl and Niclas Jensen, and he was called up for the Danish under-19 national team in October 1992. He went on to play 22 matches for the Danish under-21 national team from 1993 to 1996, and won the 1994 Danish under-21 Talent of the Year award.

ไรเทอร์ถูกเรียกตัวติดทีมชาติเดนมาร์กใน เกมประเดิมสนามของ โบ โยฮันส์สัน โค้ชทีมชาติ และได้ลงเล่นในระดับนานาชาติครั้งแรกในเกมที่ชนะสวีเดน 1-0 เมื่อวันที่ 14 สิงหาคม 1996 หลังจากเล่นให้กับลิงบีเป็นเวลาห้าฤดูกาล ไรเทอร์ก็ออกจากสโมสรในช่วงฤดูหนาวปี 1996 โดยเฟลมมิง ออสเตอร์การ์ด ซี อีโอของลิงบี ขายเขา ให้กับสโมสรเซบียาในลาลีกาสเปน ไรเทอร์ลงเล่นให้กับเซบียาครั้งแรกในเดือนธันวาคม 1996 ในปีแรกที่เขาอยู่กับสโมสร เซบียาตกชั้นไป เล่น ในเซกุนดา ดิวิซิออน ไรเทอร์เล่นให้กับเซบียาในช่วงครึ่งแรกของฤดูกาลถัดไป ก่อนจะย้ายกลับไปเดนมาร์กในเดือนมกราคม 1998

ไรเทอร์ ถูกซื้อตัวโดย เฟลมมิง ออสเตอร์การ์ด ซีอีโอของ เอฟซี โคเปนเฮเกน (FCK) และได้ลงเล่นให้ FCK ครั้งแรกในเดือนมีนาคม ปี 1998 ที่ FCK เขาได้กลับมาร่วมทีมกับนิคลัส เยนเซ่น อดีตเพื่อนร่วมทีมจากลิงบี และทั้งคู่ได้สร้างคู่หูวิงแบ็กที่ได้รับการยกย่องว่าเป็นคู่ที่ดีที่สุดในซูเปอร์ลีกา ไรเทอร์เป็นส่วนหนึ่งของทีม FCK ที่คว้าแชมป์ซูเปอร์ลีกาในปี 2001 และได้รับการเรียกตัวติดทีมชาติเดนมาร์กอีกครั้งโดยมอร์เทน โอลเซ่น โค้ชคนใหม่ของทีมชาติ เขาลงเล่นเกมทีมชาตินัดที่สองในเดือนพฤศจิกายน ปี 2001

สัญญาของเขากับเอฟซี มิวนิคจะหมดลงในฤดูร้อนปี 2002 และในฤดูหนาวปี 2001 ไรเทอร์และเอฟซี มิวนิคไม่สามารถตกลงกันเรื่องการต่อสัญญาได้ ในช่วงแรกเขาถูกดรอปเป็นตัวสำรอง แต่ในที่สุดก็ถูกขายให้กับสโมสรโวล์ฟสบวร์กในบุนเดสลีกาในเดือนธันวาคมปี 2001

เขาเล่นให้กับโวล์ฟสบวร์กเป็นเวลาสามฤดูกาลครึ่ง และถูกเรียกตัวติดทีมชาติเดนมาร์กสองครั้งโดยมอร์เทน โอลเซ่น ในเดือนกรกฎาคม 2005 เขาได้ย้ายกลับไปเดนมาร์กเพื่อร่วมทีมบรอนด์บี้ ไอเอฟคู่ปรับสำคัญของเอฟซีเค สโมสรเก่าของเขา การย้ายทีมครั้งนี้ก่อให้เกิดความขัดแย้งในเอฟซีเค โดยเฟลมมิง ออสเตอร์การ์ด สรุปว่านักฟุตบอลทุกคนล้วนเห็นแก่ตัวเพราะโทมัสเปรียบเสมือนลูกชายของเขา โทมัส ไรเตอร์ ตอบว่า "ผมมีพ่ออยู่แล้ว และชื่อของเขาคือแฟรงค์" ในฤดูกาลแรกที่บรอนด์บี้ อาการบาดเจ็บทำให้เขาได้ลงเล่นน้อยลง และในวันที่ 25 สิงหาคม 2008 เขาได้ประกาศเลิกเล่นฟุตบอลอาชีพ