หลังจากเซ็นสัญญากับทีมMinnesota Vikings ในฐานะผู้เล่นอิสระที่ไม่ได้ถูกดราฟต์ ในปี 1989 ปีเตอร์เซนเริ่มต้นอาชีพโค้ชในฐานะผู้ช่วยบัณฑิตศึกษาที่มหาวิทยาลัยเคนตักกี้ในปี 1990 ภายใต้ การดูแล ของบิล เคอร์รี [ ^{6 ] จาก} นั้น ปีเตอร์เซนก็กลับมาที่มาร์แชลล์ในปี 1991 ซึ่งเป็นจุดเริ่มต้นของการดำรงตำแหน่งผู้ช่วยโค้ชเป็นเวลาแปดปีในบทบาทต่างๆ^{[ 6 ]}ในช่วงหลายปีที่ผ่านมา มาร์แชลล์ได้ผ่านเข้ารอบเพลย์ออฟติดต่อกันแปดครั้ง โดยคว้าแชมป์ระดับชาติ NCAA Division I-AAในปี 1992และ1996และ แชมป์ Mid-American Conferenceในปี 1997 และ 1998 หลังจากย้ายไปDivision IAในปี 1997 ^{[ 6 ]}

ในปี 1991 ปีเตอร์เซนเป็นโค้ชผู้เล่นตำแหน่งรันนิ่งแบ็ก เขาเปลี่ยนไปเป็นโค้ชผู้เล่นตำแหน่งไวด์รีซีฟเวอร์ในปี 1992 ซึ่งเขาได้ช่วยพัฒนาทรอย บราวน์ ไวด์รีซีฟเวอร์ในอนาคตของ NFL และแชมป์ซูเปอร์โบวล์ 3 สมัยระหว่างการแข่งขันเพื่อคว้าแชมป์ดิวิชั่น 1-AA ^{[ 6 ]}ตั้งแต่ปี 1993 ถึง 1995 ปีเตอร์เซนเป็นโค้ชผู้เล่นตำแหน่งควอเตอร์แบ็ก หลังจากทำหน้าที่เป็นโค้ชผู้เล่นตำแหน่งไทต์เอนด์ในฤดูกาลชิงแชมป์ระดับชาติปี 1996 ปีเตอร์เซนกลับมาเป็นโค้ชผู้เล่นตำแหน่งควอเตอร์แบ็กอีกครั้งในปี 1997 และได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็นผู้ประสานงานเกมรุกในปี 1998 ในช่วงเวลานั้น เขาได้ฝึกสอนแชด เพนนิงตันและไบรอน เลฟท์วิช ควอเตอร์ แบ็ กในอนาคตของ NFL ^{[ 6 ]}

ในระหว่างที่เขาเป็นโค้ชที่ Marshall นั้น Petersen สำเร็จการศึกษา ระดับ ปริญญาโทวิทยาศาสตร์สาขาสุขศึกษาและพลศึกษาในปี 1995 ^{[ 1 ]}

ตั้งแต่ปี 1999 ถึง 2006 ปีเตอร์เซนเป็นผู้ช่วยโค้ชฝ่ายรุกที่มินนิโซตาภายใต้การนำของเกล็น เมสันเขาเป็นผู้ประสานงานเกมส่งบอลในปี 1999 ก่อนที่จะดำรงตำแหน่งผู้ประสานงานฝ่ายรุกร่วมและโค้ชควอเตอร์แบ็กตั้งแต่ปี 2000 ถึง 2006 ปีเตอร์เซนฝึกสอนควอเตอร์แบ็กที่ทำลายสถิติอย่างไบรอัน คูปิโตและอาซาด อับดุล-คาลิก [ ^{6 ] [ 8 ] มินนิโซตา}ยังได้เข้าร่วมการแข่งขันโบว์ล 5 ครั้ง รวมถึงชัยชนะติดต่อกัน 3 ครั้ง ได้แก่มิวสิคซิตี้โบว์ลปี 2002ซันโบว์ลปี 2003และมิวสิคซิตี้โบว์ลปี 2004 ^{[ 9 ]}

ระหว่างปี 2007 ถึง 2008 ปีเตอร์เซนเป็นโค้ชควอเตอร์แบ็กที่ไอโอวา สเตทภายใต้การนำของจีน ชิซิกโดยช่วยให้ควอเตอร์แบ็กอาวุโส เบรต เมเยอร์ สร้างสถิติของโรงเรียนในด้านจำนวนหลาในการส่งบอลและการบุกรวม^{[ 8 ]}จากนั้นในปี 2009 ปีเตอร์เซนเป็นผู้ช่วยหัวหน้าโค้ชและโค้ชปีกที่เซาท์ดาโคตาภายใต้การนำของ เอ็ด ไมเออร์คอร์ต^{[ 10 ]}

ภายใต้การนำของด็อก ฮอลลิเดย์ ปีเตอร์เซนเริ่มกลับมาเป็นผู้ช่วยโค้ชของมาร์แชลล์เป็นครั้งที่สองในปี 2010 โดยทำหน้าที่เป็นผู้ช่วยหัวหน้าโค้ช ผู้ประสานงานเกมรุกร่วม และโค้ชควอเตอร์แบ็ก^{[ 10 ]}ปีเตอร์เซนช่วยให้มาร์แชลล์ชนะการแข่งขันBeef 'O' Brady's Bowl ในปี 2011 [ ^{11 ] ใน}ปี2012ปีเตอร์เซนเป็นโค้ชให้กับราคีม เคโท ควอเตอร์แบ็ก ปีสอง ซึ่งต่อมาเป็นผู้นำในดิวิชั่น 1 FBS ในด้านจำนวนการส่งบอลสำเร็จต่อเกม (33.83) และกลายเป็นผู้เล่นอายุน้อยคนแรกที่ได้ รับรางวัล MVP ของConference USA ^{[ 8 ]}

ในปี 2013 ปีเตอร์เซนได้เป็นผู้ประสานงานฝ่ายรุกที่ลุยเซียนาเทคภายใต้ การนำของ สคิป โฮลท์ซ^{[ 8 ]}ลุยเซียนาเทคชนะเพียง 4 เกมในปี 2013 แต่กลับมาคว้าชัยชนะในเกมชิงถ้วย 2 เกมติดต่อกัน ได้แก่ฮาร์ทออฟดัลลัสโบว์ลในปี 2014และ นิวออร์ลี นส์โบว์ลในปี 2015 ^{[ 12 ]}

ปีเตอร์เซนดำรงตำแหน่งผู้ประสานงานฝ่ายรุกที่อีสต์แคโรไลนาภายใต้การนำของสก็อตตี มอนต์โกเมอรีตั้งแต่ปี 2016 ถึง 2018 ^{[ 6 ]}อย่างไรก็ตาม เขาไม่ประสบความสำเร็จที่นั่นเท่ากับที่เขาเคยทำมาก่อนในสองที่ โดยอีสต์แคโรไลนาชนะเพียงสามเกมต่อฤดูกาล^{[ 13 ]}

ในปี 2019 ปีเตอร์เซนเป็นนักวิเคราะห์เกมรุกที่มิสซูรีภายใต้การนำของแบร์รี โอโดมปีเตอร์เซนกลับมาเป็นผู้ประสานงานเกมรุกและโค้ชควอเตอร์แบ็กอีกครั้งในปีถัดมาที่แอปพาเลเชียนสเตทภายใต้การนำของฌอน คลาร์ก^{[ 6 ]}

ในปี 2021 ปีเตอร์เซนดำรงตำแหน่งผู้ประสานงานเกมรุกของมหาวิทยาลัยอิลลินอยส์ เออร์บานา-แชมเปญ ภายใต้การนำของโค้ชเบรต บีเลมาทั้งคู่ต่างอยู่ในฤดูกาลแรก และปีเตอร์เซนก็ถูกปลดออกจากตำแหน่งหลังจบฤดูกาล

เมื่อวันที่ 18 มกราคม 2022 ปีเตอร์เซนได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้ประสานงานฝ่ายรุกที่มหาวิทยาลัยอิลลินอยส์สเตท [ ^{14 ] หลังจาก}ฤดูกาล2022ปีเตอร์เซนได้รับการแต่งตั้งเป็นโค้ชควอเตอร์แบ็ก

หลังจบฤดูกาล 2025 ปีเตอร์เซนได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้ประสานงานฝ่ายรุกร่วมและโค้ชควอเตอร์แบ็กที่ นอร์เทิร์ นอิลลินอยส์^{[ 15 ]}