TopFINDคือฐาน ข้อมูล ความรู้แบบบูรณาการที่มุ่งเน้นที่ ปลาย โปรตีนการสร้างปลายโปรตีนโดยโปรตีเอสและ ความ หมาย เชิงหน้าที่ ประกอบด้วย ข้อมูลเกี่ยวกับการประมวลผลและสถานะการประมวลผลของโปรตีนและความหมายเชิงหน้าที่ ที่ได้มาจากวรรณกรรมวิจัย ผลงานจากชุมชนวิทยาศาสตร์ และฐานข้อมูลทาง ชีววิทยา ^{[ 2 ]}

ลักษณะพื้นฐานที่สุดอย่างหนึ่งของโปรตีนคือปลาย N และปลาย C ซึ่งกำหนดจุดเริ่มต้นและจุดสิ้นสุดของสายโพลีเปปไทด์ แม้ว่าไอโซฟอร์มของปลายโปรตีนจะถูกเข้ารหัสทางพันธุกรรม แต่ก็มักจะถูกสร้างขึ้นในระหว่างการแปลรหัสหลังจากนั้น ปลายโปรตีนจะมีความเปลี่ยนแปลงสูง โดยมักจะถูกตัดแต่งที่ปลายโดยเอนไซม์เอ็กโซเปปติเดสจำนวนมาก ปลายใหม่ยังสามารถถูกสร้างขึ้นโดยเอนไซม์เอนโดเปปติเดสหลังจากการย่อยสลายโปรตีนอย่างแม่นยำและจำกัด ซึ่งเรียกว่าการประมวลผล การประมวลผลมีความจำเป็นต่อการเจริญเติบโตของโปรตีนหลายชนิด และยังสามารถเกิดขึ้นได้ในภายหลัง ซึ่งมักส่งผลให้เกิดผลกระทบต่อการทำงานอย่างมาก การย่อยสลายโปรตีนที่ผิดปกติสามารถก่อให้เกิดโรคได้หลากหลาย เช่น โรคข้ออักเสบ^{[ 3 ]}หรือมะเร็ง^{[ 4 ]}ดังนั้น การสร้างรูปแบบเสถียรของโปรตีนที่มีคุณสมบัติหลายอย่างจากการย่อยสลายโปรตีน ความไวต่อการย่อยสลายโปรตีนของโปรตีนโดยทั่วไป และความไม่สามารถย้อนกลับได้ ทำให้การย่อยสลายโปรตีนแตกต่างจากการดัดแปลงหลังการแปลรหัสที่ได้รับการศึกษาอย่างกว้างขวางหลายอย่าง โปรตีเอสเชื่อมโยงกันอย่างแน่นหนาในเครือข่ายโปรตีเอส^{[ 5 ] [ 6 ]}และกิจกรรมที่ผิดปกติของพวกมันในโรคสามารถนำไปสู่โปรไฟล์ชิ้นส่วนวินิจฉัยที่มีปลายโปรตีนลักษณะเฉพาะ^{[ 7 ]}หลังจากการย่อยสลายโปรตีน ปลายโปรตีนที่เกิดขึ้นใหม่สามารถถูกดัดแปลงเพิ่มเติมได้^{[ 8 ]}ซึ่งเป็นกระบวนการที่ส่งผลต่อการทำงานและความเสถียรของโปรตีน^{[ 9 ]}

TopFIND เป็นแหล่งข้อมูลที่ครอบคลุมเกี่ยวกับปลาย N- และ C- ของโปรตีนที่ค้นพบโดยวิธีการ in silico, in vitro และ in vivo ที่มีอยู่ทั้งหมด โดยใช้ความรู้ที่มีอยู่ผ่านการบูรณาการข้อมูลจากUniProtและMEROPS อย่างราบรื่น และให้การเข้าถึงข้อมูลใหม่จากการส่งข้อมูลจากชุมชนและการคัดเลือกวรรณกรรมด้วยตนเอง ทำให้การดัดแปลง ปลาย โปรตีนเช่น การอะเซทิเลชันและการซิทรูลลิเนชัน สามารถเข้าถึงและค้นหาได้ง่าย และมีวิธีการในการระบุและวิเคราะห์ขอบเขตและการกระจายของการดัดแปลงปลายโปรตีน นับตั้งแต่เริ่มก่อตั้ง TopFIND ได้ขยายไปยังสายพันธุ์อื่นๆ เพิ่มเติม^{[ 1 ]}

ข้อมูลที่นำเสนอต่อผู้ใช้นั้นเน้นหนักไปที่ความสัมพันธ์กับข้อมูลพื้นฐานที่คัดสรรมาอย่างดีและหลักฐานที่นำไปสู่การสังเกตปลายโปรตีน การดัดแปลง หรือการตัดด้วยเอนไซม์โปรตีเอส โดยสรุปแล้ว ข้อมูล โปรตีนโครงสร้างโดเมน ปลายโปรตีน การดัดแปลงปลายโปรตีน และกระบวนการตัดด้วยเอนไซม์โปรตีเอสของและโดยโปรตีนอื่นๆ จะถูกแสดงรายการไว้ ข้อมูลทั้งหมดมาพร้อมกับเมตาเดต้าเช่น แหล่งที่มาดั้งเดิม วิธีการระบุ การวัดความน่าเชื่อถือ หรือสิ่งพิมพ์ที่เกี่ยวข้อง การประเมินความสัมพันธ์แบบไขว้ตามตำแหน่งจะจับคู่ปลายโปรตีนและตำแหน่งการตัดกับคุณลักษณะของโปรตีน (เช่น ตัวแปรกรดอะมิโน) และโดเมน เพื่อเน้นผลกระทบและความสัมพันธ์ที่อาจเกิดขึ้นในรูปแบบที่ไม่เหมือนใคร นอกจากนี้ ยังมีการแสดงภาพเครือข่ายของโปรตีนทั้งหมดที่แสดงความสัมพันธ์เชิงหน้าที่ เช่นโปรตีเอสสารตั้งต้นหรือสารยับยั้งโปรตีเอสที่เชื่อมโยงกับการปฏิสัมพันธ์ของโปรตีนเพื่อให้ง่ายต่อการประเมินผลกระทบในวงกว้างของเครือข่าย กลไกการกรองที่มีประสิทธิภาพแต่ใช้งานง่ายช่วยให้สามารถกรองข้อมูลที่นำเสนอตามพารามิเตอร์ต่างๆ เช่น วิธีการที่ใช้ ความเกี่ยวข้องในร่างกาย ความน่าเชื่อถือ หรือแหล่งข้อมูล (เช่น จำกัดเฉพาะห้องปฏิบัติการหรือสิ่งพิมพ์เดียว) สิ่งนี้ช่วยให้สามารถประเมินข้อมูลทางสรีรวิทยาที่เกี่ยวข้องและอนุมานข้อมูลการทำงานและสมมติฐานที่เกี่ยวข้องกับนักวิทยาศาสตร์ในห้องปฏิบัติการได้ ในเวอร์ชันต่อมาได้มีการเพิ่มเครื่องมือวิเคราะห์สำหรับการประเมินเส้นทางการสลายโปรตีนในข้อมูลการทดลอง^{[ 10 ]}

• เมรอปส์
• ยูนิโปรท
• ไซโตสเคป
• จีโนมิกส์เชิงคำนวณ
• การสร้างแบบจำลองเครือข่ายเมตาบอลิซึม
• การทำนายปฏิสัมพันธ์ระหว่างโปรตีนกับโปรตีน

• TopFIND - เว็บไซต์หลักและส่วนติดต่อผู้ใช้บนเว็บ
• เว็บไซต์ของสถาบันเจ้าภาพ
• กลุ่มวิจัยของฟิลิปป์ ลังเก - ผู้คิดค้นและนักพัฒนาหลัก
• กลุ่มวิจัยของคริสโตเฟอร์ โอเวอร์ออลล์ - ที่ตั้งของ TopFIND
• Merops - ฐานข้อมูลเปปติเดส
• ยูนิโปรท
• โปรตีเอส ในฐานข้อมูล Medical Subject Headings (MeSH) ของหอสมุดแห่งชาติสหรัฐอเมริกา