ปริศนาต้นไม้

TREE-PUZZLE ^{[ 1 ]}เป็นโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่ใช้ในการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการจากข้อมูลลำดับโดย การวิเคราะห์ ความน่าจะเป็นสูงสุดความยาวของกิ่งสามารถคำนวณได้ทั้งแบบมีและไม่มีสมมติฐานนาฬิกาโมเลกุล

ซอฟต์แวร์ยังได้นำการทำแผนที่ความน่าจะเป็นมาใช้^{[ 2 ]}ซึ่งเป็นวิธีการแสดงภาพข้อมูลทางวิวัฒนาการในชุดข้อมูล รวมถึงการทดสอบหลายอย่างเพื่อประเมินว่าความน่าจะเป็นของต้นไม้แย่กว่าต้นไม้อื่นอย่างมีนัยสำคัญหรือไม่

โปรแกรมรุ่นต่อมาคือIQ- TREE ^{[ 3 ]}