Treefinderเป็นโปรแกรมคอมพิวเตอร์สำหรับการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการ จากลำดับโมเลกุล โดยใช้หลักความน่าจะเป็น โปรแกรมนี้เขียนโดย Gangolf Jobb อดีตนักวิจัยจากLMU Munichประเทศเยอรมนีและเผยแพร่ครั้งแรกในปี 2547 Treefinder สามารถใช้งานได้ฟรี แต่ใบอนุญาตฉบับล่าสุดห้ามใช้ในสหรัฐอเมริกาและแปดประเทศในยุโรป

สภาพแวดล้อมกราฟิกที่ไม่ขึ้นกับแพลตฟอร์มใดๆ ได้รวมชุดการวิเคราะห์มาตรฐานไว้ด้วยกัน ได้แก่การสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการการวิเคราะห์บูตสแตรปการเลือกแบบจำลองการทดสอบสมมติฐาน การปรับเทียบแผนภูมิ การจัดการแผนภูมิและข้อมูลลำดับ Treefinder สามารถเขียนสคริปต์ได้ผ่านภาษาสคริปต์ เฉพาะ ที่เรียกว่า TL

โปรแกรม Treefinder มีอัลกอริธึมการค้นหาต้นไม้ ที่มีประสิทธิภาพ ซึ่งสามารถสร้างต้นไม้ที่มีหลายพันสายพันธุ์ได้ในเวลาอันสั้น ต้นไม้ที่ได้จะแสดงผลและสามารถบันทึกเป็นรายงานการสร้างใหม่ ซึ่งอาจใช้เป็นข้อมูลป้อนเข้าสำหรับการวิเคราะห์เพิ่มเติม เช่นการทดสอบสมมติฐานรายงานประกอบด้วยข้อมูลทั้งหมดเกี่ยวกับต้นไม้และแบบจำลองที่ใช้ Treefinder ยังรองรับการส่งออกผลลัพธ์เป็นไฟล์ NEWICKหรือNEXUS ด้วย

ซอฟต์แวร์นี้รองรับแบบจำลองวิวัฒนาการลำดับ หลากหลายรูป แบบ เวอร์ชันที่วางจำหน่ายในเดือนมิถุนายน 2551 ได้นำโมเดลการแทนที่นิวคลีโอไทด์ 7 แบบมาใช้ (HKY, TN, J1, J2, J3 (= TIM), TVM, GTR), โมเดลการแทนที่กรดอะมิโนเชิงประจักษ์ 14 แบบ (BLOSUM, cpREV, Dayhoff, JTT, LG, mtArt, mtMam, mtREV, PMB, rtREV, betHIV, witHIV, VT, WAG), โมเดลการแทนที่ของ rRNA ที่มีโครงสร้าง 4 แบบ (bactRNA, eukRNA, euk23RNA, mitoRNA), โมเดลโปรตีน "Dayhoff Groups" 6 สถานะ (DG), โมเดล DNA 2 สถานะและ 3 สถานะ (GTR3, GTR2), โมเดลผสมแบบพาราเมตริก (MIX) ที่ผสมผสานโมเดลเชิงประจักษ์ของโปรตีนหรือ rRNA และโมเดลประเภท GTR ที่ผู้ใช้กำหนดเองได้ (MAP) ซึ่งแมปอักขระไปยังสถานะต่างๆ ตามต้องการ มีแบบจำลองความแปรปรวนของอัตราการเปลี่ยนแปลงระหว่างไซต์อยู่ 3 แบบ (แกมมา, แกมมา+I, I) ซึ่งสามารถนำมาใช้ร่วมกับแบบจำลองการแทนที่แบบใดก็ได้ สามารถใช้แบบจำลองที่แตกต่างกันสำหรับส่วนต่างๆ ของการจัดเรียงลำดับและอาจสันนิษฐานได้ว่าส่วนต่างๆ เหล่านั้นมีการเปลี่ยนแปลงด้วยความเร็วที่แตกต่างกัน พารามิเตอร์ทั้งหมดของแบบจำลองสามารถประมาณได้จากข้อมูลโดยการเพิ่มค่าความน่าจะเป็นสูงสุด นิพจน์ TL บางอย่าง หรือ "นิพจน์แบบจำลอง" ช่วยให้สามารถแสดงแบบจำลองที่ซับซ้อนได้อย่างกระชับ พร้อมด้วยพารามิเตอร์และโหมดการปรับให้เหมาะสม

ณ เดือนพฤศจิกายน 2015 บทความต้นฉบับของ Treefinder จากปี 2004 ได้รับการอ้างอิงมากกว่า 700 ครั้งในเอกสารทางวิทยาศาสตร์^{[ 1 ]}

เมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ 2558 Jobb ไม่อนุญาตให้ใช้ Treefinder ในสหรัฐอเมริกาเพื่อแสดงออกทางการเมือง^{[ 2 ]}ผู้เขียนได้เปลี่ยนแปลงเงื่อนไขใบอนุญาตอีกครั้งเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2558 เพื่อยกเว้นการใช้งานในเยอรมนี ออสเตรีย ฝรั่งเศส เนเธอร์แลนด์ เบลเยียม สหราชอาณาจักร สวีเดน และเดนมาร์ก ซึ่งเป็นประเทศที่เขาอ้างว่า "เป็นที่อยู่ของผู้อพยพที่ไม่ใช่ชาวยุโรปส่วนใหญ่" ในแถลงการณ์ประกอบ เขาได้ประณามการจัดการวิกฤตผู้อพยพในยุโรปโดยประเทศในยุโรป^{[ 2 ] [ 3 ]}วารสารBMC Evolutionary Biologyที่ตีพิมพ์บันทึกการใช้งานฉบับดั้งเดิมได้ถอนบันทึกดังกล่าวในภายหลัง โดยระบุว่าการเปลี่ยนแปลงใบอนุญาตละเมิดนโยบายของวารสาร^{[ 4 ] [ 1 ]}

• การวิเคราะห์วิวัฒนาการเชิงคำนวณ
• วิวัฒนาการระดับโมเลกุล

• หน้าหลักของ Treefinder