เรือลิซาร์ดฟิชออกเดินทางจากแม่น้ำมานิโทวอกเมื่อวันที่ 20 มกราคม 1945 ไปยังเมืองล็อกพอร์ต รัฐอิลลินอยส์ที่นั่นเรือถูกบรรทุกขึ้นบนอู่ลอยน้ำและลากจูงลงไปตามแม่น้ำมิสซิสซิปปีเรือมาถึงเมืองอัลเจียร์ส รัฐลุยเซียนาเมื่อวันที่ 1 กุมภาพันธ์ และออกทะเลในอีก 5 วันต่อมาเพื่อไปยังคลองปานามาและเพิร์ลฮาร์เบอร์โดยมาถึงเมื่อวันที่ 23 มีนาคม

เรือ ดำน้ำลิซาร์ดฟิชออกเดินทางจากเพิร์ลฮาร์เบอร์เพื่อปฏิบัติภารกิจลาดตระเวนทางสงครามครั้งแรกเมื่อวันที่ 9 เมษายน 1945 หลังจากเติมเชื้อเพลิงที่ไซปันในวันที่ 21 เธอก็ออกเดินทางไปยังทะเลจีนใต้เรือดำน้ำลำนี้ทำการลาดตระเวนอย่างใกล้ชิดในอินโดจีนระหว่างวันที่ 30 เมษายนถึง 18 พฤษภาคม แต่ไม่พบเรือข้าศึกใดๆ ระหว่างวันที่ 23 ถึง 28 พฤษภาคม การลาดตระเวนอย่างละเอียดถี่ถ้วนในทะเลชวาก็ไม่พบเรือข้าศึกเช่นกัน หลังจากเสร็จสิ้นภารกิจลาดตระเวนอันยากลำบากนี้ลิซาร์ดฟิชก็เดินทางถึงฟรีแมนเทิลประเทศออสเตรเลียในวันที่ 2 มิถุนายน

เรือดำน้ำลิซาร์ดฟิชออกเดินทางเมื่อวันที่ 28 มิถุนายน 1945 ในภารกิจลาดตระเวนครั้งที่สองในทะเลชวาและทะเลจีนใต้ ตลอดการลาดตระเวนครั้งนี้ เรือดำน้ำได้ค้นหาเป้าหมายและทำลายล้างศัตรูในท่าเรือ ช่องแคบ และจุดจอดเรือที่คับแคบ หลังจากทำการลาดตระเวนใต้น้ำอย่างระมัดระวังแล้ว เธอได้ทำการโจมตีด้วยปืนใหญ่ในเวลากลางวันอย่างกล้าหาญสองครั้งในระยะทำการของปืนใหญ่ชายฝั่ง

เมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม เรือลำ นี้ได้แล่นเข้าสู่ บริเวณอ่าวเชลูคาน บาวังเกาะบาหลี ซึ่งมีแนว ปะการังล้อมรอบ และพบเรือลำเลียงพล 4 ลำ รถบรรทุกน้ำขนาด 250 ตัน 1 ลำ และเรือล่าเรือดำน้ำขนาด 100 ตัน 1 ลำ ซึ่งทั้งหมดพรางตัวอย่างหนาแน่น เรือได้ทำการโจมตีใต้น้ำและจมเรือล่าเรือดำน้ำชั้นที่ 1 ชื่อชา-37จากนั้นจึงโผล่ขึ้นสู่ผิวน้ำและเปิดฉากยิงปืนใหญ่บนดาดฟ้า กระสุนปืนขนาด 5 นิ้ว (130 มม.) ของเธอ ทำให้เกิดไฟไหม้น้ำมันเบนซิน ซึ่งทำลายกลุ่มเรือลำเลียงพล 4 ลำ จากนั้นเธอก็ทำลายโรงเก็บเรือและฉีกส่วนหัวของรถบรรทุกน้ำที่อยู่ภายในออกเป็นชิ้นๆ หลังจากทิ้งเป้าหมายไว้ในกองไฟ เธอก็มุ่งหน้าออกสู่ทะเล 

เมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม ใกล้กับช่องแคบซุนดา เรือดำน้ำลำนี้กำลังลาดตระเวนไปทางใต้ตามแนวชายฝั่งตะวันตก เมื่อลูกเรือพบเห็นขบวนรถบรรทุกทางทะเล เรือดำน้ำจึงโผล่ขึ้นสู่ผิวน้ำและเริ่มยิงใส่เป้าหมายที่อยู่ใกล้ที่สุด ยิงอย่างรวดเร็ว และเปลี่ยนเป้าหมาย ในขณะเดียวกัน ปืนใหญ่ชายฝั่งก็เริ่มยิงถล่มในบริเวณใกล้เคียง เมื่อกระสุนหมด เรือดำน้ำลิซาร์ดฟิชจึงดำลงใต้น้ำ ทิ้งเรือสามลำไว้เบื้องหลังให้ลุกไหม้อย่างรุนแรง เรือดำน้ำโผล่ขึ้นสู่ผิวน้ำในคืนนั้นและมุ่งหน้าไปยังสถานีรักษาการณ์ชายฝั่งนอกชายฝั่งสิงคโปร์เพื่อสนับสนุน การโจมตีของเครื่องบินทิ้งระเบิด B-24ลิเบอเรเตอร์ของกองทัพบก เรือดำน้ำมาถึงอ่าวซูบิกประเทศฟิลิปปินส์ในวันที่ 6 สิงหาคม และอยู่ที่นั่นเมื่อญี่ปุ่นยอมจำนนในอีกเก้าวันต่อมา

เรือลิซาร์ดฟิช ได้รับ เหรียญเกียรติยศหนึ่งดวงสำหรับการปฏิบัติหน้าที่ในสงครามโลกครั้งที่สอง

เรือลิซาร์ดฟิชออกจากอ่าวซูบิกเมื่อวันที่ 31 สิงหาคม และมุ่งหน้าสู่ชายฝั่งตะวันตก แวะที่เพิร์ลฮาร์เบอร์ และมาถึงซานฟรานซิสโกในวันที่ 22 กันยายน เมื่อวันที่ 24 ตุลาคม เรือลิซาร์ดฟิชได้จอดเทียบท่าที่ยูเรกา รัฐแคลิฟอร์เนีย เพื่อร่วม งานเฉลิมฉลองวันกองทัพเรือ ห้าวันต่อมา เรือลิซาร์ดฟิชได้จอดเทียบท่าที่ ทิบิวรอน รัฐ แคลิฟอร์เนีย และอยู่ที่นั่นจนถึงวันที่ 2 มกราคม 1946 จากนั้นจึงออกเดินทางไปทำหน้าที่เป็นเรือฝึกสำหรับโรงเรียนโซนาร์ที่ซานดิเอโกเรือเสร็จสิ้นภารกิจการฝึกอบรมเมื่อวันที่ 5 มีนาคม และรายงานตัวเพื่อปลดประจำการที่ซานฟรานซิสโก หลังจากปฏิบัติการนอกชายฝั่งแคลิฟอร์เนีย เรือก็ถูกปลดประจำการและเข้าสู่ กอง เรือสำรองแปซิฟิกอู่ต่อเรือมาเรไอส์แลนด์เมื่อวันที่ 24 มิถุนายน 1946