ตั้งแต่ปี 1971 ถึงปี 2005 เรือเมาท์วิทนีย์ทำหน้าที่เป็นเรือธงของผู้บัญชาการกองเรือที่สอง/ผู้บัญชาการกองเรือจู่โจมแอตแลนติก

ในปี พ.ศ. 2537 ระหว่างการฝึกซ้อมรบ FleetEx 2/94 "จอร์จ วอชิงตัน" กองทัพเรืออาร์เจนตินาซึ่งทำหน้าที่เป็นฝ่ายศัตรูและใช้เรือดำน้ำดีเซลARA San Juan  ได้ทำการลอบเข้าโจมตีแนวป้องกัน เรือพิฆาตและ "จม" เรือ Mount Whitneyซึ่งทำหน้าที่เป็นเรือบัญชาการระหว่างการฝึกซ้อมโดยไม่ถูกตรวจพบ^{[ 6 ] [ 7 ]}

ฐานทัพอากาศเมาท์วิทนีย์ ถูกส่งไปประจำ การที่เฮติในปี 1994 โดยมีพลโทฮิวจ์ เชลตันผู้บัญชาการกองทัพอากาศที่ 18เป็นผู้บัญชาการกองกำลังร่วมที่ดำเนิน การปฏิบัติการ ปกป้องประชาธิปไตย

เมื่อวันที่ 12 พฤศจิกายน 2545 เรือเมาท์วิทนีย์ได้ถูกส่งไปยังพื้นที่รับผิดชอบของกองบัญชาการกลาง เพื่อสนับสนุน ปฏิบัติการเอ็นดูริงฟรีดอมโดยทำหน้าที่เป็นศูนย์บัญชาการเริ่มต้นของกองกำลังร่วมเฉพาะกิจฮอร์นออฟแอฟริกาในระหว่างการประจำการ เรือลำนี้ได้รับกำลังพลจากกองพลนาวิกโยธินที่ 2และกองกำลังนาวิกโยธินที่ 2 (II MEF) ซึ่งประจำการอยู่ที่แคมป์เลอจูนรัฐนอร์ทแคโรไลนา ภายใต้การบังคับบัญชาของพลตรีจอห์น เอฟ. แซตต์เลอร์และนาวาเอกมอร์ตัน ดับเบิลยู. เคนยอน

ในปี 2547 ลูกเรือพลเรือนจาก กองบัญชาการขนส่งทางทะเลของกองทัพสหรัฐฯได้ถูกรวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของลูกเรือ เธอจึงยังคงเป็นเรือรบประจำการของกองทัพเรือสหรัฐฯ แต่จำนวนลูกเรือลดลงจากประมาณ 600 นาย เหลือเพียงประมาณ 170 นาย ซึ่งประกอบด้วยนายทหารและพลทหาร และพลเรือนอีก 155 คน

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2548 เรือเมาท์วิทนีย์ได้ออกจากนอร์ฟอล์กไปยังกาเอตา ประเทศอิตาลีซึ่งเธอได้รับการกำหนดหมายเลขใหม่(LCC/JCC 20)และรับหน้าที่เป็นเรือธงของกองเรือที่ 6 อย่างเป็นทางการ โดยเข้ามาแทนที่เรือยูเอสเอส ลาซาล นอกจากนี้ เธอยังรับหน้าที่เป็นเรือบัญชาการของผู้บัญชาการกองบัญชาการร่วมลิสบอน และผู้บัญชาการกองกำลังจู่โจมนาโตอีกด้วย

ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2551 เรือ Mount Whitneyถูกส่งไปประจำการที่ทะเลดำเพื่อสนับสนุนปฏิบัติการ Assured Deliveryเพื่อส่งมอบความช่วยเหลือด้านมนุษยธรรมแก่ผู้ที่ได้รับผลกระทบจากสงครามรัสเซีย-จอร์เจีย^{[ 8 ]} และกลายเป็นเรือ NATOลำแรกที่ส่งมอบความช่วยเหลือไปยังท่าเรือPotiประเทศจอร์เจีย^{[ 9 ]}

เมื่อวันที่ 6 พฤศจิกายน พ.ศ. 2551 เรือ Mount Whitneyไม่สามารถเข้าเทียบท่าที่เมืองเซวาสโตโพลได้ เจ้าหน้าที่ของเมืองและตัวแทนของกองทัพเรือยูเครนปฏิเสธที่จะแสดงความคิดเห็นเกี่ยวกับเหตุการณ์ดังกล่าว บุคคลที่ทำงานให้กับหน่วยงานบริหารของเมืองรายงานว่าความล้มเหลวเกิดจากปัญหาเกี่ยวกับ เอกสารการข้ามพรมแดน ของ เรือ Mount Whitneyในขณะที่คนอื่นๆ แนะนำว่าการประท้วงต่อต้านนาโตเป็นสาเหตุ^{[ 10 ]}

ตั้งแต่วันที่ 19 มีนาคม 2011 เรือ Mount Whitneyปฏิบัติหน้าที่ในทะเลเมดิเตอร์เรเนียนในฐานะเรือบัญชาการหลักเพื่อบังคับใช้มติคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติที่ 1973ต่อลิเบีย^{[ 11 ] [ 12 ]}เรือลำนี้เป็นเรือธงของพลเรือเอกSamuel J. Locklearผู้ซึ่งบัญชาการทางยุทธวิธีของกองกำลังเฉพาะกิจร่วมOperation Odyssey Dawn ^{[ 13 ] [ 14 ]}เรือลำนี้ทำหน้าที่เป็นเรือบัญชาการและควบคุมสำหรับการมีส่วนร่วมของสหรัฐอเมริกาในการรณรงค์ของพันธมิตรที่มุ่งบังคับใช้เขตห้ามบินในลิเบียและป้องกัน ไม่ให้ กองกำลังของมูอัมมาร์ กัดดาฟี โจมตีฐานที่มั่นของกลุ่มกบฏใน เบงกาซี^{[ 15 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2556 เรือ Mount Whitneyได้ย้ายไปที่อู่ต่อเรือ San Giorgio del Porto ในเมืองเจนัวประเทศอิตาลี เพื่อดำเนินการซ่อมแซมและปรับปรุงครั้งใหญ่เป็นเวลา 60 วัน^{[ 16 ]}เรือกลับมาปฏิบัติหน้าที่อีกครั้งในเดือนเมษายน พ.ศ. 2556 เมื่อสิ้นสุดระยะเวลาการบำรุงรักษา

เมื่อวันที่ 31 มกราคม 2557 เรือ Mount Whitneyได้ออกจากท่าเรือบ้านเกิดที่เมืองกาเอตา ประเทศอิตาลี^{[ 17 ]}เรือ Mount Whitneyพร้อมกับเรือ USS Taylor เป็นเรือของกองทัพเรือสหรัฐฯ สองลำแรกที่ปฏิบัติการในทะเลดำระหว่างการแข่งขันกีฬาโอลิมปิกที่โซชี

เมื่อวันที่ 31 กรกฎาคม 2558 เกิดเหตุเพลิงไหม้บนเรือMount Whitneyขณะที่เรือจอดอยู่ที่อู่ต่อเรือ Viktor Lenacในเมือง Rijekaประเทศโครเอเชีย ไม่มีรายงานผู้บาดเจ็บ และลูกเรือและเจ้าหน้าที่ดับเพลิงของอู่ต่อเรือสามารถดับไฟได้ภายใน 45 นาที เรือMount Whitneyอยู่ในอู่ต่อเรือ Viktor Lenac ตั้งแต่เดือนมกราคม 2558 เพื่อเข้ารับการซ่อมบำรุงตามกำหนดการ ซึ่งออกแบบมาเพื่อยืดอายุการใช้งานของเรือไปจนถึงปี 2562 ^{[ 18 ]}

On 30 June 2016, Mount Whitney visited Klaipėda, Lithuania, and in October 2016, she visited Souda Bay, Greece.^[19]

From early 2017 through to October 2017, Mount Whitney was at the Viktor Lenac Shipyard; Rijeka, Croatia, for further upgrades to its information technology infrastructure, and various engineering refurbishments.^[20]

In September 2018, Mount Whitney visited Thessaloniki, Greece, for the 83rd Thessaloniki International Fair, where the US was the country of honor.^[21] From 25 October to 7 November 2018, she served as the command vessel for the NATO exercise Trident Juncture.^[22]

In April 2022, the Combined Maritime Forces command, a 34-nation organization based in Bahrain, has added a new task force led by Mount Whitney. There are three task forces that handle piracy and security issues both inside and outside of the Persian Gulf. The new task force of two to eight ships at a time would target those smuggling coal, drugs, weapons, and people in the waterway. In late May 2022, Mount Whitney was operating in the Baltic Sea, ahead of naval exercise BALTOPS 2022.^[23] The ship is currently stationed in Gaeta, Italy.^[24]

On 18 October 2023, Mount Whitney deployed from Gaeta with the Commander 6th fleet, Vice Adm. Thomas Ishee, and his staff, onboard "in support of U.S. operations" in the eastern Mediterranean Sea in waters off the Gaza war. This added to new deployments by the USS Dwight D. Eisenhoweraircraft carrier strike group and USS Bataan, USS Mesa Verde and USS Carter Hall carrying the 26th Marine Expeditionary Unit, joining the USS Gerald R. Ford strike group.^[24][25][26]