ยูทีอาร์ดีบี
 | |
| เนื้อหา | |
|---|---|
| คำอธิบาย | ลำดับและรูปแบบการควบคุมของบริเวณที่ไม่ถูกแปลของ mRNA ในยูคาริโอต |
| สิ่งมีชีวิต | ยูคาริโอต |
| ติดต่อ | |
| ห้องปฏิบัติการ | Università degli Studi di Bari, Piazza Umberto I, 1, 70121 Bari BA, อิตาลี |
| ผู้เขียน | เคลาดีโอ โล จูดิเช่ |
| การอ้างอิงหลัก | Lo Giudice และคณะ (2023) [ 1 ] |
| เข้าถึง | |
| เว็บไซต์ | http://utrdb.cloud.ba.infn.it/utrdb/ |
UTRdb 2.0เป็นเวอร์ชันปรับปรุงของฐานข้อมูลเฉพาะทาง UTRdbซึ่งเน้นที่ บริเวณที่ไม่ถูกถอดรหัส 5' และ 3' (UTRs) ของmRNA ในยูคาริโอต บริเวณ UTRs เหล่านี้มีบทบาทสำคัญใน การควบคุมการแสดงออก ของยีนหลังการถอดรหัสโดยมีอิทธิพลต่อกระบวนการต่างๆ รวมถึงการขนส่ง mRNA ระหว่างนิวเคลียสและไซโตพลาสซึม ประสิทธิภาพการแปล การกำหนดตำแหน่งภายในเซลล์ และความเสถียรของ mRNA นับตั้งแต่เปิดตัวในปี 1996 UTRdb เป็นแหล่งข้อมูลที่มีค่าสำหรับนักวิจัยที่ศึกษาลำดับ UTR และความหมายเชิงหน้าที่ของมัน
เนื้อหาและคุณสมบัติ
UTRdb 2.0 ประกอบด้วยชุดข้อมูลที่ครอบคลุมกว่า 26 ล้านรายการ ซึ่งได้มาจากยีนมากกว่า 6 ล้านยีนใน 573 สปีชีส์ ฐานข้อมูลนี้ได้รับการเสริมด้วยชุดคำอธิบายการทำงานที่คัดสรรมาอย่างดี เพื่อเพิ่มความเข้าใจในหน้าที่ของ UTR คำอธิบายเหล่านี้ประกอบด้วย:
- แท็ก CAGE : เครื่องหมายแสดงความสมบูรณ์ของ 5' UTRs
- สัญญาณ PolyA : บ่งชี้ความสมบูรณ์ของ 3' UTR
- uORFและIRES : การระบุกรอบการอ่านแบบเปิดต้นน้ำ (uORF) และตำแหน่งการเข้าสู่ไรโบโซมภายใน (IRES) ใน 5' UTR
- เป้าหมายของ miRNA : การระบุเป้าหมายของ miRNA ที่ได้รับการตรวจสอบแล้วจากการทดลองในบริเวณ 3' UTR
- บล็อกที่ได้รับการอนุรักษ์ทางวิวัฒนาการ : การระบุบริเวณที่ได้รับการอนุรักษ์ในสายพันธุ์ต่างๆ
- ลวดลาย Rfam : การระบุลวดลาย RNA ที่เกี่ยวข้องกับหน้าที่การทำงาน
- การแก้ไข RNA โดยเอนไซม์ ADAR : การระบุเหตุการณ์การแก้ไข RNA ที่เกิดขึ้นโดยเอนไซม์ ADAR
- การดัดแปลง m6A : การระบุการดัดแปลง mRNA ที่เกี่ยวข้องกับ N6-methyladenosine
อินเทอร์เฟซเว็บและการเข้าถึง
UTRdb 2.0 มีอินเทอร์เฟซเว็บที่ยืดหยุ่นซึ่งช่วยให้ผู้ใช้สามารถเลือกและเรียกชุดย่อยของ UTR ตามเกณฑ์ต่างๆ เครื่องมือนี้มีตัวเลือกการดาวน์โหลดที่ครอบคลุมเพื่อเข้าถึงข้อมูลสำหรับการวิเคราะห์เพิ่มเติม[ 1 ] [ 2 ]
ลิงก์ภายนอก
- ยูทีอาร์ดีบี
 | บทความที่เกี่ยวข้องกับฐานข้อมูลทางชีววิทยานี้ เป็น บทความย่อคุณสามารถช่วยวิกิพีเดียได้โดยการเพิ่มข้อมูลที่ขาดหายไป |