สถานีเริ่มออกอากาศในเดือนตุลาคม 1989 ใน ฐานะสถานี อิสระโดยใช้รหัสเรียกขาน WSNR-TV ต่อมาได้เปลี่ยนเป็น WNYS-TV ในปี 1994 ซึ่งรหัสเรียกขานนี้เคยใช้กับสถานีWSYR-TV (ช่อง 9) ซึ่งปัจจุบันเป็นสถานี ในเครือABCตั้งแต่ปี 1962 จนถึงปี 1978

เมื่อวันที่ 16 มกราคม 1995 สถานีโทรทัศน์ WNYS-TV ได้กลายเป็นสถานีพันธมิตรหลักของUPNในปีเดียวกันนั้นMax Media Properties (ซึ่งเป็นเจ้าของ WSYT ในขณะนั้น) ได้ทำข้อตกลง LMA กับ WNYS-TV และเริ่มดำเนินการสถานีจากสถานที่ของสถานีดังกล่าว ต่อมาได้เปลี่ยนไปออกอากาศทางช่อง The WB ในเดือนมกราคม 2001 หลังจากนั้นสิบเดือนต่อมาในวันที่ 20 ตุลาคม สถานี WAWA-LP (ต่อมาคือWSTQ-LP ) ซึ่งเป็นสถานีส่ง สัญญาณกำลังต่ำก็ได้เข้ามาออกอากาศในช่อง UPN อย่างไรก็ตาม สถานีดังกล่าวจะไม่สามารถรับชมได้ทางTime Warner Cableในเมืองซีราคิวส์จนถึงเดือนกรกฎาคม 2003 เนื่องจากบริษัทเคเบิลไม่มีข้อผูกมัดที่จะต้องออกอากาศสถานีส่งสัญญาณกำลังต่ำภายใต้ กฎระเบียบของ คณะกรรมการการสื่อสารแห่งสหรัฐอเมริกา (FCC) ดังนั้น ระหว่างเดือนมิถุนายน 2001 ถึงกรกฎาคม 2003 สถานีโทรทัศน์WSBK-TV ในบอสตันจึงทำหน้าที่เป็นสถานีพันธมิตรของ UPN สำหรับผู้สมัครใช้บริการ Time Warner Cable ในเมืองซีราคิวส์

เมื่อวันที่ 5 กันยายน พ.ศ. 2549 WNYS-TV ได้เข้าร่วมเครือข่ายที่สามในรอบสิบสองปีที่ผ่านมา โดยกลายเป็นเครือข่าย MyNetworkTV ร่วมกับสถานีอื่นๆ ของ Sinclair ในรัฐนิวยอร์ก WNYS-TV และ WSYT ได้ส่งสัญญาณดิจิทัลอย่างเดียวตั้งแต่วันที่ 17 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552 Sinclair ประกาศขาย WSYT, LMA สำหรับ WNYS-TV และWYZZ-TVในเมืองพีโอเรีย - บลูมิงตัน รัฐอิลลินอยส์ให้กับCunningham Broadcastingเมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2556 หลังจากเข้าซื้อกิจการBarrington Broadcastingการขายครั้งนี้มีความจำเป็นเนื่องจากกฎการเป็นเจ้าของของ FCC เนื่องจาก Sinclair เลือกที่จะเก็บWSTM-TV (ช่อง 3) ของ Barrington ในเมืองซีราคิวส์ ไว้ ^{[ 2 ]}

อย่างไรก็ตาม ในการยื่นเอกสารฉบับปรับปรุงกับ FCC พบว่า WSYT จะถูกขายให้กับ Bristlecone Broadcasting ซึ่งเป็นบริษัทที่ Brian Brady (เจ้าของNorthwest Broadcasting ) เป็นเจ้าของ โดยสินทรัพย์อื่น ๆ ของเขาในรัฐนิวยอร์กมีเพียงWICZ-TVและWBPN-LPในBinghamtonเท่านั้น^{[ 3 ]}ธุรกรรมดังกล่าวเสร็จสิ้นในวันที่ 25 พฤศจิกายน^{[ 4 ]}

หลังจากการขายเสร็จสมบูรณ์ ซินแคลร์ยังคงดำเนินงาน WSYT และ WNYS-TV ต่อไปภายใต้ข้อตกลงบริการชั่วคราวเป็นเวลาหกเดือนจนถึงเดือนพฤษภาคม 2014 ซินแคลร์จะยังคงเป็นเจ้าของสตูดิโอของสถานีบนถนนเจมส์และสถานีส่งสัญญาณในโอติสโกเป็นเวลาอย่างน้อยสิบปี ก่อนหน้านี้ WNYS-TV มีเว็บไซต์ของตนเอง แต่เนื่องจากการขายให้กับบริสเติลโคน เว็บไซต์ดังกล่าวจึงถูกยกเลิกและหันมาใช้เว็บไซต์ร่วมกับ WSYT แทน ในช่วงปลายเดือนมกราคม 2015 ช่องดิจิทัลย่อย ที่สอง เริ่มออกอากาศGetTVซึ่งเป็นช่องออกอากาศดิจิทัลจากภาพยนตร์ที่Sony Pictures Entertainmentเป็นเจ้าของ โดยส่วนใหญ่จะนำเสนอภาพยนตร์ คลาสสิก จากคลังภาพยนตร์ของโซนี่

Bristlecone Broadcasting ถูกรวมเข้ากับโครงสร้างองค์กรของ Northwest Broadcasting ในการปรับโครงสร้างการถือครองกิจการออกอากาศของ Brian Brady ในเดือนพฤษภาคม 2015 ^{[ 5 ] [ 6 ]}เมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน 2015 ^{[ 7 ]}ใบอนุญาต WNYS-TV ถูกขายโดย RKM Media ให้กับ Syracuse Broadcasting ^{[ 8 ]}การขายครั้งนี้เริ่มต้นขึ้นในปี 2005 โดย Sinclair พยายามที่จะซื้อ WNYS ทั้งหมดในราคา 3.1 ล้านดอลลาร์ สิทธิ์ในการซื้อสถานีถูกโอนไปยัง Bristlecone ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการซื้อ WSYT และต่อมาถูกขายให้กับ Syracuse Broadcasting ในราคา 250,000 ดอลลาร์ เมื่อวันที่ 10 สิงหาคม 2015 ^{[ 8 ]}เมื่อวันที่ 1 ตุลาคม 2018 Northwest ได้ซื้อ WNYS ทั้งหมดในราคา 100,000 ดอลลาร์^{[ 9 ]}การขายเสร็จสมบูรณ์เมื่อวันที่ 6 ธันวาคม^{[ 10 ]}

ในส่วนหนึ่งของ การซื้อกิจการ Northwest ของ Apollo Global Managementบริษัทจะต้องขายสถานีโทรทัศน์หนึ่งในสองแห่งในตลาด หรือปิดสถานีใดสถานีหนึ่งลง เนื่องจากศาลอุทธรณ์ของรัฐบาลกลางตัดสินว่า Apollo ไม่สามารถเป็นเจ้าของทั้งสองสถานีได้ หลังจากการขายเสร็จสิ้นลง จึงมีการตัดสินใจที่จะย้ายหน่วยทางปัญญาและรายการของ WNYS-TV ไปยังช่องย่อยดิจิทัลของ WSYT ^{[ 11 ] [ 1 ]}จากนั้นใบอนุญาตของ WNYS-TV ก็ถูกส่งคืนในวันที่ 21 มกราคม 2020 ^{[ 12 ]}

ตามที่กล่าวไว้ข้างต้น สถานีนี้ใช้แบนด์วิดท์ร่วมกับ WSYT และได้รับการยอมรับอย่างเป็นทางการว่าเป็นซับแชนแนลของ WSYT (หากพิจารณาจากช่องสัญญาณทางกายภาพจริงโดยไม่มี การแทรกแซง ช่องสัญญาณเสมือน ช่องสัญญาณย่อยสองช่องของช่อง 43 คือ 14.5 และ 14.6) แต่ยังคงรักษา แผนผังช่องสัญญาณ มัลติ เพล็กซ์ของตนเองไว้ เป็นช่อง 43: ^{[ 13 ]}

WNYS-TV ได้ปิดสัญญาณอนาล็อกบน ช่อง UHF 43 เมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ 2552 ซึ่งเป็นวันที่กำหนดเป้าหมายเดิมที่สถานีโทรทัศน์กำลังส่งเต็มรูปแบบในสหรัฐอเมริกาจะต้องเปลี่ยนจากการออกอากาศแบบอนาล็อกไปเป็นการออกอากาศแบบดิจิทัลตามคำสั่งของรัฐบาลกลาง (ซึ่งต่อมาได้เลื่อนออกไปเป็นวันที่ 12 มิถุนายน 2552) สัญญาณดิจิทัลของสถานียังคงอยู่บนช่อง UHF 44 ก่อนการเปลี่ยนผ่าน โดยใช้ช่องเสมือน 43 ^{[ 14 ]}