แหล่งกำเนิดของแม่น้ำไวทาราตั้งอยู่ในพื้นที่เนินเขาสูงชันทางตะวันออกของภูเขาทารานากิ/เอ็กมอนต์ใกล้กับทาโฮราหลังจากไหลไปทางทิศตะวันตกเฉียงใต้สู่ตอนกลางของทารานากิแม่น้ำก็เปลี่ยนทิศทางอย่างกะทันหันเพื่อไหลไปทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือสู่ทะเลแทสแมนโดยไหลมาบรรจบกันที่เมืองชายฝั่งไวทารา^{[ 1 ]}

เดิมทีแม่น้ำสายนี้เคยมีท่าเรือในเมืองไวทาราซึ่งเป็นจุดขนส่งเนื้อสัตว์ส่งออกจากโรงงานแปรรูปเนื้อสัตว์แช่แข็ง Thos. Borthwick & Sons ของเมืองขึ้นเรือ อย่างไรก็ตาม การค้าดังกล่าวได้ย้ายไปดำเนินการที่ท่าเรือทารานากิใน เมือง นิวพลีมัธจนกระทั่งโรงงานปิดตัวลงในปี 1995

แม่น้ำไวทาราเป็นแม่น้ำที่มีพื้นเป็นโคลนสายแรกทางตอนเหนือของแหลมเอ็กมอนต์ แม่น้ำสายนี้มักเกิดน้ำท่วม จึงมีการสร้างคันกั้นน้ำ ( เขื่อน ) ทางด้านตะวันตกของแม่น้ำ (เหนือสะพาน) และทั้งสองฝั่งแม่น้ำทางด้านล่าง

สะพานแขวนเบอร์แทรนด์โรดอันเก่าแก่(ซึ่งเป็นหนึ่งในสะพานถนนแบบนี้เพียงไม่กี่แห่งในนิวซีแลนด์) อยู่ห่างจากทางหลวงหมายเลข 3 หลายกิโลเมตร (อยู่เหนือตัวเมืองขึ้นไปเล็กน้อย)

ในเดือนธันวาคม ค.ศ. 1860 ระหว่าง การรบในสงครามทารานากิครั้งที่หนึ่ง ซึ่งเป็นส่วนหนึ่ง ของ สงครามในนิวซีแลนด์กองกำลังอังกฤษภายใต้การนำของพลตรีแพรตต์ ได้ทำการโจมตีแนวป้องกันหลักของชาวเมารีที่เรียกว่า เต อาเร ("กำแพงกั้น") ทางฝั่งตะวันตกของแม่น้ำไวทารา ซึ่งขวางทางไปยังป้อมปราการบนเนินเขาประวัติศาสตร์ปูเกไวรังงิ ในระหว่างปฏิบัติการนี้ จ่าสิบเอกจอห์น ลูคัสได้รับเหรียญวิกตอเรียครอสเมื่อวันที่ 18 มีนาคม ค.ศ. 1861

ในอดีต คุณภาพน้ำของแม่น้ำไวทาราไม่ดีเนื่องจากการปล่อยน้ำเสียจากเมืองไวทาราที่ไม่ได้ผ่านการบำบัดและของเสียจากโรงงานแปรรูปเนื้อสัตว์ลงสู่แม่น้ำโดยไม่มีการควบคุม พบว่าแม่น้ำมีสีแดงเนื่องจากการปล่อยน้ำเสียจากโรงงานแปรรูปเนื้อสัตว์ คุณภาพน้ำดีขึ้นอย่างมากหลังจากการก่อสร้างท่อระบายน้ำเสียลงทะเลในปี 1978 และหลังจากปิดโรงงานแปรรูปเนื้อสัตว์ จนถึงปี 1999 มีการปล่อยน้ำเสียจากเมืองอิงเกิลวูดลงสู่แม่น้ำ^{[ 2 ]}

ในแง่ของระดับอีโคไล แม่น้ำไวทาราได้รับการจัดอันดับเป็นอันดับสองจาก 77 แห่งที่อยู่ในเครือข่ายคุณภาพน้ำแม่น้ำแห่งชาติของ NIWA ซึ่งจัดอยู่ในอันดับที่เหมาะสมสำหรับการพักผ่อนหย่อนใจแบบสัมผัส เช่น การว่ายน้ำ^{[ 3 ]}