เมื่อวันที่ 24 มิถุนายน 2552 ชาฟดารอฟเซ็นสัญญากับซีเอสเคเอ โซเฟียพร้อมกับเพื่อนร่วมทีม อย่าง อิวาน สโตยานอฟ , คอสตาดิน สโตยานอฟและคอสตา ยาเนฟเมื่อวันที่ 30 กรกฎาคม 2552 เขาทำผลงานได้ อย่าง ยอดเยี่ยม ด้วยการ ไม่เสียประตู ในการลงเล่นนัดแรกอย่างเป็นทางการให้กับ ทีม "อาร์มี่เมน" ในเกมที่ชนะ เดอร์รี ซิตี้ ทีม จากไอร์แลนด์เหนือ 1-0 ในบ้าน อย่างไรก็ตาม การลงเล่นนัดแรกใน ลีกของเขากับซีเอสเคเอต้องถูกเลื่อนออกไปหลังจากที่เขาได้รับ บาดเจ็บที่ศีรษะ ในเกม เลกสองกับทีม จากไอร์แลนด์เหนือหลังจากนั้น ชาฟดารอฟก็เสียตำแหน่งในทีมตัวจริงให้กับอิวาน คาราจอฟ หลังจากที่คาราจอฟทำผลงานได้อย่างน่าประทับใจ แต่หลังจากที่คาราจอฟเริ่มฟอร์มตก ชาฟดารอฟก็ได้ลงเล่นนัดแรกในลีกให้กับซีเอสเคเอในวันที่ 1 พฤศจิกายน 2552 ในเกมที่แพ้ไลเท็กซ์ โลเวช 0-2 นอก บ้าน เมื่อวันที่ 27 มีนาคม 2010 เขาลงเล่นในศึกดาร์บี้แมตช์ ครั้งแรก กับเลฟสกี้ โซเฟียและสามารถรักษาคลีนชีต ได้ จนจบเกมด้วยผลเสมอ 0-0