Bioinformatics algorithms

อัลกอริธึมทางชีวสารสนเทศ

เทคนิคการวิเคราะห์ไมโครอาร์เรย์

เทคนิคการวิเคราะห์ไมโครอาร์เรย์ใช้ในการตีความข้อมูลที่ได้จากการทดลองเกี่ยวกับดีเอ็นเอ ( การวิเคราะห์ชิปยีน ) อาร์เอ็นเอ...

$อัลกอริทึมคาบช์$ อ่าน 1 นาที

อัลกอริทึมคาบช์

Bioinformatics algorithms

อัลกอริทึม Kabschหรือที่รู้จักกันในชื่ออัลกอริทึม Kabsch-Umeyama ซึ่งตั้งชื่อตาม Wolfgang Kabsch และ Shinji Umeyama เป็นวิธีการคำนวณเมทริกซ์การหมุน ที่เหมาะสมที่สุด ซึ่งลดค่าRMSD..

$อุจีเอ็มเอ$ อ่าน 1 นาที

อุจีเอ็มเอ

Bioinformatics algorithms

UPGMA ( unweighted pair group method with arithmetic mean ) เป็น วิธี การจัดกลุ่มแบบลำดับชั้นแบบ รวมกลุ่ม (bottom-up) ที่เรียบง่าย

อ่าน 1 นาที

อัลกอริทึม Needleman–Wunsch

Bioinformatics algorithms

อัลกอริทึม Needleman –Wunschเป็นอัลกอริทึมที่ใช้ใน ชีวสารสนเทศเพื่อจัดเรียง ลำดับ โปรตีนหรือนิวคลีโอ ไทด์ เป็นหนึ่งในการประยุกต์ใช้การเขียนโปรแกรมแบบไดนามิก ครั้งแรกๆ...

อ่าน 1 นาที

SAMtools

Bioinformatics algorithms

SAMtoolsเป็นชุดยูทิลิตี้สำหรับการโต้ตอบและการประมวลผลหลังการจัดเรียงลำดับการอ่าน DNA สั้นในรูป แบบ SAM (Sequence Alignment/Map), BAM (Binary Alignment/Map) และCRAMซึ่งเขียนโดยHeng

อ่าน 1 นาที

ตัวประกอบกำมะหยี่

Bioinformatics algorithms

Velvetเป็นชุดอัลกอริทึมที่ได้รับการออกแบบมาเพื่อจัดการกับการประกอบจีโนมแบบ de novo และการจัดเรียงลำดับการ อ่านสั้น ซึ่งทำได้โดยการจัดการกราฟ de

อ่าน 1 นาที

บลาสต์2โก

Bioinformatics algorithms

Blast2GOซึ่งตีพิมพ์ครั้งแรกในปี 2548 เป็น เครื่องมือซอฟต์แวร์ ชีวสารสนเทศ สำหรับ การระบุหน้าที่ของข้อมูลลำดับใหม่ ( ยีนโปรตีน ) โดยอัตโนมัติและมีประสิทธิภาพสูง โดยใช้ ขั้นตอนวิธี..

อ่าน 1 นาที

โปรแกรมประกอบลำดับดีเอ็นเอแบบ de novo

Bioinformatics algorithms

โปรแกรม ประกอบลำดับนิวคลีโอไทด์แบบ de novoเป็นโปรแกรมประเภทหนึ่งที่ประกอบ ลำดับนิ วคลีโอไท ด์สั้นๆ เข้าด้วยกันให้เป็นลำดับที่ยาวขึ้น โดยไม่ต้องใช้จีโนม อ้างอิง...

อ่าน 1 นาที

การจัดเรียงลำดับ

Algorithms on strings

ในชีวสารสนเทศการจัดเรียงลำดับเป็นวิธีการจัดเรียงลำดับของDNA , RNAหรือโปรตีนเพื่อระบุบริเวณที่มีความคล้ายคลึงกันซึ่งอาจเป็นผลมาจากความสัมพันธ์เชิงหน้าที่โครงสร้างหรือวิวัฒนาการระหว่...

อ่าน 1 นาที

แพ็คเกจ ViennaRNA

Bioinformatics algorithms

ViennaRNA Packageเป็นซอฟต์แวร์ชุดโปรแกรมและไลบรารี แบบสแตนด์อโลน ที่ใช้สำหรับการทำนายและวิเคราะห์โครงสร้างทุติยภูมิของกรดนิวคลีอิกRNA ซอร์สโค้ดของ

อ่าน 1 นาที

โบว์ไท (การวิเคราะห์ลำดับ)

Bioinformatics algorithms

Bowtieเป็นซอฟต์แวร์แพ็กเกจที่ใช้กันทั่วไปสำหรับการจัดเรียงลำดับและการวิเคราะห์ลำดับในชีวสารสนเทศ ซอร์สโค้ดของแพ็กเกจนี้เผยแพร่ฟรีและมีไบนารีที่คอมไพล์แล้วสำหรับ แพลตฟอร์ม Linux ,..

อ่าน 1 นาที

เพื่อนบ้านเข้าร่วม

Bioinformatics algorithms

ในชีวสารสนเทศศาสตร์ Neighbor Joining เป็นวิธี การจัดกลุ่มแบบล่างขึ้นบน (แบบรวมกลุ่ม) สำหรับการสร้างแผนภูมิวิวัฒนาการซึ่งคิดค้นโดย Naruya Saitou และMasatoshi Neiในปี 1987...

$ดับเบิลยูพีจีเอ็มเอ$ อ่าน 1 นาที

ดับเบิลยูพีจีเอ็มเอ

Bioinformatics algorithms

WPGMA ( Weighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) เป็นวิธีการจัดกลุ่มแบบลำดับชั้นแบบรวมกลุ่ม (จากล่างขึ้นบน)...

$เมตริกโรบินสัน-ฟาวล์ดส์$ อ่าน 1 นาที

เมตริกโรบินสัน-ฟาวล์ดส์

Bioinformatics algorithms

ระยะทางRobinson–Fouldsหรือระยะทางความแตกต่างแบบสมมาตรซึ่งมักย่อเป็นระยะทาง RFเป็นวิธีง่ายๆ ในการคำนวณระยะทางระหว่างต้นไม้วิวัฒนาการ

$การจัดกลุ่มแบบเชื่อมโยงสมบูรณ์$ อ่าน 1 นาที

การจัดกลุ่มแบบเชื่อมโยงสมบูรณ์

Bioinformatics algorithms

การจัดกลุ่มแบบเชื่อมโยงสมบูรณ์ (Complete-linkage clustering)เป็นหนึ่งในหลายวิธีของการจัดกลุ่มแบบลำดับชั้นแบบรวมกลุ่ม (agglomerative hierarchical clustering )...

อ่าน 1 นาที

TopHat (ชีวสารสนเทศ)

Bioinformatics algorithms

TopHat เป็นเครื่องมือ ชีวสารสนเทศแบบโอเพนซอร์สสำหรับการจัดเรียงลำดับ cDNA แบบช็อตกันที่สร้างขึ้นโดยเทคโนโลยีทรานสคริปโตมิกส์ (เช่นRNA-Seq ) โดยใช้Bowtie ก่อน จากนั้นจึง...

อ่าน 1 นาที

การขุดค้นรูปแบบลำดับ

Bioinformatics

การขุดรูปแบบลำดับเป็นหัวข้อหนึ่งของการขุดข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับการค้นหารูปแบบที่มีนัยสำคัญทางสถิติระหว่างตัวอย่างข้อมูลที่ค่าต่างๆ ถูกส่งมอบตามลำดับ โดยทั่วไปจะถือว่าค่าต่างๆ...

$อัลกอริทึม Baum–Welch$ อ่าน 1 นาที

อัลกอริทึม Baum–Welch

Bioinformatics algorithms

ในวิศวกรรมไฟฟ้าการคำนวณทางสถิติและชีวสารสนเทศอัลกอริทึม Baum–Welchเป็นกรณีพิเศษของอัลกอริทึมการคาดการณ์-การเพิ่มค่าสูงสุดที่ใช้ในการค้นหาพารามิเตอร์ที่ไม่ทราบค่าของแบบจำลองมาร์คอฟท...

อ่าน 1 นาที

BLAST (เทคโนโลยีชีวภาพ)

Bioinformatics algorithms

ในชีวสารสนเทศ BLAST (เครื่องมือค้นหาการจัดตำแหน่งท้องถิ่นพื้นฐาน ) เป็นอัลกอริทึมและโปรแกรมสำหรับการเปรียบเทียบ ข้อมูลลำดับทางชีวภาพ เบื้องต้นเช่น ลำดับ...

อ่าน 1 นาที

ชุดวิเคราะห์โอลิโกนิวคลีโอไทด์สั้น

Bioinformatics algorithms

SOAP (Short Oligonucleotide Analysis Package) คือชุดซอฟต์แวร์ด้านชีวสารสนเทศ จากแผนกชีวสารสนเทศ ของ BGIที่ช่วยในการประกอบ จัดเรียง และวิเคราะห์ ข้อมูล

อ่าน 1 นาที

3D-Jury

Bioinformatics

3D-Juryเป็นเมตาเซิร์ฟเวอร์ที่รวบรวมและเปรียบเทียบโมเดลจากเซิร์ฟเวอร์ทำนายโครงสร้างโปรตีน ต่างๆ

$ระยะห่างของควอเต็ต$ อ่าน 1 นาที

ระยะห่างของควอเต็ต

Bioinformatics algorithms

ระยะทางควอเต็ต เป็นวิธีการวัดระยะทางระหว่างต้นไม้วิวัฒนาการ สองต้น โดยกำหนดเป็นจำนวนเซตย่อยของใบสี่ใบที่ไม่เกี่ยวข้องกันด้วยโทโพโลยี เดียวกัน ในต้นไม้ทั้งสองต้น

$องค์ประกอบกรดอะมิโนเทียม$ อ่าน 1 นาที

องค์ประกอบกรดอะมิโนเทียม

Amino acids

ในชีววิทยาโมเลกุลองค์ประกอบกรดอะมิโนเทียม (PseACC)เป็นวิธีการที่Kuo-Chen Chou นำเสนอ เพื่อแปลงลำดับโปรตีนเป็นเวกเตอร์เชิงตัวเลขเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพเทคนิคการจดจำรูปแบบ เช่น

$การจัดกลุ่ม (เมตาจีโนมิกส์)$ อ่าน 1 นาที

การจัดกลุ่ม (เมตาจีโนมิกส์)

Bioinformatics algorithms

ในเมตาจีโนมิกส์ การจัด กลุ่ม ( binning)คือกระบวนการคำนวณในการจัดกลุ่มคอนทิก ที่ประกอบขึ้น และกำหนดให้คอนทิกเหล่านั้นอยู่ในจีโนมต้นกำเนิดที่แยกจากกัน...