3D-Juryเป็นเมตาเซิร์ฟเวอร์ที่รวบรวมและเปรียบเทียบโมเดลจากเซิร์ฟเวอร์ทำนายโครงสร้างโปรตีน ต่างๆ ^{[ 1 ]}

อัลกอริทึม 3D-Jury รับกลุ่มการทำนายที่ทำโดยเซิร์ฟเวอร์หลายตัว และกำหนดคะแนน 3D-Jury ให้กับแต่ละคู่โดยพิจารณาจากความคล้ายคลึงกันทางโครงสร้าง เพื่อปรับปรุงความแม่นยำของแบบจำลองขั้นสุดท้าย ผู้ใช้สามารถเลือกเซิร์ฟเวอร์ทำนายที่จะรวบรวมผลลัพธ์ได้^{[ 1 ]}ผู้เขียน 3D-Jury ออกแบบระบบนี้เป็นตัวทำนายแบบเมตา เนื่องจากผลลัพธ์ก่อนหน้านี้สรุปได้ว่าโครงสร้างโปรตีนพลังงานต่ำเฉลี่ย (โดยวิธีการรวม) เข้ากับโครงสร้างที่แท้จริงได้ดีกว่าโครงสร้างโปรตีนพลังงานต่ำที่สุดเพียงอย่างเดียว^{[ 2 ]}

เซิร์ฟเวอร์ทำนายโครงสร้างโปรตีนอัตโนมัติ Robetta ได้รวม 3D-Jury เข้าไว้ในไปป์ไลน์การทำนาย^{[ 3 ]}

ณ เดือนมกราคม พ.ศ. 2567 ลิงก์ไปยัง 3D-Jury ซึ่งเดิมทีโฮสต์โดย BioInfoBank Institute จะไม่สามารถใช้งานได้อีกต่อไป^{[ 4 ]}

ขั้นแรก จะทำการเปรียบเทียบแบบคู่ระหว่างโมเดลทุกชุดที่สร้างขึ้นจากเซิร์ฟเวอร์ทำนายโปรตีนที่เลือกไว้ จากนั้นจะให้คะแนนการเปรียบเทียบแต่ละครั้งโดยใช้เครื่องมือ MaxSub ^{[ 5 ]}คะแนนจะถูกสร้างขึ้นโดยการนับจำนวน อะตอม C ในการทำนายทั้งสองที่อยู่ห่างกัน ไม่เกิน 3.5 Å หลังจากวาง ซ้อนกัน${\displaystyle sim(M_{a,b},M_{i,j})}$

เพื่อให้มีโอกาสประมาณ 90% ที่โมเดลสองโมเดลจะมีคลาสพับที่คล้ายกัน ผู้เขียนได้กำหนดเกณฑ์ที่ 40 เป็นคะแนนต่ำสุดที่เป็นไปได้สำหรับโมเดลคู่หนึ่งที่จะถูกระบุว่า "คล้ายกัน" ^{[ 1 ]}ผู้เขียนยอมรับว่าเลือกเกณฑ์นี้โดยอิงจากงานที่ยังไม่ได้ตีพิมพ์

3D-Jury ให้คะแนนสองแบบ: คะแนนโหมดโมเดลที่ดีที่สุดโดยใช้โมเดลหนึ่งตัวจากแต่ละเซิร์ฟเวอร์ ( ) และคะแนนโหมดโมเดลทั้งหมดที่พิจารณาโมเดลทั้งหมดจากแต่ละเซิร์ฟเวอร์ ( ) ^{[ 1 ]}${\displaystyle 3D-Jury-single(M_{a,b})}$${\displaystyle 3D-Jury-all(M_{a,b})}$

คะแนนโหมดโมเดลที่ดีที่สุดโดยใช้โมเดลหนึ่งตัวต่อเซิร์ฟเวอร์คำนวณได้ดังนี้${\displaystyle 3D-Jury-single(M_{a,b})}$

${\displaystyle 3D-Jury-single(M_{a,b})={\frac {\sum _{i}^{N}\max _{j,a\neq i{\mbox{ OR }}b\neq j}^{N_{i}}(sim(M_{a,b},M_{i,j}))}{1+N}}}$

โดยที่คือจำนวนเซิร์ฟเวอร์ และคือจำนวนโมเดลที่มีอันดับสูงสุด (สูงสุด 10) จากเซิร์ฟเวอร์ในขณะที่คะแนนความคล้ายคลึงแบบจับคู่จะถูกคำนวณระหว่างโมเดล(โมเดลจากเซิร์ฟเวอร์) และ(โมเดลจากเซิร์ฟเวอร์) ^{[ 1 ]}${\displaystyle N}$${\displaystyle N_{i}}$${\displaystyle i}$${\displaystyle M_{a,b}}$${\displaystyle b}$${\displaystyle a}$${\displaystyle M_{i,j}}$${\displaystyle j}$${\displaystyle i}$

ในขณะที่คะแนนโหมดทุกโมเดลโดยพิจารณาโมเดลทั้งหมดจากเซิร์ฟเวอร์นั้นคำนวณได้ดังนี้${\displaystyle 3D-Jury-all(M_{a,b})}$

${\displaystyle 3D-Jury-all(M_{a,b})={\frac {\sum _{i}^{N}\sum _{j,a\neq i{\mbox{ OR }}b\neq j}^{N_{i}}sim(M_{a,b},M_{i,j})}{1+\sum _{i}^{N}N_{i}}}}$

โดยใช้ตัวแปรที่คล้ายคลึงกันกับที่ระบุไว้ในคะแนนโหมดโมเดลที่ดีที่สุด

โปรดทราบว่าคะแนนเมตาพรีดิกเตอร์เหล่านี้ไม่ได้คำนึงถึงคะแนนความเชื่อมั่นจากแต่ละโมเดลจากเซิร์ฟเวอร์อื่น^{[ 1 ]}

• การทำนายโครงสร้างโปรตีน
• การเปรียบเทียบซอฟต์แวร์สำหรับการสร้างแบบจำลองกลศาสตร์โมเลกุล
• รายชื่อซอฟต์แวร์ทำนายโครงสร้างโปรตีน

• เว็บอินเทอร์เฟซ BioInfoBank Meta Server 3D-Jury