กองทัพที่ 3 ก่อตั้งขึ้นในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1918 เพื่อต่อต้านการแทรกแซงทางทหารของโรมาเนียในเบสซาราเบียกองทัพนี้ก่อตั้งขึ้นในโอเดสซาและสถานที่อื่นๆ ในสาธารณรัฐโซเวียตโอเดสซาประกอบด้วยหน่วยปฏิวัติแยกต่างหาก ส่วนใหญ่เป็นบอลเชวิก ฝ่ายซ้าย และอนาร์คิสต์ รวมถึงส่วนเล็กๆ ของกองทัพรัสเซียเดิมที่เคยต่อสู้ในสงครามโลกครั้งที่ 1 ในแนวรบโรมาเนียในช่วงกลางเดือนกุมภาพันธ์ กองทัพได้รับการเสริมกำลังด้วยทหาร 3,000 นายจากหน่วยคราสน็อกวาร์เดย์สกี ภายใต้การบัญชาการของมิคาอิล มูราฟเยฟซึ่งเดินทางมาจากเคียฟ จนถึงเดือนมีนาคม ค.ศ. 1918 กองทัพนี้มีชื่อว่ากองทัพปฏิวัติพิเศษแห่งเขตโอเดสซาหรือกองทัพพิเศษโอเดสซา

กองทัพบกเข้าประจำตำแหน่งทางฝั่งซ้ายของแม่น้ำ ดนี สเตอร์โดยมีกองบัญชาการอยู่ที่เมืองติราสปอลและมีพี.เอส. ลาซารอฟ เป็นผู้บัญชาการ ส่วนกริกอรี โคตอฟสกี เป็นผู้บัญชาการทหารม้า กองทัพบกนี้เป็นส่วนหนึ่งของกองกำลังติดอาวุธของสาธารณรัฐโซเวียต โอเดสซา ภาย ใต้การบัญชาการของมิคาอิล มูราฟเย ฟ ภารกิจของกองทัพพิเศษโอเดสซาไม่ใช่เพียงแค่การป้องกันไม่ให้กองทัพโรมาเนียรุกคืบในทรานส์นิสเตรียไปยังโอเดสซาเท่านั้น แต่ยังรวมถึงการนำเบสซาราเบียกลับคืนมาอยู่ภายใต้การควบคุมของสหภาพโซเวียตรัสเซียด้วย

กองทัพโซเวียตขับไล่ความพยายามของโรมาเนียในการสร้างฐานที่มั่นบนฝั่งซ้ายของแม่น้ำดนีสเตอร์ และในวันที่ 20 กุมภาพันธ์ ได้เปิดฉากการโจมตีตอบโต้ ภายในวันที่ 2 มีนาคม กองทัพของมูราฟเยฟได้เอาชนะโรมาเนียใกล้กับริบนิตาและสโลโบเซอี กองบัญชาการกองทัพโรมาเนีย ซึ่งยังคงทำสงครามกับฝ่ายมหาอำนาจกลาง ได้เสนอการหยุดยิง การเจรจาสันติภาพจัดขึ้นที่โอเดสซาและยาซี ระหว่างวันที่ 5-9 มีนาคม ได้มีการลงนามในพิธีสารร่วมเกี่ยวกับการยุติความขัดแย้งทางอาวุธระหว่างโซเวียตและโรมาเนีย ซึ่งโรมาเนียรับปากว่าจะถอนทหารออกจากเบสซาราเบียภายในสองเดือน และจะไม่ดำเนินการทางทหารหรือเป็นปรปักษ์ใดๆ ต่อสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตรัสเซีย (RSFSR) ในวันที่ 8 มีนาคม กองทัพโซเวียตได้รับคำสั่งให้หยุดปฏิบัติการทางทหารต่อกองทัพโรมาเนีย อย่างไรก็ตาม ทางการโรมาเนียสังเกตเห็นว่ากองทัพออสเตรีย-เยอรมัน ซึ่งเริ่มเข้ายึดครองดินแดนยูเครนเมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ และได้ยึดเคียฟและวินนิตซาไปแล้วนั้น จะเข้ายึดโอเดสซาในไม่ช้าเช่นกัน ดังนั้น ในวันที่ 9 มีนาคม โรมาเนียจึงเข้ายึดเมืองอัคเคอร์มันซึ่งเป็นการละเมิดข้อตกลงที่ทำไว้ และเป็นการยึดครองเบสซาราเบียใต้โดยสมบูรณ์ ไม่กี่วันต่อมา ข้อตกลงหยุดยิงก็ถูกยกเลิก

เมื่อวันที่ 3 มีนาคม กองทัพออสเตรีย-ฮังการีเข้ายึดเมืองบัลตาได้สำเร็จ ทำให้แนวหลังของกองกำลังโซเวียตทางใต้ถูกคุกคาม ผู้บัญชาการมิคาอิล มูราฟเยฟ สั่งให้กองทัพพิเศษโอเดสซาหยุดยั้งการรุกคืบของกองทัพออสเตรีย-ฮังการีตามแนวทางรถไฟทางตะวันตกเฉียงใต้ การต่อสู้ปะทุขึ้นใกล้สถานีรถไฟสโลโบดาและเบียร์ซูลาในวันที่ 5-7 มีนาคม ค.ศ. 1918 ระหว่างกองทัพแดงกับกองพลทหารราบที่ 3 และกองพลทหารม้าที่ 2 ของกองทัพออสเตรียที่ 12 ในการรบครั้งนี้ ออสเตรียสูญเสียทหารและนายทหารไปมากกว่า 500 นาย การป้องกันเบียร์ซูลาได้รับการนำโดยอนาโตลี เชเลซเนีย คอฟ นักเดินเรือและอนาร์ คิสต์ แต่กองทัพโอเดสซาขนาดเล็กและจัดระเบียบไม่ดีไม่สามารถต้านทานกองทัพออสเตรีย-ฮังการีได้ และถูกบังคับให้ถอยไปยังตำแหน่งป้องกัน 10  กิโลเมตรทางเหนือของโอเดสซา สภาโอเดสซาลงมติด้วยเสียงข้างมากอย่างท่วมท้นเสนอให้ยอมจำนนเมืองโดยไม่ต่อสู้รุมเชโรดตระหนักดีว่าการป้องกันโอเดสซานั้นไร้ประโยชน์ ในวันที่ 12 มีนาคม สภาเมืองโอเดสซาเข้ายึดอำนาจในโอเดสซาและตกลงกับกองบัญชาการออสเตรียเกี่ยวกับการอพยพกองทัพแดงโดยไม่มีอุปสรรค มิคาอิล มูราฟเยฟจึงจำต้องถอยทัพพร้อมกองทัพโอเดสซาไปทางตะวันออก

ในช่วงกลางเดือนมีนาคม ค.ศ. 1918 ตามมติของสภาโซเวียตแห่งยูเครนครั้งที่สองกองทัพพิเศษโอเดสซาได้รับชื่อว่ากองทัพที่ 3 หลังจากออกจากโอเดสซา กองทัพส่วนหนึ่งมุ่งหน้าไปยังแม่น้ำดนีเปอร์ และอีกส่วนหนึ่งข้ามไปยังไครเมีย หน่วยทางปีกขวาได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของกองทัพที่ 1ในขณะที่หน่วยอื่นๆ เข้าร่วมกับกองทัพที่ 5ของคลิเมนต์ โวโรชิลอฟ ส่วนกองกำลังที่ติราสปอล ได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของกองทัพที่ 2

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2461 กองทัพที่ 3 ตั้งอยู่รอบเมืองโลโซวาและมีทหารประมาณ 5,000 นายภายใต้การบังคับบัญชาของอี ชิกวานายา กองทัพนี้พยายามอย่างไร้ผลที่จะยับยั้งการรุกของกองทัพเยอรมันไปยังดอนบาส ในปลายเดือนเมษายน กองทัพที่ 3 ที่เหลืออยู่ซึ่งแตกพ่ายได้ถอนกำลังไปยังดินแดนของ RSFSR (จังหวัดโวโรเนซ) และเข้าร่วมกับกองทัพพิเศษที่ 1 ในภูมิภาคลิสกี^{[ 1 ]}

เมื่อวันที่ 20 กรกฎาคม ค.ศ. 1918 กองทัพที่ 3 ถูกจัดตั้งขึ้นเป็นครั้งที่สองจากหน่วยทหารที่แยกตัวออกมาจากแนวรบที่เรียกว่าแนวรบอูราลเหนือ-ไซบีเรีย กองทัพนี้เป็นส่วนหนึ่งของแนวรบด้านตะวันออก ปฏิบัติการในภูมิภาคเปร์ม เยคาเทรินบูร์ก และอิชิมเพื่อต่อต้านกองกำลังกบฏของกองทัพเชโกสโลวา เกีย และหน่วยไวท์การ์ด กองทัพนี้เข้าร่วมในปฏิบัติการซลาตูสต์-เชลยาบินสค์ (กรกฎาคม ค.ศ. 1918) เยคาเทรินบูร์ก (สิงหาคม-กันยายน ค.ศ. 1918) และเปร์ม หลังจากการสู้รบอย่างหนักซึ่งทำให้กองทัพที่ 3 สูญเสียกำลังพลจำนวนมาก กองทัพที่ 3 ถูกบังคับให้ถอนกำลังออกจากเปร์มในวันที่ 24 ธันวาคม ค.ศ. 1918

หลังจากฟื้นฟูศักยภาพในการรบแล้ว กองทัพที่ 3 ได้ยึดครองเมืองหลายแห่งในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. 1919 และหยุดยั้งการรุกของข้าศึกที่แม่น้ำเวียตก้าในช่วงเดือนพฤษภาคม-กรกฎาคม ค.ศ. 1919 กองทัพที่ 3 ได้เข้าร่วมในการรุกตอบโต้แนวรบด้านตะวันออกและยึดเมืองเปร์มคืนได้ในวันที่ 1 กรกฎาคม ค.ศ. 1919 ต่อมาในปีเดียวกัน กองทัพที่ 3 ยังได้เข้าร่วมในปฏิบัติการโจมตีที่เปโตรปาฟลอฟสค์และออมสค์ด้วย

เมื่อวันที่ 15 มกราคม พ.ศ. 2463 กองทัพที่ 3 ถูกโอนย้ายไปเป็นกองกำลังแรงงานชั่วคราวและเปลี่ยนชื่อเป็นกองทัพแรงงานปฏิวัติที่ 1 ภายใต้กรอบนโยบายเศรษฐกิจของคอมมิวนิสต์ทางทหาร^{[ 1 ]}

กองทัพที่ 3 ก่อตั้งขึ้นใหม่เมื่อวันที่ 11 มิถุนายน 1920 โดยกองบัญชาการแนวรบด้านตะวันตก โดย รวมกำลังพลจากกลุ่มทางใต้ของกองทัพที่ 15ในช่วงสงครามโซเวียต-โปแลนด์

กองทัพที่ 3 ต่อสู้กับชาวโปแลนด์บริเวณด็อกชีตซีและปาราฟยานอฟ (มิถุนายน-กรกฎาคม) และเข้าร่วมในปฏิบัติการเดือนกรกฎาคม ปี 1920 ในระหว่างยุทธการที่วอร์ซอ (1920) กองทัพนี้ ได้สู้รบในแนวรบกลางระหว่างค็อกและโบรดีในเดือนกันยายน กองทัพนี้ได้สู้รบในพื้นที่ดรุสกินินไกและอัชมยานีและพ่ายแพ้ในยุทธการแม่น้ำนีเมนในเดือนพฤศจิกายน-ธันวาคม กองทัพนี้ได้ปฏิบัติการต่อต้าน กองกำลัง ของบูลาค-บาลาโควิชในเบลารุส

^{เมื่อ วัน}ที่ 31 ธันวาคม พ.ศ. 2463 กองทัพที่ 3 ถูกยุบและรวมเข้ากับกองทัพที่ 16 ^{[ 1} ]

• ไรน์โกลด์ แบร์ซิน (20 กรกฎาคม – 29 พฤศจิกายน พ.ศ. 2461)
• มิคาอิล ลาเชวิช (30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2461 – 5 มีนาคม พ.ศ. 2462)
• เซอร์เกย์ เมเชนินอฟ (5 มีนาคม – 26 สิงหาคม 1919)
• มิคาอิล อลาฟูซอฟ (รักษาการ 26 สิงหาคม - 6 ตุลาคม 1919)
• มิคาอิล มาติยาเซวิช (7 ตุลาคม พ.ศ. 2462 – 15 มกราคม พ.ศ. 2463)
• วลาดิมีร์ ลาซาเรวิช (12 มิถุนายน – 18 ตุลาคม 1920)
• อเล็กซานเดอร์ เบลายา (รักษาการ 18–24 ตุลาคม พ.ศ. 2463)
• นิโคไล คากูริน (24 ตุลาคม-31 ธันวาคม 2463) ^{[ 1 ]}

• อิวาร์ สมิลกา
• มิคาอิล ลาเชวิช
• วาเลนติน ทริโฟนอฟ
• นิโคไล มูราลอฟ
• นิโคไล คุซมิน