ฝูงบินนี้ก่อตั้งขึ้นครั้งแรกที่สนามบินอาซานโซลประเทศอินเดีย ในเดือนกันยายน ปี 1944 ในชื่อฝูงบินขับไล่ที่ 6 หน่วยคอมมานโด โดยใช้เครื่องบิน ขับไล่ Republic P-47 Thunderboltในช่วงเดือนแรกของการปฏิบัติการ ฝูงบินได้บินจากหลายฐานในพื้นที่ซึ่งปัจจุบันคือประเทศอินเดียและบังกลาเทศ โดยประจำการอยู่ที่ค็อกซ์บาซาร์ตั้งแต่วันที่ 15 ถึง 21 ตุลาคม 1944, 2 ถึง 8 พฤศจิกายน 1944 และ 11 ถึง 18 มกราคม 1945 และจากสนามบินเฟนนีตั้งแต่วันที่ 1 ถึง 24 ธันวาคม 1944 ฝูงบินที่ 6 ได้ปฏิบัติภารกิจรบในเขตสงครามจีน-พม่า-อินเดียในสงครามโลกครั้งที่สองเริ่มตั้งแต่วันที่ 17 ตุลาคม 1944 ในปี 1945 ฝูงบินที่ 6 ได้เปลี่ยนมาใช้ เครื่องบินขับไล่ North American P-51 Mustangและปฏิบัติภารกิจต่อไปจนถึงวันที่ 8 พฤษภาคม 1945 ฝูงบินออกจากอินเดียในเดือนตุลาคม 1945 และถูกยุบเลิกเมื่อเดินทางถึงท่าเรือต้นทางในเดือนพฤศจิกายน^{[ 1 ] [ 3 ]}ในปี พ.ศ. 2491 กองทัพอากาศได้ยุบฝูงบินนี้พร้อมกับฝูงบินขับไล่คอมมานโดอื่นๆ^{[ 1 ]}

ในปี พ.ศ. 2505 ฝูงบินได้รับการจัดตั้งขึ้นใหม่และเปิดใช้งานที่ฐานทัพอากาศ Eglin Air Force Base Auxiliary Airfield No. 9รัฐฟลอริดา ซึ่งฝูงบินนี้ติดตั้งเครื่องบินDouglas B-26 InvaderและNorth American T-28 Trojanฝูงบินที่ 6 ฝึกลูกเรือในการต่อต้านการก่อความไม่สงบและสงครามนอกแบบแผนนอกจากนี้ยังทำการบินสาธิตสำหรับยุทธวิธีเหล่านั้น บุคลากรของฝูงบินถูกส่งไปประจำการที่เวียดนามใต้ซึ่งพวกเขาทำหน้าที่เป็นที่ปรึกษาให้กับ บุคลากรของ กองทัพอากาศสาธารณรัฐเวียดนามที่ฐานทัพอากาศเบียนฮวาพวกเขายังฝึกนักบินจากละตินอเมริกาที่ฐานทัพอากาศฮาวาร์ดเขตคลองปานามา ในยุทธวิธีต่อต้านการก่อความไม่สงบ^{[ 3 ]}

ในปี 1963 ฝูงบินลดจำนวนลงเหลือเพียงหน่วย T-28 ทั้งหมด บุคลากรจำนวนมากของฝูงบินที่ 6 ได้เข้าร่วมเป็นแกนนำให้กับหน่วยปฏิบัติการพิเศษใหม่ ๆ ที่กำลังจัดตั้งขึ้น ภายในเดือนมีนาคม 1964 จำนวนกำลังพลของฝูงบินฟื้นตัวจนสามารถส่งไปประจำการที่ฐานทัพอากาศอุดรธานีประเทศไทย เพื่อฝึกอบรมลูกเรือภาคพื้นดินและภาคอากาศในการปฏิบัติการต่อต้านการก่อความไม่สงบ ในปี 1966 ฝูงบินได้รับการเปลี่ยนชื่อเป็นฝูงบินคอมมานโดอากาศขับไล่ที่ 6และย้ายไป ประจำการ ที่ฐานทัพอากาศอังกฤษพร้อมกับกองบินคอมมานโดอากาศที่ 1 ซึ่งเป็นหน่วยแม่ ที่อังกฤษ ฝูงบินเริ่มได้รับ เครื่องบิน Douglas A-1 Skyraiderเพื่อทดแทน T-28 ภายในเดือนธันวาคม 1967 เครื่องบิน T-28 ลำสุดท้ายได้ถูกย้ายออกไป

หน่วยนี้ถูกส่งไปประจำการที่ฐานทัพอากาศเปลกูเวียดนามใต้ ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2511 โดยถูกจัดให้อยู่ในกองบินคอมมานโดที่ 14 ชั่วคราวจนกระทั่งกองทัพอากาศได้จัดตั้งกองบินปฏิบัติการพิเศษที่ 633 ขึ้นที่เปลกูในเดือนกรกฎาคม ซึ่งเป็นวันเดียวกับที่หน่วยนี้เปลี่ยนชื่อเป็นกองบินปฏิบัติการพิเศษที่ 6 หน่วย นี้เริ่มปฏิบัติภารกิจรบในวันที่ 1 มีนาคม พ.ศ. 2511 รวมถึงการสนับสนุนทางอากาศระยะใกล้สำหรับกองกำลังภาคพื้นดิน การคุ้มครองทางอากาศสำหรับการขนส่งที่ปฏิบัติภารกิจ Ranch Handภารกิจสกัดกั้นทั้งกลางวันและกลางคืน การสนับสนุน การค้นหาและกู้ภัยในการรบการลาดตระเวนติดอาวุธ และ ภารกิจ ควบคุมทางอากาศล่วงหน้าหน่วยนี้ได้รับรางวัลPresidential Unit Citationและรางวัล Air Force Outstanding Unit Awardพร้อมเครื่องหมาย Combat "V" สองรางวัล ในระหว่างการประจำการ 21 เดือนในเวียดนาม^{[ 1 ] [ 3 ]}

ฝูงบินนี้ถูกยุบเลิกในการลดกำลังรบครั้งแรกของกองทัพอากาศสหรัฐฯ เนื่องจากเพดานบินสำหรับกองกำลังในเวียดนามใต้ถูกลดลง ฝูงบินนี้ยังคงทำการบินรบต่อไปจนกระทั่งถูกยุบเลิก และเครื่องบิน A-1 ของฝูงบินถูกโอนไปยังกองบินปฏิบัติการพิเศษที่ 56ซึ่งประจำการอยู่ในประเทศไทย^{[ 1 ] [ 4 ]}

ฝูงบินกลับมายังฐานทัพอากาศอังกฤษเมื่อวันที่ 8 มกราคม 1970 พร้อมด้วย เครื่องบินโจมตีเบา Cessna A-37 Dragonflyภารกิจของฝูงบินคือการฝึกนักบินทดแทนของกองทัพอากาศสหรัฐฯ และกองทัพอากาศพันธมิตรในการใช้เครื่องบิน A-37 ภารกิจการฝึกของฝูงบินสะท้อนให้เห็นในการเปลี่ยนชื่อเป็นฝูงบินฝึกปฏิบัติการพิเศษที่ 6ในเดือนสิงหาคม 1972 ที่ฐานทัพอากาศอังกฤษ ฝูงบินที่ 6 ได้รับมอบหมายให้สังกัดกองบินฝึกนักบินรบที่ 4410 ในช่วงแรก เมื่อกิจกรรมของสหรัฐฯ ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ลดลง ความต้องการฝึกนักบินสำหรับสงครามก็ลดลงเช่นกัน กองบินที่ 4410 จึงถูกลดขนาดลงเหลือเพียงกลุ่มและในที่สุดก็ถูกยุบในเดือนกรกฎาคม 1973 เมื่อฝูงบินกลับไปอยู่ภายใต้การควบคุมของกองบินปฏิบัติการพิเศษที่ 1 ซึ่งได้ย้ายจากฐานทัพอากาศอังกฤษไปยังสนามบินเฮอร์ลเบิร์ตในปี 1969 ในเดือนมกราคม 1974 ฝูงบินได้รับมอบหมายให้สังกัดกองบินหลักที่ฐานทัพอากาศอังกฤษ คือกองบินขับไล่ทางยุทธวิธีที่ 23จนกระทั่งถูกยุบในเดือนกรกฎาคม^{[ 1 ] [ 3 ]}

ฝูงบินได้รับการกำหนดชื่อใหม่เป็นฝูงบินปฏิบัติการพิเศษที่ 6และเปิดใช้งานที่สนามบินเฮอร์ลเบิร์ตเมื่อวันที่ 1 เมษายน 1994 โดยรับบุคลากรจากหน่วยย่อยที่ 7 ฝ่ายปฏิบัติการรบพิเศษ ซึ่งจัดตั้งขึ้นในเดือนสิงหาคม 1993 เพื่อให้มีขีด ความสามารถ ด้านการป้องกันภายในประเทศ ที่เกี่ยวข้องกับการบิน หน่วยย่อยที่ 7 เพิ่งทำการปฏิบัติภารกิจป้องกันภายในประเทศครั้งใหญ่ครั้งแรกในเดือนก่อนหน้าที่เอกวาดอร์ ภายในเดือนตุลาคม 1994 หน่วยได้เติบโตขึ้นและเปลี่ยนชื่อเป็นฝูงบินปฏิบัติการพิเศษที่ 6อีกครั้ง สองปีต่อมา ในวันที่ 11 ตุลาคม 1996 ฝูงบินได้กลายเป็นหน่วยบินเมื่อได้รับเฮลิคอปเตอร์Bell UH-1N Hueyจำนวน 2 ลำ ^{[ 1 ] [ 3 ]}นับตั้งแต่นั้นมา ฝูงบินได้ปฏิบัติการด้วยเครื่องบินของสหรัฐฯ และต่างประเทศจำนวนหนึ่งในบทบาทการให้คำปรึกษา นับตั้งแต่ปี 1994 ฝูงบินได้ส่งที่ปรึกษาไปช่วยเหลือกองกำลังพันธมิตรของสหรัฐฯ ในการใช้งานและบำรุงรักษาทรัพยากรทางอากาศของตนเอง และเมื่อจำเป็น ก็บูรณาการทรัพยากรเหล่านั้นเข้ากับการปฏิบัติการร่วมและข้ามชาติ^{[ 3 ]}จนกระทั่งการเปิดใช้งานฝูงบินที่ปรึกษาปฏิบัติการทางอากาศที่ 370 ในอิรักในปี 2007 ฝูงบินนี้เป็น "หน่วยเดียวของกองทัพอากาศสหรัฐฯ ที่มีภารกิจหลักคือการฝึกอบรมและให้คำปรึกษาแก่กองทัพอากาศของประเทศเจ้าบ้าน" ภารกิจนี้มักจะผสานรวมกับภารกิจต่อต้านการก่อความไม่สงบและภารกิจป้องกันภายในประเทศของต่างประเทศในประเทศเจ้าบ้าน^{[ 5 ]}

หน่วยนี้ย้ายจาก Hurlburt Field ไปยังDuke Fieldในปี 2012 เมื่อฝูงบินปฏิบัติการพิเศษที่ 711เปลี่ยนจากLockheed MC-130E Combat Talonไปทำหน้าที่ป้องกันภายในประเทศต่างประเทศ โดยทั้งสองหน่วยรับภารกิจใหม่ร่วมกัน “ในฐานะฝูงบินปฏิบัติการของกองทัพอากาศเพียงสองฝูงที่ปฏิบัติภารกิจนี้ อัตราการปฏิบัติภารกิจของพวกเขาสามารถอธิบายได้ดีที่สุดว่าเป็นการปฏิบัติภารกิจอย่างต่อเนื่องโดยเฉลี่ยประมาณหนึ่งครั้งต่อเดือน” ^{[ 6 ]}

ฝูงบินประกอบด้วยที่ปรึกษาการบินรบ (CAA) ซึ่งได้รับการฝึกฝนเป็นพิเศษสำหรับการดำเนินกิจกรรมปฏิบัติการพิเศษโดยร่วมกับและผ่านกองกำลังการบินต่างประเทศ[ ^{3 ] CAA}ถูกส่งไปประจำการในกว่า 45 ประเทศ โดยบินเครื่องบินมากกว่า 40 ประเภทเพื่อปฏิบัติภารกิจ CAA สนับสนุนการปฏิบัติการในกองบัญชาการภาคต่างๆ ทั่วโลก มีนักบินของฝูงบินมากกว่า 900 นายที่ได้รับตำแหน่ง CAA ในช่วง 30 ปีที่ผ่านมา พวกเขาได้รับอนุญาตให้สวมหมวกเบเร่ต์สีพิเศษซึ่งแสดงถึงทักษะเฉพาะที่ CAA มีเหนือผู้อื่นในกองทัพ เมื่อวันที่ 6 มกราคม 2018 พลโท แบรด เวบบ์ผู้บัญชาการ AFSOC ในขณะนั้น ได้มอบหมวกเบเร่ต์สีน้ำตาลให้กับสมาชิกของ 6th SOS สีน้ำตาลแสดงถึงความสามารถของ CAA ในการมองเห็นดินที่อุดมสมบูรณ์ในที่ที่คนอื่นมองเห็นแต่ดินแห้งแล้ง ด้วยการเปลี่ยนผ่านขีดความสามารถในการให้คำปรึกษาทางอากาศของฝูงบินที่ 6 เพื่อตอบสนองความต้องการในอนาคต CAA จะไม่สวมหมวกเบเร่ต์สีน้ำตาลอีกต่อไป^{[ 7 ]}

• ฐานทัพอากาศแคนนอน รัฐนิวเม็กซิโก ปี 2022 - ปัจจุบัน