ARMAN (สายพันธุ์แอซิโดฟิลิกที่ไม่ผ่านการเพาะเลี้ยง)
การจำแนกประเภททางวิทยาศาสตร์( Candidatus )
โดเมน:	อาร์เคีย
ไฟลัม:	ไมครอาร์คีโอตา

จุลินทรีย์อาร์เคียที่ชอบกรดในเหมืองริชมอนด์ (ARMAN)ถูกค้นพบครั้งแรกในเหมืองที่มีความเป็นกรดสูงมากซึ่งตั้งอยู่ในแคลิฟอร์เนียตอนเหนือ ( เหมืองริชมอนด์ที่ไอรอนเมาน์เทน ) โดยเบรตต์ เบเกอร์ ในห้องปฏิบัติการของจิลล์ แบนฟิลด์ ที่มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เบิร์กลีย์ กลุ่ม อาร์เคียกลุ่มใหม่เหล่านี้ซึ่งตั้งชื่อว่า ARMAN-1, ARMAN-2 ( Candidatus Micrarchaeum acidiphilum ARMAN-2) และ ARMAN-3 ไม่ถูกตรวจพบในการสำรวจชุมชนเหมืองโดยใช้ PCR ก่อนหน้านี้ เนื่องจาก ARMAN มีความไม่ตรงกันหลายจุดกับ ไพรเมอร์ PCR ที่ใช้กันทั่วไป สำหรับยีน16S rRNA เบเกอร์ และคณะ^{[ 1 ]}ตรวจพบพวกมันในการศึกษาครั้งต่อมาโดยใช้การจัดลำดับแบบช็อตกันของชุมชน เดิมทีคิดว่าทั้งสามกลุ่มนี้เป็นตัวแทนของสายพันธุ์ที่ไม่ซ้ำกันสามสายพันธุ์ที่แตกแขนงออกไปอย่างลึกซึ้งภายในEuryarchaeotaซึ่งเป็นกลุ่มย่อยของอาร์เคียอย่างไรก็ตาม จากแผนภูมิจีโนมของอาร์เคียที่สมบูรณ์ยิ่งขึ้น พวกมันถูกจัดให้อยู่ในอาณาจักรใหม่ที่ชื่อว่าNanobdellati ^{[ 2 ]}ปัจจุบันกลุ่ม ARMAN ประกอบด้วยไฟลัมที่แตกต่างกันอย่างมากซึ่งมีชื่อว่าMicrarchaeota และ Parvarchaeota [ ^{3 ] ยีน} 16S rRNA ของพวกมันแตกต่างกันมากถึง 17% ระหว่างสามกลุ่ม ก่อนการค้นพบอาร์เคีย ทั้งหมด ที่พบว่าเกี่ยวข้องกับ Iron Mountain จัดอยู่ในอันดับThermoplasmatales (เช่นFerroplasma acidarmanus )

การตรวจสอบพื้นที่ต่างๆ ในเหมืองโดยใช้โพรบเรืองแสงเฉพาะกลุ่ม ARMAN พบว่าพวกมันปรากฏอยู่เสมอในชุมชนที่เกี่ยวข้องกับการระบายน้ำเสียจากเหมืองที่เป็นกรด (AMD) ที่ Iron Mountain ทางตอนเหนือของแคลิฟอร์เนีย ซึ่งมีค่า pH < 1.5 โดยปกติแล้วจะพบในปริมาณน้อย (5–25%) ในชุมชน เมื่อเร็วๆ นี้ สิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดถูกตรวจพบในหนองน้ำหรือบึงที่เป็น กรดในเขตป่าสน ในฟินแลนด์^{[ 4 ]}แหล่งระบายน้ำเสียจากเหมืองที่เป็นกรดอีกแห่งในสภาพแวดล้อมที่รุนแรงของRio Tintoทางตะวันตกเฉียงใต้ของสเปน^{[ 5 ]}ที่บ่อน้ำพุร้อนใต้ดินลึกที่เป็นด่างอ่อนใน Yunohama ประเทศญี่ปุ่น^{[ 6 ]}และในเหมืองไพไรต์ในเทือกเขา Harz ในเยอรมนี^{[ 7 ]}

การใช้^{การ ถ่ายภาพด้วย} กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบไครโอ (cryo-electron tomography ) การวิเคราะห์ลักษณะสามมิติของเซลล์ ARMAN ที่ไม่ได้เพาะเลี้ยงภายในไบโอฟิล์ม ในเหมือง ^{[ 8 ]}เผยให้เห็นว่าเซลล์เหล่านี้มีขนาดใกล้เคียงกับขนาดเซลล์ที่คาดการณ์ไว้ว่าเป็นขีดจำกัดล่างของสิ่งมีชีวิต คือ 0.009 ^μm³และ0.04 μm³ แม้ว่าเซลล์จะมีขนาดเล็กผิดปกติ แต่ก็มักพบไวรัส มากกว่าหนึ่งชนิด เกาะติดกับเซลล์ในขณะที่อยู่ในไบโอฟิล์ม ยิ่งไปกว่านั้น เซลล์เหล่านี้มีไรโบโซม โดยเฉลี่ยประมาณ 92 ตัว ต่อเซลล์ ในขณะที่ เซลล์ E. coliที่เพาะเลี้ยงโดยเฉลี่ยมีไรโบโซมประมาณ 10,000 ตัว สิ่งนี้ชี้ให้เห็นว่าสำหรับเซลล์ ARMAN นั้นมีเมตาโบไลต์จำนวนจำกัดมากในเซลล์ที่กำหนด ซึ่งก่อให้เกิดคำถามเกี่ยวกับข้อกำหนดขั้นต่ำสำหรับเซลล์ที่มีชีวิต  

การสร้างภาพสามมิติของเซลล์ ARMAN ในสภาพแวดล้อมเผยให้เห็นว่าเซลล์จำนวนเล็กน้อยเกาะติดกับอาร์เคียอื่นๆ ในอันดับThermoplasmatales (Baker et al. 2010 ^{[ 9 ]} ) เซลล์ Thermoplasmatales ดูเหมือนจะแทรกซึมผ่านผนังเซลล์เข้าไปในไซโตพลาซึมของเซลล์ ARMAN ^{[ 10 ]}ลักษณะของการปฏิสัมพันธ์นี้ยังไม่ได้รับการระบุ อาจเป็นการปฏิสัมพันธ์แบบปรสิตหรือแบบพึ่งพาอาศัยกันก็ได้ เป็นไปได้ว่า ARMAN กำลังได้รับเมตาโบไลต์บางชนิดที่มันไม่สามารถผลิตได้เอง

จีโนมของกลุ่ม ARMAN สามกลุ่มได้รับการจัดลำดับที่สถาบันจีโนมร่วมของ กระทรวงพลังงาน ระหว่างโครงการจัดลำดับชุมชนในปี 2549 ^{[ 11 ]}จีโนมทั้งสามนี้ได้รับการจัดกลุ่มจากข้อมูลจีโนมชุมชนโดยใช้การจัดกลุ่ม ESOM หรือ Emergent Self-Organizing Mapของลายเซ็น DNA เตตระนิวคลีโอไทด์^{[ 12 ]}

ร่างแรกของCandidatus Micrarchaeum acidiphilum ARMAN-2 มีขนาดประมาณ 1 Mb ^{[ 9 ]} ARMAN-2 เพิ่งได้รับการปิดช่องว่างโดยใช้การจัดลำดับ 454 และ Solexa ของไบโอฟิล์มอื่นๆ และกำลังเตรียมส่งไปยัง NCBI จีโนมของ ARMAN-4 และ ARMAN-5 (ขนาดประมาณ 1 Mb เช่นกัน) มีความยาวยีนเฉลี่ยที่เล็กผิดปกติ คล้ายกับที่พบในแบคทีเรียเอนโดซิมไบโอติกและปรสิต นี่อาจเป็นลักษณะเฉพาะของการมีปฏิสัมพันธ์ระหว่างสายพันธุ์กับอาร์เคียอื่นๆ ในธรรมชาติ^{[ 9 ]}นอกจากนี้ การแตกแขนงของกลุ่มเหล่านี้ใกล้กับ เส้นแบ่ง Euryarchaea / Crenarchaeaสะท้อนให้เห็นในการที่พวกมันมีลักษณะทางพันธุกรรมร่วมกันหลายอย่างของทั้ง Crenarchaea และ Euryarchaea โดยเฉพาะอย่างยิ่ง พวกมันมีหลายยีนที่ก่อนหน้านี้พบเฉพาะใน Crenarchaea เท่านั้น การอธิบายกระบวนการเผาผลาญที่รู้จักกันทั่วไปหลายอย่างใน ARMAN นั้นทำได้ยาก เนื่องจากมีจำนวนยีนที่ไม่ซ้ำกันสูงผิดปกติที่ถูกระบุในจีโนมของพวกมัน

เอนโดนิวคลีเอสชนิดใหม่ที่เกี่ยวข้องกับการประมวลผล tRNA ได้ถูกค้นพบในกลุ่ม ARMAN 1 และ 2 ^{[ ​​13 ]}เอนไซม์นี้ประกอบด้วยหน่วยเร่งปฏิกิริยาที่ซ้ำกันสองหน่วยและหน่วยโครงสร้างหนึ่งหน่วยที่เข้ารหัสบนยีนเดียว ซึ่งแสดงถึงสถาปัตยกรรมสามหน่วยแบบใหม่

• บทความในบล็อก ASM Small Things Considered
• โครงการจัดลำดับดีเอ็นเอชุมชน JGI
• ข่าวประชาสัมพันธ์ มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เบิร์กลีย์ ปี 2006
• หน้าเว็บของ ดร. หลุยส์ โคมอลลี พร้อมภาพเซลล์ ARMAN หลายภาพ
• ข่าวประชาสัมพันธ์จากมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เบิร์กลีย์ ปี 2010 เก็บถาวรเมื่อวันที่ 27 พฤษภาคม 2010 ที่Wayback Machine
• บทความเกี่ยวกับ ARMAN จากหนังสือพิมพ์ USA Today ปี 2010
• บทความของ MSNBC เกี่ยวกับ ARMAN ปี 2010