ในการตั้งชื่อโปรคาริโอต Candidatus (ย่อว่าCa. ; ภาษาละตินแปลว่า ' ผู้สมัครตำแหน่งโรมัน') ใช้ในการตั้งชื่อกลุ่ม โปรคาริโอต ที่มีลักษณะเฉพาะดี แต่ยังไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้ [ ^{1 ] วิธี}การจัดลำดับในปัจจุบันเช่น การจัดลำดับ RNA ไรโบโซม 16Sหรือเมตาจีโนมิกส์ให้ข้อมูลมากมายเกี่ยวกับสิ่งมีชีวิตที่วิเคราะห์ และทำให้สามารถระบุและจำแนกลักษณะของแต่ละชนิดได้ อย่างไรก็ตาม โปรคาริโอตส่วนใหญ่ยังคงไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้ และจึงไม่สามารถเข้าถึงได้สำหรับการศึกษาลักษณะเฉพาะเพิ่มเติมในหลอดทดลองการค้นพบกลุ่มสิ่งมีชีวิตจำนวนมากเมื่อเร็ว ๆ นี้ได้นำไปสู่ การ แพร่กระจายของไฟลัมที่ขยายแผนภูมิวิวัฒนาการผ่านข้อมูลเชิงลึกใหม่ ๆ เกี่ยวกับความหลากหลายของแบคทีเรีย

ประมวลกฎการตั้งชื่อจุลินทรีย์โปรคาริโอตฉบับแรก(ICNP) รวมถึงการแก้ไขในระยะแรกไม่ได้คำนึงถึงความเป็นไปได้ในการระบุจุลินทรีย์โปรคาริโอตที่ยังไม่สามารถเพาะเลี้ยงได้ ซึ่งขัดแย้งกับขอบเขตที่ระบุไว้ของ ICNP อย่างชัดเจน ซึ่งก็คือ "จุลินทรีย์โปรคาริโอต" ไม่ใช่เฉพาะจุลินทรีย์ที่เพาะเลี้ยงได้เท่านั้น ดังนั้น จึงมีการเสนอคำว่าCandidatusในบริบทของการประชุมของคณะกรรมการระหว่างประเทศว่าด้วยระบบอนุกรมวิธานของจุลินทรีย์โปรคาริโอต (ICSP ซึ่งเดิมคือคณะกรรมการระหว่างประเทศว่าด้วยระบบแบคทีเรีย) ในปี 1994 เพื่อเริ่มต้นการแก้ไขประมวลกฎ^{[ 2 ]} เนื่องจากจำนวนอนุกรม วิธาน Candidatus ที่เพิ่มขึ้น ซึ่งเกี่ยวข้องกับความก้าวหน้าอย่างต่อเนื่องของเทคโนโลยีการจัดลำดับ ICSP จึงได้นำประมวลกฎการตั้งชื่อจุลินทรีย์โปรคาริโอตฉบับแรกมาใช้ในปี 1996 โดยเพิ่มภาคผนวกสำหรับอนุกรมวิธานCandidatus ^{[ 3 ]} (ภาคผนวก 11 ในเวอร์ชันล่าสุด^{[ 4 ]} ) อย่างไรก็ตาม จนถึงปี 2024 การตั้งชื่อของ กลุ่มอนุกรมวิธาน Candidatusไม่ได้รับการครอบคลุมโดยกฎทั่วไปของรหัสโปรคาริโอต ส่งผลให้มีการอภิปรายและข้อเสนออย่างต่อเนื่องเพื่อเปลี่ยนแปลงรหัสปัจจุบันเพื่อให้กลุ่มอนุกรมวิธานCandidatus ได้รับความสำคัญ ^{[ 5 ] [ 6 ]}

อีกวิธีหนึ่งที่ชื่อโปรคาริโอตไม่สามารถเผยแพร่ได้อย่างถูกต้องภายใต้ ICNP ตั้งแต่ปี 2001 คือไม่เป็นไปตามข้อกำหนดของกฎข้อ 30 ที่ว่า "วัฒนธรรมที่มีชีวิตของสายพันธุ์ต้นแบบ ในสองแหล่งรวบรวมวัฒนธรรม ในประเทศที่แตกต่างกัน" ซึ่งรับประกันคุณภาพและการเข้าถึงของสายพันธุ์ต้นแบบ^{[ 7 ]}แต่การปฏิบัติตามในทางปฏิบัติอาจทำได้ยาก เช่น การเคลื่อนย้ายวัฒนธรรมข้ามพรมแดนระหว่างประเทศต้องปฏิบัติตามข้อบังคับของพิธีสารนากา^{[ 8 ]}นอกจากนี้ ยังพบว่าชื่อบางชื่อไม่ถูกต้องในภายหลังเนื่องจากการละเมิดกฎข้อ 30 การเปลี่ยนแปลง ICNP ในปี 2024 ขยายขอบเขตของCandidatusให้ครอบคลุมกรณีดังกล่าวด้วย กล่าวคือ ชื่อที่เผยแพร่อย่างถูกต้องสามารถมีตัวอย่างต้นแบบเป็นวัฒนธรรมที่มีชีวิตที่ไม่เป็นไปตามกฎข้อ 30 หรือวัฒนธรรมที่เก็บรักษาไว้ได้^{[ 7 ]}

ปัจจุบัน สถานะชั่วคราว " ผู้สมัคร " อาจใช้ได้หากมีข้อมูลดังต่อไปนี้: ^{[ 4 ] : ภาคผนวก 11}

1. ข้อมูลทางพันธุกรรม [...] เพื่อกำหนดตำแหน่งทางวิวัฒนาการของสิ่งมีชีวิต
2. ข้อมูลทั้งหมดที่มีอยู่ ณ ปัจจุบันสามารถดูได้ที่:
   1. โครงสร้างและสัณฐานวิทยา
   2. สรีรวิทยาและการเผาผลาญ
   3. ลักษณะการสืบพันธุ์
   4. สภาพแวดล้อมทางธรรมชาติที่สามารถระบุสิ่งมีชีวิตนั้นได้ และ
   5. ข้อมูลอื่น ๆ ที่มีอยู่และเหมาะสม^{[ 4 ] : ภาคผนวก 11}

ชื่อสปีชีส์ของสิ่งมีชีวิตที่อยู่ในสถานะCandidatusประกอบด้วยคำว่าCandidatusตามด้วยชื่อสกุลที่มีคำคุณศัพท์เฉพาะ หรือชื่อสกุลอย่างเดียว หรือคำคุณศัพท์เฉพาะอย่างเดียว ตัวอย่างเช่น " Candidatus Liberobacter asiaticum"; " Candidatus Magnetobacterium" คณะกรรมการตุลาการของ ICSP ร่วมกับคณะบรรณาธิการของ IJSEM จะเก็บรักษารายชื่อของ สิ่งมีชีวิตในกลุ่ม Candidatus ทั้งหมด ( รายชื่อ Candidatus ) และจะอัปเดตเป็นระยะๆ ตามความเหมาะสม^{[ 4 ]}เมื่อสิ่ง มีชีวิตในกลุ่ม Candidatusได้รับการเพาะเลี้ยงสำเร็จแล้ว ชื่อนั้นจะต้องถูกลบออกจากรายชื่อนี้ และต้องเสนอชื่อใหม่ตามประมวลกฎการตั้งชื่อสากลของโปรคาริโอต

แม้ว่าข้อเสนอในปี 1994 และรหัสในภายหลังจะเรียกร้องให้ มีการรักษา บัญชีรายชื่อ Candidatusไว้ แต่การทำงานเกี่ยวกับการคัดเลือกชื่อไม่ได้เริ่มต้นจนกระทั่งปี 2017 เมื่อมีการเผยแพร่การทดลอง "หมายเลข 0" ผู้เขียนพบว่า 120 จากชื่อที่รวบรวมได้ประมาณ 400 ชื่อจะละเมิดรหัสหากได้รับการเสนออย่างเป็นทางการ สาเหตุทั่วไปคือข้อผิดพลาดภาษาละติน ชื่อซ้ำ และชื่อที่ไม่ใช่ภาษาละติน ด้วยเหตุนี้บัญชีรายชื่อ Candidatusจึงมีการแก้ไขชื่อดังกล่าวด้วย ชื่อที่แก้ไขแล้วจะได้รับcorrig. (สำหรับcorrigendum ) ในช่องผู้มีอำนาจ^{[ 9 ]}โดยบางแหล่งข้อมูลจะอ้างอิงการแก้ไขเพิ่มเติม (เช่น " Ca. Karelsulcia " corrig. Moran et al. 2005 ใน Ogen et al. 2020) ^{[ 10 ]}บัญชีรายชื่อที่เผยแพร่แต่ละรายการ เริ่มตั้งแต่หมายเลข 1 ครอบคลุม ชื่อ Candidatus ที่รู้จักทั้งหมด ที่เสนอในช่วงเวลาที่กำหนด รวมทั้งส่วนเพิ่มเติมสำหรับช่วงเวลาก่อนหน้าด้วย^{[ 9 ]}ณ เดือนธันวาคม 2022 รายชื่อล่าสุดคือรายชื่อ Candidatus ฉบับที่ 4ซึ่งเผยแพร่ในเดือนพฤศจิกายน 2022 ครอบคลุมชื่อที่เสนอในปี 2021 ^{[ 11 ]}รายชื่อที่ไม่มีหมายเลขได้รับการเผยแพร่ในปี 2023 เพื่อจัดการกับไฟลัมCandidatus รายชื่อที่มีหมายเลขในอนาคตจะรวมถึงไฟลัมด้วย^{[ 12 ]}

หลักเกณฑ์การตั้งชื่อโปรคาริโอตที่อธิบายจากข้อมูลลำดับ (SeqCode) ปี 2022 ได้กำหนดมาตรฐานการเผยแพร่ชื่อในระบบที่แยกต่างหากจาก ICNP แทนที่จะกำหนดให้มีวัฒนธรรมต้นแบบ SeqCode กำหนดให้มีจีโนมคุณภาพสูงเป็นต้นแบบการตั้งชื่อซึ่งในทางปฏิบัติแล้วเป็นการเสนอแนวทางในการกำหนดชื่อ Candidatus อย่างเป็นทางการ หลักเกณฑ์นี้จัดทำโดยสมาคมนิเวศวิทยาจุลินทรีย์ระหว่างประเทศ (ISME) ซึ่งไม่เกี่ยวข้องกับ ICSP ^{[ 13 ]} SeqCode รับรองลำดับความสำคัญของชื่อ รวมถึง ชื่อ Candidatusที่เผยแพร่ภายใต้ ICNP ก่อนปี 2023 ^{[ 14 ]}

ในตอนแรก ทีม SeqCode ต้องการเพียงแค่แก้ไข ICNP เพื่อเพิ่มระบบดังกล่าว แต่ ICSP ปฏิเสธคำร้อง ทำให้จำเป็นต้องสร้างรหัสแยกต่างหาก^{[ 13 ]}

การใช้ลำดับจีโนมเป็นวัสดุต้นแบบมีประโยชน์ไม่เพียงแต่สำหรับโปรคาริโอตที่ยังไม่ได้รับการเพาะเลี้ยงเท่านั้น ลำดับจีโนมมีความเสถียรมากกว่าการเพาะเลี้ยงเซลล์ ซึ่งอาจสูญหายไปได้ (และเคยสูญหายไปแล้ว) และยังอาจเกิดการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรมภายใต้แรงกดดันการคัดเลือกที่แตกต่างกันในห้องปฏิบัติการ นอกจากนี้ ICNP ยังกำหนดให้ต้องเก็บสายพันธุ์ต้นแบบไว้ในคอลเลกชันการเพาะเลี้ยงสองแห่งที่แยกจากกัน หากมีการเสนอชื่อ (รวมถึงการรวมกันใหม่ เช่น การเปลี่ยนชื่อ) ซึ่งทำให้ยากต่อการแก้ไขชื่อของสายพันธุ์ที่จัดประเภทผิดบางสายพันธุ์^{[ 15 ]}

นักแบคทีเรียวิทยาจากสถาบันต่างๆ หลายแห่งได้เขียนข้อเสนอใหม่สำหรับ ICNP เพื่อควบคุม ชื่อ Candidatusโดยใช้ลำดับจีโนมในปี 2024 โดยให้การวิเคราะห์โดยละเอียดเกี่ยวกับความไม่เข้ากันของข้อเสนอของ Whitman และ SeqCode กับ ICNP ตามด้วยแผนที่หลีกเลี่ยงสาเหตุของการปฏิเสธข้อเสนอของ Whitman แต่ตอบสนองเป้าหมายของเขา^{[ 7 ]}

ICSP ยอมรับข้อเสนอในปีเดียวกัน ด้วยการเปลี่ยนแปลงนี้ ชื่อ Candidatusสามารถ "ได้รับการตีพิมพ์อย่างถูกต้อง" และกลายเป็น "ถูกต้องตามกฎหมาย" และ "ถูกต้องแม่นยำ" ซึ่งกำหนดให้ชื่อต้องเป็นไปตามข้อกำหนดที่มีอยู่ส่วนใหญ่สำหรับการตีพิมพ์ที่ถูกต้อง (และในทำนองเดียวกันสำหรับความถูกต้องตามกฎหมายและความแม่นยำ) ยกเว้นการฝากตัวอย่างเพาะเลี้ยงตามกฎข้อ 30 ซึ่งสามารถแทนที่ด้วยตัวอย่างเพาะเลี้ยงที่มีชีวิตที่ไม่ตรงตามข้อกำหนดของกฎข้อ 30 ตัวอย่างที่เก็บรักษาไว้ จีโนมที่เรียงลำดับแล้วที่ฝากไว้ในINSDCหรือลำดับยีนเดี่ยวที่ฝากไว้ใน INSDC ชื่อ Candidatus ที่ถูกต้องตามกฎหมาย จะแข่งขันกันเองเพื่อสิทธิ์ในการได้รับความสำคัญ แต่จะไม่แข่งขันกับชื่อที่ถูกต้องตามกฎหมาย^{[ 16 ]}

มีหลายสาเหตุที่ทำให้จุลินทรีย์โปรคาริโอตหลายชนิดไม่สามารถเจริญเติบโตในห้องปฏิบัติการได้ ซึ่งหลายสาเหตุยังไม่เป็นที่เข้าใจอย่างถ่องแท้ หนึ่งในสาเหตุเหล่านี้คือสภาพแวดล้อมที่จุลินทรีย์เหล่านั้นถูกแยกออกมา ซึ่งอาจจำลองได้ยากในสภาพห้องปฏิบัติการ จุลินทรีย์โปรคาริโอตหลายชนิดมีความต้องการในการเจริญเติบโตที่เฉพาะเจาะจงมาก รวมถึงความต้องการองค์ประกอบของสารอาหารที่เฉพาะเจาะจง สภาวะ pH ที่เฉพาะเจาะจง อุณหภูมิ ความดันบรรยากาศ หรือระดับออกซิเจนที่เฉพาะเจาะจง^{[ 17 ]}สื่อการเจริญเติบโตและโปรโตคอลการบ่มเพาะที่มีจำหน่ายในเชิงพาณิชย์ส่วนใหญ่ไม่ตรงตามข้อกำหนดเหล่านี้ ทำให้จำเป็นต้องมีการประเมินถิ่นที่อยู่แบบครอบคลุมเพื่อให้สามารถแยกแบคทีเรียที่สนใจจากตัวอย่างสิ่งแวดล้อมได้สำเร็จ

สิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวส่วนใหญ่ไม่ได้ดำรงชีวิตอยู่เพียงลำพัง แต่จะอาศัยอยู่ในชุมชนที่ซับซ้อนร่วมกับสิ่งมีชีวิตชนิดอื่นๆ จากทุกอาณาจักร ดังนั้น สิ่งมีชีวิตหลายชนิดจึงต้องพึ่งพาเมตาบอไลต์หรือสารส่งสัญญาณจากสิ่งมีชีวิตข้างเคียงเพื่อการเจริญเติบโตของเซลล์การระบุสารที่จำเป็นนั้นอาจเป็นเรื่องท้าทาย แต่เมื่อระบุได้แล้ว การเพาะเลี้ยงร่วมกันหรือการเติมสารประกอบเฉพาะนั้นลงไป อาจช่วยให้สามารถเพาะเลี้ยงสิ่งมีชีวิตที่ต้องการได้

ปฏิสัมพันธ์ระหว่างสายพันธุ์จำนวนมากมีลักษณะเป็น แบบ พึ่งพาอาศัยกันซึ่งหมายถึงความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดและยาวนานระหว่างสายพันธุ์ตั้งแต่สองสายพันธุ์ขึ้นไป ซึ่งอาจเป็นแบบได้ประโยชน์ร่วมกัน เป็นกลาง หรือเป็นอันตรายก็ได้^{[ 18 ]}ขึ้นอยู่กับตำแหน่งของสิ่งมีชีวิตที่พึ่งพาอาศัยกัน สิ่งมีชีวิตที่พึ่งพาอาศัยกันอาจเป็นแบบภายนอกหรือแบบภายใน ก็ได้ มีการสังเกต การลดขนาดจีโนมอย่างมากผ่านการลบยีนในแบคทีเรียที่พึ่งพาอาศัยกันภายใน ซึ่งเชื่อว่าเป็นเพราะยีนจำนวนมากไม่จำเป็นอีกต่อไปในสภาพแวดล้อมของโฮสต์ที่ได้รับการปกป้อง สิ่งนี้มักส่งผลกระทบต่อยีนสำหรับการซ่อมแซม DNAและการควบคุมการถอดรหัสทำให้ยากต่อการเพาะเลี้ยงสิ่งมีชีวิตเหล่านี้ภายนอกโฮสต์^{[ 18 ]}

CandidatusหรือCa.เป็นตัวเอียง ชื่อที่ตามมาจะไม่เป็นตัวเอียง ชื่อทั้งหมดจะอยู่ในเครื่องหมายอัญประกาศคู่ ตัวอย่าง: " Candidatus Phytoplasma", " Ca. Phytoplasma allocasuarinae" ^{[ 19 ]}

ค้นหาคำว่า candidatusใน Wiktionary ซึ่งเป็นพจนานุกรมออนไลน์ฟรี

• ฝ่ายผู้สมัคร
• คำศัพท์เกี่ยวกับการตั้งชื่อทางวิทยาศาสตร์
• ประมวลกฎการตั้งชื่อแบคทีเรียสากล
• รายชื่อกลุ่มอนุกรมวิธานที่มีสถานะเป็นผู้สมัคร
• กลุ่มสิ่งมีชีวิตที่ยังไม่ได้รับการอธิบาย