เอ็กซ์เนอร์ได้รับการแต่งตั้งเป็นบิชอปองค์ที่สามแห่งคัมลูปส์เมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2517 โดยสมเด็จพระสันตะปาปาปอลที่ 6 ตำแหน่งนี้ว่างลงตั้งแต่วันที่ 1 สิงหาคมของปีที่แล้ว เมื่อไมเคิล แฮร์ริงตันเสียชีวิตขณะดำรงตำแหน่งหลังจากดำรงตำแหน่งมานานกว่าสองทศวรรษ^{[ 14 ]} ต่อมาเอ็กซ์เนอร์เล่าว่าเขาไม่มีเจตนาที่จะเป็นบิชอป^{[ 15 ] [ 16 ]} เขาอ้างว่าการขาดประสบการณ์ด้านการอภิบาลและการบริหารเป็นเหตุผลที่ทำให้เขาไม่เหมาะสมกับตำแหน่งนี้^{[ 9 ] [ 16 ]} เขาได้ประท้วงต่อโจเซฟ แมคนีล อาร์ ชบิชอปแห่งเอดมันตันผู้ซึ่งแจ้งให้เขาทราบถึงการตัดสินใจของสำนักวาติกัน แต่ก็ไม่เป็นผล^{[ 9 ]} ในที่สุดเอ็กซ์เนอร์ก็ยอมรับการแต่งตั้งด้วยความเชื่อฟังต่อศาสนจักร^{[ 16 ]} เขาได้รับการอภิเษกเป็นบิชอปเมื่อวันที่ 12 มีนาคม พ.ศ. 2517 ณศูนย์ศิลปะซัสแคตเชวันในรีจินา^{[ 3 ]} Henri Légaréอาร์คบิชอปแห่ง Grouard–McLennanและเพื่อนสนิทของเขาซึ่งสอนคำสอนศาสนาแก่ Exner ในวัยเด็ก^{[ 3 ] [ 12 ]}ทำหน้าที่เป็นผู้ประกอบพิธีอภิเษกหลัก โดยมีพี่น้องของ Exner และมารดาวัย 80 ปีของเขาเข้าร่วมด้วย เขาได้รับการแต่งตั้งในKamloopsสิบหกวันต่อมาในวัน ที่ 28 มีนาคม โดยGuido del Mestriผู้แทนพระสันตะปาปาประจำแคนาดา^{[ 3 ]}

เอ็กซ์เนอร์กล่าวว่าเขาไม่ต้องการให้ใครปฏิบัติต่อเขาแตกต่างไปจากเดิมหลังจากที่เขาได้รับการแต่งตั้งเป็นบิชอป เขากล่าวเสริมว่า "อุดมคติของบิชอปคือคนที่ใกล้ชิดกับผู้คนของเขา ผมอยากเป็นพ่อ และพ่อก็ต้องใกล้ชิดกับผู้คนของเขา" ^{[ 17 ]} การพำนักอยู่ในเมืองแคมลูปส์เป็นครั้งแรกในชีวิตที่เขาอาศัยอยู่คนเดียว ก่อนหน้านี้เขาอาศัยอยู่ในชุมชนเสมอ ไม่ว่าจะกับเพื่อนสมาชิกคณะออเบลต หรือในเซมินารีที่เขาทำการสอน เขากล่าวว่าการเปลี่ยนแปลงนี้ "ไม่ใช่เรื่องง่าย" แต่ในที่สุดเขาก็ "ชินกับมัน" ^{[ 9 ]} หลังจากปรับตัวให้เข้ากับการใช้ชีวิตในจังหวัดใหม่แล้ว เขาก็พร้อมที่จะอยู่ในแคมลูปส์อย่างไม่มีกำหนด^{[ 9 ]}

ในปี พ.ศ. 2520 สมาชิกในโบสถ์ที่เมืองแคมลูปส์ได้รายงานบาทหลวงเออร์ลินโด โมลอน ให้กับเอ็กซ์เนอร์ โดยกล่าวหาว่าโมลอนได้ล่วงละเมิดทางเพศและทำร้ายร่างกายผู้อื่น สมาชิกคนหนึ่งบอกกับเอ็กซ์เนอร์ว่าเธอได้รับการขอแต่งงานจากโมลอน เอ็กซ์เนอร์จึงแนะนำให้เธอไปโบสถ์อื่น หลังจากได้ยินข้อกล่าวหาเหล่านี้มาหลายเดือน เอ็กซ์เนอร์ขอให้โมลอนย้ายไปโบสถ์อื่น แต่โมลอนปฏิเสธ คำพิพากษาทางแพ่งในปี พ.ศ. 2563 ระบุว่าผู้นำคริสตจักร รวมถึงเอ็กซ์เนอร์ ล้มเหลวในการดำเนินการที่เหมาะสมเพื่อป้องกันการล่วงละเมิดของโมลอนต่อสมาชิกในโบสถ์^{[ 18 ]}

สำนักวาติกันประกาศ เลือกเอ็กซ์เนอร์เป็นอาร์ ชบิชอปคนที่สี่ของวินนิเพก  เมื่อวัน ที่ 8 เมษายน พ.ศ. 2525 ^{[ 19 ] [ A ]} เขาได้รับการแต่งตั้งที่ มหาวิหาร เซนต์ แมรีเมื่อวันที่ 23 มิถุนายน ของปีเดียวกันนั้น^{[ 9 ] [ 21 ] [ 22 ] [ B ]} พระคาร์ดินัล จอร์จ ฟลาฮิฟฟ์ ผู้ดำรงตำแหน่งก่อนหน้าเขามองว่าเอ็กซ์เนอร์เป็น "ผู้มีประสบการณ์" และ "ผู้มีวิจารณญาณที่ดี" และทำนายอนาคตที่สดใสสำหรับอัครสังฆมณฑลภายใต้การดูแลของเขา^{[ 23 ]} เอ็กซ์เนอร์มองว่าการย้ายของเขาไปยังวินนิเพกเป็นการกลับบ้าน แม้ว่าเขาแทบจะไม่รู้จักใครที่นั่นเลย แต่เขารู้สึกว่าชุมชนคาทอลิกในท้องถิ่นยินดีที่มี " เด็กหนุ่ม จาก ทุ่งราบ " มาเป็นอาร์ชบิชอปคนใหม่ของพวกเขา^{[ 9 ]} เขาขายบ้านหลังใหญ่ ใน ชาร์ลส์วูดริมแม่น้ำซึ่งเป็นที่อยู่อาศัยของบรรพบุรุษของเขา – ซึ่งเขาเห็นว่าหรูหราเกินไปและจะต้องใช้เงินจำนวนมากในการปรับปรุงใหม่ – และในตอนแรกเขาย้ายไปอยู่ที่ห้องพักของบาทหลวงที่โรงเรียนเซนต์แมรีส์อะคาเดมีก่อนที่จะไปตั้งรกรากอยู่ที่บ้านพักบนถนนบิชอปส์เลน^{[ 11 ]}

เอ็กซ์เนอร์ได้ต้อนรับสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2ที่เมืองวินนิเพกในเดือนกันยายน พ.ศ. 2527 ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการเสด็จเยือนแคนาดาครั้งแรก ของ พระองค์^{[ 24 ]} ในช่วงที่เขาดำรงตำแหน่งเป็นอธิการของอัครสังฆมณฑลนั้น มหาวิหารได้มีการบูรณะครั้งใหญ่ การซ่อมแซมเหล่านี้ – ซึ่งตั้งใจจะแล้วเสร็จภายในเดือนกันยายน พ.ศ. 2530 เพื่อให้ตรงกับวันครบรอบ 100 ปีของการอุทิศ มหาวิหาร – เพิ่งจะแล้วเสร็จในต้นปี พ.ศ. 2531 ^{[ 25 ] [ 26 ]} เขายังสั่งให้ยุติพิธีมิสซาไทรเดนไทน์ รายเดือน ในช่วงปลายปี พ.ศ. 2529 โดยชี้ให้เห็นถึงจำนวนผู้เข้าร่วมที่ลดลงเป็นเหตุผลในการยกเลิกการทดลองใช้เป็นเวลา 22 เดือนภายในอัครสังฆมณฑล^{[ 27 ]}

ในปี พ.ศ. 2533 เอ็กซ์เนอร์ได้จัดตั้งคณะกรรมการคริสตจักรร่วมกับอาร์ชบิชอปแห่งเซนต์โบนิเฟซ อองตวน ฮาโกต์และสภาหัวหน้าเผ่าแมนิโทบาเพื่อตอบสนองต่อข้อร้องเรียนเกี่ยวกับการปฏิบัติต่อเด็กพื้นเมืองในระบบโรงเรียนประจำของชาวอินเดียนแดงในแคนาดา^{[ 28 ]}

เอ็กซ์เนอร์ได้รับการแต่งตั้งเป็นอาร์ชบิชอปแห่งแวนคูเวอร์เมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม 1991 ^{[ 20 ] [ 29 ]}และเข้ารับตำแหน่งที่มหาวิหารโฮลีโรซารีเมื่อวันที่ 15 สิงหาคม ของปีนั้น^{[ 30 ]} แม้ว่าเขาจะถูกขนานนามว่าเป็น "พระสังฆราชอนุรักษ์นิยมที่พูดตรงไปตรงมาที่สุดของแคนาดา" โดยโจเอล คอนเนลลี จากSeattle Post-Intelligencer ^{[ 31 ]}เอ็กซ์เนอร์กลับหลีกเลี่ยงการใช้การจัดประเภทดังกล่าว โดยถือว่าตัวเองเป็น "สายกลาง" ^{[ 29 ]} เขาพบว่าบางครั้งเขา "ถูกตราหน้าว่าอนุรักษ์นิยมเกินไป และบางครั้งก็ถูกตราหน้าว่าเสรีนิยมเกินไป" และเป้าหมายของเขาก็คือ "ต่อสู้กับความคิดที่ว่าชาวคาทอลิกสามารถเลือกและคัดสรรหลักคำสอนที่จะยอมรับได้" ^{[ 29 ]} ตรงกันข้ามกับเจมส์ คาร์นีย์ ผู้ดำรงตำแหน่งก่อนหน้าเขา เอ็กซ์เนอร์ถูกมองว่ามีความสะดวกสบายในการพูดคุยกับสื่อ โดยเขาได้ตอบรับโทรศัพท์จากVancouver Sun ด้วยตนเอง หลังจากได้รับการแต่งตั้งไม่นานโดยไม่ต้องผ่านเลขานุการ^{[ 10 ]}

เอ็กซ์เนอร์ทำหน้าที่เป็นผู้ประกอบพิธีอภิเษกหลักในพิธีบวชเป็นบิชอปของเจอรัลด์ ไวส์เนอร์ซึ่งจัดขึ้นที่เมืองพรินซ์จอร์จ รัฐบริติชโคลัมเบียเมื่อ วันที่ 22 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2536 ^{[ 32 ]}เมื่อวันที่ 16 มิถุนายน พ.ศ. 2539 เขาเขียนจดหมายที่อธิบายว่าการคุมกำเนิดเป็นการกดข่มเรื่องเพศและเป็น "เสรีภาพจอมปลอม" จดหมายฉบับนี้ถูกอ่านต่อหน้าผู้คนในอัครสังฆมณฑลของเขา^{[ 33 ]}หลังจากที่ฮิวเบิร์ต โอคอนเนอร์ ผู้ดำรงตำแหน่งก่อนหน้าไวส์เนอร์ ถูกตัดสินว่ามีความผิดในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2539 ในข้อหาข่มขืนและล่วงละเมิดทางเพศหญิงพื้นเมือง สองคนใน โรงเรียนประจำที่เขาเป็นครูใหญ่ เอ็กซ์เนอร์ได้เสนอความช่วยเหลือแก่เหยื่อในกระบวนการเยียวยาและขอให้มีการให้อภัยโอคอนเนอร์ เขาเน้นย้ำว่าเขาไม่ได้ขอให้ใครเห็นชอบกับสิ่งที่โอคอนเนอร์ทำ และเสริมว่า "การเห็นชอบกับการให้อภัยนั้นแตกต่างกันมาก" ^{[ 34 ]}อย่างไรก็ตาม ข้อสังเกตของเอ็กซ์เนอร์ที่ว่าโอคอนเนอร์ "ได้รับความทุกข์ทรมานมากพอแล้ว จนถึงขั้นที่สุขภาพของเขาทรุดโทรมลง" ^{[ 34 ]}ทำให้ประชาชนบางส่วนไม่พอใจ เอ็กซ์เนอร์ยอมรับว่าเขา "ทำผิดพลาดอย่างร้ายแรงที่พูดถึงความเจ็บปวดของผู้หญิงและของบิชอปโอคอนเนอร์ในเวลาเดียวกัน" ^{[ 35 ]}เขายังได้กล่าวขอโทษอย่างเป็นทางการต่อการกระทำของโอคอนเนอร์ด้วย^{[ 35 ] [ 36 ]} ต่อมา ศาลอุทธรณ์บริติชโคลัมเบีย ได้ยกเลิกคำพิพากษาลงโทษโอคอนเนอร์ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2541 ^{[ 36 ]}

เอ็กซ์เนอร์เป็นผู้แทนในการประชุมสังฆราชแห่งเอเชีย ซึ่งจัดขึ้นที่กรุงโรมระหว่างเดือนเมษายนถึงพฤษภาคม พ.ศ. 2541 ^{[ 37 ]}เขาเป็นบิชอปเพียงคนเดียวจากแคนาดาที่ได้รับเชิญให้เข้าร่วมการประชุมนั้น เอ็กซ์เนอร์คิดว่านี่เป็นการยอมรับถึงจำนวนประชากรผู้อพยพจากเอเชียจำนวนมากในแวนคูเวอร์ ซึ่งเห็นได้ชัดเจนในวัดต่างๆ ของเมือง^{[ 38 ]}ในเดือนตุลาคมของปีเดียวกันนั้น เขาได้เรียกประชุมสังฆมณฑล ท้องถิ่น ^{[ 39 ]} นับเป็นการประชุมครั้งแรกในรอบเกือบสี่ทศวรรษ และเป็นการประชุมสังฆมณฑลครั้งแรกในประวัติศาสตร์ของอัครสังฆมณฑลที่อนุญาตให้ผู้ศรัทธาฆราวาสมีส่วนร่วมในกระบวนการ^{[ 40 ]}

ไม่ถึงหนึ่งเดือนหลังจากการโจมตีเมื่อวันที่ 11 กันยายนเอ็กซ์เนอร์ได้จัดการประชุมผู้นำทางศาสนาที่ห้องโถง ของโบสถ์ พวกเขาออกแถลงการณ์ร่วมกันประณามความรุนแรงที่กระทำในนามของศาสนา และเน้นย้ำถึงความมุ่งมั่นที่จะทำงานร่วมกันเพื่อประโยชน์สาธารณะใน "งานแห่งสันติภาพครั้งใหม่ที่กล้าหาญ" ^{[ 41 ]} ในที่สุดแถลงการณ์ดังกล่าวก็ถูกอ่านออกเสียงในสภาผู้แทนราษฎรและวุฒิสภา^{[ 41 ]} เอ็กซ์เนอร์ทำหน้าที่เป็นผู้ประกอบพิธีอภิเษกหลักในพิธีบวชเป็นบิชอปของเดวิด มอนโรเมื่อวันที่ 12 มีนาคม พ.ศ. 2545 ซึ่งตรงกับวัน ครบ รอบ 28 ปีของการอภิเษกเป็นบิชอปของเอ็กซ์เนอร์เอง^{[ 42 ]}

เอ็กซ์เนอร์ทำงานร่วมกับกลุ่มศาสนาอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการดูแลสุขภาพเพื่อให้ได้ข้อตกลงทางกฎหมายกับไมเคิล ฮาร์คอร์ตนายกรัฐมนตรีแห่งบริติชโคลัมเบียในปี 1995 ^{[ 41 ] [ 51 ]} ซึ่งทำให้สถานพยาบาลที่มีความเกี่ยวข้องกับศาสนาสามารถยึดมั่นในพันธกิจและค่านิยมที่ก่อตั้งขึ้นต่อไปได้^{[ 51 ]} ด้วยเหตุนี้ สมาคมสุขภาพตามนิกายจึงถูกก่อตั้งขึ้นเพื่อสืบทอดมรดกของคาร์นีย์ ผู้มาก่อนเอ็กซ์เนอร์^{[ 41 ]} เอ็กซ์เนอร์ยังแสดงการคัดค้านความพยายามของโคลิน แฮนเซนรัฐมนตรีว่าการกระทรวงสาธารณสุขประจำจังหวัดในการปิดโรงพยาบาลเซนต์แมรีในนิวเวสต์มินสเตอร์ [ ^{41 ] แม้ว่า} สถาบันการแพทย์จะปิดตัวลงในที่สุดในปี 2004 แต่มูลนิธิของสถาบันยังคงดำเนินต่อไป โดยให้การสนับสนุนทางการเงินแก่ผู้ให้บริการด้านการดูแลสุขภาพในท้องถิ่นอื่นๆ^{[ 52 ]}

เอ็กซ์เนอร์มีส่วนเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับความพยายามที่จะป้องกันการปิดตัวของวิทยาลัยแวนคูเวอร์และวิทยาลัยเซนต์โทมัส มอร์ในช่วงเปลี่ยนศตวรรษ^{[ 41 ]} โรงเรียนเหล่านี้ดำเนินการโดยคณะภราดรคริสเตียนและเป็นทรัพย์สินที่มีค่าที่สุดของคณะในแคนาดา ซึ่งคาดว่ามีมูลค่า38–43 ล้านดอลลาร์แคนาดา^{[ 53 ]} ด้วยเหตุนี้ โรงเรียนมัธยมทั้งสองแห่งจึงเผชิญกับการปิดตัวและการชำระบัญชีเพื่อจ่ายเงินให้กับเหยื่อของคดีอื้อฉาวเกี่ยวกับการล่วงละเมิดทางเพศและร่างกายที่สถานเลี้ยงเด็กกำพร้าเมาท์แคเชล [ ^{54 ] ปัญหา} ได้รับการแก้ไขเมื่ออัครสังฆมณฑลแวนคูเวอร์จ่ายเงิน 19 ล้านดอลลาร์ให้กับผู้ชำระบัญชีของคณะในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2545 โดยไม่ต้องขายสถาบันการศึกษา^{[ 53 ] [ 55 ]} หลังจากนั้น คณะกรรมการโรงเรียนก็อยู่ภายใต้การดูแลของอัครสังฆมณฑลและชาวคาทอลิกคนอื่นๆ ในอัครสังฆมณฑล^{[ 53 ]} เอ็กซ์เนอร์มีความเห็นว่าคำพิพากษาของศาลไม่เป็นธรรม เนื่องจากโรงเรียนไม่ได้เป็นของคณะสงฆ์ และได้รับการสนับสนุนทางการเงินจากชาวคาทอลิกในท้องถิ่นในช่วงหลายทศวรรษก่อนการชำระบัญชี เขากล่าวว่าเขา "ไม่มีปัญหาใดๆ กับการที่ผู้เรียกร้องจาก Mount Cashel" จะได้รับการชดเชย^{[ 55 ]} อย่างไรก็ตาม เขารู้สึกว่า "เพื่อแก้ไขความอยุติธรรมหนึ่งอย่าง กลับก่อให้เกิดความอยุติธรรมอีกอย่างหนึ่ง" โดยเสริมว่า "มีอคติอย่างรุนแรงต่อคริสตจักรคาทอลิกในระบบยุติธรรม ในหมู่ประชาชนทั่วไป และในสื่อ" ^{[ 55 ]} เอ็กซ์เนอร์ยังให้ความช่วยเหลือCovenant Houseซึ่งเป็นบ้านสำหรับเด็กเร่ร่อนที่หนีออกจากบ้าน ในการจัดตั้งสาขาบริการในแวนคูเวอร์^{[ 41 ]}

เอ็กซ์เนอร์เป็นหนึ่งในสมาชิกเจ็ดคนของคณะกรรมการเฉพาะกิจด้านการล่วงละเมิดทางเพศเด็กของสภาบิชอปคาทอลิกแห่งแคนาดา ซึ่งจัดตั้งขึ้นในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2532 เพื่อตรวจสอบการล่วงละเมิดทางเพศที่กระทำโดยบาทหลวงและบุคคลทางศาสนาชายอื่นๆ คณะกรรมการได้เผยแพร่รายงานในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2535 ในชื่อ From Pain to Hope [ ^{57 ] [ 58 ] นี่}เป็นการศึกษาเชิงระบบครั้งแรกที่ดำเนินการโดยสภาบิชอปที่เจาะลึกถึงการหยุดยั้งการล่วงละเมิดทางเพศ การดูแลเหยื่อ และการกำหนดขั้นตอนการบริหารที่จะนำมาใช้ในกรณีที่มีการล่วงละเมิดทางเพศโดยนักบวช^{[ 59 ]} แม้ว่าเขาจะยอมรับว่าเขาไม่สามารถให้คำมั่นสัญญาใดๆ ได้ แต่เอ็กซ์เนอร์คาดการณ์ว่ารายงานฉบับนี้จะส่งผลให้เกิด "การดำเนินการทั่วประเทศ" ^{[ 58 ]} เขากล่าวเสริมว่า "เป็นบิชอปของแคนาดาที่ขอให้มีการศึกษานี้ เป็นบิชอปของแคนาดาที่แสดงความสนใจและสนับสนุนการทำงานของคณะกรรมการนี้อย่างต่อเนื่อง และผมเชื่อมั่นว่าข้อเสนอแนะเหล่านี้หลายข้อ หากไม่ใช่ทั้งหมด จะถูกนำไปปฏิบัติจริง" ^{[ 58 ]} สิบปีหลังจากที่รายงานถูกเผยแพร่ เขาได้สังเกตว่าวัฒนธรรมการปกปิดความผิดของคริสตจักรในแคนาดาได้สิ้นสุดลงแล้ว^{[ 56 ]}

เอ็กซ์เนอร์ได้รับการยกย่องว่าเป็นผู้ต่อต้านการปฏิบัติและการทำให้การทำแท้งถูกกฎหมายในแคนาดา อย่างแข็งขัน โดยเป็นผู้นำใน การเดินขบวนต่อต้านการทำแท้งหลายครั้ง^{[ 10 ]} ในช่วงก่อนการเลือกตั้งรัฐบาลกลางปี ​​1984เอ็กซ์เนอร์และบิชอปอีกห้าคนในแมนิโทบาได้ออกจดหมายอภิบาลถึงฆราวาสเพื่อแจ้งให้ทราบว่า "เราไม่สามารถสนับสนุนผู้สมัครรับเลือกตั้งที่สนับสนุนการทำแท้งได้" ^{[ 60 ]} ในขณะเดียวกัน เขาก็พูดต่อต้านความรุนแรงต่อต้านการทำแท้ง^{[ 41 ]}โดย^{เฉพาะอย่าง}ยิ่งหลังจากการฆาตกรรมบาร์เน็ตต์ สเลเปียนในเดือนตุลาคม 1998 บรรณาธิการของThe BC Catholicได้เขียนบทบรรณาธิการในหนังสือพิมพ์หลังจากการโจมตี ซึ่งถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่าตั้งคำถามเชิงโวหารว่า "ใครจะอดใจไม่ยินดีที่การฆาตกรรมผู้ทำแท้งอาจมีผลข้างเคียงในเชิงบวกบ้าง" ^{[ 61 ]} สิ่งนี้บดบังข้อสรุปที่ว่าการฆ่าสเลเปียนเป็นเรื่องผิดเพราะ "บาปก่อให้เกิดบาปมากขึ้น" ^{[ 61 ]} เอ็กซ์เนอร์ตั้งข้อสังเกตว่าเขาไม่ได้อ่านบทบรรณาธิการก่อนที่จะตีพิมพ์ และได้ส่งข่าวประชาสัมพันธ์ที่ประณามการฆาตกรรมอย่างชัดเจน เขากล่าวว่า "เป็นเรื่องน่าเสียดายที่ [บรรณาธิการ] ใช้ถ้อยคำแบบนั้น แต่ไม่ได้หมายความว่าสาระสำคัญของบทบรรณาธิการไม่ถูกต้อง ย่อหน้านั้นใช้ถ้อยคำไม่ดี จุดยืนของคริสตจักรนั้นชัดเจนมากว่าไม่มีเหตุผลใดๆ เลยสำหรับการฆ่าแพทย์ที่ทำแท้ง" ^{[ 61 ]}

เอ็กซ์เนอร์กล่าวต่อหน้าคณะกรรมการวุฒิสภาพิเศษว่าด้วยการุณยฆาตและการฆ่าตัวตายโดยได้รับความช่วยเหลือในเดือนกันยายน พ.ศ. 2537 ^{[ 62 ] [ 63 ]} เขาวิจารณ์การปฏิบัตินี้อย่างรุนแรง โดยระบุว่า "เราต้องพยายามทุกวิถีทางเพื่อบรรเทาความเจ็บปวดโดยไม่ฆ่าผู้ป่วย" ^{[ 62 ]} เขากล่าวเสริมว่าการุณยฆาต "แสดงออกถึงอิสรภาพ [และ] ชักชวนให้เราเป็นผู้ควบคุมชีวิตและความตาย กล่าวอีกนัยหนึ่งคือ มันสัญญาว่าเราสามารถเป็นพระเจ้าของเราเองได้ แม้ว่าเราจะแสร้งทำเป็นพระเจ้า แต่ในท้ายที่สุดแล้วเราก็ไม่ได้ควบคุมชีวิตหรือความตาย" ^{[ 62 ]}

ในฐานะประธานขององค์กรคาทอลิกเพื่อชีวิตและครอบครัวเอ็กซ์เนอร์ได้เขียนจดหมายในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2541 ถึงจอร์จ ดับเบิลยู. บุช ผู้ว่าการรัฐเท็กซัสในขณะนั้น จดหมายฉบับนี้มีจุดประสงค์เพื่อสนับสนุนคำขอของรัฐบาลแคนาดาให้ไว้ชีวิตสแตนลีย์ ฟอลเดอร์พลเมืองแคนาดาที่ถูกตัดสินประหารชีวิตในเท็กซัส เอ็กซ์เนอร์ตั้งข้อสังเกตว่า “ไม่อาจมองข้ามวันที่กำหนดการประหารชีวิตของนายฟอลเดอร์ได้ตรงกับวันครบรอบ 50 ปีของปฏิญญาสากลว่าด้วยสิทธิมนุษยชนซึ่งรวมถึงสิทธิขั้นพื้นฐานที่สุดประการหนึ่ง นั่นคือสิทธิในการมีชีวิต” ^{[ 64 ]} เขากล่าวเสริมว่า ความเห็นของกลุ่มนั้นตั้งอยู่บน “ความเชื่อมั่นอย่างแน่วแน่ว่าชีวิตและศักดิ์ศรีของมนุษย์จะต้องได้รับการเคารพและปกป้องโดยไม่มีข้อยกเว้น” ^{[ 64 ]} ในที่สุดฟอลเดอร์ก็ถูกประหารชีวิตในวัน ที่ 17 มิถุนายน พ.ศ. 2542 ^{[ 65 ]}

สมาคมสิทธิพลเมืองคาทอลิกได้แสวงหาและได้รับสถานะผู้แทรกแซงในระหว่างการดำเนินคดีในช่วงปลายทศวรรษ 1990 ที่เกี่ยวข้องกับมหาวิทยาลัยทรินิตี้เวสเทิร์น (TWU) ในส่วนที่เกี่ยวข้องกับนโยบายการฝึกอบรม^{[ 66 ] [ 67 ]} การดำเนินการนี้เกิดขึ้นตามคำสั่งและการสนับสนุนของเอ็กซ์เนอร์^{[ 41 ]} คดีนี้มีศูนย์กลางอยู่ที่ข้อพิพาทระหว่าง TWU ซึ่งเป็น มหาวิทยาลัย คริสเตียนที่ต้องการฝึกอบรมครูโรงเรียนรัฐ และวิทยาลัยครูแห่งบริติชโคลัมเบีย (BCCT) BCCT ได้ปฏิเสธใบสมัครขอรับการรับรองของ TWU ^{[ 66 ]}เนื่องจากมหาวิทยาลัยกำหนดให้นักศึกษาต้องลงนามในพันธสัญญาชุมชนที่ให้คำมั่นว่าจะงดเว้นจากความสัมพันธ์ทางเพศใดๆ นอกเหนือจากการแต่งงานแบบต่างเพศ^{[ 68 ] [ 69 ]} ศาลอุทธรณ์บริติชโคลัมเบียตัดสินให้ TWU ชนะคดีในปี 1998 ^{[ 67 ]}และศาลฎีกาแคนาดา ยืนยันคำพิพากษานั้นสาม ^ปีต่อมาในคดีTrinity Western University v British Columbia College of Teachers ^{[ 70} ]

เอ็กซ์เนอร์แสดงจุดยืนคัดค้านแผนของรัฐบาลประจำจังหวัดในปี 1998 ที่จะขยายสิทธิประโยชน์บำนาญของข้าราชการให้ครอบคลุมถึงผู้ที่มีคู่ครองเพศเดียวกัน เขายืนยันว่านี่จะเป็นการนิยามใหม่ของการแต่งงาน ซึ่งเป็นสิ่งที่ยอมรับไม่ได้เพราะ "ทางชีววิทยาแล้ว คู่รักเช่นนี้ไม่เหมาะสมที่จะเป็นสามีภรรยา" ^{[ 31 ]} เขาเสนอให้ขยายสิทธิประโยชน์เหล่านี้ไปยังทุกคนที่มีความสัมพันธ์ที่มั่นคงและเอาใจใส่แทน^{[ 31 ] [ 71 ]}อูจจัล โดซานจ์อัยการสูงสุดของจังหวัดเห็นด้วยกับความคิดของเอ็กซ์เนอร์ แต่เตือนว่ามันจะเป็น "ค่าใช้จ่ายสูงมาก" และอาจ "ถูกนำไปใช้ในทางที่ผิด" ^{[ 72 ]}ทิม สตีเวนสัน รัฐมนตรีของค ริ สต จักรยูไนเต็ดแห่งแคนาดา และสมาชิก สภานิติบัญญัติแห่งบริติชโคลัมเบียคนแรกที่เป็นเกย์อย่างเปิดเผย[ ^{73 ]}ประณามเอ็กซ์เนอร์ว่าเป็น " บุคคล ^ที่เกลียดชังคนรักร่วมเพศ " ^{[ 71 ]} Brian Thorpeเลขานุการบริหารประจำจังหวัดของ United Church ซึ่งเป็นเกย์เช่นกัน^{[ 74 ]}พยายามใช้ถ้อยคำที่ประนีประนอมมากขึ้นโดยกล่าวว่า "คำสอนของคาทอลิกนั้นมีเหตุผลอย่างเคร่งครัด" และ "สามารถแยกหลักคำสอนออกจากเนื้อหาทางอารมณ์ได้ในลักษณะที่ผมคิดว่าชาวโรมันคาทอลิกสามารถแสดงหลักคำสอนได้โดยไม่มีความรู้สึกเชิงลบต่อคนรักร่วมเพศ" ^{[ 71 ]} Exner แก้ตัวเมื่อได้รับแจ้งถึงคำพูดเสียดสีของ Stevenson โดยกล่าวว่า "ขอให้ผมรับรองกับคุณว่าผมได้สอนให้เคารพทุกคนมาโดยตลอด ไม่ว่าพวกเขาจะเป็นคนรักร่วมเพศหรือไม่ก็ตาม" ^{[ 71 ]}

ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2546 Exner ได้สั่งให้โรงเรียนคาทอลิก 4 แห่งใน เขต แวนคูเวอร์ถอนตัวออกจากโครงการธนาคารโรงเรียนที่ดำเนินการโดยVancityซึ่งเห็นได้ชัดว่าเป็นการตอบโต้ต่อการเผยแพร่โฆษณาของสหกรณ์เครดิตยูเนียนที่แสดงภาพชายสองคนนั่งแก้มชนกันพร้อมคำบรรยายว่า "ฉันต้องการใช้บริการธนาคารกับคนที่ให้ความสำคัญกับความร่วมมือทุกรูปแบบ" ^{[ 75 ]} อย่างไรก็ตาม ในจดหมายถึงVancouver Sunเพื่ออธิบายเหตุผลเบื้องหลังการตัดสินใจ Exner เขียนว่าสาเหตุหลักมาจาก "การสนับสนุนของ Vancity ต่อสาเหตุที่ขัดต่อศีลธรรมของคาทอลิก [ซึ่ง] ไปไกลกว่าโฆษณาที่มีคู่รักเพศเดียวกัน" [ ^{5 ] เขา} กล่าวว่าสหกรณ์เครดิตยูเนียนกำลังมีส่วนร่วมใน "สาเหตุที่น่ารังเกียจ" ในการสนับสนุน "วาระที่น่าเป็นห่วงและเป็นอันตรายต่อคริสตจักรและสังคม" ^{[ 75 ]} การตัดสินใจดังกล่าวทำให้เกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์จากสาธารณชน^{[ 76 ]}โดยมีข้อความหนึ่งส่งไปยังอัครสังฆมณฑลที่เชื่อมโยง Exner (ซึ่งมีเชื้อสายเยอรมัน ) กับลัทธินาซี^{[ 77 ]} ในบางช่วง ผู้ประท้วงรวมตัวกันอยู่ด้านนอกบ้านพักของเอ็กซ์เนอร์ในช่วงดึก ตะโกนคำหยาบคายและข่มขู่เขา^{[ 5 ] [ 77 ]} เหตุการณ์นี้กระตุ้นให้กรมตำรวจแวนคูเวอร์ทำการสอบสวนภัยคุกคามและแนะนำให้เขาใช้มาตรการเพื่อปกป้องความปลอดภัยส่วนบุคคลขณะออกไปข้างนอก^{[ 77 ]}