สายการบินนี้ก่อตั้งขึ้นในเดือนมิถุนายน ปี 1970 ในชื่อAerolíneas Islas de las Perlasและเริ่มดำเนินการหลังจากนั้นไม่นาน เป็นบริษัทของรัฐตั้งแต่ปี 1976 จนถึงปี 1987 ก่อนที่จะถูกขายให้กับเอกชน

ในช่วงปลายทศวรรษ 1990 Aeroperlas เป็นเจ้าของโดยAPAIR (80%) และบริษัทแม่ของAmerican Eagle AirlinesคือAMR Corporation (20%) ตามที่ Dan Garton กล่าว AMR เข้าถือหุ้นใน Aeroperlas เพื่อหาวิธีปรับปรุงฝูงบินของ American Eagle และนำ ฝูงบิน Shorts 360 ไป ไว้กับสายการบินอื่น^{[ 2 ]}ไม่ชัดเจนว่า AMR ยังคงเป็นผู้ถือหุ้นในสายการบินนี้หรือไม่ในปี 2009 ^{[ 1 ]}ในปี 1996 Aeroperlas เริ่มดำเนินการระหว่างประเทศ โดยเปิดบริการไปยังคอสตาริกา

ในปี พ.ศ. 2544 Aeroperlas ได้เข้าร่วมเป็นสมาชิกในเครือของGrupo TACAและได้ทำการปรับปรุงครั้งใหญ่ในด้านความปลอดภัย^{[ 3 ]}

ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2550 สายการบินนี้ได้กลายเป็นสายการบินระดับภูมิภาคแห่งแรกของปานามาที่ได้รับการรับรองภายใต้กฎระเบียบที่เข้มงวดของหน่วยงานการบินพลเรือนแห่งปานามา (ACC) นอกจากนี้ยังเป็นสายการบินแรกในปานามาที่สามารถลดปริมาณ ก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ (CO₂) ให้เป็นศูนย์ได้อีกด้วยลดการปล่อยมลพิษทางอากาศ

ในเดือนกรกฎาคม 2554 สายการบินแอโรเพอร์ลาสได้เริ่มให้บริการเที่ยวบินประจำจากอาคารผู้โดยสารภายในประเทศของ สนามบิน นานาชาติโตคูเมนไปยังจังหวัดชิร์กีและโบกัสเดลโตโร โดยแวะพักที่สนามบินนานาชาติอัลบรูค "มาร์กอส เอ. เกลาเบิร์ต"

จุดเริ่มต้นของการล่มสลายของแอโรเพอร์ลาสเกิดขึ้นในปี 2010 เมื่อเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นกับเครื่องบิน ATR 42 สองเหตุการณ์ซึ่งเป็นข่าวโด่งดัง ทำให้หน่วยงานการบินพลเรือนของปานามาหยิบยกประเด็นด้านความปลอดภัยและการบำรุงรักษาหลายประการขึ้นมา ความเชื่อมั่นของประชาชนที่มีต่อแอโรเพอร์ลาสลดลงอย่างมาก ส่งผลให้จำนวนผู้โดยสารลดลงถึงหนึ่งในสาม ซึ่งทำให้แอโรเพอร์ลาสประสบปัญหาทางการเงินอย่างหนักและต้องถอนเครื่องบินde Havilland Canada DHC-6 Twin Otter ทั้งหมดออก จากฝูงบิน โดยขายให้กับสายการบินอื่นหรือนำไปทำลายทิ้ง

ในเดือนกุมภาพันธ์ 2555 ชาวเผ่า Ngobe-Bugleหลายร้อยคน ได้ปิดกั้น ทางหลวงแพนอเมริกันหลายจุดในปานามาเป็นเวลาเกือบหนึ่งสัปดาห์ เพื่อประท้วงโครงการเหมืองแร่ใน Cerro Colorado เหตุการณ์นี้ทำให้การจราจรติดขัดอย่างหนัก จนกระทั่งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการท่องเที่ยวในขณะนั้น Salomoh Shamah ตัดสินใจจัดเที่ยวบินขนส่งทั่วประเทศเพื่อช่วยเหลือผู้คนและนักท่องเที่ยวที่ติดค้างอยู่บนทางหลวง สถานีขนส่ง และสนามบิน รวมถึงจัดส่งสิ่งของจำเป็นโดยไม่คิดค่าใช้จ่าย สถานการณ์นี้ยิ่งทำให้ปัญหาทางการเงินของ Aeroperlas รุนแรงขึ้นจนต้องเข้าสู่กระบวนการ ล้มละลายภายใต้ มาตรา 11 ของกฎหมายล้มละลายสหรัฐฯ

เมื่อวันที่ 29 กุมภาพันธ์ 2555 แอโรเพอร์ลาสได้ยุติการดำเนินงาน โดยอ้างถึงสภาวะตลาดและรูปแบบธุรกิจที่ล้าสมัย พนักงานประมาณ 150 คนต้องตกงาน และพวกเขาถูกโอนย้ายไปยังแอร์ปานามาพร้อมกับเส้นทางบินที่สายการบินดังกล่าวและโคปาแอร์ไลน์ยัง คงให้บริการอยู่ ^{[ 4 ]}เมื่อวันที่ 6 มีนาคม 2555 แอโรเพอร์ลาสได้ทำการบินเที่ยวบินสุดท้ายอย่างเป็นทางการจากสนามบินโตคูเมนไปยังโบกัสเดลโตโร ซึ่งเป็นการสิ้นสุดการดำเนินงานเป็นเวลา 41 ปี

ฝูงบินของ Aeroperlas ประกอบด้วยเครื่องบินดังต่อไปนี้ ( ข้อมูล ณ เดือนกันยายน2553) ): ^{[ 1 ]}

สายการบินดังกล่าวเคยให้บริการเครื่องบินดังต่อไปนี้: ^{[ 5 ]}

• 2. เครื่องบิน Beechcraft รุ่น 99
• 2. Canadair CC-109 Cosmopolitan
• 15 เดอ ฮาวิลแลนด์ แคนาดา DHC-6 ทวิน อ็อตเตอร์
• 4. เครื่องบิน Embraer EMB-110 Bandeirante
• 3 GAF Nomad
• 8 Shorts 360

• เมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม พ.ศ. 2533 เครื่องบินDe Havilland Canada DHC-6 Twin Otterถูกจี้ ผู้จี้เรียกร้องให้พาพวกเขาไปยังโคลอมเบียการจี้ใช้เวลาน้อยกว่าหนึ่งวัน เครื่องบิน Twin Otter ถูกขโมยโดยกองกำลังปฏิวัติโคลอมเบียในวันเดียวกันนั้นเอง ระหว่างเที่ยวบินจากเมืองโคลอน และถูกทำลายในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2533 ^{[ 10 ]}