ในช่วงทศวรรษ 1990 อิรักเริ่มปรับปรุงภาพลักษณ์ทางศาสนาอิสลาม ซึ่งรวมถึงการสร้างมัสยิด^{[ 7 ]}นี่เป็นส่วนหนึ่งของการรณรงค์ด้านศาสนาซึ่งรวมถึงการนำวิทยาศาสตร์ชะรีอะฮ์มาใช้ในข้อต่อและขั้นตอนต่างๆ ของการศึกษาในอิรัก เพื่อให้การรณรงค์นี้สำเร็จ อดีตประธานาธิบดีซัดดัม ฮุสเซนแห่งอิรักจึงตัดสินใจสร้างมัสยิดขนาดใหญ่สำหรับรัฐในทุกจังหวัดของอิรัก รวมถึงแบกแดด ซึ่งซัดดัมได้สร้างมัสยิดจำนวนมาก^{[ 8 ]}

สถาปนิก Saher al-Qaisi ได้รับมอบหมายให้เตรียมแผนการออกแบบและดำเนินการสำหรับโครงการมัสยิดขนาดใหญ่แห่งใหม่ โดยทำสัญญาระหว่างสำนักพระราชวังและมหาวิทยาลัยแบกแดดโดยมีเงื่อนไขว่างานจะดำเนินการจากศูนย์ al-Idrisi ของกระทรวงการเคหะและการก่อสร้าง หลังจากเสร็จสิ้นเฟสแรกของโครงการ ผู้รับผิดชอบการติดตามผลได้เปลี่ยนจาก Laith al-Nuaimi เจ้าของแนวคิดการออกแบบที่ชนะเลิศ ไปเป็นสถาปนิก Afif Jawad ซึ่งได้รับมอบหมายให้ทำการออกแบบมัสยิดใหม่สำหรับเฟสที่สอง การออกแบบใหม่นี้รวมถึงทางเดินส่วนตัวและสาธารณะหอคอย หลัก โบสถ์ฤดูร้อน ทางเข้า และอาคารบริการ ตลอดจนส่วนหน้า ขนาด และตำแหน่ง มัสยิดหลักจะล้อมรอบด้วยมัสยิดขนาดเล็กแปดแห่งที่มีโดม มัสยิดหลักจะมีโดมกลางที่ ตกแต่งด้วย เครื่องเคลือบดินเผาและทองคำ^{[ 1 ]}

สถานที่ตั้งของมัสยิดถูกกำหนดให้สร้างในเขตอัล-มันซูร์ และสร้างขึ้นบนที่ตั้งของสนามแข่งม้าเก่าซึ่งถูกย้ายไปยังอัล-กาซาลียาในปี 1993 ^{[ 9 ]}

ระยะที่สองเริ่มต้นในปี 1999 ตามคำสั่งของอดีตประธานาธิบดีซัดดัม ฮุสเซน แห่งอิรัก และได้รับการออกแบบให้เทียบเท่ากับทัชมาฮาลในอินเดียและเป็นหนึ่งในมัสยิดที่ใหญ่ที่สุดในโลก รวมทั้งสามารถรองรับผู้มาสักการะได้ 15,000 คน มัสยิดแห่งนี้จะเป็นตัวแทนของการผสมผสานลักษณะของสถาปัตยกรรม อาหรับ อิสลามและ อิรัก ในรูปแบบศิลปะและเทคนิคที่ทันสมัย ​​และวางแผนว่าจะแล้วเสร็จในปี 2010 อย่างไรก็ตาม การก่อสร้างหยุดชะงักลงในปี 2003 เนื่องจากการรุกรานอิรักที่นำโดยสหรัฐฯ การรุกรานครั้งนี้ทำให้พรรคการเมืองศาสนาหลายพรรคเข้ามาในประเทศ และกระทรวงศาสนสมบัติและกิจการศาสนาถูกยุบเพื่อจัดตั้ง สำนักงานศาสนสมบัติ ของนิกายซุนนีและชีอะห์ ขึ้นใหม่ การแบ่งแยกนี้พิสูจน์แล้วว่าเป็นปัญหาต่อกรรมสิทธิ์ของมัสยิด เนื่องจากเกิดข้อพิพาทครั้งใหญ่ระหว่างสำนักงานทั้งสอง^{[ 1 ] [ 10 ]}

พื้นที่ก่อสร้างมัสยิดยังถูกยึดครองโดยพรรคคุณธรรมอิสลาม ที่ได้รับการสนับสนุนจากอิหร่าน เนื่องจากมีพื้นที่กว้างขวางและตั้งอยู่ในเขตอัล-มันซูร์ มัสยิดยังถูกโจมตีหลายครั้งในช่วงสงครามกลางเมืองอิรักต่อมามีรายงานว่ามีครอบครัวไร้บ้าน 150 ครอบครัวอาศัยอยู่ในสลัมของมัสยิดที่สร้างไม่เสร็จ^{[ 10 ]}ในเดือนมกราคม 2020 ศาลได้ตัดสินว่าสำนักงานกองทุนชีอะห์มีสิทธิ์ในการก่อสร้าง และคำตัดสินดังกล่าวบังคับให้พรรคคุณธรรมอิสลามต้องจ่ายค่าชดเชยเป็นจำนวนเงิน200 ล้านดอลลาร์สหรัฐ แต่คำตัดสินนั้นไม่ได้ถูกนำไปปฏิบัติ สำนักงานกองทุนชีอะห์ยังถูกวิพากษ์วิจารณ์ว่าใช้ประโยชน์จากพื้นที่และจัดการโดยฝ่ายเดียวโดยปราศจากสิทธิ์ที่จำเป็นณ ปี 2025ชะตากรรมของมัสยิดยังคงไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด แต่บางคนยังคงมีความหวังว่ามัสยิดจะสร้างเสร็จสมบูรณ์ในสักวันหนึ่งและจะเป็นมัสยิดที่เป็นเอกภาพสำหรับชาวมุสลิม ทั้งนิกาย ซุนนีและชีอะห์^{[ 1 ] [ 10 ]}