เมื่อวันที่ 7 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2568 สำนักงาน ผู้อำนวยการ NIH (Matthew J. Memoli ^{[ 20 ]} ) ซึ่งดำเนินการภายใต้คำแนะนำของรัฐบาลทรัมป์ชุดที่สองได้ออกประกาศแจ้งว่า NIH จะให้ทุนสนับสนุนส่วนหนึ่งของทุนวิจัย ของ สถาบันอุดมศึกษา ที่เรียกว่า ต้นทุนทางอ้อมซึ่งโดยทั่วไปจะครอบคลุมค่าใช้จ่ายส่วนเกินของสถาบัน รวมถึงค่าเสื่อมราคา การบำรุงรักษาสถานที่วิจัย และการสนับสนุนบุคลากรวิจัย ในอัตราคงที่ 15% โดยยกเลิกเปอร์เซ็นต์ต้นทุนทางอ้อมที่สูงกว่ามากซึ่งเคยมีการเจรจาต่อรองไว้ก่อนหน้านี้สำหรับทุนที่มีผลบังคับใช้กับแต่ละสถาบัน^{[ 21 ] [ 22 ]}กลุ่มอัยการสูงสุดของ 22 รัฐ^{[ a ]} ​​ฟ้องร้อง NIH และ Kelley ได้ออกคำสั่งห้ามชั่วคราวซึ่งมีผลเป็นการบล็อกไม่ให้กฎมีผลบังคับใช้ในวันที่ 10 กุมภาพันธ์^{[ 23 ] [ 24 ]} ต่อมา The New York TimesและForbes.comรายงานว่าผู้พิพากษา Kelley ได้ขยายคำตัดสินให้ครอบคลุมสถาบันทั่วประเทศ "เพื่อตอบสนองต่อคดีฟ้องร้องอีกคดีหนึ่งที่ยื่นโดยสมาคมมหาวิทยาลัยและศูนย์วิจัยหลัก" ^{[ 21 ]} Kelley ได้ออกคำสั่งห้ามชั่วคราว ทั่วประเทศ ในวันที่ 5 มีนาคม ซึ่งมีผลเป็นการบล็อกข้อจำกัด 15% อย่างไม่มีกำหนด ในระหว่างการดำเนินคดี^{[ 25 ]}เมื่อวันที่ 4 เมษายน 2568 หนังสือพิมพ์นิวยอร์กไทมส์รายงานว่า: "ผู้พิพากษาของรัฐบาลกลาง [เคลลีย์] ได้สั่งห้ามรัฐบาลทรัมป์อย่างถาวรในวันศุกร์จากการจำกัดเงินทุนจากสถาบันสุขภาพแห่งชาติที่สนับสนุนการวิจัยในมหาวิทยาลัยและศูนย์การแพทย์ทางวิชาการ ซึ่งเป็นการคืนเงินทุนสนับสนุนหลายพันล้านดอลลาร์ แต่ก็ทำให้เกิดการอุทธรณ์อย่างแน่นอน คำตัดสินของผู้พิพากษาแองเจล เคลลีย์ แห่งศาลแขวงรัฐบาลกลางในแมสซาชูเซตส์ ทำให้คำสั่งชั่วคราวก่อนหน้านี้ของเธอเป็นคำสั่งถาวร และเป็นหนึ่งในคำตัดสินขั้นสุดท้ายครั้งแรกในคดีฟ้องร้องจำนวนมากต่อรัฐบาลทรัมป์" ศาลอุทธรณ์เขตที่ 1ยืนยันคำตัดสินของเคลลีย์อย่างเป็นเอกฉันท์เมื่อวันที่ 5 มกราคม 2569 ^{[ 26 ]}