หลังจากการประกาศปิดล้อมท่าเรือทางใต้ ของ ประธานาธิบดีอับราฮัม ลินคอล์น เมื่อวันที่ 19 เมษายน พ.ศ. 2404 กระทรวงกองทัพเรือพบว่าจำเป็นต้องแบ่งดินแดนที่มอบหมายให้กับกองเรือประจำบ้านออกเป็นส่วนย่อย ส่งผลให้มีการจัดตั้งกองเรือปิดล้อมชายฝั่งและกองเรือปิดล้อมอ่าวขึ้นในช่วงต้นเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2404 ^{[ 1 ]}

ในคำสั่งที่ส่งเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2404 เลขาธิการกองทัพเรือกิเดียน เวลส์ได้แต่งตั้งนายพลเรือไซลาส เอช. สตริงแฮมให้บัญชาการกองเรือปิดล้อมชายฝั่ง สตริงแฮมได้รับคำสั่งนี้และเข้ารับตำแหน่งเมื่อวันที่ 4 พฤษภาคม พ.ศ. 2404 กองบัญชาการใหม่ของเขาตั้งอยู่ที่แฮมป์ตันโรดส์รัฐเวอร์จิเนียและได้รับมอบหมายให้รับผิดชอบการปิดล้อมชายฝั่งตั้งแต่แหลมเชซาพีคไปจนถึงปลายสุดทางใต้ของฟลอริดาและคีย์เวสต์เมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม พ.ศ. 2404 กองเรือปิดล้อมชายฝั่งได้รับการเปลี่ยนชื่อเป็นกองเรือปิดล้อมแอตแลนติก^{[ 2 ]}

เมื่อวันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2404 สตริงแฮมได้ยื่นใบลาออกจากตำแหน่งผู้บัญชาการกองเรือหลังจากได้รับจดหมายจากกุสตาวัส วี. ฟ็อกซ์เลขานุการรักษาการของกองทัพเรือ ซึ่งเขารู้สึกว่าแสดงให้เห็นถึงความไม่เห็นด้วยกับมาตรการของเขาในการบังคับใช้การปิดล้อม การลาออกของสตริงแฮมได้รับการยอมรับเมื่อวันที่ 18 กันยายน พ.ศ. 2404 และในวันเดียวกันนั้นเอง พลเรือตรีหลุยส์ เอ็ม. โกลด์สโบโรห์ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งแทน การถ่ายโอนอำนาจการบังคับบัญชาเกิดขึ้นเมื่อวันที่ 23 กันยายน พ.ศ. 2404 เมื่อโกลด์สโบโรห์เดินทางมาถึงแฮมป์ตันโรดส์ ในการแจ้งให้โกลด์สโบโรห์ทราบเกี่ยวกับการแต่งตั้งของเขา กิเดียน เวลส์ระบุว่า “ต้องดำเนินการอย่างเข้มแข็งและกระตือรือร้นมากขึ้น” เพื่อบังคับใช้การปิดล้อม^{[ 3 ]}

ในช่วงฤดูร้อนปี 1861 คณะกรรมการสี่คนซึ่งมีกัปตันซามูเอล เอฟ. ดูปองต์ เป็นประธาน ได้ถูกจัดตั้งขึ้นเพื่อศึกษาการดำเนินการปิดล้อมและเสนอแนะแนวทางในการปรับปรุงประสิทธิภาพ ในรายงานของคณะกรรมการเมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม 1861 ได้มีการแนะนำให้แบ่งภูมิภาคแอตแลนติกออกเป็นสองส่วน คือ ภาคเหนือและภาคใต้ เมื่อวันที่ 18 กันยายน 1861 กระทรวงกองทัพเรือได้ตัดสินใจที่จะดำเนินการแบ่งส่วนนี้ โดยมีเส้นแบ่งคือพรมแดนระหว่างรัฐนอร์ทแคโรไลนาและรัฐเซาท์แคโรไลนาการดำเนินการนี้ล่าช้าไประยะหนึ่ง และเมื่อวันที่ 12 ตุลาคม 1861 กระทรวงกองทัพเรือได้แจ้งให้พลเรือเอกโกลด์สโบโรห์ทราบว่าการแบ่งส่วนอำนาจการบังคับบัญชาของเขาจะมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่พลเรือเอกซามูเอล เอฟ. ดูปองต์ ซึ่งได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้บัญชาการกองเรือภาคใต้ ออกเดินทางจากแฮมป์ตันโรดส์พร้อมกับกองกำลังเพื่อยึดพอร์ต รอยัล รัฐเซาท์แคโรไลนาดูปองต์ออกเดินทางเมื่อวันที่ 29 ตุลาคม 1861 ซึ่งในวันนั้นกองเรือได้ถูกแบ่งออกเป็นสองส่วน คือ กองเรือปิดล้อมแอตแลนติกเหนือและกองเรือปิดล้อมแอตแลนติกใต้^{[ 4 ]}

ปฏิบัติการสำคัญเพียงอย่างเดียวที่ดำเนินการโดยกองเรือปิดล้อมแอตแลนติกคือการปฏิบัติการที่นำไปสู่การยึดHatteras Inlet รัฐนอร์ทแคโรไลนาระหว่างวันที่ 26-29 สิงหาคม พ.ศ. 2404 เป้าหมายของปฏิบัติการนี้คือการขัดขวางไม่ให้เรือของฝ่ายสัมพันธมิตรใช้ทางเข้าออก และปฏิบัติการนี้ก็สำเร็จลุล่วงไปได้ด้วยดี ปฏิบัติการนี้ยังมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อชัยชนะที่ฝ่ายสหภาพต้องการอย่างมากหลังจากการรบที่ Bull Runโดยเป็นการยกพลขึ้นบกครั้งแรกและปฏิบัติการร่วมระหว่างกองทัพบกและกองทัพเรือขนาดใหญ่ครั้งแรกของสงคราม^{[ 5 ]}