เมื่อวันที่ 10 มกราคม พ.ศ. 2404 รัฐฟลอริดาลงมติแยกตัวออกจากสหภาพ^กลายเป็นรัฐที่สามที่ทำเช่นนั้น ต่อจากเซาท์แคโรไลนาและมิสซิสซิปปี^[ 4 ^]จุดยืนที่แน่ชัดของแม็กซ์เวลล์เกี่ยวกับการแยกตัวยังคงไม่เป็นที่ทราบแน่ชัดในหมู่นักประวัติศาสตร์ แต่การสนับสนุนจากสมาชิกสภานิติบัญญัติของรัฐที่สนับสนุนการแยกตัวดูเหมือนจะบ่งชี้ว่าเขาเป็นผู้สนับสนุนการแยกตัว^{[ 2 ]}ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2404 สภานิติบัญญัติของฟลอริดาได้เลือกเขาเข้าสู่วุฒิสภาแห่งรัฐสมาพันธรัฐซึ่งเป็นตำแหน่งที่เขาจะดำรงอยู่จนกระทั่งสิ้นสุดสงครามกลางเมืองอเมริกา^{[ 1 ]}

แม็กซ์เวลล์ได้รับการยกย่องว่าเป็นวุฒิสมาชิกที่มีความสามารถในการปฏิบัติจริงเป็นพิเศษ เมื่อตระหนักว่าการสนับสนุนหลักของฟลอริดาต่อความพยายามในการทำสงครามคืออาหารและสินค้าที่ผลิตแล้ว เขาจึงคัดค้านการเพิ่มภาษีและการเกณฑ์ทหาร ซึ่งเขารู้สึกว่าทั้งสองอย่างจะส่งผลเสียต่อมูลค่าการผลิตของฟลอริดา เขายังขอให้ประธานาธิบดีเจฟเฟอร์สัน เดวิส แห่งสมาพันธรัฐ เตือนประชาชนไม่ให้ปลูกสิ่งอื่นใดนอกจากอาหาร^{[ 2 ]}

แม้ว่าเขาจะเป็นคนปฏิบัติได้จริง แต่แม็กซ์เวลล์ก็เป็นที่รู้จักในเรื่องการทุจริตในวุฒิสภา เขาเป็นผู้สนับสนุนอย่างแข็งขันในการแย่งชิงอำนาจของประธานาธิบดีเดวิส และไม่คัดค้านการขยายอำนาจบริหารของเขา^{[ 2 ]}นอกจากนี้ แม็กซ์เวลล์ยังได้รับการแต่งตั้งเป็นประธานคณะกรรมการพิเศษที่ได้รับมอบหมายให้สอบสวนกรมกองทัพเรือฝ่ายสัมพันธมิตรซึ่งบริหารงานโดยสตีเฟน อาร์ . มัลลอรี เพื่อนสนิทของเขา หลังจากการยึดครองนิวออร์ลีนส์ ที่ล้มเหลว กองทัพเรือฝ่ายสัมพันธมิตรถูกตำหนิเนื่องจากความล้มเหลวของเรือรบหุ้มเกราะเหล็กด้วยความหวังที่จะป้องกันเหตุการณ์นี้ มัลลอรีจึงชักชวนให้รัฐสภาสอบสวนการดำเนินงานของกรมแทน ด้วยคณะกรรมการสอบสวนที่เต็มไปด้วยเพื่อนของมัลลอรี รวมถึงแม็กซ์เวลล์และผู้แทนเอเธลเบิร์ต บาร์กสเดลคณะกรรมการไม่พบหลักฐานการละเลยหรือความไร้ประสิทธิภาพ^{[ 5 ]}

เมื่อวันที่ 10 พฤษภาคม พ.ศ. 2408 พลจัตวา เอ็ดเวิร์ด แมคคุกแห่งกองทัพสหภาพได้เข้าสู่เมืองแทลลาแฮสซีโดยไม่มีเหตุการณ์ใดๆ เกิดขึ้น สิบวันต่อมา ธงชาติอเมริกันถูกชักขึ้นเหนืออาคารรัฐสภาของรัฐฟลอริดาและแมคคุกได้อ่านคำประกาศปลดปล่อยทาสบนบันไดของอาคารรัฐสภา ซึ่งเป็นการประกาศ^ยอมจำนนของฟลอริดา อย่างเป็นทางการ [ ^{6 ] [ 7 ]}

หลังสงคราม แม็กซ์เวลล์ยังคงเป็นบุคคลที่มีชื่อเสียงมากในฟลอริดา ในช่วงปลายปี 1865 ผู้ว่าการวิลเลียม มาร์วินอดีตผู้พิพากษาที่ได้รับการแต่งตั้งชั่วคราวโดยประธานาธิบดีแอนดรูว์ จอห์นสันได้แต่งตั้งแม็กซ์เวลล์ให้ดำรงตำแหน่งในศาลฎีกาฟลอริดาอย่างไรก็ตาม แม็กซ์เวลล์ดำรงตำแหน่งนี้ได้เพียงหนึ่งปีก่อนที่จะลาออก แม็กซ์เวลล์ได้ก่อตั้งสำนักงานกฎหมายร่วมกับมัลลอรีในปี 1866 และกลับมาดำรงตำแหน่งประธานบริษัทรถไฟอะลาบามาและฟลอริดาอีกครั้ง^{[ 2 ]}

เมื่อการฟื้นฟูสิ้นสุดลงหลังจากการประนีประนอมในปี 1877พรรคเดโมแครตก็กลับมาควบคุมฟลอริดาได้อีกครั้ง ส่งผลให้แม็กซ์เวลล์ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้พิพากษาศาลยุติธรรมเขตแรกของฟลอริดาโดยผู้ว่าการจอร์จ แฟรงคลิน ดรูว์ในปีนั้น เขาดำรงตำแหน่งนี้จนถึงปี 1885 เมื่อเขาลาออกเพื่อเข้าร่วมการประชุมรัฐธรรมนูญ ของรัฐ แม็กซ์เวลล์และผู้แทนคนอื่นๆ ได้แก้ไข รัฐธรรมนูญ ฉบับปี 1868 และแทนที่ด้วยรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ที่จำกัดสิทธิของชาวแอฟริกันอเมริกันอย่าง มาก ^{[ 1 ]}

ในปี พ.ศ. 2430 ผู้ว่าการเอ็ดเวิร์ด เอ. เพอร์รีได้แต่งตั้งแม็กซ์เวลล์เป็นหัวหน้าผู้พิพากษาคนที่แปดของศาลฎีกาฟลอริดา^{[ 8 ]}เขาจะดำรงตำแหน่งหัวหน้าผู้พิพากษาจนถึงปี พ.ศ. 2432 เมื่อจอร์จ พี. ราเนย์ได้รับเลือกให้สืบทอดตำแหน่งต่อจากเขา แม็กซ์เวลล์จะยังคงอยู่ในศาลฎีกาฟลอริดาในฐานะผู้พิพากษาสมทบจนถึงปี พ.ศ. 2434 เมื่อเขาลาออกจากตำแหน่งอย่างเป็นทางการ^{[ 3 ]}