ปีแรกของ BCS จบลงด้วยความขัดแย้ง เมื่อแคนซัสสเตท ที่แพ้เพียงครั้งเดียว จบอันดับสามในการจัดอันดับ BCS รอบสุดท้าย แต่กลับไม่ได้รับสิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขัน BCS โดยโอไฮโอสเตท (อันดับ 4) และ ฟลอริดา (อันดับ 8) ที่แพ้สองครั้ง ได้สิทธิ์แทน แทนที่จะได้เข้าร่วม BCS ไวลด์แคทส์กลับไปเล่นในอะลาโมโบว์ล ซึ่งมีชื่อเสียงน้อยกว่า กับเพอร์ดูในช่วงปิดฤดูกาลนั้น BCS ได้นำกฎ "กฎแคนซัสสเตท" มาใช้ ซึ่งระบุว่าทีมอันดับ 3 (หรือทีมอันดับ 4 หากทีมอันดับ 3 นั้นได้สิทธิ์เป็นแชมป์ของลีกไปแล้ว) ในการจัดอันดับ BCS รอบสุดท้าย จะได้รับสิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขัน BCS โดยอัตโนมัติ กฎนี้ถูกนำมาใช้ครั้งแรกในฤดูกาล 2002–03 ทำให้USC ได้รับสิทธิ์เข้าร่วมโดยอัตโนมัติ (โดยเสียสิทธิ์ของแคนซัสสเตทซึ่งจบฤดูกาลด้วยสถิติ 11–2 และเคยเอาชนะทรอยจันส์มาแล้ว) กฎดังกล่าวถูกนำมาใช้ทั้งหมด 8 ครั้ง โดยเท็กซัสได้รับสิทธิ์เข้ารอบโดยอัตโนมัติในปี 2004–05 และ 2008–09 โอไฮโอสเตท ได้รับ สิทธิ์เข้ารอบโดยอัตโนมัติในปี 2005–06 มิชิแกน ได้รับสิทธิ์เข้ารอบโดยอัตโนมัติในปี 2006–07 สแตนฟอร์ดได้รับสิทธิ์เข้ารอบโดยอัตโนมัติในปี 2010–11 และ 2011–12 ฟลอริดาได้รับสิทธิ์เข้ารอบโดยอัตโนมัติในปี 2012–13 และอลาบามาได้รับสิทธิ์เข้ารอบโดยอัตโนมัติในปี 2013–14

ปีนั้นยังเป็นปีแรกที่แสดงให้เห็นถึงอคติที่มีอยู่ในระบบ โดยทูเลนไม่แพ้ใครเลย แต่เนื่องจากการสังกัดลีก ทำให้พวกเขา จบอันดับที่ 10 ในการจัดอันดับ BCS รอบสุดท้าย และถูกมองข้ามไปสำหรับสิทธิ์ในการเข้าร่วมการแข่งขันรอบสุดท้าย

ในปีที่สองของ BCS แคนซัสสเตทจบอันดับที่ 6 ในการจัดอันดับ BCS แต่ก็ไม่ได้รับคำเชิญอีกครั้ง โดยถูกมองข้ามไปและเลือกมิชิแกน แทน (อันดับที่ 8) สถานการณ์ของแคนซัสสเตท (รวมถึงทูเลนที่ไม่แพ้ใครในปีที่แล้วและมาร์แชลล์ ที่ไม่แพ้ใคร ซึ่งถูกปฏิเสธในปีนี้) เป็นจุดเริ่มต้นของข้อโต้แย้งในสื่อที่ยาวนานเกี่ยวกับระบบนี้ มิชิแกนยังถูกเลือกก่อนหน้ามิชิแกนสเตทคู่แข่งร่วมรัฐและบิ๊กเทน (อันดับที่ 9) แม้ว่าสปาร์ตันจะเอาชนะวูล์ฟเวอรีนในปีนั้น (34–31) มิชิแกนซึ่งเป็นทีมที่มีชื่อเสียงระดับชาติ แซงหน้าแคนซัสสเตทและมิชิแกนสเตท นำไปสู่ข้อกล่าวหาว่า BCS ให้ความสำคัญกับเงินมากกว่าความซื่อสัตย์สุจริตทางการกีฬา^{[ 3 ]}

ทีมฟลอริดา สเตท (11–1, แชมป์ACC ) ได้รับเลือกให้เล่นกับทีมโอ คลาโฮมา (12–0, แชมป์ Big 12 ) ที่ไม่แพ้ใครเลยในออเรนจ์โบวล์เพื่อชิงแชมป์ระดับชาติ แม้ว่าความพ่ายแพ้เพียงครั้งเดียวของพวกเขาจะเป็นการแพ้ให้กับทีมไมอามี เฮอริเคนส์ (10–1, แชมป์ Big East ) ซึ่งเป็นทีมที่มีสถิติแพ้เพียงครั้งเดียวเช่นกัน และอยู่ในอันดับที่ 2 ของทั้งสองโพลสำรวจความคิดเห็น ยิ่งไปกว่านั้น ความพ่ายแพ้เพียงครั้งเดียวของไมอามีก็เป็นการแพ้ให้กับทีมวอชิงตัน ฮัสกี้ส์แชมป์Pac-10 ซึ่งเป็นทีมที่มีสถิติแพ้เพียงครั้งเดียว เช่นกัน ทำให้เหลือสามทีมที่มีสิทธิ์ที่จะเล่นกับโอคลาโฮมาในรอบชิงชนะเลิศระดับชาติ ฟลอริดา สเตท แพ้โอคลาโฮมา 13–2 ในขณะที่วอชิงตันและไมอามีต่างก็ชนะเกม BCS ของตนเองได้อย่างง่ายดาย ซึ่งยิ่งเพิ่มความร้อนแรงให้กับข้อถกเถียง วอชิงตันเอาชนะเพอร์ดู 34–24 ในโรสโบวล์ และไมอามีเอาชนะฟลอริดา 37–20 ในชูการ์โบวล์ จากผลของข้อโต้แย้งดังกล่าว ระบบ BCS จึงได้รับการปรับปรุงในช่วงนอกฤดูกาล โดยมีการเพิ่มโบนัส "ชัยชนะที่มีคุณภาพ" เข้าไปในสูตรคำนวณ ซึ่งจะให้คะแนนพิเศษสำหรับการเอาชนะทีมอันดับต้น ๆ สิบอันดับแรก

ในฤดูกาลที่เต็มไปด้วยข้อถกเถียงอีกครั้งเนบราสกาได้รับเลือกให้เป็นผู้เข้าร่วมการแข่งขันชิงแชมป์ระดับชาติ แม้ว่าจะได้รับการจัดอันดับอยู่ที่อันดับ 4 ในการสำรวจความคิดเห็นของผู้คนทั้งสองสำนัก และไม่ได้คว้าแชมป์ในลีกของตนเองก็ตาม ฮัสเกอร์สลงเล่นเกมสุดท้ายของฤดูกาลปกติที่โคโลราโดโดยไม่แพ้ใคร แต่กลับพ่ายแพ้ที่โบลเดอร์ด้วยคะแนน 62–36 และโคโลราโดก็คว้าแชมป์บิ๊ก 12 ไปครอง อย่างไรก็ตาม คอมพิวเตอร์ของ BCS ซึ่งมีส่วนร่วมในการจัดอันดับถึง 50% ไม่ได้คำนึงถึงระยะเวลาของการแพ้ ดังนั้นเนบราสกาที่แพ้เพียงครั้งเดียวจึงอยู่เหนือโคโลราโดที่แพ้สองครั้งและโอเรกอน ที่แพ้เพียงครั้งเดียว ซึ่งเป็นอันดับ 2 ในการสำรวจความคิดเห็นของผู้คนทั้งสองสำนัก (แต่เป็นอันดับ 4 ใน BCS) ในที่สุด เนบราสกาเอาชนะโคโลราโดเพื่อคว้าอันดับ 2 ในการสำรวจความคิดเห็นของ BCS ด้วยคะแนน 0.05 คะแนน เนบราสกาพ่ายแพ้อย่างราบคาบในการแข่งขันชิงแชมป์ระดับชาติให้กับไมอามี่ ด้วยคะแนน 37–14 ในทำนอง เดียวกัน โอเรกอนก็เอาชนะโคโลราโดอย่างขาดลอยในเฟียสต้าโบว์ล ด้วยคะแนน 38–16 ส่งผลให้บทบาทของคอมพิวเตอร์ในการกำหนดอันดับลดลงจาก 50% เหลือ 33.3% และอันดับจากการสำรวจความคิดเห็นของมนุษย์เพิ่มขึ้นเป็น 66.6%

ฤดูกาล 2002–03 ไม่ได้เป็นที่ถกเถียงกันในเรื่องการคัดเลือกเกมชิงแชมป์หรือการคัดเลือกที่ไม่ใช่ AQ ไปสู่เกมโบว์ล BCS แต่เป็นเพราะ BCS ถูกกล่าวหาว่าทำลายประเพณีโบว์ลที่มีมานานก่อนที่ BCS จะมีอยู่ Rose Bowl ตามประเพณีแล้วจะมีแชมป์ของBig TenและPac-10 เข้าร่วม อย่างไรก็ตาม Ohio Stateซึ่งเป็นแชมป์ร่วมของ Big Ten และจบอันดับที่ 2 ใน BCS ได้ผ่านเข้ารอบไปเล่นในFiesta Bowl ปี 2003 เพื่อชิงแชมป์ระดับชาติกับ Miami แชมป์ ของBig East ^{[ 24 ]}

หลังจากการแข่งขันชิงแชมป์ระดับชาติเสร็จสิ้นลง Orange Bowl มีสิทธิ์เลือกทีมต่อไป และได้เชิญทีมอันดับ 3 (อันดับ 5 BCS) ไอโอวาซึ่งครองตำแหน่งแชมป์ Big Ten ร่วมกับโอไฮโอสเตท เมื่อถึงคราวที่ Rose Bowl เลือกทีม ทีมที่ดีที่สุดที่มีอยู่คือทีมอันดับ 8 (อันดับ 7 BCS) โอคลาโฮมา แชมป์ Big 12 เมื่อถึงเวลาที่ Orange Bowl และSugar Bowlต้องเลือกทีมในรอบที่สอง ทั้งสองต่างต้องการUSC แชมป์ร่วม Pac-10 อย่างไรก็ตาม กฎของ BCS ระบุว่า หากสองรายการแข่งขันต้องการทีมเดียวกัน รายการแข่งขันที่มีเงินรางวัลสูงกว่าจะมีสิทธิ์ก่อน^{[ 25 ]} Orange Bowl จึงเสนอสิทธิ์เข้าร่วมให้กับ Trojans ทันที และจับคู่กับ Hawkeyes ในการแข่งขัน Big Ten/Pac-10 "Rose Bowl East" ในOrange Bowl ปี 2003 Rose Bowl จึงเหลือเพียงการจับคู่โอคลาโฮมากับวอชิงตันสเตท แชมป์ร่วม Pac-10 ^{[ 25 ]}มิทช์ ดอร์เกอร์ ผู้อำนวยการบริหารคณะกรรมการโรสโบว์ล ไม่พอใจกับผลลัพธ์^{[ 25 ]}และ เกม โรสโบว์ลปี 2003มีผู้เข้าชมต่ำที่สุดและเป็นครั้งแรกที่ขายตั๋วไม่หมดตั้งแต่ปี 1944 นี่เป็นโรสโบว์ลครั้งที่สองติดต่อกันที่ไม่มีทีมจาก Big Ten และ Pac 10 เข้าร่วมด้วยกัน เนื่องจากเกมโบว์ลในฤดูกาลก่อนหน้านี้เป็นเกมชิงแชมป์ ซึ่งเป็นครั้งแรกที่โรสโบว์ลไม่มีทีมจาก 2 ลีกดังกล่าวเข้าร่วมตั้งแต่ปี 1918 และ 1919 และเป็นเพียงครั้งที่ 2 ที่เคยเกิดขึ้นในประวัติศาสตร์ของโรสโบว์ล โรสโบว์ลจบลงด้วยโอคลาโฮมาเอาชนะวอชิงตันสเตท 34–14 และออเรนจ์โบว์ลจบลงด้วยยูเอสซีเอาชนะไอโอวา 38–17 ส่วนชูการ์โบว์ลนั้นไม่มีข้อโต้แย้งใดๆ เนื่องจากจอร์เจียแชมป์ SEC และฟลอริดาสเตทแชมป์ ACC ถูกจับคู่กัน โดยจอร์เจียเป็นฝ่ายชนะ 26–13 ในขณะเดียวกัน โอไฮโอสเตทพลิกล็อกเอาชนะไมอามีในศึกเฟียสต้าโบว์ลด้วยคะแนน 31-24 คว้าแชมป์ระดับชาติและจบฤดูกาลในฐานะทีมเดียวที่ไม่แพ้ใครเลย สร้างประวัติศาสตร์เป็นฤดูกาล 14-0 ครั้งแรกในประวัติศาสตร์ฟุตบอลระดับมหาวิทยาลัย

ในฤดูกาล 2003–04 มีสามทีมจากลีก BCS AQ ที่จบฤดูกาลด้วยความพ่ายแพ้เพียงครั้งเดียวได้แก่โอคลาโฮมา , แอลเอสยูและยูเอสซีไม่มีทีมใดจากดิวิชั่น IA ที่จบฤดูกาลโดยไม่แพ้ใครเลย ซึ่งเป็นสิ่งที่ไม่ได้เกิดขึ้นมาตั้งแต่ปี 1996 สองปีก่อนการก่อตั้ง BCS 

USC ได้รับการจัดอันดับเป็นอันดับ 1 ในการสำรวจความคิดเห็นของมนุษย์ทั้งสองแบบ แต่ได้รับผลกระทบจากการจัดอันดับโดยคอมพิวเตอร์ที่ 2.67 เนื่องจากตารางการแข่งขันที่อ่อนกว่าและการแพ้หนึ่งครั้งให้กับแคลิฟอร์เนียซึ่ง ไม่ติดอันดับ ในช่วงฤดูกาลปกติ ในขณะเดียวกัน โอคลาโฮมามีฤดูกาลปกติที่สมบูรณ์แบบโดยไม่แพ้ใครเลยแม้จะมีตารางการแข่งขันที่แข็งแกร่งกว่า จากนั้นก็แพ้ให้กับแคนซัสสเตทอันดับ 13ในเกมชิงแชมป์ Big 12ด้วยคะแนน 35–7 ซูนเนอร์สได้รับการจัดอันดับเป็นอันดับ 1 ทั้งในการสำรวจความคิดเห็นของมนุษย์และการจัดอันดับ BCS ก่อนเข้าสู่สัปดาห์เพลย์ออฟของลีก แต่ตกลงมาอยู่อันดับ 3 ในการสำรวจความคิดเห็นของมนุษย์หลังจากแพ้ให้กับไวลด์แคทส์ ซูนเนอร์สยังคงอยู่อันดับ 1 ในการจัดอันดับโดยคอมพิวเตอร์ด้วยคะแนนที่มากพอที่จะทำให้ซูนเนอร์สได้อันดับสูงสุดในการจัดอันดับ BCS รอบสุดท้าย (การจัดอันดับโดยคอมพิวเตอร์ไม่ได้คำนึงถึงเวลาที่แพ้) LSU ได้อันดับ 2 จากการจัดอันดับโดยคอมพิวเตอร์ที่แข็งแกร่งกว่า USC และการจัดอันดับโดยมนุษย์อันดับ 2 และคว้าแชมป์ BCS ด้วยชัยชนะ 21–14 เหนือโอคลาโฮมาในชูการ์โบว์ล แทนที่จะไปแข่งกับ LSU USC จึงได้ไปแข่งที่Rose Bowlซึ่งพวกเขาเอาชนะ Michigan (อันดับ 4) แชมป์ Big Ten ไปได้อย่างง่ายดาย และสำนักข่าว AP ก็ประกาศให้ Trojans เป็นแชมป์ระดับชาติ การที่ผลโพลแตกทำให้แฟนๆ ของ LSU (13–1) และ USC (12–1) หลายคนไม่พอใจ  

บรรดาโค้ชระดับมหาวิทยาลัยที่เกี่ยวข้องกับการสำรวจความคิดเห็นของโค้ช มีข้อผูกมัดตามสัญญาว่าจะมอบถ้วยรางวัลและคะแนนเสียงอันดับหนึ่งขององค์กรให้กับผู้ชนะการแข่งขันชิงแชมป์ BCS ซึ่งก็คือ LSU อย่างไรก็ตาม เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ของ BCS ที่แชมป์ BCS ไม่ได้มาจากการชนะอย่างเป็นเอกฉันท์ LSU ได้รับคะแนนเสียงอันดับหนึ่ง 60 เสียง ในขณะที่ USC ได้รับ 3 เสียง โค้ชสามคนที่ฝ่าฝืนข้อผูกมัดตามสัญญาและลงคะแนนเสียงคัดค้าน LSU สำหรับตำแหน่งแชมป์ระดับชาติ ได้แก่ลู โฮลท์ซจากเซาท์แคโรไลนาพร้อมด้วยโค้ชอีกสองคนจากลีกที่เข้าร่วมการแข่งขันโรสโบว์ลในปีนั้น ได้แก่ไมค์ เบลล็อตติ จาก โอเรกอนใน Pac-10 และรอน เทอร์เนอร์จากอิลลินอยส์ใน Big Ten 

ก่อนการลงคะแนนรอบสุดท้าย ทีม Boise State ที่ยังไม่แพ้ใคร และอีกสี่ทีมที่มีแพ้เพียงครั้งเดียว ( Louisville , Michigan , WisconsinและFlorida ) ต่างก็มีลุ้นที่จะได้ไปเจอกับOhio State ที่ยังไม่แพ้ใครเช่น กัน ในรอบชิงชนะเลิศการแข่งขัน BCS National Championship ส่วน Louisville (11–1, แชมป์ Big East ) และ Boise State ได้รับการพิจารณาน้อยกว่า เนื่องจากตารางการแข่งขันที่ดูอ่อนกว่า ขณะที่ Wisconsin (11–1) อยู่ห่างจาก Ohio State สองระดับ (พวกเขาแพ้ Michigan ซึ่งแพ้ Ohio State และ Wisconsin กับ Ohio State ไม่ได้เจอกัน)

มิชิแกนแพ้โอไฮโอสเตท 42–39 ในเกมสุดท้ายของฤดูกาลปกติ (ทำให้บัคอายส์คว้าแชมป์บิ๊กเทน) แต่ก็ยังคงอยู่อันดับเหนือกว่าฟลอริดาและตามหลังยูเอสซีในการลงคะแนนรอบสุดท้าย ฟลอริดาเอาชนะอาร์คันซอในเกมชิงแชมป์เซคและยูเอสซีอันดับ 2 แพ้ให้กับยูซีแอลเอ ทำให้มิชิแกนและฟลอริดาเป็นทีมที่แพ้เพียงครั้งเดียวและต่างก็อ้างว่าพวกเขาสมควรได้เล่นในรอบชิงชนะเลิศระดับชาติ ในที่สุด ฟลอริดาแซงมิชิแกนขึ้นไปอยู่อันดับ 2 ด้วยคะแนนที่ห่างกันเพียง 0.0101 คะแนน ความแตกต่างเล็กน้อยนี้เป็นผลมาจากการโหวตของมนุษย์ (โพลล์โค้ชของ USA Today และโพลล์ของ Harris Interactive) ที่จัดอันดับฟลอริดาไว้สูงกว่ามิชิแกน ในขณะที่โพลล์คอมพิวเตอร์จัดอันดับให้ทั้งสองทีมเสมอกันในอันดับสอง

มิชิแกน ซึ่งได้รับสิทธิ์เข้ารอบโดยอัตโนมัติเนื่องจากอยู่อันดับที่ 3 ได้ไปแข่งขันในโรสโบว์ลแต่พ่ายแพ้ให้กับยูเอสซี 32–18 ฟลอริดาคว้าแชมป์ระดับชาติด้วยการเอาชนะโอไฮโอสเตทอย่างน่าประทับใจ 41–14 ฟลอริดาได้รับคะแนนเสียงอันดับหนึ่งเกือบทั้งหมดจาก 65 เสียงในโพลสำรวจความคิดเห็นของสำนักข่าวเอพี (อีกเสียงหนึ่งตกเป็นของบอยซีสเตท ซึ่งชนะฟิเอสต้าโบว์ลเหนือโอคลาโฮมา) เมื่อสิ้นสุดฤดูกาล วิสคอนซินและลุยส์วิลล์ต่างจบฤดูกาลด้วยการแพ้ทีมละ 1 ครั้ง ขณะที่บอยซีสเตทเป็นทีมเดียวในประเทศที่ยังไม่แพ้ใคร

เนื่องจากกฎของ BCS ที่อนุญาตให้ทีมจากแต่ละคอนเฟอเรนซ์เพียงสองทีมเท่านั้นที่จะได้เล่นในเกมชิงแชมป์ BCS ทำให้ทีมวิสคอนซินและออเบิร์น ที่มีอันดับสูง ไม่ได้รับสิทธิ์เข้าร่วมเกม BCS วิสคอนซินถูกตัดออกเพราะโอไฮโอสเตทและมิชิแกนเป็นตัวแทนจากบิ๊กเทน และออเบิร์นถูกตัดออกเพราะแอลเอสยูและฟลอริดาเป็นตัวแทนจาก SEC แม้ว่าออเบิร์นจะเอาชนะแอลเอสยู 7–3 และฟลอริดา 27–17 ในช่วงฤดูกาลก็ตาม แอลเอสยูได้รับสิทธิ์เข้าร่วมเกม BCS จากชัยชนะเหนืออาร์คันซอ แชมป์ SEC เวสต์ 31–26 ขณะที่เรเซอร์แบ็กส์เอาชนะออเบิร์น ทีมอันดับ 2 ในขณะนั้น 27–10 ในเกมเยือน การที่ออเบิร์นแพ้คาบ้านให้กับจอร์เจียที่กำลังอยู่ในช่วงขาลง 37–15 ก็ทำให้โอกาสในการเข้าร่วม BCS ของพวกเขาหมดลงไปด้วย

ถึงแม้จะไม่มีการบังคับใช้กฎดังกล่าว ก็ยังไม่เพียงพอที่จะทำให้ Auburn ได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขัน เนื่องจาก Wisconsin น่าจะเป็นทีมสุดท้ายที่ได้รับสิทธิ์นั้น ผลการจัดอันดับ BCS ครั้งสุดท้ายมีทีมจาก SEC และ Big Ten ถึงเจ็ดทีมติดอันดับท็อปสิบสอง แต่ตามกฎแล้วมีเพียงสองทีมจากแต่ละคอนเฟอเรนซ์เท่านั้นที่มีสิทธิ์เล่นในเกม BCS ซึ่งเปิดโอกาสให้มีการโต้แย้งว่าทั้งสองคอนเฟอเรนซ์จัดอันดับสูงเกินไป ตารางการแข่งขันของ Big Ten ไม่ได้สร้างแชมป์คอนเฟอเรนซ์ที่แท้จริง หรือการจำกัดทีมเพียง 2 ทีมจากคอนเฟอเรนซ์ใดคอนเฟอเรนซ์หนึ่งนั้นไม่เหมาะสม

ในฤดูกาลที่เต็มไปด้วยเหตุการณ์พลิกผัน ทีมสองอันดับแรกในโพลกลับแพ้ในสุดสัปดาห์เดียวกันของสองสัปดาห์สุดท้าย ส่งผลให้ระบบ BCS เกิดความปั่นป่วนก่อนการคัดเลือกสองทีมที่จะไปชิงแชมป์ระดับชาติ ในวันที่ 23 พฤศจิกายนLSU ทีม อันดับหนึ่ง แพ้ให้กับอาร์คันซอ ในช่วงต่อเวลาพิเศษสามครั้ง นี่เป็นการแพ้ในช่วงต่อเวลาพิเศษสามครั้งครั้งที่สองของเสือไทเกอร์ในฤดูกาลนี้ โดยครั้งแรกแพ้ให้กับเคนตักกี้วันต่อมามิสซูรี อันดับ 4 เอาชนะ แคนซัสอันดับ 2 และคว้าอันดับหนึ่งใน BCS สำหรับสัปดาห์ถัดไป ทำให้เกิดสถานการณ์ที่น่าสนใจที่มิสซูรีอันดับ 1 จะต้องลงเล่นเกมสุดท้ายของฤดูกาลในฐานะทีมรองบ่อนสามแต้มกับโอคลาโฮมาในวันที่ 1 ธันวาคม มิสซูรีพ่ายแพ้ให้กับโอคลาโฮมาในเกมชิงแชมป์ Big 12 เวสต์เวอร์จิเนียอันดับ 2 ก็ต้องตกตะลึงคาบ้านโดยพิตต์สเบิร์ก ที่ไม่มีอันดับ ในเกมBackyard Brawl ประจำปี ในขณะเดียวกันโอไฮโอสเตทซึ่งไม่ได้ลงแข่งในช่วงสองสัปดาห์สุดท้าย ก็ไต่อันดับจากอันดับ 5 ไปเป็นอันดับ 1 ฮาวายปิดฉากฤดูกาลที่ไม่แพ้ใคร (เป็นทีมเดียวที่เข้าสู่ฤดูกาลชิงแชมป์) ด้วยการเอาชนะวอชิงตันและคว้าสิทธิ์เข้าร่วม BCS เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ของโรงเรียน อย่างไรก็ตาม เช่นเดียวกับบอยซีสเตทในฤดูกาลก่อนหน้า ฮาวายไม่ได้ลงเล่นในรอบชิงชนะเลิศ BCS เนื่องจากตารางการแข่งขันของวอร์ริเออร์สถูกมองว่าอ่อนแอเกินไป^{[ 39 ]}ซึ่งยิ่งเพิ่มความขัดแย้งเกี่ยวกับความเป็นอัตวิสัยและความง่ายในการบิดเบือนความแข็งแกร่งของตารางการแข่งขันในการกำหนดอันดับ อันที่จริง ด้วยความพ่ายแพ้ของฮาวายในชูการ์โบว์ลฤดูกาล 2007–08 จึงเป็นฤดูกาลแรกนับตั้งแต่ฤดูกาล 2003–04 (และเป็นเพียงฤดูกาลที่สองในยุค BCS) ที่ไม่มีทีมใดจบฤดูกาลโดยไม่แพ้ใครเลย

ในอีกแง่มุมหนึ่งที่น่าขัน มิสซูรีอันดับ 6 ถูกตัดออกจาก BCS อย่างสิ้นเชิงเมื่อแคนซัสอันดับ 8 ได้รับเลือกเป็นหนึ่งในสามทีมที่ได้รับสิทธิ์เข้าร่วมโดยอัตโนมัติ เสือจบอันดับสูงกว่าในตารางคะแนน BCS และเอาชนะเจย์ฮอว์กส์ได้หนึ่งสัปดาห์ก่อนเกมชิงแชมป์ Big 12 อย่างไรก็ตาม แคนซัสได้รับสิทธิ์เข้าร่วมOrange Bowlเจ้าหน้าที่ Orange Bowl กล่าวว่าพวกเขาเลือกแคนซัสเพราะเจย์ฮอว์กส์แพ้เพียงครั้งเดียว^{[ 40 ]}ในขณะที่มิสซูรีแพ้สองครั้ง ซึ่งทั้งสองครั้งแพ้ให้กับโอคลาโฮมาแชมป์ Big 12 เนื่องจากกฎของ BCS ไม่อนุญาตให้มีทีมมากกว่าสองทีมจากการประชุมเดียวกันได้รับสิทธิ์เข้าร่วม มิสซูรีจึงถูกปฏิเสธสิทธิ์เข้าร่วมโดยอัตโนมัติเนื่องจากการเชิญแคนซัสเข้าร่วม Orange Bowl และการเชิญโอคลาโฮมาเข้าร่วม Fiesta Bowl แทนที่จะเป็นเช่นนั้น มิสซูรีกลับเอาชนะอาร์คันซออย่างขาดลอย 38–7 ใน Cotton Bowl แคนซัสสร้างความตกตะลึงด้วยการ เอาชนะเวอร์จิเนียเทคอันดับ 3 ในออเรนจ์โบว์ลด้วยคะแนน 24–21 ขณะที่โอคลาโฮมาพ่ายแพ้ให้กับเวสต์เวอร์จิเนียอย่างยับเยินด้วยคะแนน 48–28 ในเฟียสต้าโบว์ล ทำให้ไม่มีข้อโต้แย้งใดๆ ที่ชัดเจนว่าฝ่ายใดชนะ

ก่อน "วันเสาร์ชิงแชมป์" LSU อยู่ในอันดับที่ 7 และจอร์เจียอยู่ในอันดับที่ 4 อย่างไรก็ตาม หลังจากที่มิสซูรีอันดับ 1 และเวสต์เวอร์จิเนียอันดับ 2 แพ้ LSU ก็พุ่งขึ้นมาอยู่อันดับที่ 2 จากชัยชนะ 21–14 เหนือเทนเนสซี อันดับ 14 ในเกมชิงแชมป์ SEC หลายคนโต้แย้งว่า Bulldogs ไม่ควรได้เล่นเพื่อชิงตำแหน่งแชมป์ระดับชาติเพราะพวกเขาไม่ได้เล่น—และยิ่งไปกว่านั้นคือไม่ได้ชนะ—การแข่งขันชิงแชมป์ SEC Kirk Herbstreit ของ ESPN ทำหน้าที่เป็นผู้นำในการโจมตี Bulldogs อย่างน่าขันหนึ่งปีหลังจากที่เขาเรียกร้องให้มีการแข่งขันระหว่างโอไฮโอสเตทกับมิชิแกนอีกครั้งหลังจากที่วูล์ฟเวอรีนส์ไม่สามารถคว้าแชมป์ในลีกได้^{[ 41 ]} Bulldogs และ Vols จบฤดูกาลด้วยสถิติ 6–2 เท่ากันในอันดับต้น ๆ ของ SEC East แต่เทนเนสซีเป็นตัวแทนของกลุ่มในเกมชิงแชมป์โดยอาศัยการเอาชนะจอร์เจีย 35–14 ในเดือนตุลาคม เวอร์จิเนียเทคเคยอยู่อันดับที่ 6 เหนือกว่า LSU แต่ต้องยอมรับอันดับที่ 3 แม้ว่าจะเอาชนะบอสตันคอลเลจอันดับที่ 11 ได้อย่างขาดลอยในเกมชิงแชมป์ ACC ผู้ลงคะแนนน่าจะได้รับอิทธิพลจากการที่ LSU เอาชนะเวอร์จิเนียเทคอย่างขาดลอย 48–7 ในช่วงต้นฤดูกาล การจัดอันดับโดยคอมพิวเตอร์จัดให้เวอร์จิเนียเทค (0.960) และ LSU (0.950) อยู่ในอันดับที่ 1 และ 2 ตามลำดับ^{[ 42 ]}สี่ทีมอันดับต้น ๆ ในการจัดอันดับ BCS ได้แก่ โอไฮโอสเตทอันดับที่ 1, LSU อันดับที่ 2, เวอร์จิเนียเทคอันดับที่ 3 และโอคลาโฮมาอันดับที่ 4

ในที่สุด LSU ก็เอาชนะโอไฮโอสเตทไปได้ 38–24 ทำให้บัคอายส์แพ้ในรอบชิงชนะเลิศให้กับทีมจาก SEC เป็นฤดูกาลที่สองติดต่อกัน LSU ได้รับคะแนนเสียงอันดับหนึ่ง 60 จาก 65 เสียงในโพล AP รอบสุดท้าย ซึ่งเป็นจำนวนน้อยที่สุดสำหรับแชมป์ BCS นับตั้งแต่ปี 2004 จอร์เจีย ทีมจาก SEC อีกทีมหนึ่ง อยู่ในอันดับที่สองและได้รับคะแนนเสียงอันดับหนึ่ง 3 เสียง ส่วนอีกสองเสียงที่เหลือตกเป็นของ USC และแคนซัส ซึ่งอยู่ในอันดับที่ 3 และ 7 ตามลำดับ

ใน ดิวิชั่น Big 12 South มี ทีมที่ เสมอกันสามทีมได้แก่โอคลาโฮมาเท็กซัสและเท็กซัสเทค (ทั้งสามทีมแพ้เพียงครั้งเดียว) ผู้ชนะในดิวิชั่นนี้จะได้ไปเล่นในรอบชิงชนะเลิศระดับประเทศหากเอาชนะมิสซูรีในรอบชิงชนะเลิศ Big 12โอคลาโฮมาแพ้เท็กซัส 45–35 จากนั้นเท็กซัสแพ้เท็กซัสเทค39–33และสุดท้ายเท็กซัสเทคแพ้โอคลาโฮมา 65–21 ใน Big 12 มีการใช้การจัดอันดับ BCS เพื่อตัดสินผลเสมอ ทำให้ทีมต่างๆ ต้องแย่งชิงคะแนนโหวตจากผู้คน ในที่สุดโอคลาโฮมาก็เอาชนะเท็กซัสไปได้และได้สิทธิ์เป็นตัวแทนของ Big 12 South ในรอบชิงชนะเลิศของคอนเฟอเรนซ์ แม้จะแพ้ลองฮอร์นส์ในการแข่งขันแบบตัวต่อตัวก่อนหน้านี้ในฤดูกาล แต่การจัดอันดับโดยคอมพิวเตอร์กลับจัดอันดับตารางการแข่งขันของซูนเนอร์สไว้สูงกว่าลองฮอร์นส์ การประชุม BCS AQ อีกรายการหนึ่งคือSECใช้การจัดอันดับ BCS เพื่อตัดทีมหนึ่งทีมออกในกรณีที่เสมอกันสามทีม จากนั้นจึงใช้ผลการแข่งขันแบบตัวต่อตัวเพื่อตัดสินหาผู้ชนะ ซึ่งน่าจะส่งผลดีต่อเท็กซัส^{[ 43 ]}

ก่อนการแข่งขันชิงแชมป์ระดับภูมิภาค มีเพียงสี่ทีมเท่านั้นที่ ยังไม่แพ้ใคร ได้แก่ อลาบามายูทาห์บอลสเตทและบอยซีสเตทอย่างไรก็ตาม หากอลาบามาแพ้ ยูทาห์ บอลสเตท และบอยซีสเตทจะไม่มีโอกาสได้เข้าชิงแชมป์ เพราะตารางการแข่งขันของพวกเขานั้นอ่อนเกินไป ซึ่งจุดประกายข้อถกเถียงเกี่ยวกับความแข็งแกร่งของตารางการแข่งขันอีกครั้ง ปรากฏว่าอลาบามาแพ้ให้กับฟลอริดาที่ มีสถิติแพ้เพียงครั้งเดียว ในการแข่งขันชิงแชมป์ SEC ทำให้ฟลอริดาขึ้นไปอยู่อันดับสองในการจัดอันดับ BCS รอบสุดท้าย และได้เข้าชิงแชมป์กับโอคลาโฮมา ส่วนอลาบามาตกไปอยู่อันดับสี่ รองจากเท็กซัส นอกจากนี้ บอลสเตทยังแพ้ในการแข่งขันชิงแชมป์ MAC ให้กับบัฟฟาโลซึ่งทำให้พวกเขาหมดโอกาสที่จะได้เข้าชิงแชมป์ BCS

ยูทาห์และบอยซีสเตทต่างจบฤดูกาลใน 15 อันดับแรกของการจัดอันดับ BCS และมีสิทธิ์ได้รับเลือกเข้ารอบ BCS ในฐานะทีมที่ได้รับเลือกโดยอัตโนมัติ อย่างไรก็ตาม โดยทั่วไปแล้วเป็นที่เข้าใจกันว่าจะมีเพียงทีมเดียวเท่านั้นที่จะได้รับสิทธิ์ เนื่องจากเป็นการยากที่จะหาเหตุผลในการอนุญาตให้ทีมจากลีกระดับกลางอีกทีมหนึ่งเข้าร่วมการแข่งขัน BCS Bowl แทนที่จะเป็นทีมรองชนะเลิศจากลีก AQ ความยากลำบากในการ "หาเหตุผล" ว่าทำไมทั้งสองทีมที่ไม่ได้ผ่านการคัดเลือกโดยอัตโนมัติจึงได้ไปเล่นใน BCS Bowl ทำให้ผู้ที่วิพากษ์วิจารณ์ BCS หลายคนชี้ให้เห็นว่าสถานการณ์นี้สะท้อนถึงความเย่อหยิ่งและการสันนิษฐานว่าลีก AQ มีคุณภาพสูงกว่า ซึ่งไม่ปรากฏให้เห็นจากสถิติหรือผลการแข่งขัน แต่ขึ้นอยู่กับสถิติและชื่อเสียงเท่านั้น ยูทาห์ผ่านการคัดเลือกโดยอัตโนมัติในฐานะแชมป์จากลีกที่ไม่ใช่ AQ ที่มีอันดับสูงสุด (ใน 12 อันดับแรก) และเอาชนะอลาบามาใน Sugar Bowl ทีมอันดับ 9 โบอิสสเตท และทีมอันดับ 11 ทีซียูได้มาเจอกันในศึกพอยน์เซตเทีย โบว์ล ซึ่งถือเป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ที่การแข่งขันโบว์ลมีสองทีมจากลีกที่ไม่ใช่ AQ ที่มีอันดับสูงกว่าทั้งสองทีมที่เข้าร่วมการแข่งขันโบว์ลของ BCS ในฤดูกาลเดียวกัน ( ออเรนจ์ โบว์ลเป็นการพบกันระหว่างทีมอันดับ 12 ซินซินเนติและทีมอันดับ 19 เวอร์จิเนียเทค ) ทีซียูเอาชนะโบอิสสเตทไป 17–16 และยูทาห์ก็คว้าแชมป์ชูการ์ โบว์ลจบฤดูกาลในฐานะทีมเดียวในประเทศที่ยังไม่แพ้ใคร และอยู่อันดับ 2 ในการจัดอันดับของ AP

หลังจบฤดูกาลการประชุม Mountain West Conferenceได้เสนอในการประชุมประจำปีช่วงฤดูใบไม้ผลิของคณะกรรมการ BCS ว่าคณะกรรมการคัดเลือกจะเข้ามาแทนที่การสำรวจความคิดเห็นและคอมพิวเตอร์ ระบบเพลย์ออฟแปดทีมจะถูกนำมาใช้ และมีการเปลี่ยนแปลงกฎเกณฑ์การคัดเลือกอัตโนมัติ^{[ 44 ]}เมื่อวันที่ 24 มิถุนายน 2552 คณะกรรมการกำกับดูแลของประธาน BCS ได้ปฏิเสธแผนดังกล่าว^{[ 45 ]}

ในช่วงกลางเดือนตุลาคม เป็นที่ชัดเจนแล้วว่าฟลอริดาและอลาบามาจะเผชิญหน้ากันในเกมชิงแชมป์ SEC ปี 2009และผู้ชนะจะได้ไปเล่นในเกมชิงแชมป์ BCS นอกจากนี้ยังเชื่อกันโดยทั่วไปว่าเท็กซัสจะได้อีกหนึ่งตำแหน่งหากชนะเกมชิงแชมป์ Big 12 ปี 2009แม้จะมีข้อกังวลเกี่ยวกับตารางการแข่งขันนอกลีกที่อ่อนแอและการขาดแคลนทีมคุณภาพใน Big 12 อย่างน่าประหลาดใจก็ตาม ในที่สุด ในฤดูกาล 2004–05 ก็มีห้าทีมที่จบฤดูกาลโดยไม่แพ้ใคร ได้แก่ อลาบามา เท็กซัส ซินซินเนติทีซียูและบอยซีสเตทเมื่อเข้าสู่สุดสัปดาห์สุดท้ายของฤดูกาลปกติ ก็เป็นที่แน่นอนแล้วว่าอย่างน้อยสองทีมจะจบฤดูกาลโดยไม่แพ้ใคร เนื่องจากมีการแข่งขันชิงแชมป์ SEC ระหว่างอลาบามาและฟลอริดา รวมถึงทีซียูที่จบฤดูกาลโดยไม่แพ้ใครไปแล้ว

เท็กซัสชนะเกมชิงแชมป์ Big 12 และได้สิทธิ์เข้าร่วมเกมชิงแชมป์ BCS อย่างเป็นที่ถกเถียงกัน เมื่อเวลาในเกมดูเหมือนจะหมดลงขณะที่เนบราสกานำอยู่ 12–10 เจ้าหน้าที่ตัดสินว่าเวลาที่เหลืออยู่สามารถตรวจสอบได้และสั่งให้เพิ่มเวลาอีก 1 วินาที ทำให้ลองฮอร์นส์สามารถเตะฟิลด์โกลได้สำเร็จ ส่งผลให้ชนะ 13–12 ซึ่งผลลัพธ์นี้ทำให้โบ เพลินี โค้ชของเนบราสกาในขณะนั้น อ้างว่าเป็นส่วนหนึ่งของการสมคบคิดของ BCS ^{[ 46 ]} ก่อนหน้านี้ อลาบามาเอาชนะฟลอริดาอย่างขาดลอยในเกมชิงแชมป์ SEC เพื่อคว้าสิทธิ์อีกตำแหน่งหนึ่ง

ทีม Boise State, Cincinnati และ TCU ต่างเชื่อว่าพวกเขามีโอกาสได้เข้าชิงชนะเลิศหาก Texas แพ้ อย่างไรก็ตาม แม้จะคว้าชัยชนะอย่างน่าประทับใจในเกมเปิดฤดูกาลเหนือOregon ซึ่งเป็นแชมป์ Pac-10 ในที่สุด แต่ตารางการแข่งขันของ Boise State ก็ถูกมองว่าอ่อนเกินไปสำหรับการเข้าชิงชนะเลิศอีกครั้ง TCU ก็คิดว่าพวกเขามีโอกาสเช่นกัน เนื่องจากในเวลานั้น Mountain West ได้รับการยกย่องว่าเป็นลีกที่ไม่ใช่ AQ ที่แข็งแกร่งที่สุด อย่างไรก็ตาม Cincinnati น่าจะมีโอกาสมากที่สุดในบรรดาสามทีมนี้ แม้ว่าจะถูกจัดอันดับต่ำกว่า TCU ในช่วงสุดสัปดาห์ของการแข่งขันชิงชนะเลิศ แต่ Bearcats เป็นแชมป์ไร้พ่ายของลีก AQ ไม่ใช่ทีมที่ได้รับสิทธิ์พิเศษอย่าง Horned Frogs หรือ Broncos อันที่จริง โอกาสที่ Boise State หรือ TCU จะได้เข้าชิงชนะเลิศนั้นหมดไปแล้วด้วยชัยชนะในเกมปิดฤดูกาลของ Cincinnati เหนือPittsburghซึ่งทำให้มั่นใจได้ว่าอย่างน้อยสองทีมจากลีก AQ (Cincinnati และแชมป์ SEC) จะจบฤดูกาลด้วยสถิติไร้พ่าย ซินซินเนติแซงหน้าทีซียูขึ้นมาจบอันดับ 3 ในการจัดอันดับ BCS รอบสุดท้าย แต่ด้วยส่วนต่างที่น้อยมาก และคอมพิวเตอร์ BCS สามในหกเครื่องจัดอันดับให้เท็กซัสอยู่หลังซินซินเนติแต่เหนือกว่าทีซียู จึงไม่สามารถสรุปได้ว่าอะไรอาจเกิดขึ้นหากเท็กซัสแพ้ ซินซินเนติถูกฟลอริดาถล่มในชูการ์โบว์ล 51–24 ขณะที่อลาบามาคว้าแชมป์ระดับชาติเหนือเท็กซัส 37–21

ในช่วงที่ TCU ทำผลงานไร้พ่ายในฤดูกาลปกติเป็นครั้งที่สองติดต่อกัน (แพ้เพียงครั้งเดียวในเกม Fiesta Bowl ปี 2010 กับ Boise State) และในขณะที่ Boise State ยังคงไร้พ่ายก่อนที่จะแพ้ให้กับ Nevada นั้นE. Gordon Geeประธานของ Ohio State และอดีตประธานของโรงเรียนในกลุ่ม BCS AQ อีกสองแห่ง ได้แสดงความคิดเห็นต่อสำนักข่าว Associated Press โดยระบุว่าโรงเรียนจากกลุ่ม BCS ที่ไม่ใช่ AQ ไม่ควรได้รับอนุญาตให้แข่งขันเพื่อชิงแชมป์ BCS “ผมรู้ดี ในฐานะที่เคยเป็นประธานของ Southeastern Conference และ Big Ten ว่ามันเหมือนกับการแข่งขันที่ดุเดือดทุกสัปดาห์สำหรับโรงเรียนเหล่านี้ เราไม่ได้เล่นกับทีมที่อ่อนแอเราเล่นกับโรงเรียนที่ดีมาก ๆ ในแต่ละวัน ดังนั้นผมคิดว่าจนกว่ามหาวิทยาลัยจะผ่านด่านทดสอบนั้นไปได้ ก็มีเหตุผลบางอย่างที่จะเชื่อว่าพวกเขาไม่ใช่ทีมที่ดีที่สุดที่จะได้เข้าร่วมการแข่งขันครั้งใหญ่” ^{[ 50 ]}ความคิดเห็นเหล่านี้ก่อให้เกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์ทันทีจากนักวิจารณ์ โค้ชจากกลุ่มที่ไม่ใช่ AQ และประชาชนทั่วไปจำนวนมาก

ที่น่าประหลาดใจคือ TCU ชนะการแข่งขัน Rose Bowl เหนือวิสคอนซิน (ซึ่งเคยเอาชนะ Buckeyes มาก่อนหน้านี้ในฤดูกาล) และมีป้ายโฆษณาปรากฏขึ้นในพื้นที่โคลัมบัสเพื่อแสดงความยินดีกับชัยชนะของ TCU โดยมีลายเซ็นของ "The Little Sisters of the Poor" เพื่อเป็นการเยาะเย้ยคำพูดของดร. จี เขา ขอโทษ อย่างเป็นทางการหลังจบเกม และต่อมาได้ทำกิจกรรมเพื่อสังคมที่บ้านพักคนชราซึ่งดำเนินการโดย กลุ่ม แม่ชีที่รู้จักกันในชื่อ Little Sisters of the Poor แม้ว่าเขาจะเสริมว่าเขาไม่รู้ว่าพวกเธอมีอยู่จริงเมื่อเขาแสดงความคิดเห็น^{[ 51 ]}

ในฤดูกาล 2010 มีสามทีม ได้แก่โอเรกอนออเบิร์นและทีซียูที่ต่างก็มีสถิติไร้พ่าย ทีมจากสองลีกที่ได้สิทธิ์เข้ารอบโดยอัตโนมัติ คือ โอเรกอน ( แพ็ก-10 ) และออเบิร์น ( เอสอีซี ) ได้รับเลือกให้เข้าชิงแชมป์ระดับชาติปี 2011 แทนทีมฮอร์นฟร็อกส์ เนื่องจากตารางการแข่งขันของทีซียูอ่อนกว่า ออเบิร์นเอาชนะโอเรกอนคว้าแชมป์ไปครองด้วยคะแนน 22–19

ณ จุดนี้ ข้อถกเถียงเกี่ยวกับ BCS กลายเป็นหัวข้อสนทนาภายในรัฐบาลสหรัฐฯ ในปี 2008 วุฒิสมาชิกสหรัฐฯออร์ริน แฮทช์ (พรรครีพับลิกัน รัฐยูทาห์) กล่าวว่าเขาจะจัดการประชุมรัฐสภาเพื่อพิจารณาเรื่อง BCS ในอนาคต หลังจากที่ทีมยูทาห์ของเขาไม่ได้เข้าร่วมการแข่งขันชิงแชมป์ระดับชาติ สืบเนื่องจากการกระทำของวุฒิสมาชิกแฮทช์ในวุฒิสภา ในเดือนเมษายน 2011 อัยการสูงสุดของรัฐยูทาห์ประกาศว่าจะฟ้องร้องดำเนินคดีแบบกลุ่มในข้อหาผูกขาดทางการค้ากับ BCS แม้ว่ายูทาห์จะเข้าร่วมการแข่งขันในPacific-10 Conferenceซึ่งเป็นการแข่งขันที่ได้สิทธิ์เข้ารอบโดยอัตโนมัติก็ตาม ในเดือนพฤษภาคม 2011 กระทรวงยุติธรรมสหรัฐฯได้ส่งจดหมายถึง NCAA เพื่อขอคำอธิบายโดยละเอียดว่าทำไมฟุตบอล FBS จึงเป็นกีฬาเดียวของ NCAA ที่ 1) ไม่มีระบบเพลย์ออฟเพื่อหาแชมป์ และ 2) ทำไม NCAA จึงละทิ้งความรับผิดชอบในการดำเนินการดังกล่าวและมอบอำนาจในการตัดสินแชมป์ NCAA ให้กับกลุ่มภายนอก เช่น BCS คดีเหล่านี้ถูกยกเลิกในที่สุดเมื่อเห็นได้ชัดว่า BCS กำลังมุ่งไปสู่ระบบเพลย์ออฟในอีกไม่กี่ปีต่อมา https://www.deseret.com/2012/10/27/20508821/utah-ag-drops-antitrust-investigation-of-college-football-s-bcs-system-for-now/

โดยเฉพาะอย่างยิ่งเรื่องอื้อฉาวของ Fiesta Bowlเป็นตัวกระตุ้นที่ทำให้ BCS ตกอยู่ภายใต้ความสนใจของรัฐบาลกลางเป็นครั้งแรก ส่วนใหญ่เป็นเพราะรัฐบาลกังวลไม่เพียงแต่เกี่ยวกับการที่ BCS ขัดขวางการแข่งขันที่เป็นธรรมเท่านั้น แต่ที่สำคัญกว่านั้นสำหรับรัฐบาลกลางคือความเป็นไปได้ของการฉ้อโกงและการหลีกเลี่ยงภาษี หาก BCS ละเมิดกฎที่ควบคุมองค์กรที่ได้รับการยกเว้นภาษีและกลุ่มที่ควบคุมองค์กรที่ได้รับการยกเว้นภาษี หากการแข่งขัน BCS Bowls ซึ่งแต่ละรายการเป็นหน่วยงานแยกต่างหากแต่ก็เป็นส่วนหนึ่งของ BCS โดยรวมด้วย สูญเสียสถานะการยกเว้นภาษี พวกเขาอาจต้องรับผิดชอบภาษีย้อนหลังรวมเป็นเงินหลายร้อยล้านดอลลาร์ การละเมิดของ Fiesta Bowl โดยเฉพาะอย่างยิ่งที่เกี่ยวข้องกับการบริจาคทางการเมืองที่ผิดกฎหมายและไม่เหมาะสม ค่าตอบแทนผู้บริหารที่มากเกินไปและการจ่ายเงินคืนที่ไม่เป็นธรรม และการให้กู้ยืมที่มากเกินไปโดยไม่มีดอกเบี้ยและไม่ชำระคืน เป็นการละเมิดประเภทที่ทำให้กรมสรรพากร มีเหตุผลที่จะเพิกถอนสถานะการยกเว้นภาษี ของ BCS และการแข่งขัน BCS Bowl แต่ละรายการ และอาจรวมถึงโรงเรียนในกลุ่ม AQ Conference แต่ละแห่ง (แม้ว่าจะเป็นไปได้ยากมาก) ในกรณีที่เลวร้ายที่สุด BCS อาจถูกริบและยึดทรัพย์สินได้ แม้ว่าบทลงโทษที่ร้ายแรงที่สุดอาจจะไม่ถูกบังคับใช้ แต่แม้แต่บทลงโทษที่เบากว่า เช่น การตัดสินว่ามีการสมรู้ร่วมคิดและจัดตั้งกลุ่มผูกขาด ก็จะมีผลกระทบอย่างร้ายแรงต่อ BCS และระบบปัจจุบัน ศาลอาจสั่งให้แก้ไขการแข่งขันที่ไม่เป็นธรรมที่เกิดขึ้นในโครงสร้างของ BCS รวมถึงการสั่งให้มีระบบเพลย์ออฟและสั่งให้การแข่งขันชิงแชมป์ระดับภูมิภาค (Bowl games) เข้าร่วมด้วย แม้ว่า Delaney ผู้บัญชาการ Big 10 จะยืนยันว่าหาก BCS ล้มเหลว พวกเขาจะ "กลับไปใช้ระบบเดิม" ^{[ 52 ]}แต่หากศาลสั่งให้มีการแก้ไขปัญหา สมาคมต่างๆ จะไม่มีทางเลือกในเรื่องนี้ และจะต้องทำตามที่ศาลสั่ง โดยเฉพาะอย่างยิ่งหากมีการตัดสินว่า BCS เป็นกลุ่มผูกขาดหรือกลุ่มผูกขาดที่ผิดกฎหมาย รวมถึงการยอมอยู่ภายใต้การกำกับดูแลของรัฐบาลกลางในด้านการเงินและการบริหารงานของ Bowl และทีม Bowl และจัดการแข่งขันรอบเพลย์ออฟ 4, 8 หรือ 16 ทีม หรือวิธีการแก้ไขอื่นๆ ที่ศาลสั่ง การสอบสวนของกระทรวงยุติธรรมถือเป็นสถานการณ์ทางกฎหมายที่อาจเป็นอันตรายที่สุดที่ BCS เคยเผชิญมาจนถึงปัจจุบัน

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2555 จอห์น จังเกอร์ อดีตประธานเจ้าหน้าที่บริหารของเฟียสต้า โบว์ล ยอมรับสารภาพผิดในข้อหาชักชวนให้กระทำการฉ้อโกง เขาถูกตัดสินลงโทษในภายหลังตามเงื่อนไขของข้อตกลงยอมรับสารภาพผิด^{[ 53 ]}การยอมรับสารภาพผิดครั้งนี้เกี่ยวข้องกับแผนการที่เฟียสต้า โบว์ล มีส่วนร่วมในการชักชวนและชดเชยเงินบริจาคทางการเมืองให้กับนักการเมืองจากพนักงาน สองคนที่ยังคงทำงานอยู่ที่เฟียสต้า โบว์ล ยอมรับสารภาพผิดในข้อหาความผิดลหุโทษฐานบริจาคเงินสนับสนุนการหาเสียงที่ต้องห้าม โดยแต่ละคนจ่ายค่าปรับและถูกคุมประพฤติเป็นเวลาหนึ่งปี^{[ 53 ]}

ในสนามแข่งขัน สถานการณ์ผู้เล่นที่ไม่มีคุณสมบัติไม่เหมาะสมได้ส่งผลกระทบต่อการแข่งขัน BCS Bowl สองในห้าเกมของฤดูกาลนี้ก่อนที่จะมีการแข่งขันจริง ในเดือนธันวาคม 2010 ผู้เล่นของโอไฮโอสเตทห้าคนถูกกล่าวหาว่าเกี่ยวข้องกับเรื่องอื้อฉาวเรื่องผลประโยชน์ที่ผิดกฎหมายก่อนการแข่งขัน Sugar Bowl ปี 2011 แม้ว่าผู้เล่นทั้งห้าคนจะถูกพักการแข่งขันคนละห้าเกมในฤดูกาล 2011 แต่โอไฮโอสเตทยังคงได้รับอนุญาตให้เล่นใน Sugar Bowl ปี 2011 (ซึ่งส่งผลให้วิสคอนซินได้เล่นใน Rose Bowl ซึ่งปกติแล้วพวกเขาจะไม่มีสิทธิ์ได้เล่น หากโอไฮโอสเตทถูกตัดออกจากการเสมอกันสามทีมที่ทำให้วิสคอนซินได้สิทธิ์นั้น เพราะมิชิแกนสเตทจะได้สิทธิ์เล่น Rose Bowl ของ Big Ten) และผู้เล่นทั้งห้าคนก็ยังได้รับอนุญาตให้เล่นด้วยเช่นกัน หลังจากเอาชนะอาร์คันซอ เรื่องอื้อฉาวก็ขยายวงกว้างขึ้น รวมถึงการหลอกลวงอย่างเปิดเผยโดยจิม เทรสเซล โค้ชของโอไฮโอสเตท ผลที่ตามมาคือ เทรสเซลถูกบีบให้ออกจากตำแหน่ง และในวันที่ 11 กรกฎาคม 2011 โอไฮโอสเตทได้ยกเลิกชัยชนะทั้งหมดเพื่อลดโทษของพวกเขา^{[ 54 ]}

ในช่วงปลายเดือนตุลาคม เป็นที่ชัดเจนแล้วว่าผู้ชนะในเกมระหว่างLSUกับAlabama ในวันที่ 5 พฤศจิกายน จะคว้าแชมป์ SEC West และทีมนั้นจะได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันชิงแชมป์ BCS หากชนะเกมที่เหลือทั้งหมดและชนะเกมชิงแชมป์ SEC ปี 2011 LSU เอาชนะ Alabama ไปได้ 9–6 ทำให้พวก เขา มีโอกาสสูงที่จะได้เข้าร่วมเกมชิงแชมป์

ส่วนทีมที่จะเข้าชิงแชมป์อีกทีมนั้นยังไม่ชัดเจนนัก ในตอนแรก การที่อลาบามาแพ้ดูเหมือนจะเปิดทางให้โอคลาโฮมาสเตทซึ่งขยับขึ้นมาอยู่อันดับ 2 ในการจัดอันดับ BCS อย่างไรก็ตาม คาวบอยส์แพ้ในช่วงต่อเวลาพิเศษสองครั้งที่ไอโอวาสเตทเมื่อวันที่ 18 พฤศจิกายน ทำให้พวกเขาตกไปอยู่อันดับ 4 ในการจัดอันดับ BCS ขณะที่อลาบามาพุ่งขึ้นมาอยู่อันดับ 2 นี่จึงทำให้เกิดความเป็นไปได้ที่จะมีการแข่งขันนัดล้างแค้นระหว่างไทเกอร์สและครอมสันไทด์ หากทั้งสองทีมชนะในเกมที่เหลือ

ในช่วงสุดสัปดาห์สุดท้ายของฤดูกาลปกติ LSU เอาชนะจอร์เจียอย่างขาดลอย 42–10 คว้าแชมป์ SEC และได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันชิงแชมป์ระดับชาติ ไม่กี่ชั่วโมงต่อมา โอคลาโฮมาสเตทก็ถล่มโอคลาโฮมา 44–10 ที่สติลวอเตอร์ คว้าแชมป์ Big 12 ทำให้พวกเขาได้สิทธิ์เข้าร่วมอย่างน้อยที่สุดในFiesta Bowl ปี 2012 (ซึ่งเป็นการแข่งขันระหว่างแชมป์ Big 12 เว้นแต่ว่าพวกเขาจะจบในสองอันดับแรกของการจัดอันดับ BCS) หนึ่งสัปดาห์ก่อนหน้านั้น อลาบามาปิดฤดูกาลด้วยการเอาชนะออเบิร์น อย่างขาดลอย 42–14 ในขณะที่โอคลาโฮมาสเตทดูเหมือนจะหมดโอกาสลุ้นแชมป์ไปแล้วสองสัปดาห์ แต่คาวบอยส์ก็กลับเข้ามาอยู่ในวงการอีกครั้งด้วยชัยชนะอย่างเด็ดขาดเหนือซูนเนอร์ส ท้ายที่สุดแล้ว โอคลาโฮมาสเตทมีคะแนนเฉลี่ยจากคอมพิวเตอร์สูงเป็นอันดับสอง ในขณะที่อลาบามาจบอันดับสองในการสำรวจความคิดเห็นของมนุษย์ทั้งสองครั้ง คะแนนโหวตจากประชาชนของไทด์นำหน้าคาวบอยส์มากพอที่จะทำให้พวกเขาได้อันดับสองในการจัดอันดับ BCS รอบสุดท้ายด้วยคะแนนเพียง 0.0086 คะแนน ซึ่งเป็นส่วนต่างที่น้อยที่สุดระหว่างอันดับ 2 และอันดับ 3 ในประวัติศาสตร์ BCS ^{[ 55 ]}ส่งผลให้พวกเขาได้ไปแข่งขันชิงแชมป์ BCS กับ LSU และทำให้โอคลาโฮมาสเตทได้ไปแข่งขัน Fiesta Bowl ซึ่งพวกเขาเอาชนะสแตนฟอร์ดได้ 41–38

ในช่วงก่อนการแข่งขันชิงแชมป์ ผู้ลงคะแนนส่วนใหญ่ของ AP Poll กล่าวว่า เว้นแต่ว่าอลาบามาจะชนะอย่างน่าประทับใจ พวกเขายินดีที่จะพิจารณาลงคะแนนให้ LSU เป็นแชมป์ระดับชาติ แม้ว่าอลาบามาจะชนะก็ตาม มีผู้ลงคะแนนอย่างน้อยสามคนกล่าวว่าพวกเขาจะลงคะแนนให้ไทเกอร์เป็นอันดับ 1 อย่างแน่นอน เว้นแต่ว่าครอมสันไทด์จะชนะอย่างเด็ดขาด สิ่งนี้ทำให้เกิดความเป็นไปได้ที่จะมีการแบ่งแชมป์ระดับชาติ เนื่องจาก Coaches Poll มีข้อผูกมัดตามสัญญาที่จะต้องลงคะแนนให้แชมป์ระดับชาติแก่ผู้ชนะการแข่งขันชิงแชมป์ BCS ในที่สุด อลาบามาเอาชนะ LSU 21–0 และอีกไม่กี่ชั่วโมงต่อมาก็ได้รับการเลือกเป็นแชมป์ระดับชาติอย่างเป็นเอกฉันท์ โดยได้รับคะแนนเสียงอันดับหนึ่งเกือบทั้งหมดใน AP Poll ยกเว้นเพียงห้าเสียง^{[ 56 ] [ 57 ]}การแข่งขัน "รีแมตช์" ทำให้เกิดเสียงเรียกร้องให้มีข้อกำหนดว่าสำหรับ ทีม ใดก็ตามที่จะมีคุณสมบัติเข้าร่วมการแข่งขันชิงแชมป์ระดับชาติ พวกเขาจะต้องชนะการแข่งขันชิงแชมป์ของคอนเฟอเรนซ์ด้วย ไม่ว่าจะร่วมกันหรือชนะอย่างเด็ดขาด แนวคิดนี้เป็นส่วนหนึ่งของการอภิปรายที่จัดขึ้นหลังสิ้นสุดฤดูกาล 2011 ขณะที่ BCS หารือเกี่ยวกับการเปลี่ยนแปลงสำหรับรอบ BCS และระยะเวลาสัญญาถัดไป

นอกจากนี้ เป็นครั้งแรกที่มีการหารือเกี่ยวกับแนวคิดเรื่องรอบเพลย์ออฟแบบ " บวกหนึ่ง " โดยผู้อำนวยการฝ่ายกีฬาของทั้ง 13 สมาคมกีฬา และผู้อำนวยการฝ่ายกีฬาของมหาวิทยาลัยนอเทรอดาม เนื่องจากพวกเขาเริ่มตระหนักว่าความคิดเห็นของสาธารณชนเกี่ยวกับรอบเพลย์ออฟได้มาถึงจุดที่การไม่ดำเนินการใดๆ อาจส่งผลให้รัฐบาลต้องดำเนินการตามกฎหมายต่อต้านการผูกขาดเชอร์แมน

การถกเถียงเรื่องเกมชิงแชมป์ส่งผลกระทบต่อSugar Bowlโดยปกติแล้ว Sugar Bowl จะได้เลือกทีมจาก SEC ก่อน แต่เนื่องจาก LSU และ Alabama ได้รับเลือกเข้าสู่เกมชิงแชมป์ ทำให้ไม่มีทีม SEC อื่นใดที่มีสิทธิ์ได้รับเลือกเข้าสู่ BCS ในที่สุด Sugar Bowl จึงเลือกVirginia Tech อันดับ 11 และMichigan อันดับ 13 โดยข้ามBoise State อันดับ 7 , Kansas State อันดับ 8 และBaylor อันดับ 12 ไป การเลือก Virginia Tech ทำให้เกิดความไม่พอใจเป็นอย่างมาก เนื่องจาก Hokies มีสถิติ 1–2 ในการแข่งขันกับทีมที่มีอันดับสูงกว่า โดยทั้งสองครั้งที่แพ้มีคะแนนห่างกันถึง 48 คะแนน รวมถึงการแพ้Clemson อย่างขาดลอย 38–10 ใน เกม ชิงแชมป์ ACC ^{[ 58 ]} นอกจากนี้ Michigan ยังมีสิทธิ์ได้รับเลือกเข้าสู่ BCS อย่างหวุดหวิด โดยจบอันดับสูงกว่าเกณฑ์สำหรับทีมจาก AQ conference ที่จะได้รับเลือกโดยไม่ต้องชนะใน conference ของตนเองเพียงสองอันดับเท่านั้น^{[ 59 ]} อย่างน้อยก็มีรายงานหนึ่งระบุว่า เป็นทีมอันดับต่ำที่สุดจากการประชุม AQ ที่ได้รับสิทธิ์เข้าร่วม BCS ในประวัติศาสตร์ โดยมีเพียงอิลลินอยส์ในปี 2007 เท่านั้น ที่อยู่ในอันดับที่ 13 เท่ากัน (และอิลลินอยส์อย่างน้อยก็มี "เงื่อนไขอันดับสอง" ที่เป็นประโยชน์ต่อพวกเขา เนื่องจากพวกเขาได้รับเชิญให้เข้าร่วม Rose Bowl โดยมีโอไฮโอสเตท แชมป์ Big Ten อันดับ 1 มุ่งหน้าสู่เกมชิงแชมป์ระดับชาติ) มิชิแกนเอาชนะเวอร์จิเนียเทค 23–20 ในช่วงต่อเวลาพิเศษ

ที่น่าสังเกตคือ ฤดูกาลนี้เป็นฤดูกาลแรกนับตั้งแต่ปี 2005 ที่ไม่มีทีมจากนอกกลุ่ม AQ ได้รับเลือก Boise State อยู่ในอันดับที่ 5 ในการจัดอันดับ BCS ครั้งแรก แต่โอกาสของพวกเขาลดลงอย่างมากเมื่อแพ้TCU 36–35 ในวันที่ 12 พฤศจิกายน ซึ่งทำให้ TCU คว้าแชมป์ Mountain West ไปครอง Houstonดูเหมือนจะมีโอกาสสูงที่จะได้รับเลือกหลังจากทำผลงานไร้พ่ายในฤดูกาลปกติ ทำให้พวกเขาอยู่ในอันดับที่ 6 ในการจัดอันดับ BCS อันดับรองสุดท้าย อย่างไรก็ตาม Cougars แพ้ในรอบชิงชนะเลิศConference USA Football Championship Game ปี 2011ให้กับSouthern Missทำให้ Boise State และ TCU เป็นเพียงสองทีมจากนอกกลุ่ม AQ ที่มีโอกาสลุ้นรับเลือก อย่างไรก็ตาม โอกาสของ TCU สิ้นสุดลงเมื่อพวกเขาจบอันดับที่ 18 ในการจัดอันดับ BCS รอบสุดท้าย และยอมรับคำเชิญให้ไปแข่งขัน Poinsettia Bowl กับLouisiana Tech Bulldogsแชมป์WACซึ่งพวกเขาเอาชนะได้ อย่างไรก็ตาม ยังคงมีความสับสนและการคาดเดาในสื่อเกี่ยวกับวิธีการคำนวณอันดับ BCS ของ TCU อยู่^{[ 60 ] [ 61 ] [ 62 ]}

สามทีมที่ผ่านเข้ารอบชิงแชมป์ระดับประเทศยังคงไม่แพ้ใครในช่วงสุดสัปดาห์ของวันที่ 17 พฤศจิกายน ได้แก่แคนซัสสเตทโอเรกอนและนอเทรเดม ( โอไฮโอสเตทก็ไม่แพ้ใครเช่นกัน แต่ไม่มีสิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันรอบชิงชนะเลิศเนื่องจากบทลงโทษของ NCAA) คะแนนโหวตจากประชาชนของแคนซัสสเตทและโอเรกอนนำหน้านอเทรเดมมากพอที่จะทำให้เป็นเรื่องยากมากสำหรับนอเทรเดมที่จะแซงหน้าทั้งแคนซัสสเตทและโอเรกอนหากทั้งสามทีมชนะทุกนัด อย่างไรก็ตาม แคนซัสสเตทพ่ายแพ้ให้กับเบย์เลอร์ 52–24 ขณะที่โอเรกอนพ่ายแพ้ให้กับสแตนฟอร์ด 17–14 ในช่วงต่อเวลาพิเศษ ไม่กี่ชั่วโมงก่อนหน้านั้น นอเทรเดมเอาชนะเวคฟอเรสต์ 38–0 เมื่อมีการประกาศอันดับ BCS ในวันรุ่งขึ้น นอเทรเดมก็ทะยานขึ้นสู่อันดับหนึ่งในตารางคะแนน BCS และการันตีตำแหน่งในรอบชิงชนะเลิศระดับประเทศในอีกหนึ่งสัปดาห์ต่อมาด้วยชัยชนะนัดสุดท้ายของฤดูกาลเหนือUSC

จากการจัดอันดับดังกล่าวอลาบา มา อยู่อันดับที่ 2 รองจากนอเทรเดม โดยมีจอร์เจียตามมาติดๆ ในอันดับที่ 3 ทั้งสองทีมต่างก็คว้าสิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันชิงแชมป์ SEC ปี 2012ไปแล้ว การแข่งขันชิงแชมป์ SEC จึงกลายเป็นเหมือนรอบรองชนะเลิศเพื่อชิงสิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันชิงแชมป์ระดับชาติอีกครั้ง ด้วยชัยชนะที่น่าตื่นเต้นจากการพลิกสถานการณ์ อลาบามาเอาชนะไปได้ 32–28 และเอาชนะนอเทรเดมได้อย่างง่ายดายในการแข่งขันชิงแชมป์ระดับชาติด้วยคะแนน 42–14

เมื่อเข้าสู่สัปดาห์สุดท้ายของฤดูกาล มีทีมจากนอกลีก AQ สามทีมที่กำลังลุ้นแย่งชิงสิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขัน BCS ได้แก่ เคนต์สเตท น อร์ เทิร์นอิลลินอยส์และบอยซีสเตทซึ่งอยู่ในอันดับที่ 17 20 และ 21 ตามลำดับ นอร์เทิร์นอิลลินอยส์เอาชนะเคนต์สเตท 44–37 ​​ในเกมชิงแชมป์ MAC ขณะที่บอยซีสเตทปิดฉากฤดูกาลด้วยชัยชนะเหนือโคโลราโดสเตท 27–21 อันดับสุดท้ายของ BCS นอร์เทิร์นอิลลินอยส์อยู่ในอันดับที่ 15 ตามกฎของ BCS ทีมจากนอกลีก AQ ต้องจบอันดับที่ 16 ขึ้นไปในอันดับ BCS และต้องสูงกว่าแชมป์จากลีก AQ อย่างน้อยหนึ่งทีมจึงจะได้สิทธิ์เข้าร่วม BCS เนื่องจากฮัสกี้ส์อยู่ในอันดับที่สูงกว่าแชมป์จากลีก AQ สองทีม ได้แก่ แชมป์บิ๊กอีสต์ลุยส์วิลล์ (อันดับที่ 21) และแชมป์บิ๊กเทนวิสคอนซิน (ไม่ติดอันดับ) ทำให้ฮัสกี้ส์ได้สิทธิ์เข้าร่วม BCS นับเป็นทีมแรกและทีมเดียวจาก Mid American Conference ที่เคยเข้าร่วมการแข่งขัน BCS

การรวมทีมฮัสกี้ส์เหนือทีมที่มีชื่อเสียงมากกว่าจากการประชุม AQ ถูกวิพากษ์วิจารณ์โดยนักวิเคราะห์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งJesse Palmer , David PollackและKirk Herbstreit จาก ESPN ซึ่งอ้างว่านอร์เทิร์นอิลลินอยส์ไม่ได้เล่นตารางการแข่งขันที่ถูกต้อง^{[ 63 ]}อย่างไรก็ตาม การจัดอันดับด้วยคอมพิวเตอร์แสดงให้เห็นว่านอร์เทิร์นอิลลินอยส์มีตารางการแข่งขันที่แข็งแกร่งกว่าบอยซีสเตท เนื่องจากความอ่อนแอของ Mountain West เนื่องจากการจากไปของ TCU, BYU และ Utah ส่งผลให้บรอนโคส์มีเปอร์เซ็นต์การจัดอันดับด้วยคอมพิวเตอร์ต่ำที่สุดในบรรดาทีมทั้งหมดในตารางคะแนน BCS ฮัสกี้ส์ได้รับสิทธิ์เข้าร่วม Orange Bowl ซึ่งพวกเขาแพ้ให้กับฟลอริดาสเตท 31–10

อาจเป็นเรื่องที่เหมาะสมแล้วที่ปีสุดท้ายของ BCS ไม่มีข้อโต้แย้งใดๆ เกิดขึ้นเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล ในช่วงกลางเดือนพฤศจิกายนอลาบามาฟลอริดา สเตทโอไฮโอ สเตทและเบย์เลอร์ต่างก็ไม่แพ้ใครและอยู่ในอันดับที่ 1 ถึง 4 ตามลำดับ แต่ อลาบามาและฟลอริดา สเตท ยังคงครองอันดับที่ 1 และ 2 ในการจัดอันดับ BCS ความหวังในการคว้าแชมป์ระดับชาติของเบย์เลอร์จบลงอย่างแท้จริงในวันที่ 24 พฤศจิกายน ด้วยความพ่ายแพ้ต่อโอคลาโฮมา สเตท 49–17 และหนึ่งสัปดาห์ต่อมา ความหวังของอลาบามาในการคว้าแชมป์สมัยที่สามติดต่อกันก็จบลงเมื่อพวกเขาพ่ายแพ้ต่อออเบิร์น34–28เมื่อมีการอัปเดตการจัดอันดับ BCS ในวันที่ 1 ธันวาคม ฟลอริดา สเตท ขยับขึ้นเป็นอันดับที่ 1 ในขณะที่โอไฮโอ สเตท ขยับไปเป็นอันดับที่ 2 และออเบิร์น ขยับไปเป็นอันดับที่ 3

การถกเถียงใดๆ เกี่ยวกับการจับคู่ชิงแชมป์สิ้นสุดลงเมื่อโอไฮโอสเตทแพ้ให้กับมิชิแกนสเตท 34–24 ในเกมชิงแชมป์บิ๊กเทน ขณะที่ออเบิร์นเอาชนะมิสซูรี 59–42 คว้าแชมป์ซีอี ออเบิร์นพุ่งขึ้นมาอยู่อันดับสองในการจัดอันดับสุดท้าย ทำให้ได้ไปเจอกับฟลอริดาสเตทในเกมชิงแชมป์ระดับชาติ ทีมเซมิโนลส์คว้าแชมป์บีซีเอสระดับชาติครั้งสุดท้ายด้วยชัยชนะเหนือทีมไทเกอร์ส 34–31 จากการทำทัชดาวน์ในช่วง 11 วินาทีสุดท้ายของเกม

คณะกรรมการจัดการแข่งขันชูการ์โบว์ลยังคงเลือกทีมอันดับ 11 โอคลาโฮมาแทนที่จะเป็นทีมอันดับ 10 โอเรกอน ให้ไปเจอกับทีมอันดับ 3 อลาบามา โดยทั้งสองทีมต่างก็ชนะในเกมชิงถ้วยของตนเองอย่างขาดลอย โดยโอคลาโฮมาเอาชนะอลาบามา 45–31 และโอเรกอนเอาชนะเท็กซัส 30–7 ในเกมอลาโมโบว์ลดังนั้นจึงไม่มีข้อโต้แย้งใดๆ ที่ชัดเจนว่าทีมใดดีกว่ากัน