ไม่ทราบแน่ชัดว่าอาคารทางเข้าแห่งแรกในอาโพลดาถูกสร้างและเปิดใช้งานเมื่อใด อาคารมีสองชั้นและสร้างใน สไตล์ นีโอคลาสสิกสถานีมีห้องรอผู้โดยสารชั้น 1, 2 และ 3 ร้านอาหารสองแห่ง เคาน์เตอร์จำหน่ายตั๋ว และสำนักงานสำหรับบริการโทรเลขและสัมภาระ ก่อนการก่อสร้างห้องควบคุมสัญญาณ ระบบส่งสัญญาณของสถานีถูกจัดไว้ในอาคารทางเข้า ชั้นบนมีอพาร์ตเมนต์สำหรับนายสถานีรวมถึงห้องอื่นๆ สำหรับเจ้าหน้าที่การรถไฟ

สถานีรถไฟอาโพลดาเดิมถูกทำลายด้วยเพลิงไหม้ครั้งใหญ่ในคืนวันที่ 24/25 กันยายน ค.ศ. 1884

ฝ่ายการรถไฟหลวงแห่งแอร์ฟูร์ท ( Königliche Eisenbahndirektion ) จึงตัดสินใจสร้างโรงเก็บของบนฝั่งเมืองของสถานีรถไฟ เพื่อใช้เป็นสำนักงานและโรงอาหารต่างๆ อาคารครึ่งไม้หลังนี้มาจากรอสส์เลาซึ่งปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของเดสเซา-รอสส์เลาและตั้งอยู่ในรัฐซัคเซิน-อันฮัลท์อาคารชั่วคราวหลังเก่าถูกรื้อถอนและสร้างใหม่ในอาโพลดา อาคารสถานีชั่วคราวนี้ ซึ่งตั้งอยู่ระหว่างสถานีปัจจุบันและลานขนส่งสินค้า ได้เปิดใช้งานในวันอาทิตย์ที่ 14 ธันวาคม ค.ศ. 1884 เพียงสองปีต่อมา ฝ่ายการรถไฟแห่งแอร์ฟูร์ทก็ได้เสนอแผนการสร้างสถานีใหม่ การดำเนินการนี้เกิดขึ้นหลังจากมีการเรียกร้องและร้องเรียนมากมายจากประชาชนและพ่อค้าแม่ค้าที่ไม่ยอมรับการเชื่อมต่อกับเครือข่ายรถไฟที่ย่ำแย่อีกต่อไป สามปีต่อมา ในวันที่ 4 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1889 การก่อสร้างสถานีใหม่จึงเริ่มต้นขึ้นบนฐานรากของกำแพงสถานีเก่าที่ถูกไฟไหม้ ตั้งแต่วันที่ 12 สิงหาคมของปีเดียวกันนั้น การก่อสร้างอาคารกลางได้เริ่มขึ้น โดยใช้วิธีการก่อสร้างแบบสำเร็จรูป และหลังจากนั้นไม่นานก็ถูกส่งไปยังเมืองอาโพลดา สถานีใหม่เปิดให้บริการในวันที่ 1 เมษายน ค.ศ. 1890 อาคารสร้างด้วยหินทรายทั้งหมด ในรูปแบบที่ผสมผสานระหว่างสถาปัตยกรรมนีโอเรเนสซองส์ ของเยอรมันและอิตาลี ประดับตกแต่งด้วยหอคอยขนาดเล็กและหน้าจั่วประดับตกแต่ง

ระหว่างปี 1905 ถึง 1908 พื้นชานชาลาถูกปูและติดตั้งหลังคาคลุม เหตุการณ์นี้เกิดขึ้นจากคำร้องของเมืองอาโพลดาถึงฝ่ายการรถไฟแห่งเออร์ฟูร์ท ในปี 1906 ยังมีการสร้างอุโมงค์ลอดใต้ทางรถไฟเชื่อมระหว่างชานชาลาทั้งสองด้วย ในช่วงสงครามโลกครั้งที่หนึ่ง ทางรถไฟถูกใช้เป็นศูนย์บริการสงคราม จึงมีการสร้างค่ายทหารขึ้น ในช่วงเวลานั้นยังมีการสร้างห้องสุขาขึ้นด้วย แต่ถูกรื้อถอนในช่วงปลายปี 1922 ถึงต้นปี 1923 เนื่องจากมีกลิ่นเหม็นมากเกินไป

หนึ่งในลักษณะพิเศษของภายในอาคารซึ่งสร้างด้วยอิฐคลินเกอร์ คือการตกแต่งด้วยสัญลักษณ์ของฟรีเมสันรวมถึงดาวแห่งดาวิด ซึ่งไม่ใช่สัญลักษณ์ดั้งเดิมของลอดจ์ ความหมายของสัญลักษณ์นี้ยังคงไม่ชัดเจน

อาคารทางเข้าได้รับการปรับปรุงครั้งล่าสุดในปี 1988/1989 มีการทำความสะอาดด้านนอกอาคารและปรับปรุงภายใน ตั้งแต่ปี 1953 พื้นที่ขายตั๋วแบบเปิดโล่งเดิมถูกแบ่งออกเป็นพื้นที่ทำงานหลายส่วนและติดตั้งฝ้าเพดานเทียม สำนักงานขายตั๋วเปิดให้บริการเพียงบางเวลาในระหว่างสัปดาห์ ไม่มีห้องน้ำให้บริการ มีซุ้มขายของอยู่ในบริเวณล็อบบี้ บางส่วนของอาคารยังถูกใช้โดยบริษัทแท็กซี่และเทศบาลเมืองอาโพลดาสำหรับการจัดสัมมนาลานจอดรถไฟซึ่งตั้งอยู่ติดกับสถานีผู้โดยสารทางด้านทิศตะวันออกได้ถูกปิดและรื้อถอนไปแล้ว

เส้นทางรถไฟสายนี้ถูกควบคุมด้วยระบบสับเปลี่ยนสัญญาณอิเล็กทรอนิกส์ในเมืองอาโพลดา

ชานชาลา "บ้าน" (ติดกับอาคารทางเข้า) มีความยาว 297 เมตร และสูง 34 เซนติเมตร เช่นเดียวกับชานชาลาอื่นๆ ชานชาลานี้ถูกมุงหลังคาและปูพื้นระหว่างปี 1905 ถึง 1908 อุโมงค์ลอดใต้ทางรถไฟระหว่างชานชาลาทั้งสองสร้างขึ้นในปี 1906 ชานชาลาระหว่างรางที่ 2 และ 3 มีความยาว 377 เมตร และสูง 55 เซนติเมตร

ระหว่างเดือนตุลาคม พ.ศ. 2555 ถึงฤดูใบไม้ร่วง พ.ศ. 2556 สถานีได้รับการปรับปรุงให้ทันสมัยในหลายขั้นตอนของการก่อสร้างและยกระดับเพื่อการเข้าถึงที่ปราศจากสิ่งกีดขวางขั้นแรก ทางลอดคนเดินได้รับการสร้างใหม่และชานชาลาที่ 1 ก็ได้รับการสร้างใหม่ ต่อมา ชานชาลาที่ 2 และ 3 ก็ได้รับการสร้างใหม่ ชานชาลาเหล่านี้ติดตั้งทางลาด ลิฟต์ ที่พักพิงกันฝน และพื้นปูแบบสัมผัสการขยายทางลอดคนเดินทำให้สามารถเข้าถึงจุดเชื่อมต่อระบบขนส่งสาธารณะที่วางแผนไว้ได้ ข้อมูลการเดินทางจะแสดงบนระบบข้อมูลผู้โดยสารค่าใช้จ่ายอยู่ที่ประมาณ 5.5 ล้านยูโร^{[ 3 ]}

สถานี Apolda ไม่มีลานด้านหน้าสถานีโดยตรง มีเพียงถนนทางเข้าซึ่งเชื่อมต่อกับถนน Bahnhofstraße ถนนเส้นนี้ได้รับการปรับปรุงครั้งล่าสุดในปี 1989 เนื่องในโอกาสครบรอบ 100 ปีของสถานี ด้านซ้ายและด้านขวาของถนนใช้เป็นที่จอดรถแบบเสียค่าบริการ ป้ายรถเมล์ และจุดจอดแท็กซี่ นอกจากนี้ยังมีทางเข้าสู่ถนนและสถานีอีกทางหนึ่งผ่านบันไดที่สร้างขึ้นในปี 1934 ด้วยอิฐ Ehringsdorf Kalksandstein (อิฐที่ทำจากทรายและแคลเซียมซิลิเกตไฮเดรต)

ในปี 2014 เทศบาลเมืองอาโพลดา ร่วมกับบริษัท Deutsche Bahn ได้สร้างลานจอดรถแบบจอดแล้วเดินทางต่อ (park-and-ride) บนรางรถไฟเก่าทางด้านเหนือของสถานี มีพื้นที่จอดรถยนต์และรถประจำทาง รวมถึงป้ายรถประจำทาง อุโมงค์ลอดใต้ชานชาลาได้รับการขยายเพื่อเชื่อมต่อชานชาลากับลานจอดรถใหม่ พิธีวางศิลาฤกษ์เชิงสัญลักษณ์จัดขึ้น ณ บริเวณสถานีขนส่งสินค้าเก่าเมื่อวันที่ 29 กุมภาพันธ์ 2012