บริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์ (รู้จักกันในชื่อย่อภาษาดัตช์ว่า VOC) ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 20 มีนาคม ค.ศ. 1602 โดยเป็นการควบรวมกิจการของบริษัทการค้า 12 แห่ง(voorcompagnieën ) โดยมีสิทธิแต่เพียงผู้เดียวในการเดินเรือและการค้าของเนเธอร์แลนด์ในเอเชียและหมู่เกาะอินเดียตะวันออก รวมถึงสิทธิในการทำสนธิสัญญา ประกาศและทำสงคราม และจัดตั้งป้อมปราการและสถานีการค้า^{[ 6 ] [ 9 ]}ในต้นเดือนเมษายน ค.ศ. 1609 กองเรือดัตช์ที่บัญชาการโดยPieter Willemsz Verhoeffเดินทางมาถึงบันดาเนียราและต้องการบังคับให้มีการสร้างป้อมปราการ ชาวบันดาเนียราต้องการการค้าเสรีเพื่อที่จะได้ใช้ประโยชน์จากพ่อค้าจากประเทศต่างๆ ในยุโรปมาต่อรองกันและขายสินค้าให้กับผู้เสนอราคาสูงสุด^{[ 10 ]}อย่างไรก็ตาม ชาวดัตช์พยายามที่จะสร้างการผูกขาดการค้าเครื่องเทศเพื่อให้ชาวบันดาเนียราสามารถขายสินค้าของตนให้กับชาวดัตช์เท่านั้น^{[ 1 ]}การเจรจาเป็นไปอย่างยากลำบาก และในช่วงปลายเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1609 หัวหน้าเผ่าได้ล่อ Verhoeff และผู้บัญชาการอีกสองคนที่ออกจากกองเรือเพื่อเจรจาบนชายหาด เข้าไปในป่าเพื่อซุ่มโจมตีและสังหารพวกเขา^{[ 1 ]}ยามของพวกเขาก็ถูกชาวบันดานีสังหารหมู่เช่นกัน ทำให้ชาวดัตช์เสียชีวิตทั้งหมด 46 คน^{[ 11 ]}เพื่อเป็นการแก้แค้น ทหารดัตช์ได้ปล้นสะดมหมู่บ้านบันดานีหลายแห่งและทำลายเรือของพวกเขา^{[ 1 ]}ในเดือนสิงหาคม มีการลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพที่เป็นประโยชน์ต่อชาวดัตช์: ชาวบันดานีรับรองอำนาจและการผูกขาดการค้าเครื่องเทศของชาวดัตช์^{[ 6 ] [ 1 ]}ในปีเดียวกันนั้นป้อม Nassauถูกสร้างขึ้นบนเกาะบันดานีเอราเพื่อควบคุมการค้าลูกจันทน์เทศ^{[ 12 ] [ 13 ]}

Piet Heinเข้ามาแทนที่ Verhoeff ในตำแหน่งผู้บัญชาการกองเรือ หลังจากสร้างป้อม Nassau เสร็จ กองเรือก็แล่นไปทางเหนือสู่Ternateซึ่งสุลต่านของที่นั่นอนุญาตให้ชาวดัตช์สร้างป้อมปราการมาเลย์เก่าที่เสียหายขึ้นใหม่ และเปลี่ยนชื่อเป็นป้อม Oranjeในปี 1609 ^{[ 6 ] [ 1 ]}ป้อมนี้กลายเป็น เมืองหลวง โดยพฤตินัยของบริษัทอินเดียตะวันออกของดัตช์ จนกระทั่งมีการก่อตั้งเมือง Batavia ( จาการ์ตาในปัจจุบัน ) บน เกาะชวาในปี 1619 ชาวดัตช์เข้าไปเกี่ยวข้องกับสงครามสั้นๆ ระหว่าง Ternate กับอาณาจักรเกาะTidore ที่อยู่ใกล้เคียง ^{[ 1 ]}ในเดือนมีนาคม 1610 Hein เดินทางมาถึง Ambon และหลังจากเจรจาการค้ากันอย่างยาวนานแต่ประสบความสำเร็จในที่สุดใน การซื้อ กานพลู จำนวนมาก กับชาว Ambon ตั้งแต่เดือนมีนาคมถึงพฤศจิกายน 1610 ^{[ 1 ]}เขา^{ได้ดำเนิน}การทางทหารเพื่อลงโทษสองครั้งในช่วงต้นปี 1611 ต่อเกาะLontor (หรือที่รู้จักกันในชื่อ Lontar หรือ Banda Besar) และPulo Runของ ชาว Bandanese ^{[ 1 ]}หลังจากนั้น เขาได้รับมอบหมายให้สร้างป้อมเบลจิกาบนเกาะบันดาเนียรา ซึ่งกลายเป็นป้อมปราการดัตช์แห่งที่สามบนเกาะบันดา^{[ 1 ]}อย่างไรก็ตาม การโจมตีเกาะไอของชาวดัตช์ในปี 1610 กลับล้มเหลว^{[ 11 ]}

The Bandanese resented the violently imposed obligation to trade exclusively with the Dutch. They violated their treaty with the Dutch by trading with the English (who offered better prices), and Malay, Javanese and Makassarese traders (who sold the spices on to the Portuguese).^[14] Unwilling to accept this obstacle to their commercial interests any longer, the VOC's governing body, Heeren XVII, concluded by 1614 that it was necessary to conquer the entire Bandanese archipelago, even if it meant the destruction of the native population and a heavy burden on the Company's finances.^[11] To that end, Governor-GeneralGerard Reynst took an army to Banda Neira on 21 March 1615, and then launched a punitive expedition against the island of Ai (or Pulu Ay) on 14 May 1615. The natives' fortresses were initially successfully attacked, but the Dutch troops resorted to plundering too early.^[14] The English, who had retreated to Run, regrouped and launched a surprise counterattack that same night in which they managed to kill 200 Dutchmen.^[15] Reynst decided to withdraw from Ai, intending to conquer the island later and first preventing the English from obtaining clove at Ambon, but he died of illness in December 1615.^[14]

Meanwhile, the Bandanese beseeched the English for protection against possible Dutch retaliation, sending an emissary to the English factory at Banten with a letter, which included the following statements:

Therefore we all desire to come to an agreement with the kinge of England, because nowe the Hollanders doe practise by all meanes possible to conquer our Country and destroy our Religion by reason whereof all of us of the Islands of Banda do utterly hate the sight of theis Hollanders, sonnes of Whores, because they exceed in lying and villainy and desire to overcome all mens Country by Treachery... That if soe be the Kinge of England out of his love towards us will have a care of our Country and Religion and will help us with Artillary powder and shott and help us recover the Castle of Nera, whereby we may be able to make war with the Hollanders, by Gods helpe all the spices, that our land shall yeald, we will sell only to the King of England.^[15]

ในเดือนเมษายน ค.ศ. 1616 ยาน เดิร์กซูน แลม นำทหาร 263 นายไป และแม้จะเผชิญกับการต่อต้านอย่างรุนแรง เขาก็สามารถยึดครองเกาะไอได้ แลมตัดสินใจที่จะใช้เกาะนี้เป็นตัวอย่าง โดยสังหารชาวพื้นเมืองทุกคนที่ต่อต้าน ขณะที่ชาวพื้นเมืองอีก 400 คน (ซึ่งรวมถึงผู้หญิงและเด็กจำนวนมาก) จมน้ำตายขณะพยายามหลบหนีไปยังเกาะรันที่อยู่ใกล้เคียงซึ่งอยู่ภายใต้การควบคุมของอังกฤษทางทิศตะวันตก^{[ 11 ] [ 16 ]}เหตุการณ์นี้บังคับให้ชาวพื้นเมืองบนเกาะบันดาอื่นๆ ต้องลงนามในสัญญาที่เป็นประโยชน์ต่อชาวดัตช์อีกครั้ง แลมสั่งให้สร้างป้อมเดอร์ วราเก (ซึ่งชาวอังกฤษเรียกว่าป้อมแก้แค้น ) บนเกาะไอ เพื่อเน้นย้ำถึงการแก้แค้นอันโหดร้ายที่ชาวบันดาจะต้องเผชิญหากพวกเขาละเมิดข้อตกลงทางการค้ากับชาวดัตช์ อย่างไรก็ตาม แม้แต่การกระทำเหล่านี้ก็ยังไม่เพียงพอที่จะทำให้ชาวดัตช์สามารถผูกขาดการค้าลูกจันทน์เทศและกระเจี๊ยบได้^{[ 16 ]}แม้จะรู้สึกหวาดกลัวในตอนแรก แต่ชาวลอนโตเรสก็กลับมาทำการค้ากับคู่ค้าเดิมอีกครั้ง รวมถึงชาวอังกฤษซึ่งได้ตั้งรกรากอยู่บนเกาะรันและไนลาคา^{[ 11 ]}

เมื่อวันที่ 25 ธันวาคม ค.ศ. 1616 พ่อค้าและนักผจญภัยชาวอังกฤษนาธาเนียล คอร์ทโธปได้ขึ้นฝั่งที่เกาะรันพร้อมกับลูกเรือ 39 คน และสร้างป้อมปราการบนเกาะ เขาชักชวนชาวเกาะให้ลงนามในสัญญาซึ่งพวกเขายอมรับพระเจ้าเจมส์ที่ 1เป็นกษัตริย์ของเกาะและจัดหาลูกจันทน์เทศให้แก่ชาวอังกฤษ ชาวดัตช์จึงทำการปิดล้อมป้อมปราการของอังกฤษ ซึ่งด้วยความช่วยเหลือจากชาวพื้นเมืองทำให้สามารถต้านทานพวกเขาได้นานกว่าสี่ปี ในที่สุดป้อมปราการก็ตกเป็นของชาวดัตช์หลังจากที่คอร์ทโธปถูกสังหารในการปะทะ ทำให้ชาวอังกฤษต้องละทิ้งเกาะ^{[ 17 ] [ 15 ]}เมื่อได้ครอบครองเกาะรันแล้ว ชาวดัตช์ก็ทำการฆ่าหรือจับผู้ชายที่เป็นผู้ใหญ่ทั้งหมดไปเป็นทาส เนรเทศผู้หญิงและเด็ก และโค่นต้นลูกจันทน์เทศทุกต้นบนเกาะเพื่อไม่ให้ใช้ประโยชน์ได้หากชาวอังกฤษพยายามกลับมาทำการค้าบนเกาะอีกครั้ง^{[ 15 ] [ 2 ]}ชาวดัตช์อนุญาตให้วัวบางตัวเดินเตร่ได้อย่างอิสระบนเกาะรัน เพื่อจัดหาอาหารให้กับเกาะอื่นๆ^{[ 18 ]}จนกระทั่งปี 1638 ชาวอังกฤษจึงพยายามไปเยือนเกาะรันอีกครั้ง หลังจากนั้นเจ้าหน้าที่ชาวดัตช์ก็ไปเยือนเกาะนี้เป็นประจำทุกปีเพื่อตรวจสอบว่าพวกเขาได้กลับมาตั้งรกรากอย่างลับๆ หรือไม่ จนกระทั่งชาวอังกฤษสละสิทธิ์เรียกร้องหมู่เกาะบันดาอย่างเป็นทางการในปี 1667 ^{[ 18 ]}

ในขณะที่การปิดล้อมเมืองรันยังคงดำเนินอยู่ ความตึงเครียดระหว่างบริษัทอินเดียตะวันออกของเนเธอร์แลนด์และบริษัทอินเดียตะวันออกของอังกฤษก็เพิ่มสูงขึ้นและปะทุขึ้นเป็นสงครามทางทะเลอย่างเปิดเผยในปี 1618 แจ น ปีเตอร์ซูน โคเอน ผู้ว่าการทั่วไปคนใหม่ของ VOC ได้เขียนจดหมายฉบับหนึ่งซึ่งปัจจุบันรู้จักกันในชื่อคำอุทธรณ์ของโคเอน ถึงHeeren XVIIเมื่อวันที่ 29 กันยายน 1618 เพื่อขอทหาร เงิน เรือ และสิ่งจำเป็นอื่นๆ เพิ่มเติมเพื่อทำสงครามกับทั้งชาวบันดาเนสและชาวอังกฤษ ในฐานะที่เป็นชาวคาลวินผู้ เคร่งศาสนา เขาพยายามโน้มน้าวผู้บังคับบัญชาของเขาว่านี่จะเป็นการลงทุนที่ดีที่พวกเขาจะไม่เสียใจ เพราะพระเจ้าของศาสนาคริสต์จะทรงสนับสนุนพวกเขาและนำมาซึ่งชัยชนะ แม้จะประสบกับความล้มเหลวก่อนหน้านี้ก็ตาม: 'อย่าสิ้นหวัง อย่าไว้ชีวิตศัตรูของท่าน ไม่มีสิ่งใดในโลกที่สามารถขัดขวางหรือทำร้ายเราได้ เพราะพระเจ้าอยู่กับเรา และอย่าสรุปจากความล้มเหลวก่อนหน้านี้ เพราะที่นั่น ในอินเดีย สิ่งที่ยิ่งใหญ่สามารถสำเร็จได้' ^{​​[ 19 ]}

ชาวดัตช์สามารถยึดเรืออังกฤษได้ 11 ลำ ซึ่งบางลำบรรทุกสินค้าเป็นเงิน ในขณะที่อังกฤษยึดเรือดัตช์ได้เพียงลำเดียว อย่างไรก็ตาม สงครามที่ไม่เป็นทางการนี้ไม่ได้เกิดขึ้นในช่วงเวลาที่เหมาะสมสำหรับรัฐบาลในยุโรป ซึ่งในปี 1619 ได้ทำสนธิสัญญาสันติภาพและสนธิสัญญาป้องกันระหว่างสาธารณรัฐดัตช์และอังกฤษ เนื่องจากพวกเขาให้ความสำคัญกับ การเป็นพันธมิตร โปรเตสแตนต์เพื่อต่อต้านสเปนและโปรตุเกสที่เป็นคาทอลิก เมื่อใกล้สิ้นสุดสนธิสัญญาสงบศึกสิบสองปี สภา Heeren XVIIสั่งให้ Coen ยุติการสู้รบและร่วมมือกับอังกฤษ ซึ่งอังกฤษจะได้รับเครื่องเทศหนึ่งในสามจากหมู่เกาะเครื่องเทศทั้งหมด และดัตช์จะได้รับอีกสองในสาม^{[ 15 ]} Coen โกรธมากกับคำสั่งนี้เมื่อเขาได้รับ เนื่องจากเขาต้องการขับไล่อังกฤษออกจากภูมิภาคทั้งหมดเพื่อสร้างการผูกขาดการค้าเครื่องเทศ ดังที่เขาเขียนถึงผู้บังคับบัญชาของเขาในจดหมาย:

ข้าพเจ้ายอมรับว่าการกระทำของเจ้านายไม่เกี่ยวข้องกับคนรับใช้... แต่เมื่อพิจารณาแก้ไขแล้ว ท่านทั้งหลายรีบร้อนเกินไป ชาวอังกฤษเป็นหนี้บุญคุณท่าน เพราะหลังจากที่พวกเขาทำงานจนหมดสิ้นในอินเดียแล้ว ท่านทั้งหลายก็ส่งพวกเขากลับไปที่นั่นอีกครั้ง... เป็นเรื่องที่เข้าใจยากว่าชาวอังกฤษควรได้รับอนุญาตให้มีกานพลู ลูกจันทน์เทศ และดอกจันทน์เทศถึงหนึ่งในสาม เพราะพวกเขาไม่สามารถอ้างสิทธิ์แม้แต่เม็ดทรายเพียงเม็ดเดียวในหมู่เกาะโมลุกกะอัมบอยนาหรือบันดาได้^{[ 15 ] [หมายเหตุ 1 ]}

กองเรือดัตช์จากบาตาเวียออกเดินทางเมื่อปลายปี 1620 ^{[ 2 ]}มาถึงอัมบอนเป็นที่แรก ซึ่งได้รวมกับกำลังเสริมในรูปของทหารและเรือ ก่อนที่จะเดินทางต่อไปยังบันดา^{[ 15 ]}กองเรือประกอบด้วยเรือ 19 ลำ ทหารดัตช์ 1,655 นาย และทหารรับจ้างชาวญี่ปุ่น 286 นาย โดยมีโคเอนเป็นผู้นำด้วยตนเอง^{[ 2 ]}ในวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 1621 กองเรือมาถึงป้อมนัสเซาซึ่งได้รับการเสริมกำลังจากทหารรักษาการณ์ 250 นาย และเรือพื้นเมือง 36 ลำ^{[ 22 ]}

หลังจากพยายามเกณฑ์ชาวอังกฤษจากเกาะรันและเกาะไอที่อยู่ใกล้เคียงไม่สำเร็จ โคเอนจึงเริ่มส่งหน่วยลาดตระเวนไปยังชายฝั่งของ เกาะ ลอนตอร์ซึ่งเป็นเกาะหลักของชาวบันดานีส การลาดตระเวนใช้เวลาสองวัน ในระหว่างนั้นเรือบางลำถูกยิงด้วยปืนใหญ่จากฝ่ายป้องกันของชาวบันดานีส หน่วยลาดตระเวนพบตำแหน่งที่มั่นตามแนวชายฝั่งทางใต้และบนเนินเขา และไม่พบหัวหาดที่เป็นไปได้ ในวันที่ 7 มีนาคม หน่วยสำรวจชาวดัตช์ได้ขึ้นฝั่งบนเกาะ แต่ถูกขับไล่กลับไปหลังจากมีผู้เสียชีวิต 1 คนและบาดเจ็บ 4 คน^{[ 23 ]}

ในวันที่ 11 มีนาคม โคเอนสั่งให้เปิดฉากโจมตีอย่างเต็มรูปแบบ เขาแบ่งกำลังพลออกเป็นหลายกลุ่มเพื่อโจมตีจุดต่างๆ บนเกาะ ชาวดัตช์ยึดป้อมปราการสำคัญได้อย่างรวดเร็ว และภายในสิ้นวันนั้นก็ยึดที่ราบต่ำทางเหนือและแหลมทางใต้ของเกาะได้สำเร็จ ผู้ป้องกันและชาวบ้านต่างพากันหนีไปยังเนินเขาซึ่งเป็นศูนย์กลางของเกาะ โดยมีกองกำลังดัตช์ไล่ตามอย่างกระชั้นชิด ภายในสิ้นวันที่ 12 มีนาคม ชาวดัตช์ก็ยึดครองเกาะทั้งหมดได้สำเร็จ โดยมีผู้เสียชีวิต 6 คน และบาดเจ็บ 27 คน^{[ 24 ]}

หลังจากความสำเร็จเบื้องต้นของชาวดัตช์ ชนชั้นสูงของลอนเตอร์ ( ออรังกายา ) แสวงหาสันติภาพ พวกเขามอบของขวัญให้แก่โคเอนและยอมรับข้อเรียกร้องทั้งหมดของชาวดัตช์ พวกเขายินยอมที่จะมอบอาวุธ ทำลายป้อมปราการ และปล่อยตัวประกันที่ถูกจับไว้ พวกเขายอมรับอำนาจอธิปไตยของ VOC และการสร้างป้อมปราการของชาวดัตช์หลายแห่งบนเกาะ สัญญาว่าจะจ่ายส่วนหนึ่งของผลผลิตเครื่องเทศ และขายส่วนที่เหลือให้กับชาวดัตช์แต่เพียงผู้เดียวในราคาคงที่ ในทางกลับกัน ชาวดัตช์ตกลงที่จะให้ชาวพื้นเมืองมีอิสรภาพส่วนบุคคล ความเป็นอิสระ และสิทธิในการปฏิบัติศาสนาอิสลามต่อไป^{[ 25 ] [ 2 ] [ 21 ]}

เมื่อมีการตกลงสงบศึกระหว่างชาวโอรังกายาและชาวดัตช์ ชาวเกาะส่วนใหญ่จึงหนีขึ้นไปบนเนินเขาและเริ่มปะทะกับชาวดัตช์ โคเอนตอบโต้ด้วยการทำลายหมู่บ้านและบังคับให้ชาวบ้านทำงานให้กับชาวดัตช์^{[ 25 ]}

เมื่อวันที่ 21 เมษายน ชาวดัตช์ได้ใช้การทรมานบังคับให้ชาวโอรังกายา สารภาพ เกี่ยวกับการสมคบคิดต่อต้านพวกเขา^{[ 26 ]} โคเอนจับกุม ชาวโอรังกายาอย่างน้อย 789 คนพร้อมกับสมาชิกในครอบครัวและเนรเทศพวกเขาไปยังบาตาเวีย ซึ่งหลายคนถูกจับเป็นทาส^{[ 3 ] [ 2 ]}หลังจากถูกกล่าวหาว่าละเมิดสนธิสัญญาและสมคบคิดต่อต้านชาวดัตช์ ชาวโอรังกายา 24 คน ถูกตัดสินประหารชีวิตและถูกตัดศีรษะโดยทหารรับจ้างชาวญี่ปุ่นเมื่อวันที่ 8 พฤษภาคม^{[ 21 ]}อย่างไรก็ตาม การประหารชีวิตไม่ได้ระงับการต่อต้านของชนพื้นเมือง^{[ 21 ]}ดังนั้นโคเอนจึงสั่งให้กองทหารของเขากวาดล้างเกาะและทำลายหมู่บ้านต่างๆ เพื่อบังคับให้ประชากรยอมจำนน^{[ 3 ]}ในอีกไม่กี่เดือนต่อมา ชาวดัตช์และชนพื้นเมืองได้ต่อสู้กันอย่างดุเดือด เมื่อเห็นการทำลายล้างที่เกิดจากชาวดัตช์ ชนพื้นเมืองจำนวนมากเลือกที่จะตายด้วยความอดอยากหรือกระโดดลงจากหน้าผาแทนที่จะยอมจำนน^{[ 2 ]}