ประวัติของโรงพยาบาลปักกิ่งสามารถสืบย้อนไปถึงโรงพยาบาลกองทัพเยอรมันที่สร้างขึ้นในเป่ยผิงโดยรัฐบาลเยอรมันด้วย เงินชดเชยจาก กบฏบ็อกเซอร์ในปี 1905 ตั้งแต่เริ่มก่อสร้างโรงพยาบาลเยอรมันจนถึงก่อนปี 1945 มีแพทย์และพยาบาลชาวเยอรมันหลายสิบคนทำงานในโรงพยาบาล^{[ 3 ] [ 4 ] [ 2 ]}

ในปี พ.ศ. 2460 แพทย์ชาวเยอรมัน Edmund Dibor ได้รับมอบหมายจากคริสตจักรเยอรมันในเป่ยผิงให้เปลี่ยนโรงพยาบาลทหารให้เป็นโรงพยาบาลพลเรือน ซึ่งก็คือ "โรงพยาบาลเยอรมัน" ซึ่งบริหารร่วมกันโดยคณะสงฆ์คริสเตียนอีแวนเจลิคัลที่มีสำนักงานใหญ่อยู่ที่เมืองสตุตการ์ตประเทศเยอรมนี^{[ 3 ] [ 4 ]}

หลังจากญี่ปุ่นยอมจำนนในปี พ.ศ. 2488 เมื่อวันที่ 15 ตุลาคม สำนักงานสาธารณสุขเทศบาลเมืองเป่ยผิงได้แต่งตั้ง ดร.อู๋ เจี๋ย เป็นผู้อำนวยการคนแรกเพื่อเข้ารับตำแหน่งบริหารโรงพยาบาล เมื่อวันที่ 2 พฤศจิกายนของปีเดียวกัน โรงพยาบาลได้เปลี่ยนชื่อเป็น "โรงพยาบาลเทศบาลเมืองเป่ยผิง" ภายในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2492 โรงพยาบาลมีพนักงาน 256 คน และมีพื้นที่อาคาร 14,000 ตารางเมตร^{[ 3 ] [ 4 ]}

โรงพยาบาลอีกแห่งหนึ่งที่เป็นต้นกำเนิดของโรงพยาบาลปักกิ่งคือโรงพยาบาลกลางในเมืองเหยียนอัน ในปี พ.ศ. 2482 คณะกรรมการกลางพรรคคอมมิวนิสต์จีนได้มอบหมายให้เหอ มู่ สร้างโรงพยาบาลกลางขึ้น พิธีเปิดจัดขึ้นในวันที่ 7 พฤศจิกายน พ.ศ. 2482 ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2483 โรงพยาบาลกลางแห่งนี้ยังถูกเรียกว่าแผนกที่หนึ่งของโรงพยาบาลสันติภาพนานาชาติเบธูนอีกด้วย^{[ 5 ]}

ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2490 โรงพยาบาลได้ย้ายไปยังเขตปลดปล่อยจีนตอนเหนือและกลายเป็น "โรงพยาบาลเขตหลังแห่งแรก" ซึ่งต่อมาได้เปลี่ยนเป็นแผนกผู้ป่วยนอกส่วนกลาง และย้ายไปที่เป่ยผิงในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2492 ^{[ 5 ] [ 4 ]}

เมื่อวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2492 กระทรวงสาธารณสุขของคณะกรรมการกลางการทหารแห่งพรรคคอมมิวนิสต์จีน (CCP) ได้นำเจ้าหน้าที่ทางการแพทย์จากโรงพยาบาลกลางเหยียนอันและโรงพยาบาลสันติภาพนานาชาติเบธูนเข้าควบคุมโรงพยาบาลเป่ยผิง ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2492 การประชุมเต็มคณะครั้งแรกของสภาที่ปรึกษาทางการเมืองแห่งประชาชนจีนได้ตัดสินใจให้เป่ยผิงเป็นเมืองหลวงและเปลี่ยนชื่อ "เป่ยผิง" เป็น "ปักกิ่ง" และโรงพยาบาลเป่ยผิงก็เปลี่ยนชื่อเป็น "โรงพยาบาลปักกิ่ง" ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2493 เหมาเจ๋อตุงได้เขียนชื่อภาษาจีนใหม่ "北京醫院" ด้วยลายมือหวัดสำหรับโรงพยาบาล^{[ 3 ] [ 4 ]}

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2496 การบริหารโรงพยาบาลปักกิ่งได้เปลี่ยนจากกระทรวงสาธารณสุขของคณะกรรมการทหารไปเป็นกระทรวงสาธารณสุขของรัฐบาลกลาง ภารกิจของโรงพยาบาลจึงชัดเจนขึ้น คือรับผิดชอบด้านการดูแลสุขภาพของผู้นำส่วนกลาง ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2491 โรงพยาบาลถูกโอนไปอยู่ภายใต้การบริหารของสถาบันวิทยาศาสตร์การแพทย์แห่งประเทศจีนและในเดือนเมษายน พ.ศ. 2503 ก็ได้กลับมาอยู่ภายใต้การบริหารของกระทรวงสาธารณสุขอีกครั้ง ในปี พ.ศ. 2505 โรงพยาบาลมีพนักงาน 666 คน ในขณะเดียวกัน โรงพยาบาลทั่วไปของกองทัพปลดปล่อยประชาชนโรงพยาบาลทั่วไปของกองทัพเรือปลดปล่อยประชาชนกลุ่มสุขภาพจงหนานไห่ และสาธารณรัฐประชาชนมองโกเลียต่างก็ส่งพยาบาลมาศึกษาและฝึกอบรมที่นี่^{[ 3 ] [ 4 ]}

เมื่อวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ. 2507 เหมาเจ๋อตุงวิจารณ์ว่า "โรงพยาบาลปักกิ่งมีแพทย์จำนวนมากแต่มีผู้ป่วยน้อย เป็นโรงพยาบาลของเจ้านายและควรเปิดทำการ" ^{[ 6 ]}เมื่อวันที่ 15 ตุลาคม พ.ศ. 2507 แผนกผู้ป่วยนอกแห่งที่สองได้ถูกสร้างขึ้นและเปิดให้บริการแก่ประชาชน^{[ 4 ]}ส่งผลให้จำนวนผู้ป่วยนอกและผู้ป่วยฉุกเฉินเพิ่มขึ้นอย่างรวดเร็ว ในปี พ.ศ. 2506 จำนวนผู้ป่วยนอกและผู้ป่วยฉุกเฉินทั้งหมดอยู่ที่ 115,992 ราย เพิ่มขึ้นเป็น 201,225 รายในปี พ.ศ. 2508 และพุ่งสูงขึ้นเป็น 284,997 รายในปี พ.ศ. 2509 ^{[ 7 ]}เพื่อตอบสนองความต้องการทางการแพทย์ของประชาชนจำนวนมาก จึงได้มีการสร้างอาคารผ่าตัดขนาด 3,200 ตารางเมตรขึ้นในปี พ.ศ. 2508 และแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2509 ในวันที่ 31 สิงหาคม พ.ศ. 2508 แผนกผู้ป่วยนอกที่ 1 และ 2 ได้รวมกันและเปิดให้บริการแก่ประชาชนอย่างเต็มรูปแบบ และจำนวนสัญญาทางการแพทย์เพิ่มขึ้นเป็นมากกว่า 50,000 ราย^{[ 3 ] [ 4 ]}

หลังจากเกิดการปฏิวัติวัฒนธรรมในปี 1966 เช่นเดียวกับโรงพยาบาลอื่นๆ ในปักกิ่ง บุคลากรระดับสูงของโรงพยาบาลปักกิ่งถูกตราหน้าว่าเป็น "ปีศาจและอสูร" ผู้เชี่ยวชาญและศาสตราจารย์ถูกตราหน้าว่าเป็น "ผู้มีอำนาจทางวิชาการที่ต่อต้านการเปลี่ยนแปลง" แพทย์และพยาบาลก็มีส่วนเกี่ยวข้องด้วย และบางคนถึงกับถูกจำคุกอย่างไม่เป็นธรรม ในเดือนพฤศจิกายน 1969 มีคนทั้งหมด 277 คนถูกส่งไปยังโรงเรียนฝึกอบรมบุคลากร 7 พฤษภาคมซึ่งคิดเป็น 33.9% ของจำนวนพนักงานทั้งหมดในโรงพยาบาลในขณะนั้น เมื่อวันที่ 22 มีนาคม 1967 สภาแห่งรัฐและคณะกรรมการกลางการทหารได้เข้าควบคุมโรงพยาบาลโดยกองทัพ ซึ่งกินเวลานานจนถึงปี 1974 ^{[ 7 ]}

เมื่อวันที่ 8 มกราคม พ.ศ. 2519 โจวเอ็นไหลเสียชีวิต เมื่อวันที่ 10 และ 11 มกราคม มีพิธีไว้อาลัยให้กับร่างของโจวเอ็นไหลที่โรงพยาบาล มีผู้คนมากกว่า 10,000 คนจากทุกสาขาอาชีพมาร่วมไว้อาลัย ในเดือนกรกฎาคมของปีเดียวกัน ประธานจูเต๋อเสียชีวิตที่โรงพยาบาล เมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม มีพิธีไว้อาลัยให้กับร่างของเขาที่โรงพยาบาล^{[ 4 ]}

ในปี พ.ศ. 2521 คณะกรรมการพรรคของโรงพยาบาลเสนอให้โรงพยาบาลปักกิ่งมุ่งเน้นการวิจัยด้านเวชศาสตร์ผู้สูงอายุ ในปี พ.ศ. 2524 สมาคมเวชศาสตร์ผู้สูงอายุแห่งสมาคมการแพทย์จีนได้ก่อตั้งขึ้น โดยมี Tao Huanle ผู้อำนวยการแผนกอายุรศาสตร์ของโรงพยาบาลเป็นรองผู้อำนวยการ ด้วยการอนุมัติของกระทรวงสาธารณสุข วารสารเวชศาสตร์ผู้สูงอายุของจีนจึงก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2525 โดยมีสำนักงานบรรณาธิการตั้งอยู่ที่โรงพยาบาลปักกิ่ง^{[ 4 ]}

ในปี พ.ศ. 2525 กระทรวงสาธารณสุขได้จัดตั้งศูนย์ห้องปฏิบัติการทางคลินิกขึ้นและมอบหมายให้โรงพยาบาลดูแล โดยศูนย์นี้มีหน้าที่หลักในการควบคุมคุณภาพของห้องปฏิบัติการทางคลินิกทั่วประเทศ^{[ 4 ]}

ในปี พ.ศ. 2528 โรงพยาบาลรับนักศึกษาปริญญาโท 8 คนเป็นครั้งแรก และคัดเลือกผู้มีความสามารถอย่างต่อเนื่องเพื่อศึกษาเทคโนโลยีขั้นสูงทั้งในและต่างประเทศ มีการเปิดหลักสูตรโรงเรียนกลางคืนจงซานทั้งหมด 14 หลักสูตรเพื่อพัฒนาคุณภาพของพนักงาน^{[ 4 ]}

ในปี พ.ศ. 2536 โรงพยาบาลปักกิ่งผ่านการตรวจสอบ "ระดับ 3A" และกลายเป็นโรงพยาบาลระดับ 3A ^{[ 4 ]}

ในปี พ.ศ. 2537 จำนวนผู้ป่วยนอกและผู้ป่วยฉุกเฉินที่มาโรงพยาบาลรวมทั้งหมดเกิน 700,000 ราย โดยเฉลี่ยผู้ป่วยนอก 2,477 รายต่อวัน ซึ่งถือเป็นสถิติสูงสุดเป็นประวัติการณ์ รายได้รวมสูงถึง 146 ล้านหยวน ซึ่งถือเป็นสถิติสูงสุดเป็นประวัติการณ์เช่นกัน^{[ 4 ]}

ในเดือนมีนาคม พ.ศ. 2558 ศูนย์แห่งชาติเพื่อผู้สูงอายุได้ก่อตั้งขึ้นที่โรงพยาบาลปักกิ่ง โดยบูรณาการการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ การดูแลทางคลินิก บริการฟื้นฟูสมรรถภาพ นโยบายสาธารณสุข และการจัดการด้านสุขภาพ^{[ 3 ] [ 1 ]}เมื่อวันที่ 18 พฤษภาคม โรงพยาบาลปักกิ่งของกระทรวงสาธารณสุขได้เปลี่ยนชื่ออย่างเป็นทางการเป็น "โรงพยาบาลปักกิ่ง" ^{[ 8 ]}

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2562 โรงพยาบาลปักกิ่งได้ก่อตั้งสถาบันผู้สูงอายุแห่งสถาบันวิทยาศาสตร์การแพทย์จีนขึ้น เมื่อวันที่ 19 กรกฎาคม โรงพยาบาลและมหาวิทยาลัยแห่งสถาบันวิทยาศาสตร์จีนได้ร่วมกันก่อตั้งโรงเรียนแพทยศาสตร์คลินิกแห่งมหาวิทยาลัยแห่งสถาบันวิทยาศาสตร์จีนขึ้น^{[ 9 ]}