เชิร์ชเกิดที่นิวพอร์ตอาณานิคมโรดไอส์แลนด์เป็นบุตรชายของเบนจามิน เชิร์ช พ่อค้าแห่งบอสตันและผู้ช่วยบาทหลวงของโบสถ์ฮอลลิสสตรีทซึ่งดำเนินการโดยบาทหลวงมาเธอร์ ไบล์สปู่ทวดของเขา^{[ 2 ]}พันเอกเบนจามิน เชิร์ชมีบทบาทสำคัญในสงครามกับ ชาวอินเดียนแดง นาร์ราแกนเซตต์และนำกองกำลังที่ไล่ล่ากษัตริย์ฟิลิปจนสิ้นพระชนม์ในวันที่ 12 สิงหาคม ค.ศ. 1676 เชิร์ช (เบนจามิน เชิร์ชคนที่สาม) เป็น ลูกหลานของผู้โดยสารเรือ เมย์ฟลาวเวอร์ผ่านทางย่าทวดของเขา เอลิซาเบธ วอร์เรน เชิร์ช ซึ่งเป็นลูกสาวของริชาร์ด วอร์เรน หนึ่งใน ผู้โดยสาร เรือเมย์ฟ ลาวเวอร์ อลิซ น้องสาวของเบนจามินแต่งงานกับจอห์น เฟลมมิงช่าง พิมพ์แห่งบอสตัน ^{[ 3 ]}

เบนจามินคนที่สามเข้าเรียนที่โรงเรียนบอสตันลาตินและสำเร็จการศึกษาจากวิทยาลัยฮาร์วาร์ดในปี 1754 เขาศึกษาแพทยศาสตร์กับโจเซฟ พินชอนต่อมาได้ศึกษาต่อที่ลอนดอนขณะอยู่ที่นั่น เขาได้แต่งงานกับฮันนาห์ ฮิลล์ แห่งรอสส์ เฮเร ฟอร์ ดเชอร์เมื่อกลับมาที่บอสตัน เขาได้สร้างชื่อเสียงในฐานะแพทย์ผู้มีความสามารถและศัลยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญ เชิร์ชทำการผ่าตัดต้อกระจก และยังเป็นที่จดจำในเรื่องการรักษาโรคตาของจอห์น อดัมส์^{[ 4 ]}ในปี 1769 เขาได้เป็นเจ้าของทาสชื่อจอห์น ควอมิโน ซึ่งต่อมาได้ซื้ออิสรภาพของตนเองด้วยเงินที่ได้จากสลากกินแบ่งรัฐบาล^{[ 5 ]}

ด้วยความขัดแย้งที่ทวีความรุนแรงขึ้นระหว่างอาณานิคมและบริเตนใหญ่เชิร์ชจึงสนับสนุน ฝ่าย วิกอย่างแข็งขันด้วยงานเขียนของเขา มีหลักฐานว่าในช่วงเวลานั้น เขาถูกมองทั้งในฐานะผู้รักชาติอย่างแรงกล้าและในฐานะ ผู้เห็นอกเห็นใจ ฝ่ายทอรี อย่างลับๆ เขาตรวจสอบศพของคริสปัส แอตทักส์และรักษาผู้บาดเจ็บบางส่วนในเหตุการณ์สังหารหมู่บอสตันเมื่อวันที่ 5 มีนาคม ค.ศ. 1770 ในปี ค.ศ. 1773 เขาได้กล่าวสุนทรพจน์ ประจำปีใน วันครบรอบเหตุการณ์สังหาร หมู่ เรื่อง "เพื่อรำลึกถึงโศกนาฏกรรมนองเลือดเมื่อวันที่ 5 มีนาคม ค.ศ. 1770"ซึ่งทำให้เขาได้รับการยกย่องว่าเป็นนักพูดที่มีฝีมือชั้นสูง

ในปี ค.ศ. 1774 เชิร์ชได้รับเลือกเป็นผู้แทนเข้าร่วมสภาจังหวัดแมสซาชูเซตส์และต่อมาได้รับแต่งตั้งเป็นสมาชิกคณะกรรมการความปลอดภัยซึ่งมีหน้าที่เตรียมการรับมือกับความขัดแย้งทางอาวุธ ในช่วงเวลาเดียวกันนั้น พลเอกเกจเริ่มได้รับข้อมูลข่าวกรองโดยละเอียดเกี่ยวกับกิจกรรมของสภาจังหวัด เมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1775 สภาจังหวัดได้แต่งตั้งเชิร์ชและโจเซฟ วอร์เรนเป็นคณะกรรมการเพื่อจัดทำบัญชีรายการเวชภัณฑ์ที่จำเป็นสำหรับกองทัพ และเมื่อวันที่ 7 มีนาคม ได้ลงมติอนุมัติเงินจำนวนห้าร้อยปอนด์เพื่อซื้อเวชภัณฑ์ดังกล่าว

เมื่อวันที่ 8 พฤษภาคม ค.ศ. 1775 หลังจากสงครามปฏิวัติได้เริ่มต้นขึ้น เชิร์ชได้เป็นสมาชิกของคณะกรรมการตรวจสอบศัลยแพทย์สำหรับกองทัพ มติเมื่อวันที่ 19 มิถุนายน สั่งการว่า "ให้ดร. เชิร์ช ดร. เทย์เลอร์ และดร. ไวติง เป็นคณะกรรมการพิจารณาวิธีการที่เหมาะสมในการจัดหาศัลยแพทย์ให้กับโรงพยาบาล และให้สุภาพบุรุษทั้งสามท่านนี้เป็นคณะกรรมการจัดหาเวชภัณฑ์และสิ่งจำเป็นอื่นๆ สำหรับโรงพยาบาล" ในฐานะประธานคณะอนุกรรมการของคณะกรรมการความปลอดภัย เขาได้ลงนามในรายงานเมื่อวันที่ 12 พฤษภาคม ซึ่งแนะนำระบบงานป้องกันบนเนินพร็อสเปคต์ฮิลล์และเนินบังเกอร์ฮิลล์อย่างไรก็ตาม เพื่อนร่วมงานตั้งข้อสังเกตว่า เขาได้ยืนกรานที่จะเข้าไปในบอสตันไม่นานหลังจากยุทธการเลกซิงตันและคอนคอร์ดและในขณะที่อยู่ที่นั่น เขาถูกพบเห็นว่ากำลังประชุมกับนายพลโทมัส เกจ แห่งอังกฤษ เขาอ้างว่าถูกจับกุมและได้รับการปล่อยตัว

ในเดือนพฤษภาคม เชิร์ชเดินทางไปยังฟิลาเดลเฟียรัฐเพนซิลเวเนียเพื่อปรึกษาหารือ กับ สภาคองเกรสภาคพื้น ทวีป เกี่ยวกับการป้องกันอาณานิคมแมสซาชูเซตส์ในวันที่ 27 กรกฎาคม สภาดังกล่าวได้อนุมัติให้จัดตั้งกรมการแพทย์ของกองทัพ โดยมีผู้อำนวยการใหญ่และหัวหน้าแพทย์ ซึ่งจะเป็นหัวหน้าทั้งแผนกโรงพยาบาลของโรงพยาบาลกองทัพแห่งแรก และสำนักงานใหญ่แห่งแรกของศัลยแพทย์ประจำกรม (ตั้งอยู่ในบ้านเฮนรี วาสซอลล์ เมืองเคมบริดจ์ รัฐแมสซาชูเซตส์) ในขณะเดียวกัน ในวันที่ 2 กรกฎาคม พลเอกจอร์จ วอชิงตันได้เดินทางมาถึงเคมบริดจ์เพื่อรับตำแหน่งผู้บัญชาการกองกำลังอาณานิคม และเชิร์ชเป็นหนึ่งในคณะกรรมการที่ได้รับแต่งตั้งให้ต้อนรับเขา

เชิร์ชประสบปัญหาในการบริหารจัดการแผนกของเขาและศัลยแพทย์ประจำกรมทหาร มีข้อร้องเรียนมากมายหลั่งไหลเข้ามายังกองบัญชาการกองทัพ และวอชิงตันถูกบีบให้สั่งให้มีการสอบสวนหน่วยแพทย์ เพื่อเป็นการแก้ต่าง เชิร์ชกล่าวว่าคู่แข่งอิจฉาตำแหน่งของเขา และมีรายงานว่าเขาขออนุญาตออกจากกองทัพ ในขณะเดียวกัน เหตุการณ์หนึ่งเกิดขึ้นซึ่งทำให้เขาถูกนำตัวขึ้นศาลทหารในวันที่ 4 ตุลาคม ค.ศ. 1775

ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1775 เชิร์ชได้ส่ง จดหมาย เข้ารหัสลับถึงพันตรีเคน นายทหารอังกฤษในบอสตัน ผ่านทางอดีตคนรักของเขา จดหมายฉบับนี้ถูกดักจับโดยอดีตคนรักอีกคนของหญิงคนนั้น และถูกส่งต่อไปยังวอชิงตันในเดือนกันยายน เมื่อสองทีมของสุภาพบุรุษถอดรหัส พวกเขาพบว่ามันมีเนื้อหาเกี่ยวกับกองกำลังอเมริกันที่อยู่หน้าบอสตัน แม้ว่าจะไม่มีการเปิดเผยข้อมูลสำคัญใดๆ ก็ตาม อย่างไรก็ตาม มันได้ประกาศความจงรักภักดีของเชิร์ชต่อพระมหากษัตริย์ และขอคำแนะนำสำหรับการติดต่อสื่อสารต่อไป

เรื่องนี้ถูกนำเสนอต่อศาลไต่สวนที่ประกอบด้วยนายทหารระดับสูง โดยมีวอชิงตันเป็นประธาน ซึ่งเชิร์ชยอมรับว่าเป็นผู้เขียนจดหมายฉบับนั้น แต่ชี้แจงว่าเขียนขึ้นโดยมีจุดประสงค์เพื่อสร้างความประทับใจให้ศัตรูเกี่ยวกับกำลังและความแข็งแกร่งของกองกำลังอาณานิคม เพื่อป้องกันการโจมตีในขณะที่กองทัพภาคพื้นทวีปยังขาดแคลนกระสุน และด้วยความหวังที่จะช่วยยุติการสู้รบ ศาลพิจารณาว่าเชิร์ชได้ทำการติดต่อสื่อสารกับศัตรูอย่างผิดกฎหมาย และแนะนำให้ส่งเรื่องนี้ไปยังสภาคองเกรสภาคพื้นทวีปเพื่อดำเนินการต่อไป รายงานของวอชิงตันถึงประธานสภาคองเกรสระบุว่า:

บัดนี้ ผมมีหน้าที่อันเจ็บปวดแต่จำเป็นที่จะต้องปฏิบัติ เกี่ยวกับดร.เชิร์ช ผู้อำนวยการโรงพยาบาล ประมาณหนึ่งสัปดาห์ก่อน นายวอร์ด เลขาธิการแห่งเมืองโพรวิเดนซ์ ได้ส่งนายเวนวูด ชาวเมืองนิวพอร์ต มาหาผมพร้อมจดหมายฉบับหนึ่งที่เขียนด้วยลายมือลึกลับ ส่งถึงพันตรีเคนในบอสตัน ซึ่งเขาบอกว่าหญิงคนหนึ่งที่ถูกดร.เชิร์ชดูแลอยู่ได้ฝากจดหมายฉบับนี้ไว้กับเวนวูดเมื่อนานมาแล้ว ก่อนหน้านี้หญิงคนนั้นได้ขอร้องให้เวนวูดพาเธอไปพบกับกัปตันวอลเลซ นายดัดลีย์ ผู้เก็บภาษี หรือจอร์จ โรว์ แต่เขาปฏิเสธ เธอจึงมอบจดหมายให้เขาพร้อมคำสั่งอย่างเคร่งครัดให้ส่งต่อให้แก่สุภาพบุรุษทั้งสามท่านนี้ เขาสงสัยว่าอาจมีการติดต่อที่ไม่เหมาะสม จึงเก็บจดหมายไว้ และหลังจากนั้นไม่นานก็เปิดอ่าน แต่ไม่สามารถอ่านได้ จึงเก็บไว้ที่นั่น จนกระทั่งเขาได้รับจดหมายลึกลับจากหญิงคนนั้น แสดงความกังวลใจเกี่ยวกับจดหมายฉบับเดิม จากนั้นเขาก็แจ้งเรื่องทั้งหมดให้นายวอร์ดทราบ ซึ่งนายวอร์ดได้ส่งเขาพร้อมเอกสารมาให้ผม ผมจับกุมหญิงคนนั้นได้ทันที แต่เป็นเวลานานที่เธอดื้อดึงไม่ยอมเปิดเผยตัวผู้เขียน ไม่ว่าจะด้วยการข่มขู่หรือโน้มน้าวใดๆ ก็ตาม อย่างไรก็ตาม ในที่สุดเธอก็สารภาพและระบุชื่อ ดร.เชิร์ช ผมจึงจับกุมเขาและเอกสารทั้งหมดของเขาได้ทันที เมื่อสอบสวนครั้งแรก เขายอมรับจดหมายฉบับนั้นทันทีและกล่าวว่าเขียนถึงพี่ชายของเขา เป็นต้น กองทัพและประเทศชาติรู้สึกไม่พอใจอย่างมาก

เชิร์ชถูกคุมขังชั่วคราวในห้องหนึ่งของบ้านเฮนรี วาสซอลล์ในเคมบริดจ์ ซึ่งปัจจุบันสามารถเห็นชื่อที่แกะสลักของเขาได้^{[ 6 ]}

สภาจังหวัดแมสซาชูเซตส์ได้ฟ้องร้องเชิร์ชในวันที่ 2 พฤศจิกายน แม้ว่าเขาจะอุทธรณ์อย่างมีวาทศิลป์เพื่อปกป้องตนเอง แต่เขาก็ถูกขับออกจากสภาอย่างเป็นเอกฉันท์เนื่องจากพบ "เอกสารลับ" อื่นๆ ของเขาในระหว่างการพิจารณาคดี ซึ่งสภาถือว่าเป็นการพิสูจน์ความผิดของเขา^{[ 7 ]}สภาคอนติเนนตัลในวันที่ 17 ตุลาคม พ.ศ. 2318 ได้เลือกจอห์น มอร์แกน "แทนที่" เชิร์ช และในวันที่ 7 พฤศจิกายน ได้ผ่านมติดังต่อไปนี้:

ขอให้กักขังดร.เชิร์ชไว้ในเรือนจำที่ปลอดภัยแห่งใดแห่งหนึ่งในอาณานิคมคอนเนตทิคัตโดยห้ามใช้ปากกา หมึก และกระดาษ และห้ามมิให้บุคคลใดสนทนากับเขา เว้นแต่ต่อหน้าและได้ยินโดยผู้พิพากษาของเมืองหรือนายอำเภอของเขตที่เขาถูกคุมขัง และต้องใช้ภาษาอังกฤษ จนกว่าจะมีคำสั่งเพิ่มเติมจากสภาคองเกรสชุดนี้หรือสภาคองเกรสในอนาคต

ตามมติดังกล่าว เชิร์ชถูกคุมขังที่นอร์วิช รัฐคอนเนตทิคัตเมื่อป่วยหนัก เขาจึงได้รับการปล่อยตัวจากคุกในเดือนมกราคม ค.ศ. 1776 และได้รับอนุญาตให้เคลื่อนไหวได้มากพอสมควรภายใต้การควบคุมดูแล เมื่อวันที่ 13 พฤษภาคม เขากลับไปยังแมสซาชูเซตส์โดยมีหลักประกัน เขาถูกคุมขังจนถึงปี ค.ศ. 1778 และมีชื่ออยู่ในพระราชบัญญัติเนรเทศของแมสซาชูเซตส์ในปีนั้น ไม่นานหลังจากนั้น เขาได้ล่องเรือออกจากบอสตัน สันนิษฐานว่าไปยังมาร์ตินิกแต่ไม่มีใครได้ยินข่าวคราวของเรือลำนั้นอีกเลย^{[ 8 ]}