ในปี 1978 เมื่ออายุ 21 ปี มารอตตาเริ่มต้นอาชีพในวงการฟุตบอลเมื่อเขาได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการฝ่ายเยาวชนของสโมสรบ้านเกิดของเขาวาเรเซ [ ^{2 ] เพียง}หนึ่งปีต่อมา มารอตตาได้รับการเลื่อนตำแหน่งเป็นผู้จัดการทั่วไป (GM) ( ภาษาอิตาลี: Direttore Generale ) ของวาเรเซ และในฤดูกาลแรกที่เขารับหน้าที่คุมทีม วาเรเซก็ได้รับการเลื่อนชั้นกลับสู่เซเรีย บีภายใต้การคุมทีมของมารอตตา วาเรเซใช้เวลา 5 ฤดูกาลติดต่อกันในเซเรีย บี อย่างไรก็ตาม ในสองฤดูกาลสุดท้ายของมารอตตาที่วาเรเซ สโมสรตกชั้นถึงสองครั้ง โดยตกชั้นไปสู่เซเรีย ซีทูหลังจากฤดูกาล1985–86

หลังจากออกจากวาเรเซ มารอตตาได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้จัดการทั่วไปของสโมสรมอนซาในเซเรียซี1 [ ^{2 ] ใน}ช่วงที่เขาดำรงตำแหน่งที่มอนซา สโมสรได้เลื่อนชั้นสู่เซเรียบีและใช้เวลาสองฤดูกาลที่นั่นก่อนที่จะตกชั้นกลับไปสู่เซเรียซี1 หลังจากสี่ฤดูกาลที่มอนซา มารอตตาได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการทั่วไปของสโมสรโคโม ในเซเรียซี1 เป็นเวลาสามฤดูกาล จากนั้นที่ราเวนนาเป็นเวลาสองฤดูกาล ซึ่งอยู่ในเซเรียซี1 เช่นกัน^{[ 2 ]}

ในปี 1995 มารอตตาได้รับการว่าจ้างจากเมาริซิโอ ซัมปารินีให้ดำรงตำแหน่งผู้จัดการทั่วไปของเวนิเซียซึ่งขณะนั้นเล่นอยู่ในเซเรีย บี ระหว่างที่อยู่ที่นั่น เวนิเซียประสบความสำเร็จในการเลื่อนชั้นกลับสู่เซเรีย อาในปี 1998 ซึ่งเป็นการกลับสู่ลีกสูงสุดครั้งแรกของสโมสรในรอบกว่า 30 ปี^{[ 2 ]}หลังจากอยู่กับสโมสรเป็นเวลาห้าฤดูกาล มารอตตาออกจากเวนิเซียเมื่อสิ้นสุดฤดูกาล 1999–2000หลังจากที่เวนิเซียตกชั้นกลับไปเซเรีย บี อีกครั้ง จากเวนิเซีย มารอตตาได้เป็นผู้จัดการทั่วไปของสโมสรอาตาลันตา ในเซเรีย อา ซึ่งเขาดำรงตำแหน่งอยู่สองฤดูกาล^{[ 2 ]}ในช่วงเวลาที่เขาอยู่กับอาตาลันตา สโมสรจบอันดับที่เจ็ดและเก้าในตารางเซเรีย อา

หลังจบฤดูกาล 2001–02มาร็อตตาได้เปลี่ยนสโมสรอีกครั้ง คราวนี้ย้ายไปอยู่กับซามพ์โดเรีย [ ^{2 ] ใน}ช่วงเวลาที่มาร็อตตาได้รับการว่าจ้าง สโมสรเพิ่งจบฤดูกาลด้วยอันดับต่ำที่สุดนับตั้งแต่ก่อตั้งสโมสรในปี 1908 โดย จบ อันดับที่ 10ในฤดูกาลที่สามติดต่อกันในเซเรีย บี อย่างไรก็ตาม สโมสรเพิ่งถูกซื้อโดยริคคาร์โด การ์โรเนนักอุตสาหกรรมน้ำมัน ชาว เจนัว ซึ่งส่งผลให้สโมสรที่กำลังประสบปัญหามีเงินทุนไหลเข้ามา^{[ 3 ]}ในฤดูกาลแรกของเขาในฐานะผู้จัดการทั่วไป มาร็อตตาได้ว่าจ้างวอลเตอร์ โนเวลลิโนหัวหน้าโค้ชซึ่งเป็นโค้ชคนเดียวกันกับที่เคยพาเวนิเซียกลับสู่เซเรีย อา ภายใต้การคุมทีมของมาร็อตตาในปี 1998 ร่วมกันและด้วยเงินทุนใหม่ที่มีอยู่ มาร็อตตาและโนเวลลิโนได้ปรับปรุงทีมซามพ์โดเรียในตลาดซื้อขายนักเตะปี 2002 โดยเพิ่มทั้งนักเตะมากประสบการณ์จากเซเรียอา เช่นมัสซิโม ปากานิน , เซร์จิโอ โวลปี , ฟาบิโอ บาซซานีและสเตฟาโน เบตตารินีพร้อมกับนักเตะดาวรุ่งที่มีอนาคตไกลหลายคน เช่นอังเจโล ปาลอมโบ , เมาริซิโอ โดมิซ ซี และอันเดรีย กัสบาร์โรนี [ ^{4 ] การ}ปรับปรุงครั้งนี้ประสบความสำเร็จ เนื่องจากโนเวลลิโนนำซามพ์โดเรียจบอันดับสองในฤดูกาล 2002–03ทำให้สโมสรได้เลื่อนชั้นกลับสู่เซเรียอา รวมถึงเข้าถึงรอบก่อนรองชนะเลิศในโคปปาอิตาเลียในฤดูกาล 2003–04ด้วยการเสริมทัพของคริสเตียโน โดนีและฟรานเชสโก อันโตนิโอลีซามพ์โดเรียจบอันดับแปด พลาดการผ่านเข้ารอบยูฟ่าคัพไป อย่างหวุดหวิด ^{[ 4 ]}

ในปี 2547 มารอตตาได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งประธานเจ้าหน้าที่บริหาร (CEO) ( ภาษาอิตาลี: Amministratore delegato ) ของซามพ์โดเรีย นอกเหนือจากบทบาทผู้จัดการทั่วไปของเขา ไม่นานหลังจากนั้น มารอตตาได้ว่าจ้างอดีตผู้เล่นฟาบิโอ ปาราติชีให้ดำรงตำแหน่งหัวหน้าผู้สังเกตการณ์/หัวหน้าฝ่ายสอดแนมของซามพ์โดเรีย^{[ 5 ]}ปาราติชีทำงานอย่างใกล้ชิดภายใต้การชี้นำของมารอตตา โดยมักถูกอธิบายว่าเป็น "มือขวา" ของเขา^{[ 6 ]}

ฤดูกาล2004–05ซามพ์โดเรียจบอันดับที่ 6 พลาด การคว้าสิทธิ์เข้าร่วม ยูฟ่าแชมเปียนส์ลีกไปเพียง 1 คะแนน อย่างไรก็ตาม ซามพ์โดเรียได้ผ่านเข้ารอบยูฟ่าคัพ ซึ่งถือเป็นครั้งแรกที่ทีมของมาร็อตตาได้ผ่านเข้ารอบการแข่งขันระดับยุโรป ฤดูกาล 2005–06 และ 2006–07 สโมสรจบอันดับที่ 12 และ 9 ตามลำดับ หลังจากฤดูกาล 2006–07 ที่น่าผิดหวัง มาร็อตตาได้เปลี่ยนผู้จัดการทีมจากวอลเตอร์ โนเวลลิโน เป็นวอลเตอร์ มาซซารี ฤดูกาล ซื้อขายนักเตะปี 2007 มาร็อตตายังได้ดึงตัวอันโตนิโอ คาสซาโน กองหน้าชาวอิตาลีผู้เป็นที่ถกเถียงจาก เรอัลมาดริด มาร่วมทีมด้วยสัญญา ยืมตัว 1 ปีพร้อมออปชั่นซื้อขาด^{[ 7 ]}ฤดูกาล2007–08สโมสรจบอันดับที่ 6 และได้ผ่านเข้ารอบยูฟ่าคัพอีกครั้ง คาสซาโนเข้าร่วมทีมอย่างถาวรหลังจากจบฤดูกาล พร้อมกับการเสริมทัพด้วยจิอัมเปาโล ปาซซินี ผู้ได้รับการยกย่อง จากฟิออเรนตินาด้วยค่าตัว9 ล้าน ยูโร ในเดือนมกราคม 2552 ^{[ 8 ] [ 9 ]}อย่างไรก็ตาม ซามพ์โดเรียประสบปัญหาในฤดูกาล 2551–2552โดยจบอันดับที่ 13 ในเซเรียอา ทำให้มาร็อตตาตัดสินใจไม่ต่อสัญญากับวอลเตอร์ มาซซารี หัวหน้าโค้ชที่กำลังจะหมดสัญญา^{[ 10 ]}

หลังจากปลด Mazzarri ออก Marotta ได้ว่าจ้าง Luigi Delneriเป็นหัวหน้าโค้ชซึ่ง Delneri เองก็ประสบความสำเร็จจากสองฤดูกาลที่ Atalanta ในฤดูกาล2009–10 ^{[ 10 ]} Marotta ยังได้ดึงผู้เล่นสำคัญหลายคนเข้ามาในช่วงตลาดซื้อขายนักเตะสองรอบของฤดูกาล รวมถึงDaniele Mannini , Fernando Tissone , Nicola PozziและMarco Storariด้วยประตูรวม 28 ประตูในเซเรียอาจากคู่กองหน้า Cassano และ Pazzini รวมถึงการบริหารจัดการของ Delniri ทำให้ Sampdoria จบฤดูกาล 2009–10ในอันดับที่สี่ และได้สิทธิ์เข้าร่วมการแข่งขันChampions League ในฤดูกาล 2010–11ในเดือนพฤษภาคม 2010 มีข่าวลืออย่างหนักว่าJuventusสนใจที่จะจ้าง Marotta และ Riccardo Garrone เจ้าของ/ประธานของ Sampdoria ได้กล่าวอย่างเปิดเผยว่าเขาจะยินดีปล่อยให้ Marotta ย้ายไปอยู่กับสโมสรที่มีชื่อเสียงมากกว่า^{[ 11 ]}

ในเดือนพฤษภาคม 2010 มาร็อตตาได้รับการแต่งตั้งอย่างเป็นทางการให้ดำรงตำแหน่งผู้จัดการทั่วไปฝ่ายกีฬา ( ภาษาอิตาลี: Direttore Generale Area Sport ) ของยูเวนตุสโดยอันเด รีย อัญเญล ลี ประธานสโมสรที่เพิ่งได้รับเลือกตั้งใหม่ ด้วยสัญญา 3 ปี แทนที่ฌอง-คล็อด บลองก์ (ซึ่งยังคงดำรงตำแหน่งประธานและซีอีโอจนถึงเดือนตุลาคม 2010) ^{[ 12 ]}ยูเวนตุสเพิ่งจบฤดูกาลในอันดับที่ 7 ซึ่งเป็นอันดับที่แย่ที่สุดนับตั้งแต่กลับมาสู่เซเรียอาหลังจาก เรื่องอื้อฉาว Calciopoliในการย้ายจากซัมป์โดเรียมายังยูเวนตุส มาร็อตตายังได้นำฟาบิโอ ปาราติชี หัวหน้าฝ่ายสอดแนม และ ลุย จิ เดลเนรีหัวหน้าโค้ช มาด้วย ^{[ 12 ]}เมื่อวันที่ 27 ตุลาคม 2010 มาร็อตตาได้รับการแต่งตั้งเป็นสมาชิกคณะกรรมการบริหารของยูเวนตุสและได้รับการแต่งตั้งเป็นซีอีโอของสโมสร แทนที่ฌอง-คล็อด บลองก์^{[ 13 ]}อย่างไรก็ตาม อัลโด มาซเซีย ได้รับการแต่งตั้งเป็นประธานเจ้าหน้าที่ฝ่ายการเงิน (CFO) และซีอีโอของสโมสรในเดือนเมษายนและพฤษภาคม 2011 ตามลำดับ

เช่นเดียวกับช่วงตลาดซื้อขายนักเตะครั้งแรกหลังจากเข้ารับตำแหน่งที่ซัมป์โดเรีย มาร็อตตาใช้เวลาในปีแรกที่รับผิดชอบด้านการซื้อขายนักเตะของยูเวนตุสทำการเปลี่ยนแปลงทีมครั้งใหญ่ โดยได้ผู้เล่นใหม่ 14 คน รวมถึงมิโลส คราซิช , ฟาบิโอ กวาญาเรลลา , อเลสซานโดร มาตรีและอัลแบร์โต อากีลานี [ ^{14 ] ขณะ}เดียวกันก็ปล่อยผู้เล่นออกไป 11 คน รวมถึงเดวิด เทรเซเกต์ ตำนานของสโมสร และดิเอโก้ เพลย์เมกเกอร์ชาวบราซิลซึ่งการย้ายทีมเหล่านี้ไม่เป็นที่นิยมในหมู่แฟนบอล^{[ 15 ] [ 16 ]}ยูเวนตุสจบฤดูกาล 2010–11ในอันดับที่ 7 พลาดการไปเล่นฟุตบอลแชมเปี้ยนส์ลีกอีกครั้ง และยังไม่สามารถผ่านรอบแบ่งกลุ่มของยูฟ่า ยูโรปา ลีก ฤดูกาล 2010–11ได้อีกด้วย หลังจากฤดูกาลที่น่าผิดหวัง มาร็อตตาและสโมสรได้ประกาศว่าลุยจิ เดลเนรี ผู้จัดการทีมจะไม่กลับมาคุมทีมอีกฤดูกาล^{[ 17 ]}

เมื่อวันที่ 31 พฤษภาคม 2011 มาร็อตตาประกาศแต่งตั้งอันโตนิโอ คอนเต้ อดีตผู้เล่นและกัปตันทีมยูเวนตุส เป็นหัวหน้าโค้ช^{[ 18 ]}การแต่งตั้งคอนเต้ได้รับการวิพากษ์วิจารณ์บ้างเนื่องจากเขาไม่มีประสบการณ์ในฟุตบอลระดับสูงสุด มาร็อตตาให้สัมภาษณ์กับCorriere dello Sportว่าเป้าหมายของสโมสรสำหรับฤดูกาลใหม่คือการคว้าแชมป์สคูเด็ตโตหรืออย่างน้อยก็ผ่านเข้ารอบแชมเปี้ยนส์ลีก^{[ 19 ]}ในช่วงตลาดซื้อขายนักเตะฤดูร้อนปี 2011–12มาร็อตตาได้พยายามปรับปรุงผลงานจากปีที่แล้วโดยดึงผู้เล่นใหม่ 8 คนเข้าสู่ทีม รวมถึงอันเดรีย ปิร์โลและมิเคเล ปาเซียนซาที่ย้ายทีมแบบไม่มีค่าตัวพร้อมด้วยสเตฟาน ลิชต์สไตเนอร์ , อาร์ตูโร วิดัล , มิ ร์โก วู ชินิช, เอมานูเอเล จาคเคอรินี , มา ร์เซโลเอสตีการ์ริเบียและ เอล เจโร เอเลีย [ ^{14 ] ใน}เดือนพฤษภาคม 2012 ยูเวนตุสคว้าแชมป์สคูเด็ตโตครั้งแรกในรอบ 6 ปี

นับตั้งแต่ยูเวนตุสสร้างเซอร์ไพรส์เข้าถึงรอบชิงชนะเลิศแชมเปี้ยนส์ลีกในปี 2015มาร็อตตาและฝ่ายบริหารของสโมสรได้รับการยกย่องว่าสามารถสร้างกองกลางชั้นนำของยุโรปได้ด้วยต้นทุนที่ต่ำ โดยมีกองกลางตัวเลือกแรกอย่างพอล ป็อกบา (ฟรี), อาร์ตูโร วิดัล (10.5  ล้านยูโร), อันเดรีย ปิร์โล (ฟรี) และเคลาดิโอ มาร์คิซิโอ (นักเตะเยาวชน/ฟรี) รวมถึงกองกลางสำรองอีกหลายคนที่ถูกยืมตัวมา ซึ่งทั้งหมดมีค่าใช้จ่ายรวมกันน้อยกว่า 15  ล้านยูโร และมีส่วนร่วมในการทำประตูมากกว่าหนึ่งในสามของประตูทั้งหมดในการแข่งขันทุกรายการในฤดูกาลนั้น^{[ 20 ] [ 21 ]}

เมื่อวันที่ 31 ตุลาคม 2561 Marotta ได้ยุติสัญญาอย่างเป็นทางการในฐานะซีอีโอของยูเวนตุส^{[ 22 ]}

เมื่อวันที่ 13 ธันวาคม 2018 มาร็อตตาได้เข้าร่วมกับอินเตอร์ มิลานอย่างเป็นทางการในฐานะซีอีโอฝ่ายกีฬา^{[ 23 ]}อินเตอร์ได้รับรางวัลมากมายนับตั้งแต่นั้นมา รวมถึงเซเรียอาในปี 2021และ2024รอบ ชิงชนะเลิศ โคปปา อิตาเลีย 2 ครั้งใน ปี 2022และ2023และ แชมป์ ซูเปอร์โคปปา อิตาเลีย 3 ครั้ง ในปี 2021 2022และ2023พวกเขายังเข้าถึงรอบชิงชนะเลิศของยูฟ่า ยูโรปา ลีกในปี 2020 และยูฟ่า แชมเปียนส์ ลีกในปี 2023 และ 2025 แม้ว่าจะแพ้ให้กับเซบียาแมนเชสเตอร์ ซิตี้และปารีส แซงต์-แฌร์แม็งตามลำดับ ก่อนที่เขาจะเข้าร่วม อินเตอร์ประสบกับช่วงเวลาที่ไร้ถ้วยรางวัลเป็นเวลาสิบปี และภายใต้การนำของเขา อินเตอร์ได้เซ็นสัญญากับบุคคลอย่างอันโตนิโอ คอนเต้และซิโมเน อินซากีมาเป็นโค้ชของสโมสรเฮนริค มคิตาร์ยาน , โรเมลู ลูกา กู , อัชราฟฮาคิมี่, นิโคโลบาเรลลา , คริสเตียนเอริคเซ่น , อังเดร โอนานา, ฮาคาน ชัล ฮาโนกลู , มัตเตโอ ดาร์เมียน , เอดิน เชโก , มาร์คัส ตูรามและอเล็กซิส ซานเชซคือตัวอย่างนักเตะที่เขาเซ็นสัญญาเข้ามาเสริมทีม ซึ่งหลายคนมีส่วนสำคัญต่อความสำเร็จของอินเตอร์ในช่วงหลัง

เมื่อวันที่ 4 มิถุนายน 2024 หลังจากเจ้าของเดิม Suning Holdings Groupล้มละลาย และ Oaktree Capital Managementเข้าซื้อกิจการสโมสรMarotta จึงได้ดำรงตำแหน่งประธานและซีอีโอฝ่ายกีฬาของสโมสรหลังจากการประชุมผู้ถือหุ้น^{[ 24 ]}