รูปแบบไฟล์ BAM (ซึ่งย่อมาจากBinary Alignment Map ) คือ การแสดง ข้อมูลไบนารีแบบไม่สูญเสียและบีบอัดของ ไฟล์ แผนที่การจัดเรียงลำดับมันถูกบีบอัดโดย ไลบรารี BGZFและรองรับการเข้าถึงแบบสุ่มที่รวดเร็ว^{[ 2 ]} BAM เป็นหนึ่งในรูปแบบไฟล์ที่พบบ่อยที่สุดสำหรับข้อมูลลำดับจีโนม ดิบ ^{[ 3 ] [ 4 ]}

BAM คือการแสดงไบนารีแบบบีบอัดของ SAM (Sequence Alignment Map) ซึ่งเป็นการแสดงการจัดเรียงลำดับนิวคลีโอไทด์ที่กระชับและสามารถสร้างดัชนีได้^{[ 5 ]}เป้าหมายของการสร้างดัชนีคือการเรียกการจัดเรียงที่ทับซ้อนกับตำแหน่งที่กำหนดได้อย่างรวดเร็วโดยไม่ต้องผ่านทั้งหมด ก่อนการสร้างดัชนี BAM ต้องเรียงลำดับตามรหัสอ้างอิงและพิกัดซ้ายสุด^{[ 1 ]} BAM อยู่ในรูปแบบ BGZF ที่บีบอัด

โครงสร้างของไฟล์ BAM ประกอบด้วยส่วนหัวและส่วนการจัดแนว: ^{[ 6 ]}

• ส่วนหัว—ส่วนนี้ประกอบด้วยชื่อตัวอย่าง ความยาวของตัวอย่าง และวิธีการจัดเรียง ส่วนการจัดเรียงจะเชื่อมโยงกับข้อมูลเฉพาะในส่วนหัว
• ข้อมูลการจัดเรียงลำดับ—ไฟล์นี้ประกอบด้วยชื่อลำดับการอ่าน ลำดับการอ่าน คุณภาพการอ่าน ข้อมูลการจัดเรียงลำดับ และแท็กที่กำหนดเอง ส่วนชื่อลำดับการอ่านนั้นประกอบด้วยโครโมโซม พิกัดเริ่มต้น คุณภาพการจัดเรียงลำดับ และสตริงคำอธิบายการจับคู่
  • ส่วนการจัดแนวประกอบด้วยสิ่งต่อไปนี้:
    • กลุ่มอ่าน (RG)
    • แท็กบาร์โค้ด (BC)
    • คุณภาพการจัดแนวปลายด้านเดียว (SM)
    • คุณภาพการจัดเรียงแบบคู่ปลาย (AS)
    • แก้ไขแท็กระยะทาง (NM)
    • ป้ายชื่อแอมพลิคอน (XN)

รูปแบบ BAM ใช้ ระบบพิกัดฐาน 0 ในขณะที่ SAM ใช้ระบบพิกัดฐาน 1 BAM สามารถแสดงค่าในช่วง [−2^31 , 2^32) ได้^{[ 1 ]}

หากต้องการดูรายชื่อเครื่องมือจัดลำดับและวิเคราะห์ข้อมูลที่ใช้งานร่วมกับ SAM/BAM ได้โปรดคลิกที่นี่

• รูปแบบ FASTQ
• รูปแบบ SAM
• SAMtools
• รูปแบบ CRAM
• รายชื่อรูปแบบไฟล์สำหรับชีววิทยาโมเลกุล
• การบีบอัดข้อมูลลำดับจีโนม

• ข้อกำหนดรูปแบบ SAM