อ่าน 6 นาที
ไบโอบริค
ชิ้นส่วน BioBrickคือลำดับDNA ที่สอดคล้องกับ มาตรฐานการประกอบเอนไซม์จำกัด บล็อกการสร้างเหล่านี้ใช้ในการออกแบบและประกอบวงจรชีวภาพสังเคราะห์ ขนาดใหญ่...
ไบโอบริค

ชิ้นส่วน BioBrickคือลำดับDNA ที่สอดคล้องกับ มาตรฐานการประกอบเอนไซม์จำกัด[ 1 ] [ 2 ]บล็อกการสร้างเหล่านี้ใช้ในการออกแบบและประกอบวงจรชีวภาพสังเคราะห์ ขนาดใหญ่ จากชิ้นส่วนแต่ละชิ้นและการรวมกันของชิ้นส่วนที่มีฟังก์ชันที่กำหนดไว้ ซึ่งจะถูกนำไปรวมเข้ากับเซลล์ที่มีชีวิต เช่น เซลล์ Escherichia coliเพื่อสร้างระบบชีวภาพใหม่[ 3 ]ตัวอย่างของชิ้นส่วน BioBrick ได้แก่โปรโมเตอร์ตำแหน่งการจับของไรโบโซม (RBS)ลำดับการเข้ารหัสและเทอร์มิเนเตอร์
ภาพรวม

ชิ้นส่วน BioBrick ถูกนำมาใช้โดยการประยุกต์ใช้หลักการทางวิศวกรรมของการสร้างนามธรรมและการแบ่งส่วน ชิ้นส่วน BioBrick เป็นพื้นฐานของระบบลำดับชั้นซึ่ง เป็นพื้นฐานของ ชีววิทยาเชิงสังเคราะห์โดยมีลำดับชั้นสามระดับ:
- ส่วนประกอบ: ชิ้นส่วนของดีเอ็นเอที่รวมกันเป็นหน่วยการทำงาน (ตัวอย่างเช่น โปรโมเตอร์, RBS เป็นต้น)
- อุปกรณ์: ชุดชิ้นส่วนที่มีฟังก์ชันการใช้งานที่กำหนดไว้ กล่าวอย่างง่ายคือ ชุดชิ้นส่วน BioBrick ที่เข้ากันได้ เมื่อนำมาประกอบกันจะก่อให้เกิดเป็นอุปกรณ์
- ระบบ: การรวมกันของอุปกรณ์หลายชนิดที่ทำหน้าที่ประมวลผลระดับสูง
การพัฒนาชิ้นส่วนชีวภาพมาตรฐานช่วยให้สามารถประกอบลำดับได้อย่างรวดเร็ว ความสามารถในการทดสอบชิ้นส่วนแต่ละชิ้นและอุปกรณ์ต่างๆ ที่สามารถทดสอบและระบุลักษณะได้อย่างอิสระยังช่วยเพิ่มความน่าเชื่อถือของระบบที่มีลำดับสูงกว่าอีกด้วย[ 2 ]
ประวัติศาสตร์
ความพยายามครั้งแรกในการสร้างรายการชิ้นส่วนชีวภาพมาตรฐานเกิดขึ้นในปี 1996 โดยRebatchouk และคณะ ทีมนี้ได้แนะนำกลยุทธ์การโคลนนิ่งสำหรับการประกอบชิ้นส่วน DNA สั้นๆ อย่างไรก็ตาม ความพยายามในช่วงแรกนี้ไม่ได้รับการยอมรับอย่างกว้างขวางจากชุมชนวิจัยทางวิทยาศาสตร์ในขณะนั้น[ 2 ] [ 4 ]ในปี 1999 Arkin และ Endy ตระหนักว่าองค์ประกอบที่หลากหลายซึ่งประกอบขึ้นเป็นวงจรพันธุกรรมนั้นขาดมาตรฐาน ดังนั้นพวกเขาจึงเสนอรายการชิ้นส่วนชีวภาพมาตรฐาน[ 5 ] BioBricks ได้รับการอธิบายและแนะนำโดยTom Knightที่MITในปี 2003 [ 1 ]ตั้งแต่นั้นมา กลุ่มวิจัยต่างๆ ได้ใช้ชิ้นส่วนมาตรฐาน BioBrick เพื่อสร้างอุปกรณ์และระบบชีวภาพใหม่ๆ
มูลนิธิไบโอบริกส์
มูลนิธิ BioBricks ก่อตั้งขึ้นในปี 2549 โดยวิศวกรและนักวิทยาศาสตร์ในฐานะองค์กรไม่แสวงหาผลกำไรเพื่อสร้างมาตรฐานชิ้นส่วนชีวภาพทั่วทั้งสาขา[ 6 ]มูลนิธิฯ มุ่งเน้นการปรับปรุงในด้านเทคโนโลยี กฎหมาย การศึกษา และชุมชนโลกที่เกี่ยวข้องกับชีววิทยาเชิงสังเคราะห์กิจกรรมของมูลนิธิ BioBricks ได้แก่ การจัดงานประชุม SBx.0 โปรแกรมทางเทคนิคและการศึกษา งานประชุม SBx.0 เป็นงานประชุมนานาชาติเกี่ยวกับชีววิทยาเชิงสังเคราะห์ที่จัดขึ้นทั่วโลก โปรแกรมทางเทคนิคมีเป้าหมายเพื่อการผลิตชิ้นส่วนชีวภาพมาตรฐานหลายชุด และการขยายการศึกษาเป็นการสร้างกิจกรรมที่ช่วยสร้างแหล่งที่มาของชิ้นส่วนชีวภาพแบบเปิดและได้มาตรฐาน[ 7 ]
ข้อตกลงสาธารณะของ BioBricks
เพื่อเป็นทางเลือกแทนระบบสิทธิบัตรเทคโนโลยีชีวภาพแบบดั้งเดิม และเพื่อให้ BioBricks สามารถใช้เป็นมาตรฐานชุมชนแบบโอเพนซอร์สได้ มูลนิธิ BioBricks จึงได้สร้างข้อตกลงสาธารณะ BioBrick ซึ่งประกอบด้วยข้อตกลงผู้มีส่วนร่วมและข้อตกลงผู้ใช้ ผู้ที่ต้องการมอบชิ้นส่วนให้กับชุมชนจะต้องลงนามในข้อตกลงผู้มีส่วนร่วม โดยตกลงว่าจะไม่ใช้สิทธิในทรัพย์สินทางปัญญาที่ผู้มีส่วนร่วมถือครองอยู่ต่อผู้ใช้ ซึ่งอาจจำกัดการใช้ชิ้นส่วนที่ผู้มีส่วนร่วมมอบให้ ผู้ลงนามในข้อตกลงผู้ใช้สามารถใช้ชิ้นส่วนทั้งหมดที่ผู้มีส่วนร่วมมอบให้ได้อย่างอิสระ ผู้ใช้ไม่จำเป็นต้องมีส่วนร่วมในชุมชนเพื่อที่จะใช้ชิ้นส่วน และผู้ใช้สามารถใช้สิทธิในทรัพย์สินทางปัญญาในสิ่งประดิษฐ์ที่พัฒนาขึ้นโดยใช้ชิ้นส่วนได้[ 8 ]ข้อตกลงผู้ใช้อนุญาตให้ผู้ใช้สร้างสิ่งประดิษฐ์หรือการใช้ชิ้นส่วน เปิดเผยสิทธิบัตรเกี่ยวกับการรวมกันของชิ้นส่วน และสร้างต่อยอดจากผลงานของผู้ใช้รายอื่นได้อย่างอิสระ[ 9 ] [ 10 ]
มาตรฐานการประกอบไบโอบริค
มาตรฐานการประกอบ BioBrick ถูกนำมาใช้เพื่อเอาชนะปัญหาการขาดมาตรฐานที่เกิดจาก วิธี การโคลนนิ่งโมเลกุล แบบดั้งเดิม มาตรฐานการประกอบ BioBrick เป็นแนวทางที่เชื่อถือได้มากกว่าสำหรับการรวมชิ้นส่วนเพื่อสร้างวัสดุคอมโพสิตขนาดใหญ่ มาตรฐานการประกอบนี้ช่วยให้นักชีววิทยาเชิงสังเคราะห์สองกลุ่มในส่วนต่างๆ ของโลกสามารถนำชิ้นส่วน BioBrick กลับมาใช้ใหม่ได้โดยไม่ต้องผ่านวงจรการออกแบบและการจัดการทั้งหมด[ 2 ] ซึ่งหมายความว่าชิ้นส่วนที่ออกแบบใหม่สามารถนำไปใช้โดยทีมวิจัยอื่นๆ ได้ง่ายขึ้น นอกจากนี้ เมื่อเปรียบเทียบกับวิธีการโคลนนิ่ง แบบเฉพาะกิจแบบเก่ากระบวนการมาตรฐานการประกอบนั้นเร็วกว่าและส่งเสริมระบบอัตโนมัติ[ 11 ]มาตรฐานการประกอบ BioBrick 10 เป็นมาตรฐานการประกอบแรกที่ถูกนำมาใช้ ในช่วงหลายปีที่ผ่านมา มีการพัฒนามาตรฐานการประกอบอื่นๆ อีกหลายมาตรฐาน เช่น มาตรฐาน Biofusion และมาตรฐาน Freiburg
มาตรฐานการประกอบไบโอบริค 10

มาตรฐานการประกอบหมายเลข 10 พัฒนาโดย Tom Knight และเป็นมาตรฐานการประกอบที่ใช้กันอย่างแพร่หลายที่สุด โดยเกี่ยวข้องกับการใช้เอนไซม์ตัดจำเพาะ ชิ้นส่วน BioBrick แต่ละชิ้นเป็นลำดับ DNA ที่บรรจุอยู่ในพลาสมิดวงกลมซึ่งทำหน้าที่เป็นเวกเตอร์ [ 12 ] เวกเตอร์ทำหน้าที่เป็นระบบขนส่งเพื่อนำชิ้นส่วน BioBrick ไปด้วย แนวทางแรกในการกำหนดมาตรฐาน BioBrick คือการแนะนำลำดับมาตรฐาน ได้แก่ ลำดับคำนำหน้าและลำดับคำต่อท้าย ซึ่งอยู่ขนาบข้างปลาย 5 ′และ 3 ′ของชิ้นส่วน DNA ตามลำดับ[ 13 ]ลำดับมาตรฐานเหล่านี้เข้ารหัสตำแหน่งเอนไซม์ตัดจำเพาะ ลำดับคำนำหน้าเข้ารหัส ตำแหน่ง EcoRI (E) และXbal (X) ในขณะที่ลำดับคำต่อท้ายเข้ารหัส ตำแหน่ง SpeI (S) และPstI (P) คำนำหน้าและคำต่อท้ายไม่ถือว่าเป็นส่วนหนึ่งของชิ้นส่วน BioBrick [ 3 ]เพื่ออำนวยความสะดวกในกระบวนการประกอบ ชิ้นส่วน BioBrick เองจะต้องไม่มีตำแหน่งเอนไซม์ตัดจำเพาะเหล่านี้ ในระหว่างการประกอบชิ้นส่วนสองส่วนที่แตกต่างกัน พลาสมิดตัวหนึ่งจะถูกย่อยด้วยEcoRIและSpeIพลาสมิดที่บรรจุชิ้นส่วน BioBrick อีกตัวหนึ่งจะถูกย่อยด้วยEcoRIและXbalซึ่งจะทำให้พลาสมิดทั้งสองมีส่วนที่ยื่นออกมา 4 คู่เบส (bp) ที่ปลาย 5 ′และ 3 ′ ตำแหน่ง EcoRIจะเชื่อมต่อกันเนื่องจากเป็นส่วนเสริมกัน ตำแหน่ง XbalและSpeIก็จะเชื่อมต่อกันเช่นกันเนื่องจากการย่อยทำให้เกิดปลายที่เข้ากันได้ ตอนนี้ชิ้นส่วน DNA ทั้งสองอยู่ในพลาสมิดเดียวกัน การเชื่อมต่อทำให้เกิด "แผลเป็น" 8 คู่เบสระหว่างชิ้นส่วน BioBrick ทั้งสอง เนื่องจากแผลเป็นเป็นไฮบริดของ ตำแหน่ง XbalและSpeIจึงไม่ได้รับการจดจำโดยเอนไซม์ตัดจำเพาะใดๆ[ 13 ]ลำดับคำนำหน้าและคำต่อท้ายยังคงไม่เปลี่ยนแปลงโดยกระบวนการย่อยและการเชื่อมต่อนี้ ซึ่งช่วยให้สามารถประกอบชิ้นส่วน BioBrick เพิ่มเติมได้ในขั้นตอนต่อไป
การประกอบนี้เป็น กระบวนการ ที่ไม่เปลี่ยนแปลงผลลัพธ์ : การใช้งานหลายครั้งไม่ทำให้ผลิตภัณฑ์สุดท้ายเปลี่ยนแปลง และยังคงรักษาคำนำหน้าและคำต่อท้ายไว้ แม้ว่าการประกอบมาตรฐานของ BioBrick จะอนุญาตให้สร้างโมดูลการทำงานได้ แต่ก็มีข้อจำกัดในแนวทางมาตรฐาน 10 นี้ ตำแหน่งแผลเป็น 8 bp ไม่อนุญาตให้สร้างโปรตีนฟิวชั่น [ 12 ] ตำแหน่งแผลเป็นทำให้เกิดการเลื่อนเฟรมซึ่งป้องกันการอ่านโคดอนอย่างต่อเนื่อง ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างโปรตีนฟิวชั่น
ต่อมาในปี 2008 Tom Knight ได้พัฒนามาตรฐานการประกอบ BB-2 เพื่อแก้ไขปัญหาการเชื่อมต่อรอยแผลเป็นของโดเมนโปรตีน โดยรอยแผลเป็นนั้นประกอบด้วยเบสแปดตัว ซึ่งจะทำให้เฟรมการอ่าน เปลี่ยนแปลงไป เมื่อเชื่อมต่อโดเมนโปรตีน เอนไซม์ที่ใช้ในการย่อยส่วนเริ่มต้นนั้นเกือบจะเหมือนกัน แต่มีคำนำหน้าและคำต่อท้ายที่ดัดแปลง[ 14 ]
มาตรฐานการประกอบ BglBricks
มาตรฐานการประกอบ BglBrick ถูกเสนอโดย J. Christopher Anderson, John E. Dueber, Mariana Leguia, Gabriel C. Wu, Jonathan C. Goler, Adam P. Arkin และ Jay D. Keasling ในเดือนกันยายน 2552 โดยมีแนวคิดคล้ายกับ BioBrick มาก แต่ช่วยให้สามารถสร้างโปรตีนลูกผสมได้โดยไม่เปลี่ยนแปลงเฟรมการอ่านหรือเพิ่มรหัสหยุด และในขณะเดียวกันก็สร้างรอยแผลเป็นเชื่อมต่อกรดอะมิโนที่เป็นกลาง (GlySer) ส่วนประกอบ BglBrick เป็นลำดับ DNA ที่ขนาบข้างด้วยไซต์ EcoRI และ BglII ที่ปลาย 5 ′ (GAATTCaaaA GATCT ) และไซต์ BamHI และ XhoI ที่ปลาย 3 ′ ( G GATCCaaaCTCGAG) และไม่มีไซต์ตัดจำเพาะเหล่านี้อยู่ภายใน ส่วนประกอบต้นน้ำในการประกอบแบบจับคู่จะถูกทำให้บริสุทธิ์จากการย่อยด้วย EcoRI/BamHI และส่วนประกอบปลายน้ำ+เวกเตอร์จะถูกทำให้บริสุทธิ์จากการย่อยด้วย EcoRI/BglII การเชื่อมต่อชิ้นส่วนทั้งสองนี้จะสร้างส่วนประกอบขึ้นใหม่โดยการสร้างไซต์ข้างเคียงเดิมขึ้นใหม่ตามที่กำหนดไว้ในคำจำกัดความของส่วนประกอบ และทิ้ง ลำดับรอยแผลเป็น GGATCTไว้ที่จุดเชื่อมต่อของส่วนประกอบ ซึ่งเป็นรอยแผลเป็นที่เข้ารหัสกรดอะมิโนไกลซีนและซีรีนเมื่อรวมส่วนประกอบ CDS เข้าด้วยกันในเฟรม ซึ่งสะดวกเนื่องจากไดเปปไทด์ GlySer เป็นตัวเชื่อมที่นิยมใช้ของโดเมนโปรตีน[ 2 ]
มาตรฐานเงิน (ไบโอฟิวชั่น)

ห้องปฏิบัติการของ Pam Silver ได้สร้างมาตรฐานการประกอบ Silver เพื่อแก้ไขปัญหาที่เกี่ยวข้องกับการสร้างโปรตีนฟิวชั่น มาตรฐานการประกอบนี้ยังเป็นที่รู้จักในชื่อมาตรฐาน Biofusion และเป็นการปรับปรุงมาตรฐานการประกอบ BioBrick 10 มาตรฐานของ Silver เกี่ยวข้องกับการลบหนึ่งนิวคลีโอไทด์ออกจาก ไซต์ XbalและSpeIซึ่งทำให้ไซต์แผลเป็นสั้นลง 2 นิวคลีโอไทด์ ซึ่งตอนนี้กลายเป็นลำดับแผลเป็น 6 bp ลำดับ 6 bp นี้ช่วยให้เฟรมการอ่านยังคงอยู่ ลำดับแผลเป็นนี้เข้ารหัสกรดอะมิโนทรีโอนีน (ACT) และอาร์จินีน (AGA) [ 15 ] การปรับปรุงเล็กน้อยนี้ช่วยให้สามารถสร้างโปรตีนฟิวชั่นแบบ in-frame ได้ อย่างไรก็ตาม การที่อาร์จินีนเป็น กรดอะมิโน ขนาดใหญ่ที่มีประจุ เป็นข้อเสียของเทคนิคการประกอบ Biofusion คุณสมบัติเหล่านี้ของอาร์จินี น ส่งผลให้โปรตีนไม่เสถียรตามกฎ N-end
มาตรฐานไฟรบูร์ก
ทีม Freiburg iGEM ปี 2007 [ 16 ]ได้นำเสนอมาตรฐานการประกอบใหม่เพื่อเอาชนะข้อเสียของเทคนิคมาตรฐาน Biofusion ที่มีอยู่ ทีม Freiburg ได้สร้างชุดลำดับคำนำหน้าและคำต่อท้ายใหม่โดยการเพิ่มตำแหน่งเอนไซม์ตัดจำเพาะเพิ่มเติมAgeIและNgoMIVลงในคำนำหน้าและคำต่อท้ายที่มีอยู่ตามลำดับ ตำแหน่งเอนไซม์ตัดจำเพาะที่เพิ่มเข้ามาใหม่เหล่านี้เข้ากันได้กับมาตรฐาน BioBrick มาตรฐาน Freiburg ยังคงสร้างตำแหน่งแผลเป็น 6 bp แต่ลำดับแผลเป็น (ACCGGC) ตอนนี้เข้ารหัสสำหรับทรีโอนีนและไกลซีนตามลำดับ ลำดับแผลเป็นนี้ส่งผลให้โปรตีนมีความเสถียรมากขึ้น[ 17 ]เนื่องจากไกลซีนสร้างปลาย N ที่เสถียร ต่างจากอาร์จินีนซึ่งส่งสัญญาณสำหรับการย่อยสลายปลาย N เทคนิคการประกอบที่เสนอโดยทีม Freiburg ช่วยลดข้อจำกัดของมาตรฐาน Biofusion
วิธีการประกอบ
มีการใช้หลายวิธีในการประกอบไบโอบริกส์ เนื่องจากมาตรฐานบางอย่างกำหนดวัสดุและวิธีการที่แตกต่างกัน (เช่น การใช้เอนไซม์ตัดจำเพาะที่แตกต่างกัน) ในขณะที่บางวิธีก็ขึ้นอยู่กับความชอบในระเบียบปฏิบัติ เพราะบางวิธีมีประสิทธิภาพสูงกว่าและใช้งานง่ายกว่า
การประกอบยาปฏิชีวนะ 3 ชนิด (3A)
วิธีการประกอบแบบ 3A เป็นวิธีที่ใช้กันมากที่สุด เนื่องจากเข้ากันได้กับมาตรฐานการประกอบ 10, มาตรฐาน Silver และมาตรฐาน Freiburg วิธีการประกอบนี้เกี่ยวข้องกับชิ้นส่วน BioBrick สองชิ้นและพลาสมิดปลายทาง พลาสมิดปลายทางมีจีนที่เป็นพิษ (ทำให้ตาย) เพื่อช่วยในการคัดเลือกพลาสมิดที่ประกอบได้อย่างถูกต้อง พลาสมิดปลายทางยังมีจีนต้านทานยาปฏิชีวนะที่แตกต่างจากพลาสมิดที่บรรจุชิ้นส่วน BioBrick พลาสมิดทั้งสามจะถูกย่อยด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะที่เหมาะสม จากนั้นจึงปล่อยให้เกิดการเชื่อมต่อกัน เฉพาะชิ้นส่วนที่ประกอบได้อย่างถูกต้องเท่านั้นที่จะสร้างส่วนประกอบที่สามารถอยู่รอดได้ซึ่งบรรจุอยู่ในพลาสมิดปลายทาง วิธีนี้ช่วยให้การคัดเลือกมีประสิทธิภาพ เนื่องจากเฉพาะชิ้นส่วน BioBrick ที่ประกอบได้อย่างถูกต้องเท่านั้นที่จะอยู่รอดได้
ชุดประกอบแทรกขยาย
วิธีการประกอบชิ้นส่วนแทรกที่ขยายแล้วไม่ขึ้นอยู่กับลำดับคำนำหน้าและคำต่อท้าย ทำให้สามารถใช้ร่วมกับมาตรฐานการประกอบส่วนใหญ่ได้ นอกจากนี้ยังมีอัตราการเปลี่ยนแปลงที่สูงกว่าการประกอบแบบ 3A และไม่จำเป็นต้องให้พลาสมิดที่เกี่ยวข้องมียีนต้านทานยาปฏิชีวนะที่แตกต่างกัน วิธีนี้ช่วยลดสัญญาณรบกวนจากพลาสมิดที่ไม่ได้ตัดโดยการขยายชิ้นส่วนแทรกที่ต้องการโดยใช้ PCR ก่อนการย่อยและบำบัดส่วนผสมด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะDpnIซึ่งย่อย DNA ที่ถูกเมทิลเลตเช่นพลาสมิด การกำจัดพลาสมิดแม่แบบด้วย DpnI จะเหลือเพียงชิ้นส่วนแทรกที่จะถูกขยายโดย PCR เพื่อลดโอกาสในการสร้างพลาสมิดที่มีการรวมกันของชิ้นส่วนแทรกและโครงสร้างหลักที่ไม่ต้องการ โครงสร้างหลักสามารถบำบัดด้วยฟอสฟาเทสเพื่อป้องกันการเชื่อมต่อใหม่[ 14 ]
ชุดประกอบไร้รอยแผลเป็นของ Gibson
วิธีการประกอบแบบไร้รอยแผลเป็นของ Gibson ช่วยให้สามารถเชื่อมต่อ BioBricks หลายชิ้นพร้อมกันได้ วิธีนี้ต้องการให้ลำดับที่ต้องการมีการทับซ้อนกัน 20 ถึง 150 bpsเนื่องจาก BioBricks ไม่มีส่วนที่ทับซ้อนกันนี้ วิธีนี้จึงต้องใช้ไพรเมอร์ PCR เพื่อสร้างส่วนที่ยื่นออกมาระหว่าง BioBricks ที่อยู่ติดกัน เอนไซม์ T5 exonucleaseจะโจมตีปลาย 5 ′ของลำดับ ทำให้เกิด DNA สายเดี่ยวที่ปลายของลำดับทั้งหมดที่ส่วนประกอบต่างๆ ถูกออกแบบมาให้เชื่อมต่อกัน จากนั้น DNA polymerase จะเพิ่มส่วนของ DNA ลงในช่องว่างในส่วนประกอบที่เชื่อมต่อกัน และ Taq ligase สามารถปิดผนึกสายสุดท้ายได้[ 14 ]
การประกอบโดยใช้เมทิลเลสช่วย (4R/2M)
วิธีการประกอบ 4R/2M ได้รับการออกแบบมาเพื่อรวมชิ้นส่วน (BioBrick Assembly Standard 10 หรือ Silver Standard) ภายในพลาสมิดที่มีอยู่ (เช่น โดยไม่ต้องใช้ PCR หรือการโคลนย่อย) พลาสมิดจะทำปฏิกิริยาในร่างกายกับ DNA เมทิลทรานสเฟอเรสที่จำเพาะต่อลำดับ เพื่อให้แต่ละพลาสมิดได้รับการดัดแปลงและป้องกันจากเอนโดนิวคลีเอสจำกัดหนึ่งในสองชนิดที่ใช้ในภายหลังเพื่อทำให้ผลิตภัณฑ์การเชื่อมต่อแบบวงกลมที่ไม่ต้องการเป็นเส้นตรง[ 18 ]
ทะเบียนชิ้นส่วน
กลุ่ม MIT ที่นำโดย Tom Knight ซึ่งพัฒนา BioBricks และการแข่งขัน International Genetically Engineered Machines (iGEM) ยังเป็นผู้บุกเบิก The Registry of Standard Biological Parts (Registry) อีกด้วย[ 19 ] Registry ซึ่งเป็นหนึ่งในรากฐานของชีววิทยาเชิงสังเคราะห์ ให้ข้อมูลและรายละเอียดเกี่ยวกับชิ้นส่วน BioBrick มากกว่า 20,000 ชิ้นบนเว็บ Registry ประกอบด้วย:
- ข้อมูลและคุณลักษณะสำหรับชิ้นส่วน อุปกรณ์ และระบบทั้งหมด
- ประกอบด้วยแคตตาล็อกที่อธิบายถึงหน้าที่ ประสิทธิภาพ และการออกแบบของแต่ละชิ้นส่วน
ชิ้นส่วน BioBrick ทุกชิ้นมีรหัสระบุเฉพาะตัว ทำให้การค้นหาชิ้นส่วน BioBrick ที่ต้องการทำได้ง่ายขึ้น (ตัวอย่างเช่น BBa_J23100 ซึ่งเป็นโปรโมเตอร์แบบคงที่) [ 2 ]รีจิสทรีเปิดให้เข้าถึงได้ โดยทุกคนสามารถส่งชิ้นส่วน BioBrick ได้ การส่ง BioBrick ส่วนใหญ่มาจากนักเรียนที่เข้าร่วมการแข่งขัน iGEM ประจำปีซึ่งจัดขึ้นทุกฤดูร้อน[ 20 ]รีจิสทรีอนุญาตให้แลกเปลี่ยนข้อมูลและวัสดุทางออนไลน์ ซึ่งช่วยให้ชุมชนที่เข้าร่วมสามารถนำชิ้นส่วนกลับมาใช้ใหม่และดัดแปลงได้อย่างรวดเร็ว
นอกจากนี้ ยังมีการพัฒนาระบบลงทะเบียนชิ้นส่วนระดับมืออาชีพขึ้นด้วย เนื่องจากชิ้นส่วน BioBrick ส่วนใหญ่ถูกส่งโดยนักศึกษาระดับปริญญาตรีในการแข่งขัน iGEM ชิ้นส่วนเหล่านั้นอาจขาดข้อมูลลักษณะเฉพาะและเมตาเดต้าที่สำคัญ ซึ่งจำเป็นอย่างยิ่งในการออกแบบและสร้างแบบจำลองส่วนประกอบการทำงาน[ 19 ]ตัวอย่างหนึ่งของระบบลงทะเบียนชิ้นส่วนระดับมืออาชีพคือ The International Open Facility Advancing Biotechnology (BIOFAB) ซึ่งเป็นหน่วยงานที่ได้รับทุนสนับสนุนจากภาครัฐในสหรัฐอเมริกา โดยมีคำอธิบายโดยละเอียดของชิ้นส่วนชีวภาพแต่ละชิ้น นอกจากนี้ยังเป็นระบบลงทะเบียนแบบโอเพนซอร์สและมีจำหน่ายในเชิงพาณิชย์ BIOFAB มีเป้าหมายที่จะจัดทำแคตตาล็อกชิ้นส่วน BioBrick คุณภาพสูงเพื่อรองรับความต้องการของชุมชนชีววิทยาเชิงสังเคราะห์ระดับมืออาชีพ
มูลนิธิไบโอบริค (BBF) เป็นองค์กรสาธารณประโยชน์ที่จัดตั้งขึ้นเพื่อส่งเสริมการใช้ชิ้นส่วนไบโอบริคมาตรฐานในระดับที่กว้างกว่าการแข่งขัน iGEM ปัจจุบัน BBF กำลังดำเนินการพัฒนากรอบมาตรฐานเพื่อส่งเสริมการผลิตชิ้นส่วนไบโอบริคคุณภาพสูงซึ่งจะเปิดให้ทุกคนใช้งานได้ฟรี[ 21 ]
ดูเพิ่มเติม
ลิงก์ภายนอก
- มูลนิธิไบโอบริกส์
- ทะเบียนชิ้นส่วนชีวภาพมาตรฐาน
สรุปเนื้อหา
ข้อมูลสำคัญจากบทความ
ข้อมูลสำคัญเกี่ยวกับ ไบโอบริค
ชิ้นส่วน BioBrickคือลำดับDNA ที่สอดคล้องกับ มาตรฐานการประกอบเอนไซม์จำกัด บล็อกการสร้างเหล่านี้ใช้ในการออกแบบและประกอบวงจรชีวภาพสังเคราะห์ ขนาดใหญ่...
ภาพรวม
ชิ้นส่วน BioBrick ถูกนำมาใช้โดยการประยุกต์ใช้หลักการทางวิศวกรรมของการสร้างนามธรรมและการแบ่งส่วน ชิ้นส่วน BioBrick เป็นพื้นฐานของระบบลำดับชั้นซึ่ง เป็นพื้นฐานของ ชีววิทยาเชิงสังเคราะห์ โดยมีลำดับชั้นสามระดับ:
ประวัติศาสตร์
ความพยายามครั้งแรกในการสร้างรายการชิ้นส่วนชีวภาพมาตรฐานเกิดขึ้นในปี 1996 โดย Rebatchouk และ คณะ ทีมนี้ได้แนะนำกลยุทธ์การโคลนนิ่งสำหรับการประกอบชิ้นส่วน DNA สั้นๆ อย่างไรก็ตาม...
มูลนิธิไบโอบริกส์
มูลนิธิ BioBricks ก่อตั้งขึ้นในปี 2549 โดยวิศวกรและนักวิทยาศาสตร์ในฐานะองค์กรไม่แสวงหาผลกำไรเพื่อสร้างมาตรฐานชิ้นส่วนชีวภาพทั่วทั้งสาขา [ 6 ] มูลนิธิฯ