เมื่อวันที่ 28 กันยายน 2548 เดอเลย์ถูกฟ้องร้องในข้อหาการสมรู้ร่วมคิดโดยคณะลูกขุนใหญ่ในเคาน์ตีทราวิสส่งผลให้เขาต้องลาออกจากตำแหน่ง ผู้นำเสียงข้างมาก ในสภาผู้แทนราษฎร

DeLay ชนะการเลือกตั้งขั้นต้นของพรรครีพับลิกันเมื่อวันที่ 7 มีนาคม พ.ศ. 2549 โดยได้รับคะแนนเสียง 62% ในการแข่งขันที่มีผู้สมัคร 4 คน DeLay ใช้เงินในการหาเสียงมากกว่าคู่แข่งที่ใกล้เคียงที่สุดอย่าง Tom Campbell เกือบ 20 ต่อ 1 ^{[ 1 ]}นับเป็นเปอร์เซ็นต์คะแนนเสียงที่ต่ำที่สุดของเขาในการเลือกตั้งขั้นต้น และทำให้เกิดคำถามว่าเขาจะสามารถชนะการเลือกตั้งทั่วไปได้หรือไม่

เมื่อวันที่ 3 เมษายน 2549 สามวันหลังจากที่อดีตผู้ช่วยโทนี่ รูดี้ยอมรับสารภาพผิดในข้อหาทุจริตต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับ คดีฉาว ของแจ็ค อับรามอฟฟ์เดอเลย์ประกาศว่าเขาจะถอนตัวจากการแข่งขันและจะไม่ลงสมัครรับเลือกตั้งอีก เขาอธิบายว่าผลสำรวจแสดงให้เห็นว่าเขาจะเอาชนะคู่แข่งจากพรรคเดโมแครตอย่างนิค แลมป์สันในการเลือกตั้งทั่วไป แต่ความเป็นไปได้ที่จะแพ้การเลือกตั้งนั้นมีความเสี่ยงมากเกินไป^{[ 2 ] [ 3 ]}เดอเลย์ประกาศลาออกโดยมีผลตั้งแต่วันที่ 9 มิถุนายน 2549 ^{[ 4 ]}เดอเลย์กล่าวว่าเขาวางแผนที่จะย้ายไปอยู่ที่คอนโดมิเนียมที่เขาเป็นเจ้าของในรัฐเวอร์จิเนียใกล้กับวอชิงตัน ดี.ซี. เขากล่าวว่าเขาสามารถรับใช้ "อุดมการณ์อนุรักษ์นิยม" ได้ดีที่สุดโดยการจัดตั้งบริษัทล็อบบี้ที่จะทำงานเพื่อสนับสนุนประเด็นอนุรักษ์นิยม เมื่อวันที่ 24 พฤษภาคม 2549 ร่างกฎหมายฉบับสุดท้ายของเดอเลย์ คือ พระราชบัญญัติการจัดหาที่พักพิงเด็กอุปถัมภ์ระหว่างรัฐอย่างปลอดภัยและทันท่วงที พ.ศ. 2549 ผ่านการลงมติในสภาผู้แทนราษฎรด้วยเสียงสนับสนุนเป็นเอกฉันท์ ในสุนทรพจน์อำลาของเขาเมื่อวันที่ 8 มิถุนายนต่อสภา เขาได้ปกป้องความเป็นพรรคพวกทางการเมืองที่ "ดุเดือด" ที่เขาสนับสนุน^{[ 5 ]}

เมื่อวันที่ 12 มิถุนายน พ.ศ. 2549 เสียงของทอม เดอเลย์ถูกนำมาใช้ในการโทรอัตโนมัติที่ส่งไปยังบ้าน 11,000 หลังในเวอร์จิเนียตอนเหนือ โดยประกาศการสนับสนุนของเขาต่อมาร์ค เอลล์มอร์ ผู้สมัครชิงตำแหน่งประธานาธิบดีจากพรรครีพับลิกัน ในการโทรอัตโนมัตินั้น เขาระบุผิดพลาดว่าเขาอาศัยอยู่ในแคลิฟอร์เนีย ซึ่งปรากฏใน The Hill ^{[ 6 ]} "เมื่อเร็ว ๆ นี้ ผมได้ลงทะเบียนเลือกตั้งใหม่ในแคลิฟอร์เนียตอนเหนือ การกระทำแรกของผมคือการลงคะแนนเสียงให้มาร์ค เอลล์มอร์ ในการเลือกตั้งขั้นต้นของพรรครีพับลิกันในวันพรุ่งนี้" สิ่งนี้ทำให้เกิดการท้าทายกับนายทะเบียนผู้มีสิทธิเลือกตั้งของเมืองอเล็กซานเดรีย^{[ 7 ]}โดยระบุว่าการลงคะแนนเสียงนั้นผิดกฎหมาย เนื่องจากมีการคาดการณ์ว่าเดอเลย์ยังคงลงทะเบียนอยู่ในเท็กซัส

กฎหมายของรัฐเท็กซัสระบุว่า หลังจากที่ผู้สมัครชนะการเลือกตั้งขั้นต้น พรรคจะไม่สามารถแต่งตั้งผู้สมัครคนอื่นมาแทนที่ได้ เว้นแต่ว่าเขาจะไม่มีสิทธิ์ลงสมัครรับเลือกตั้งอีก DeLay อ้างว่าเมื่อเขาลาออก เขาได้ย้ายไปอยู่ที่รัฐเวอร์จิเนีย ทำให้เขาไม่มีสิทธิ์ลงสมัครรับเลือกตั้งอีก ประธานพรรครีพับลิกันแห่งรัฐเท็กซัสจึงประกาศว่า DeLay ไม่มีสิทธิ์ลงสมัครรับเลือกตั้งอีก และเริ่มดำเนินการเลือกผู้สมัครคนใหม่ อย่างไรก็ตาม พรรคเดโมแครตแห่งรัฐเท็กซัสได้ยื่นฟ้องร้อง โดยโต้แย้งว่าพรรครีพับลิกันไม่สามารถเสนอชื่อผู้สมัครคนอื่นสำหรับการเลือกตั้งปี 2006 ได้อย่างถูกกฎหมาย เนื่องจาก DeLay ยังมีสิทธิ์ลงสมัครรับเลือกตั้งได้^{[ 8 ]}

ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2549 ผู้พิพากษาศาลแขวงได้ตัดสินว่า DeLay ยังคงมีสิทธิ์ โดยพบว่าการอนุญาตให้พรรครีพับลิกันแห่งรัฐเท็กซัสตัดสินว่า DeLay ไม่มีสิทธิ์เนื่องจากที่อยู่อาศัยปัจจุบันของเขาจะเป็นการกำหนดเงื่อนไขที่อยู่อาศัยที่ไม่เป็นไปตาม รัฐธรรมนูญ ^{[ 9 ]}ในวันที่ 3 สิงหาคม พ.ศ. 2549 คณะผู้พิพากษา 3 คนของศาลอุทธรณ์เขตที่ 5ได้ยืนยันคำตัดสินและยืนยันข้อโต้แย้งทางรัฐธรรมนูญของศาลแขวงอย่างเป็นเอกฉันท์^{[ 10 ]}ในวันที่ 7 สิงหาคม พรรครีพับลิกันแห่งรัฐเท็กซัสได้ยื่นคำร้องต่อผู้พิพากษาAntonin Scaliaซึ่งดูแลศาลอุทธรณ์เขตที่ 5 เพื่อขอให้ระงับคำตัดสินของศาลอุทธรณ์ Scalia ปฏิเสธคำร้องในวันเดียวกัน โดยตัดสินว่าชื่อของ DeLay ต้องอยู่ในบัตรเลือกตั้งจนกว่าจะมีการอุทธรณ์ ซึ่งเป็นการยุติความพยายามของพรรครีพับลิกันในการใส่ชื่ออื่นลงในบัตรเลือกตั้ง เนื่องจากศาลฎีกาไม่สามารถพิจารณาและตัดสินคดีได้ก่อนการเลือกตั้งในเดือนพฤศจิกายน

เมื่อวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ. 2549 เดอเลย์ประกาศว่าเขาจะถอนตัวเพื่อให้พรรครีพับลิกันสามารถจัดการรณรงค์หาเสียงให้กับผู้สมัครที่ลงคะแนนแบบเขียนชื่อลงในบัตรเลือกตั้งได้^{[ 11 ]}ผลก็คือไม่มีพรรครีพับลิกันคนใดปรากฏอยู่ในบัตรเลือกตั้งสำหรับวาระสองปีที่เริ่มต้นในเดือนมกราคม พ.ศ. 2550 ^{[ 12 ]}

เมื่อวันที่ 2 มกราคม 2549 แลมป์สันได้ยื่นสมัครเพื่อท้าชิงตำแหน่งกับเดอเลย์ในการเลือกตั้งปี 2549 ในฐานะผู้สมัครจาก พรรคเดโมแค รต แลมป์สันเคยเป็นตัวแทนของเขตเลือกตั้งที่อยู่ติดกัน (เขตเลือกตั้งที่ 9 ของรัฐเท็กซัส ) จนกระทั่งเดอเลย์ได้ทำการแบ่งเขตเลือกตั้งใหม่ของรัฐเท็กซัสในปี 2546แลมป์สันจึงเสียที่นั่งให้กับเท็ด โพในปี 2547

เขตเลือกตั้งที่ 22 ได้ผนวกเอาพื้นที่เดิมของแลมป์สันหลายส่วน รวมถึงพื้นที่ส่วนใหญ่ของแกลเวสตัน เดอเลย์ ซึ่งในขณะนั้นดำรงตำแหน่งผู้นำเสียงข้างมากในสภาผู้แทนราษฎรได้รับชัยชนะเพียง 14 คะแนนในปี 2004 ซึ่งน้อยกว่าที่คาดหวังไว้สำหรับผู้นำพรรคในสภาคองเกรสมาก ผู้เชี่ยวชาญหลายคนเชื่อว่าเขตเลือกตั้งที่ 22 ซึ่งเคยถูกมองว่าเป็นเขตของพรรครีพับลิกันที่แข็งแกร่งมานาน ได้กลายเป็นเขตที่มีการแข่งขันสูงขึ้นมาก อันเป็นผลมาจากความพยายามของเดอเลย์ในการทำให้เขตเลือกตั้งอื่นๆ ในพื้นที่ฮิวสตันมีแนวโน้มไปทางพรรครีพับลิกันมากขึ้น ความแข็งแกร่งของพรรคเดโมแครตส่วนใหญ่มาจากส่วนหนึ่งของเขตเลือกตั้งในเคาน์ตีแกลเวสตัน ซึ่งเป็นที่ตั้งของคนงานโรงกลั่นปิโตรเคมีจำนวนมากที่รวมตัวกันเป็นสหภาพแรงงาน

Lampson ประกาศเมื่อวันที่ 16 สิงหาคม พ.ศ. 2549 ว่าสมาคมตำรวจหลัก 3 แห่งได้ให้การสนับสนุนเขา ได้แก่สมาคมองค์กรตำรวจแห่งชาติสหภาพสมาคมตำรวจระหว่างประเทศ และกลุ่มพันธมิตรตำรวจรัฐเท็กซัส^{[ 13 ]}

เมื่อวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2549 บ็อบ สมิเธอร์ ได้รับการเสนอชื่อจากพรรคเสรีนิยมให้ลงสมัครรับเลือกตั้งในเขตที่ 22 ^{[ 14 ]}

พรรครีพับลิกันแห่งรัฐเท็กซัสซึ่งยอมรับความจริงที่ว่าพวกเขาไม่สามารถหาชื่ออื่นลงในบัตรเลือกตั้งได้ จึงตัดสินใจใช้วิธีการเขียนชื่อผู้สมัครเอง โดยกำหนดการประชุมของประธานเขตเลือกตั้งในเขตที่ 22 ในวันที่ 17 สิงหาคม ก่อนการประชุมนั้นเดวิด วอลเลซ นายกเทศมนตรีเมืองชูการ์แลนด์ ซึ่งเป็นตัวเต็งที่คาดการณ์ไว้ก่อนที่สกาเลียจะปฏิเสธคำอุทธรณ์ ได้ยื่นเอกสารเป็นผู้สมัครแบบเขียนชื่อเองต่อเลขาธิการแห่งรัฐเท็กซัส โดยให้คำมั่นว่าจะลงสมัครรับเลือกตั้งแม้จะไม่ได้รับการสนับสนุนจากพรรครีพับลิกันก็ตาม^{[ 15 ]}

ในการประชุมเมื่อวันที่ 17 สิงหาคม ประธานเขตเลือกตั้งได้เลือกเชลลีย์ เซคูลา-กิบบ์ส สมาชิก สภาเมืองฮิวสตัน เป็นผู้สมัครแบบเขียนชื่อลงในบัตรเลือกตั้งของพรรครีพับลิกัน วอลเลซในตอนแรกระบุว่าเขาจะยังคงอยู่ในการแข่งขัน โดยเสนอแนะว่าการสนับสนุนเซคูลา-กิบบ์สไม่ได้เป็นตัวแทนของ "รากหญ้า" ของเขต แต่เนื่องจากพรรครีพับลิกันระดับชาติยืนยันว่าวิธีเดียวที่พวกเขาจะให้เงินสนับสนุนการแข่งขัน—พวกเขาสัญญาว่าจะให้เงิน 3 ล้านดอลลาร์—คือหากจำกัดจำนวนผู้สมัครแบบเขียนชื่อลงในบัตรเลือกตั้งของพรรครีพับลิกันเหลือเพียงคนเดียว วอลเลซจึงถอนตัวในปลายเดือนสิงหาคม^{[ 16 ]}ส่วนหนึ่งของการตัดสินใจที่จะไม่เลือกวอลเลซอาจขึ้นอยู่กับการตัดสินใจของเขาที่จะลงสมัครรับเลือกตั้งแข่งกับนายกเทศมนตรีเมืองชูการ์แลนด์จากพรรครีพับลิกันในปี 2545 ซึ่งเขาเป็นผู้ชนะ^{[ 17 ]}

อดีตผู้แทนราษฎรสหรัฐฯสตีฟ สต็อกแมนซึ่งเคยเป็นตัวแทนเขตที่ 9 พยายามลงสมัครในฐานะผู้สมัครอิสระ แต่ไม่สามารถรวบรวมลายเซ็นได้เพียงพอที่จะมีชื่ออยู่ในบัตรเลือกตั้ง^{[ 18 ]}

เมื่อวันที่ 29 สิงหาคม 2549 ผู้ว่าการรัฐเท็กซัส ริค เพอร์รีประกาศว่าจะมีการเลือกตั้งพิเศษเพื่อดำรงตำแหน่งที่ว่างลงของเดอเลย์ (พฤศจิกายน-ธันวาคม 2549) ซึ่งตรงกับการเลือกตั้งทั่วไปในวันที่ 7 พฤศจิกายน 2549 นั่นหมายความว่าผู้มีสิทธิเลือกตั้งจะต้องลงคะแนนเสียงสองครั้งในวันนั้น ครั้งหนึ่งในการเลือกตั้งพิเศษ และอีกครั้งในการเลือกตั้งทั่วไป และนั่นหมายความว่าชื่อของเซคูลา-กิบบ์สจะอยู่ในบัตรเลือกตั้งสำหรับวันที่ 7 พฤศจิกายนด้วย

เมื่อวันที่ 29 สิงหาคม ทั้งเซคูลา-กิบบ์สและนิค แลมป์สันกล่าวว่าพวกเขาจะยื่นสมัครลงเลือกตั้งพิเศษ^{[ 25 ]}เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม แลมป์สันตัดสินใจไม่ยื่นสมัคร “เราอยากจะบอกว่า โหวตให้แลมป์สันครั้งเดียวก็พอแล้ว” ผู้จัดการหาเสียงของเขากล่าว แลมป์สันยังกล่าวอีกว่าการที่เขาไม่ลงสมัครอาจช่วยลดค่าใช้จ่ายและความสับสนของการเลือกตั้งรอบสองได้ เนื่องจากอาจไม่มีผู้สมัครคนใดได้รับคะแนนเสียงข้างมากที่จำเป็นในการเลือกตั้งพิเศษ^{[ 26 ]}เซคูลา-กิบบ์สถูกถามว่าการเลือกตั้งพิเศษจะทำให้ผู้มีสิทธิเลือกตั้งสับสนหรือไม่ เธอตอบว่า “ผู้คนรู้อยู่แล้วว่าเป็นการแข่งขันที่ไม่ปกติ” เธอยังกล่าวอีกว่าการมีชื่อของเธออยู่ในบัตรเลือกตั้งใบหนึ่งจะทำหน้าที่เป็น “การเตือนความจำ” ^{[ 27 ]}

นอกเหนือจากเซคูลา-กิบบส์แล้ว ยังมีผู้สมัครอีกสี่คนยื่นสมัครรับเลือกตั้งพิเศษก่อนถึงกำหนดเส้นตายวันที่ 1 กันยายน ได้แก่ เซคูลา-กิบบส์จากพรรครีพับลิกัน ดอน ริชาร์ดสัน อดีตสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรสตีฟ สต็อกแมนและจานนิเบเซโก ฮัว ทราน จากพรรครีพับลิกัน รวมถึงบ็อบ สมิเธอร์ จากพรรคเสรีนิยม

ในการเลือกตั้งพิเศษ เซคูลา-กิบบ์สได้รับชัยชนะด้วยคะแนนเสียง 62% และดำรงตำแหน่งที่เหลืออีก 2 เดือนของวาระของเดอเลย์ในการเลือกตั้งทั่วไปเพื่อดำรงตำแหน่งครบวาระสองปี แลมป์สันเอาชนะเซคูลา-กิบบ์สด้วยคะแนน 52% ต่อ 42% และสาบานตนกลับเข้าสู่สภาคองเกรสเมื่อวันที่ 3 มกราคม 2550ในปี 2008 เซคูลา-กิบบ์สลงสมัครรับเลือกตั้งในตำแหน่งนี้อีกครั้ง โดยลงแข่งขันในกลุ่มผู้สมัครชิงตำแหน่งวุฒิสมาชิกพรรครีพับลิกันจำนวนมาก แม้ว่าเธอจะได้รับคะแนนเสียงมากที่สุดในวันเลือกตั้งขั้นต้น แต่เธอก็พ่ายแพ้ให้กับพีท โอลสันอดีตหัวหน้าคณะทำงานของวุฒิสมาชิกจอห์น คอร์นินและอดีตทหารเรือสหรัฐฯ ด้วยคะแนนเสียงที่ห่างกันมาก โอลสันได้เอาชนะแลมป์สันในการเลือกตั้งทั่วไปในที่สุด