เนื่องจากทีม Selkirk ก่อนสงครามโลกครั้งที่สองมีผู้เล่นลดลงเนื่องจากการเกษียณอายุและผู้เล่นอย่าง Sandy Adamson ที่เสียชีวิตในสงคราม สโมสรจึงหันไปพึ่งพาเยาวชนของเมืองเพื่อเริ่มต้นฟุตบอลอีกครั้งในช่วงเวลาสงบสุข Bobby Johnstone วัยหนุ่มได้สร้างชื่อเสียงให้กับตัวเองด้วยการเล่นฟุตบอลกับ Parkvale Rovers และ Army Cadet ในเดือนตุลาคม 1946 ต่อหน้าผู้ชม 1,500 คน ทีม Selkirk ที่มี Johnstone ร่วมทีมได้เอาชนะQueen of the Southซึ่งมีBilly Houliston นักฟุตบอลทีมชาติสกอตแลนด์ในอนาคต อยู่ในทีมด้วย ที่สนาม Toll Field Johnstone ยังเป็นส่วนหนึ่งของทีมที่พ่ายแพ้ให้กับGala Fairydean ทีมอาชีพ ในรอบชิงชนะเลิศ East of Scotland Cup ต่อมาในปี 1946 ทั้ง Bobby Johnstone และ Eck Piercy ได้เซ็นสัญญากับ Hibernian โดยมีข้อตกลงว่าจะมีการแข่งขันกระชับมิตรที่ Ettrick Park เป็นค่าตัว ข้อตกลงนี้ได้รับการปฏิบัติตามในเดือนตุลาคม 1947 ต่อหน้าผู้ชม 2,000 คน โดย Johnstone ได้รับอนุญาตให้เล่นให้กับ Selkirk เป็นครั้งสุดท้าย^{[ 5 ]}

จอห์นสโตน หรือที่เพื่อนๆ เรียกกันว่า 'นิคเกอร์' เซ็นสัญญากับฮิบส์ในปี 1946 จากเซลเคิร์ก และเล่นให้กับทีมนี้สองช่วงเวลา หลังจากเซ็นสัญญากับฮิบส์ จอห์นสโตนได้รับการยกย่องอย่างมากขณะเล่นให้กับทีมสำรอง และได้รับโอกาสแรกในทีมชุดใหญ่ในเดือนเมษายน 1949 ในเกมกระชับมิตรกับนิธส์เดล วันเดอเรอร์สที่สนามซานควาร์ แนวรุก 5 คนสำคัญของฮิบส์ได้ลงเล่นร่วมกันเป็นครั้งแรกในเกมนั้น

อย่างไรก็ตาม ในช่วงเริ่มต้น ฤดูกาล 1949–50ในเดือนสิงหาคมบ็อบบี้ คอมบ์เป็นผู้ครองเสื้อหมายเลขนั้น โอกาสสำคัญของเขามาถึงในเดือนตุลาคม หลังจากที่กองหลังของฮิบส์ถูกตำหนิว่าทำให้แพ้ดันเฟอร์มลินใน รอบรองชนะ เลิศลีกคัพที่ไทน์คาสเซิล กองหลังทั้งหมดถูกดรอป และจอห์นสโตนได้รับโอกาส โดยคอมบ์ย้ายไปเล่นในตำแหน่งกองหลัง ดังนั้น กลุ่มผู้เล่นทั้งห้าคนจึงได้ลงเล่นนัดแรกอย่างเป็นทางการร่วมกันในวันที่ 15 ตุลาคม 1949 กับควีนออฟเดอะเซาท์โดยฮิบส์ชนะ 2–0 ^{[ 6 ]}

จอห์นสโตนได้รับเหรียญรางวัลชนะเลิศลีกสกอตแลนด์ในปี 1951และ1952นอกจากนี้เขายังได้เล่นในรอบชิงชนะเลิศฟุตบอลถ้วยลีกสกอตแลนด์ และจบลงด้วยตำแหน่งรองชนะเลิศในลีกในฤดูกาลที่ก่อนและหลังการคว้าแชมป์ลีกสองรายการ

จอห์นสโตนเป็นคนแรกในบรรดานักเตะชื่อดังทั้งห้าคนของฮิบส์ที่ย้ายออกจากทีมเมื่อเขาย้ายทีมในเดือนมีนาคมปี 1955

จอห์นสโตนย้ายไปร่วมทีมแมนเชสเตอร์ซิตี้ด้วยค่าตัวสูงถึง 22,000 ปอนด์^{[ 7 ]} จอห์นสโตนเป็นผู้เล่นเพียงคนเดียวในกลุ่ม Famous Five ที่เล่นในอังกฤษ เขาทำประตูได้ในรอบชิงชนะเลิศเอฟเอคัพ สองปีติดต่อกันให้ กับ แมนเชสเตอร์ซิตี้ โดยแพ้ให้ กับ นิว คาสเซิลยูไนเต็ดในปี 1955และชนะ เบอร์ มิงแฮมซิตี้ ใน ปี 1956 จอห์นสโตนเป็นผู้เล่นคนแรกที่ทำประตูได้ในรอบชิงชนะเลิศเอฟเอคัพที่เวมบลีย์ติดต่อกัน เขาเล่นเคียงข้าง เดฟ ยูอิงผู้จัดการทีมฮิบส์ในอนาคตในรอบชิงชนะเลิศทั้งสองครั้ง

จอห์นสโตนกลับมาเล่นให้ฮิบส์อีกครั้งในปี 1959 ด้วยค่าตัว 6,000 ปอนด์ จอห์นสโตนเป็นที่จดจำมากที่สุดจากช่วงเวลาแรกที่เขาเล่นให้ฮิบส์ แต่การกลับมาของเขากลับสร้างแรงบันดาลใจให้ทีมคว้าชัยชนะอย่างเหลือเชื่อสองครั้ง แม้ว่าเขาจะมีน้ำหนักตัวเพิ่มขึ้นเล็กน้อยและเคลื่อนไหวได้ไม่คล่องตัวเท่าเดิมก็ตาม อย่างไรก็ตาม สมองของเขายังคงเฉียบคม และการกระตุ้นของเขาทำให้ทีมทำประตูได้ถึง 10 ประตูที่สนามเฟอร์ฮิลล์ในการแข่งขันกับพาร์ทิก ทิสเซิลและอีก 11 ประตูที่สนามบรูมฟิลด์ในการแข่งขันกับแอร์เดรีย

หลังจากกลับมาเล่นให้กับฮิบส์เป็นครั้งที่สอง จอห์นสโตนก็ย้ายไปทางใต้เพื่อร่วมทีมโอลด์แฮม แอธเลติกและได้รับการยกย่องอย่างกว้างขวางว่าเป็นหนึ่งในผู้เล่นที่ยิ่งใหญ่ที่สุดตลอดกาลของสโมสร

เบอร์นาร์ด ฮาลฟอร์ด ดำรงตำแหน่งผู้ช่วยเลขานุการในช่วงต้นทศวรรษ 1960 และเล่าว่า "เขาเปลี่ยนแปลงสโมสรไปอย่างสิ้นเชิง ไม่มีข้อสงสัยเลย เขาทำให้แฟนบอลแห่กันมาที่สนามชีปฟุตเลน แม้ว่าแอธเลติกจะตกชั้นไปอยู่ดิวิชั่นสี่แล้วก็ตาม ผมคิดว่านั่นเป็นช่วงเวลาเดียวในชีวิตที่ผมโกหกเป็นประจำ ในวันที่มีการแข่งขัน โทรศัพท์ไม่เคยหยุดดังเลย 'จอห์นสโตนลงเล่นไหม?' บ็อบบี้อาจจะนั่งอยู่ในห้องทำงานของผมโดยที่ข้อเท้าเข้าเฝือกอยู่ แต่ผมก็ต้องบอกว่าเขาลงเล่น ไม่อย่างนั้นแฟนบอลก็จะไม่มากัน มันเป็นเรื่องง่ายๆ แค่นั้นเอง"

ในช่วงฤดูร้อนปี 1965 หลังจากเริ่มต้นอาชีพนักฟุตบอลอาชีพมาได้ประมาณ 19 ปี จอห์นสโตนก็ประกาศเลิกเล่นฟุตบอลอาชีพ