การปกครองของราชวงศ์ฮับส์บูร์กนำมาซึ่งความขัดแย้งยาวนานสองศตวรรษระหว่างชนชั้นขุนนางโบฮีเมียกับราชวงศ์^{[ 1 ]}ผลจากความขัดแย้งนี้ ชาวเช็กสูญเสียชนชั้นขุนนาง พื้นเมืองส่วนใหญ่ ศาสนาเฉพาะของตน ( ฮุสซิติซึม ) และแม้กระทั่งการใช้ภาษาเช็กอย่าง แพร่หลาย ^{[ 1 ]}นโยบายการรวมอำนาจเข้าสู่ศูนย์กลางของราชวงศ์ฮับส์บูร์กเริ่มต้นขึ้นในสมัยผู้ปกครององค์แรก คือ พระเจ้าเฟอร์ดินานด์ (ค.ศ. 1526–64) ^{[ 1 ]}ความพยายามของพระองค์ในการกำจัดอิทธิพลของชนชั้นขุนนางโบฮีเมียได้รับการต่อต้าน^{[ 1 ]}แต่ชนชั้นขุนนางโบฮีเมียเองก็แตกแยกกัน โดยส่วนใหญ่แบ่งตามศาสนา^{[ 1 ]}ด้วยกลยุทธ์ทางการเมืองที่ชาญฉลาดหลายประการ พระเจ้าเฟอร์ดินานด์จึงสามารถสถาปนาการสืบทอดราชบัลลังก์โบฮีเมียให้แก่ราชวงศ์ฮับส์บูร์กได้^{[ 1 ]}ความไม่สามารถของชนชั้นขุนนางในการสถาปนาหลักการเลือกตั้งหรือแม้แต่การยืนยันพระมหากษัตริย์ ทำให้สถานะของพวกเขาอ่อนแอลงอย่างมาก^{[ 1 ]}

ความขัดแย้งในโบฮีเมียมีความซับซ้อนมากขึ้นจากการปฏิรูปศาสนาและสงครามศาสนาในยุโรปกลาง ในเวลาต่อมา [ ^{1 ]}ผู้ที่นับถือคริสตจักรปฏิรูปเช็ก (ฮุสไซต์) ต่อต้าน ราชวงศ์ฮับส์บู ^ร์กโรมันคาทอลิกซึ่งได้รับการสนับสนุนจากชาวเช็กและชาวเยอรมันคาทอลิก^{[ 1 ]}การปฏิรูปศาสนาลูเทอร์ในปี 1517 ได้เพิ่มมิติใหม่ให้กับการต่อสู้: ประชากรชาวเยอรมันส่วนใหญ่ ในโบ ฮีเมียรับเอาหลักความเชื่อโปรเตสแตนต์ใหม่ (ทั้งลูเทอร์และคาลวินิสต์ ) มาใช้ ฮุสไซต์แตกแยก และกลุ่มหนึ่งได้เป็นพันธมิตรกับชาวเยอรมันโปรเตสแตนต์^{[ 1 ]}ในปี 1537 เฟอร์ดินานด์ยอมอ่อนข้อให้กับชาวเช็ก ยอมรับสนธิสัญญาบาเซิลและยอมรับลัทธิอุตรากิสม์สาย กลาง ^{[ 1 ]}อย่างไรก็ตาม การปรองดองนั้นมีระยะเวลาสั้น^{[ 1 ]}

ในปี ค.ศ. 1546 โปรเตสแตนต์ชาวเยอรมันรวมตัวกันในสันนิบาตชมาลคาลด์เพื่อทำสงครามกับจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ชาร์ลส์ที่ 5 [ ^{1 ] ใน}ขณะที่เฟอร์ดินานด์ต้องการช่วยเหลือพี่ชายของเขา ขุนนางฮุสไซต์และขุนนางเช็กที่สนับสนุนโปรเตสแตนต์กลับเห็นอกเห็นใจเจ้าชายโปรเตสแตนต์ชาวเยอรมัน^{[ 1 ]}ความขัดแย้งทางอาวุธระหว่างเฟอร์ดินานด์และขุนนางโบฮีเมียปะทุขึ้นในปี ค.ศ. 1547 ^{[ 1 ]}แต่ชาวโบฮีเมียไม่ได้รวมเป็นหนึ่งเดียว ชัยชนะจึงตกเป็นของเฟอร์ดินานด์ และมีการตอบโต้กบฏชาวเช็กตามมา^{[ 1 ]}ทรัพย์สินของขุนนางอุตราควิสต์ชาวเช็กถูกยึดและสิทธิพิเศษของพวกเขาถูกยกเลิก^{[ 1 ]}กบฏสี่คน (ขุนนางชั้นรองสองคนและพลเมืองสองคน) ถูกประหารชีวิตในจัตุรัสหน้าพระราชวัง^{[ 1 ]}สมาชิกของเอกภาพแห่งพี่น้องซึ่งเป็นคริสตจักรฮุสไซต์ที่มีบทบาทสำคัญในการกบฏ ถูกกดขี่ข่มเหงอย่างรุนแรง^{[ 1 ]}ผู้นำของพวกเขา บิชอปJan Augustaถูกตัดสินจำคุก 16 ปี^{[ 1 ]}เฟอร์ดินานด์ ซึ่งปัจจุบันเป็นจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์ (1556–64) พยายามขยายอิทธิพลของศาสนาคาทอลิกในโบฮีเมียโดยการก่อตั้งสถาบันเยซูอิต ใน ปรากและนำมิชชันนารีเยซูอิตเข้ามาในโบฮีเมีย^{[ 1 ]}

ตั้งแต่ปี ค.ศ. 1599 ถึง ค.ศ. 1711 โมราเวีย (ดินแดนแห่งราชวงศ์โบฮีเมีย) ถูกจักรวรรดิออตโตมันและรัฐบริวาร (โดยเฉพาะชาวตาตาร์และทรานซิลวาเนีย) โจมตีบ่อยครั้งโดยรวมแล้วมีผู้คนหลายแสนคนถูกจับเป็นทาส ในขณะที่อีกหลายหมื่นคนถูกฆ่า^{[ 2 ]}

ความขัดแย้งระหว่างราชวงศ์ฮับส์บูร์กและชาวเช็ก และระหว่างชาวคาทอลิกและผู้ติดตามนิกายปฏิรูป ได้ปะทุขึ้นอีกครั้งเป็นการปะทะกันอย่างเปิดเผยในช่วงต้นศตวรรษที่ 17 ^{[ 1 ]}ในเวลานั้น ชาวเช็กสามารถใช้ประโยชน์จากการต่อสู้ระหว่างผู้ท้าชิงบัลลังก์จักรพรรดิสองฝ่ายและในปี 1609 พวกเขาได้ขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตจากจักรพรรดิรูดอล์ฟที่ 2 (1576–1612) ซึ่งสัญญาว่าจะยอมรับนิกายปฏิรูปเช็ก มอบอำนาจควบคุมมหาวิทยาลัยชาร์ล ส์ให้ แก่ขุนนางเช็ก และให้สัมปทานอื่นๆ^{[ 1 ]}มัทธิอัส (1612–17) ผู้สืบทอดตำแหน่งของรูดอล์ฟพิสูจน์แล้วว่าเป็นชาวคาทอลิกที่เคร่งครัด และได้เคลื่อนไหวต่อต้านขุนนางอย่างรวดเร็ว^{[ 1 ]}การละเมิดคำสัญญาที่ระบุไว้ในพระราชบรมราชานุญาตเกี่ยวกับอาณาเขตของราชวงศ์และศาสนจักร และการที่มัทธิอัสพึ่งพาคณะที่ปรึกษาซึ่งประกอบด้วยชาวคาทอลิกที่เคร่งครัด ยิ่งเพิ่มความตึงเครียดมากขึ้น^{[ 1 ]}

ในปี ค.ศ. 1618 ที่ปรึกษาของจักรวรรดิคาทอลิกสองคนถูกโยนลงมาจากหน้าต่างของปราสาทปราก (หนึ่งในเหตุการณ์ที่เรียกว่าการโยนคนลงจากหน้าต่างแห่งปราก ) ซึ่งเป็นสัญญาณของการก่อกบฏอย่างเปิดเผยของชนชั้นสูงแห่งโบฮีเมียต่อราชวงศ์ฮับส์บูร์ก และเป็นจุดเริ่มต้นของสงครามสามสิบปี^{[ 1 ]}ชนชั้นสูงแห่งโบฮีเมียตัดสินใจระดมพล ออกคำสั่งขับไล่คณะเยสุอิต และประกาศให้บัลลังก์โบฮีเมียมาจากการเลือกตั้ง^{[ 1 ]}พวกเขาเลือกเฟรเดอริกแห่งพาลาทิเนต ผู้เป็นชาวคาลวินิสต์ ขึ้นครองบัลลังก์โบฮีเมีย^{[ 1 ]}จากนั้นเฟรเดอริกพยายามรวบรวมการสนับสนุนเพิ่มเติมสำหรับฝ่ายโบฮีเมีย แม้กระทั่งพยายามโน้มน้าวให้จักรวรรดิออตโตมันให้การสนับสนุนทางทหารเพื่อแลกกับบรรณาการ^{[ 3 ]}ในวันที่ 8 พฤศจิกายน ค.ศ. 1620 ชนชั้นสูงของเช็กเผชิญหน้ากับกองกำลังจักรวรรดิในการรบที่ภูเขาขาวใกล้กรุงปราก และพ่ายแพ้อย่างราบคาบ^{[ 1 ]}

ความพ่ายแพ้ของชาวเช็กในยุทธการที่ไวท์เมาน์เทนตามมาด้วยมาตรการที่ทำให้ราชวงศ์ฮับส์บูร์กมีอำนาจและคริสตจักรโรมันคาทอลิกเป็นหลักประกัน^{[ 1 ]}ขุนนางชาวเช็กจำนวนมากถูกประหารชีวิต ส่วนใหญ่ถูกบังคับให้หนีออกจากราชอาณาจักร^{[ 1 ]}คาดว่าขุนนางชาวเช็กประมาณห้าในหกส่วนลี้ภัยหลังจากยุทธการที่ไวท์เมาน์เทนไม่นาน และทรัพย์สินของพวกเขาก็ถูกยึด^{[ 1 ]}ชาวเมืองโปรเตสแตนต์ชาวเช็กและเยอรมันจำนวนมากอพยพออกไป^{[ 1 ]}ในปี 1622 มหาวิทยาลัยชาร์ลส์ถูกควบรวมกับสถาบันเยซูอิต และระบบการศึกษาทั้งหมดของราชอาณาจักรโบฮีเมียอยู่ภายใต้การควบคุมของเยซูอิต^{[ 1 ]}ในปี 1624 นักบวชที่ไม่ใช่คาทอลิกทั้งหมดถูกขับไล่ออกโดยพระราชกฤษฎีกา^{[ 1 ]}

พระราชบัญญัติแก้ไขเพิ่มเติมว่าด้วยที่ดิน (ค.ศ. 1627)ได้วางรากฐานทางกฎหมายสำหรับระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ของ ราชวงศ์ฮับส์บู ร์ ก ^{[ 1 ]}ดินแดนเช็กทั้งหมดถูกประกาศให้เป็นทรัพย์สินสืบทอดของราชวงศ์ฮับส์บูร์ก^{[ 1 ]}ภาษาเยอรมันได้รับการยกฐานะให้เท่าเทียมกับภาษาเช็ก หน้าที่ในการออกกฎหมายของสภาแห่งโบฮีเมียและโมราเวียถูกยกเลิก กฎหมายทั้งหมดที่ตามมาจะต้องออกโดยพระราชกฤษฎีกา โดยได้รับการอนุมัติอย่างเป็นทางการจากสภาเท่านั้น^{[ 1 ]}เจ้าหน้าที่ระดับสูงสุดของราชอาณาจักร ซึ่งจะต้องได้รับการเลือกจากบรรดาขุนนางท้องถิ่น จะต้องอยู่ภายใต้บังคับบัญชาของกษัตริย์อย่างเคร่งครัด^{[ 1 ]}ดังนั้น จึงเหลือเพียงเล็กน้อยของราชอาณาจักรโบฮีเมียที่เป็นอิสระและแยกตัวออกมา^{[ 1 ]}

การปกครองของราชวงศ์ฮับส์บูร์กได้รับการสนับสนุนเพิ่มเติมจากการอพยพครั้งใหญ่ของชาวเยอรมันคาทอลิกจากดินแดนทางใต้ของเยอรมนี เข้าสู่โบฮีเมีย ^{[ 1 ]}ชาวเยอรมันได้รับที่ดินส่วนใหญ่ที่ถูกยึดจากเจ้าของชาวเช็กและกลายเป็นขุนนางโบฮีเมียกลุ่มใหม่^{[ 1 ]}ขุนนางชาวเช็กคาทอลิกที่เหลืออยู่ค่อยๆ ละทิ้งความเป็นเอกภาพของชาวเช็กและกลายเป็นผู้รับใช้ที่ภักดีของระบบจักรวรรดิ^{[ 1 ]}ผู้อพยพชาวเยอรมันคาทอลิกยังเข้าควบคุมการค้าและอุตสาหกรรมด้วย^{[ 1 ]}

สงครามศาสนายังคงดำเนินต่อไปหลังจากการพ่ายแพ้ของเช็ก^{[ 1 ]} สงคราม สามสิบปี (1618–48) ของเจ้าชายโปรเตสแตนต์ชาวเยอรมันต่อต้านจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์เกี่ยวข้องกับมหาอำนาจต่างชาติและขยายออกไปนอกดินแดนเยอรมัน^{[ 1 ]}ชาวเช็กต่อสู้ในทุกฝ่าย: นายพลชาวเช็กที่ก่อกบฏส่วนใหญ่เข้าร่วมกองทัพโปรเตสแตนต์อัลเบรชต์แห่งวอลเลนสไตน์เป็นผู้แปรพักตร์ชาวเช็กที่โดดเด่นที่สุดไปเข้าร่วมกับฝ่ายจักรวรรดิ^{[ 1 ]}โบฮีเมียเป็นสนามรบตลอดสงคราม^{[ 1 ]}กองกำลังฮังการีของเจ้าชายเบธเลน กาบอร์ ซึ่งได้รับการเสริมกำลังด้วยทหารรับจ้างชาวตุรกี ต่อสู้กับจักรพรรดิและทำลายล้างสโลวาเกียและโมราเวียเป็นระยะ ^{[ 1 ]}กองทัพเยอรมันโปรเตสแตนต์ และต่อมาคือกองทัพเดนมาร์กและสวีเดน ได้ทำลายล้างจังหวัดต่างๆ ของเช็ก^{[ 1 ]}เมือง หมู่บ้าน และป้อมปราการถูกทำลาย^{[ 1 ]}ลูซาเทียถูกผนวกเข้ากับแซกโซนีในปี 1635 ^{[ 1 ]}

ในปี ค.ศ. 1648 สนธิสัญญาเวสต์ฟาเลียได้ยืนยันการรวมราชอาณาจักรโบฮีเมียเข้ากับระบบจักรวรรดิฮับส์บูร์กซึ่งได้ตั้งเมืองหลวงไว้ที่เวียนนา^{[ 1 ]}ราชอาณาจักรโบฮีเมียสูญเสียเอกราชโดยพฤตินัย ( โดยนิตินัยอยู่ภายใต้การ ปกครอง ของมาเรีย เทเรซา เท่านั้น )