ระบบการจำแนกทางเคมีพยายามจัดประเภทธาตุหรือสารประกอบตามคุณสมบัติทางเคมีเชิงหน้าที่หรือโครงสร้าง บางประการ โดยคุณสมบัติเชิงโครงสร้างส่วนใหญ่เป็นคุณสมบัติภายในส่วนคุณสมบัติเชิงหน้าที่และการจำแนกประเภทที่ได้มานั้นขึ้นอยู่กับชนิดของ คู่ ปฏิกิริยาทางเคมีที่คุณสมบัตินั้นกระทำอยู่ด้วย บางครั้งเกณฑ์อื่นๆ เช่น เกณฑ์ทางกายภาพล้วนๆ (เช่นน้ำหนักโมเลกุล ) หรือในทางกลับกัน คุณสมบัติเชิงหน้าที่ที่สูงกว่าระดับเคมี ก็ถูกนำมาใช้ในการสร้างอนุกรมวิธาน ทางเคมีด้วย เช่น กัน

บางระบบผสมผสานระดับต่างๆ เข้าด้วยกัน ส่งผลให้เกิดลำดับชั้นที่โดเมนต่างๆ ค่อนข้างสับสน ตัวอย่างเช่น ด้านโครงสร้างและด้านการทำงานอาจไปอยู่ในระดับเดียวกัน ในขณะที่หน้าที่ทางเคมีขึ้นอยู่กับโครงสร้างทางเคมีอย่างใกล้ชิด สถานการณ์จะซับซ้อนมากขึ้นเมื่อ มีการบูรณาการหน้าที่ ทางเภสัชวิทยาเข้าไปด้วย เนื่องจาก โดยปกติแล้ว QSARไม่สามารถคำนวณได้โดยตรงจากคุณสมบัติเชิงโครงสร้าง

• โดยน้ำหนักโมเลกุล
• โดยประจุไฟฟ้า : ไม่มีประจุ, ประจุบวก, ประจุลบ, มีประจุบางส่วน
  • ประจุฟอร์มัล , สถานะออกซิเดชัน
• ความสามารถในการละลาย
• ค่า pH (หรือค่าpK A )

• โดยกลุ่มฟังก์ชัน
• โดยอาศัยกิจกรรมทางชีวภาพ (ส่วนใหญ่เหมาะสมเฉพาะกับโมเลกุลทางชีวภาพขนาดใหญ่ (อย่างน้อยหนึ่งคู่ปฏิสัมพันธ์) โดยเฉพาะเอนไซม์ขึ้นอยู่กับหน้าที่ทางเคมีของกรดอะมิโน ที่เป็นส่วนประกอบ )
  • ลิแกนด์เทียบกับตัวรับ , โคเอนไซม์
  • หมายเลข EC
  • หมายเลข TC
  • ฟาร์มาโคฟอร์เทียบกับ ไม่ใช่ยา
• การจำแนกประเภทสารเคมีเชิงพาณิชย์ทั่วไป^{[ 1 ]}

• ระบบการจำแนกประเภททางกายวิภาคและบำบัดทางเคมี^{[ 2 ]}
• ออนโทโลยีของยีน
• ระบบการจำแนกและการติดฉลากสารเคมีที่เป็นไปตามมาตรฐานสากล
• สารเคมีที่มีความสำคัญทางชีววิทยา

• ไตรภาคของโดเบอไรเนอร์

• สื่อที่เกี่ยวข้องกับการจำแนกประเภททางเคมีในวิกิมีเดียคอมมอนส์