คณะกรรมการบริหารของคริสเตียนไซเอนซ์เป็นองค์กรบริหารห้าคนซึ่งก่อตั้งโดยแมรี เบเกอร์ เอดดีเพื่อดำเนินกิจการของคริสตจักรคริสเตียนไซเอนซ์ภายใต้เงื่อนไขที่กำหนดไว้ในข้อบังคับของคู่มือ คริสตจักร หน้าที่และข้อจำกัดของคณะกรรมการฯ ได้ถูกกำหนดไว้ในคู่มือดังกล่าว

ตั้งแต่ช่วงกลางทศวรรษ 1980 ผู้บริหารคริสตจักรได้ริเริ่มโครงการที่ก่อให้เกิดข้อถกเถียงและมีความทะเยอทะยานในการเข้าสู่สื่อกระจายเสียงอิเล็กทรอนิกส์ ความพยายามครั้งสำคัญครั้งแรกคือการสร้างรายการโทรทัศน์แบบซิ นดิเคทรายสัปดาห์ความยาวครึ่งชั่วโมง ชื่อThe Christian Science Monitor Reports โดยในฤดูกาลแรกของรายการ "Monitor Reports" ดำเนินรายการโดย Rob Nelsonผู้คร่ำหวอดในวงการหนังสือพิมพ์^{[ 16 ]}ในฤดูกาลที่สอง เขาถูกแทนที่โดยDavid Willisอดีตผู้สื่อข่าวประจำมอสโกของ Christian Science Monitor ^{[ 17 ]}

ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2534 จอห์น ฮาร์ท ผู้ประกาศข่าวของ Christian Science Monitor ซึ่งไม่ใช่คริสเตียนไซเอนซ์ ได้ลาออกหลังจากเกิดข้อพิพาททางวิชาชีพกับ Monitor เกี่ยวกับคำสอนของคริสเตียนไซเอนซ์และความเป็นอิสระในการทำข่าวของเขา^{[ 18 ]}

การสูญเสียเงินหลายร้อยล้านดอลลาร์จากการออกอากาศทำให้คริสตจักรเกือบจะล้มละลาย อย่างไรก็ตาม ด้วยการตีพิมพ์หนังสือThe Destiny of The Mother Church โดย Bliss Knappผู้ล่วงลับ ในปี 1991 คริสตจักรได้รับมรดก 90 ล้านดอลลาร์จากกองทุน Knapp กองทุนดังกล่าวระบุว่าหนังสือเล่มนี้ต้องตีพิมพ์ในฐานะ "วรรณกรรมที่ได้รับอนุญาต" โดยไม่มีการแก้ไขหรือแสดงความคิดเห็นใดๆ ในอดีต คริสตจักรเคยตำหนิ Knapp ที่เบี่ยงเบนจากคำสอนของ Eddy ในหลายจุด และปฏิเสธที่จะตีพิมพ์งานชิ้นนี้ บรรณารักษ์ของคริสตจักรซึ่งถูกไล่ออกก่อนการตีพิมพ์หนังสือ ได้เขียนจดหมายถึงคริสตจักรสาขาเพื่อแจ้งให้ทราบถึงประวัติของหนังสือเล่มนี้ สมาชิกคริสเตียนไซเอนซ์หลายคนคิดว่าหนังสือเล่มนี้ละเมิดข้อบังคับ ของคริสตจักร และบรรณาธิการวารสารทางศาสนาของคริสตจักรและพนักงานคริสตจักรอีกหลายคนได้ลาออกเพื่อประท้วง ผู้รับผลประโยชน์ทางเลือกได้ฟ้องร้องเพื่อโต้แย้งคำกล่าวอ้างของคริสตจักรว่าได้ปฏิบัติตามเงื่อนไขของพินัยกรรมอย่างครบถ้วน และในที่สุดคริสตจักรก็ได้รับเพียงครึ่งหนึ่งของจำนวนเงินเดิม^{[ 19 ] [ 20 ]}

ผลกระทบจากความล้มเหลวในการออกอากาศยังก่อให้เกิดการต่อต้านเล็กน้อยในหมู่สมาชิกคริสตจักรที่มีชื่อเสียงบางคน ในช่วงปลายปี 1993 กลุ่มนักวิทยาศาสตร์คริสเตียนได้ยื่นฟ้องคณะกรรมการบริหาร โดยกล่าวหาว่าจงใจเพิกเฉยต่อคู่มือของคริสตจักรแม่ในการทำธุรกรรมทางการเงิน คดีนี้ถูกศาลฎีกาแห่งรัฐแมสซาชูเซตส์ยกฟ้องในปี 1997 แต่ความไม่พอใจที่ยังคงมีอยู่เกี่ยวกับเรื่องการเงินของคริสตจักรยังคงมีอยู่จนถึงทุกวันนี้^{[ 21 ]} The Destiny Of The Mother Churchหยุดการตีพิมพ์ในเดือนกันยายน 2023 ^{[ 22 ]}

แม้ว่าในช่วงแรกจะมีการเติบโตอย่างรวดเร็ว แต่จำนวนสมาชิกของคริสตจักรกลับลดลงในช่วงแปดทศวรรษที่ผ่านมา ตามคำกล่าวของเจ. เอ็ดเวิร์ด โอเดการ์ด อดีตเหรัญญิกของคริสตจักร^{[ 23 ]}แม้ว่าคริสตจักรจะถูกห้ามโดยคู่มือไม่ให้เผยแพร่ตัวเลขสมาชิก แต่จำนวนคริสตจักรสาขาในสหรัฐอเมริกาก็ลดลงอย่างต่อเนื่องนับตั้งแต่สงครามโลกครั้งที่สองในปี 2009 เป็นครั้งแรกในประวัติศาสตร์ของคริสตจักรที่มีสมาชิกใหม่มาจากแอฟริกามากกว่าสหรัฐอเมริกา^{[ 24 ]}

ในปี 2548 หนังสือพิมพ์ The Boston Globeรายงานว่าคริสตจักรกำลังพิจารณาที่จะรวมการดำเนินงานในบอสตันไว้ในอาคารจำนวนน้อยลง และให้เช่าพื้นที่ในอาคารที่คริสตจักรเป็นเจ้าของ เจ้าหน้าที่ของคริสตจักร ฟิลิป จี. เดวิส กล่าวว่าอาคารบริหารและอาคารโคโลเนดไม่ได้ถูกใช้งานอย่างเต็มที่มาหลายปีแล้ว และอัตราการว่างงานก็เพิ่มขึ้นหลังจากการลดจำนวนพนักงานในปี 2547 คริสตจักรประสบภาวะขาดทุนทางการเงิน 8 ล้านดอลลาร์ในปีงบประมาณ 2546 และในปี 2547 ได้ลดงาน 125 ตำแหน่ง ซึ่งคิดเป็นหนึ่งในสี่ของพนักงานที่Christian Science Monitorในทางกลับกัน เดวิสกล่าวว่า "สถานการณ์ทางการเงินในขณะนี้ดีเยี่ยม" และระบุว่าคริสตจักรไม่ได้เผชิญกับปัญหาทางการเงิน^{[ 25 ]}

การใช้การอธิษฐาน ซึ่งมักใช้แทนการรักษาทางการแพทย์ เป็นประเด็นถกเถียงมาตั้งแต่การก่อตั้งคริสตจักร และความถูกต้องตามกฎหมายของการปฏิบัติศาสนาคริสต์วิทยาก็ถูกหยิบยกขึ้นมาตั้งแต่ปี 1887 เมื่อผู้ปฏิบัติศาสนาคริสต์วิทยาบางคนถูกกล่าวหาว่าประกอบวิชาชีพทางการแพทย์โดยไม่มีใบอนุญาต^{[ 26 ]}การหลีกเลี่ยงการรักษาพยาบาลไม่ใช่ข้อผูกมัดทางหลักคำสอนและถือเป็นทางเลือกส่วนบุคคล^{[ 27 ]}อย่างไรก็ตาม ในช่วงทศวรรษ 1980 และ 1990 ในสหรัฐอเมริกา พ่อแม่ชาวคริสต์วิทยาจำนวนหนึ่งที่มีลูกเสียชีวิตจากการขาดการเข้าถึงการรักษาพยาบาล ตกเป็นเป้าของการถกเถียงอย่างมากและถูกตั้งข้อหาฆ่าคนตายโดยไม่เจตนาหรือแม้แต่ฆาตกรรม แต่ผลลัพธ์ของคดีนั้นไม่สอดคล้องกัน^{[ 28 ] [ 29 ]}การขาดฉันทามติเกี่ยวกับการรักษาพยาบาลสะท้อนให้เห็นในกฎหมายของรัฐต่างๆ ในสหรัฐอเมริกา ซึ่งก็ไม่สอดคล้องกันเกี่ยวกับการยกเว้นทางศาสนาจากการรักษาพยาบาลเช่นกัน^{[ 30 ]}